计算化学公社

标题: 请问如何计算蛋白质跟跟水，还是极性分子溶剂作用更强 [打印本页]

作者
Author: azero 时间: 2022-8-8 15:32
标题: 请问如何计算蛋白质跟跟水，还是极性分子溶剂作用更强
就是做了一个突变体，
想看该位点突变前后，是与水的作用力强，还是与极性分子的作用力强。（蛋白质至于50%的醇/水溶液）
之前统计过该位点附近的水/醇数目，发现说明不了问题

请问有木有较好的计算方法

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-10 07:43
考察位点附近的水/醇分子的数目原理上是可以的，说明不了问题应当具体交代

作者
Author: azero 时间: 2022-8-11 21:21
本帖最后由 azero 于 2022-8-11 21:22 编辑

sobereva 发表于 2022-8-10 07:43
考察位点附近的水/醇分子的数目原理上是可以的，说明不了问题应当具体交代

sob老师，我尝试使用RDF统计该残基突变前后时醇分子分布的曲线
RDF的坐标毕竟不是百分比，
这两条曲线具有可比性吗，或者有没有办法处理纵坐标，使其具有可比性

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-12 06:36

azero 发表于 2022-8-11 21:21
sob老师，我尝试使用RDF统计该残基突变前后时醇分子分布的曲线
RDF的坐标毕竟不是百分比，
这两条曲线 ...

只统计密度，不要除以平均密度。周期性体系的rdf一般都是除以被统计对象在盒子里的平均密度的

作者
Author: azero 时间: 2022-8-12 10:38
本帖最后由 azero 于 2022-8-12 16:08 编辑

sobereva 发表于 2022-8-12 06:36
只统计密度，不要除以平均密度。周期性体系的rdf一般都是除以被统计对象在盒子里的平均密度的

Sob老师，我又翻了翻论坛的帖子和手册。计算RDF的分母是要统计的组的平均密度
但是在野生型和突变的酶中，整个体系醇和水分子数目都一样，
① 所以平均密度是不是可以认为是基本一致？突变体太多了，要是一个个处理挺麻烦的（感觉直接用g（r）就行）
② 如果不能的话，该如何计算这个平均密度？打算直接用excel将g(r)值乘以这个平均密度。
看了看其它帖子，是不是 g(r) * (整个体系中醇分子的总数 ÷ 盒子体积) ？
③ gmx选项里有个-norm选项，这个选项看不懂图二什么叫归一化
看到手册有这一句话The normalization for the output RDF can now also be the radial number density.
感觉把设置为-norm number_density，就可以了，但和 ②方法中用g（r）*平均数密度还是有点区别

gmx rdf -f md0_cnt.xtc -s protein.gro -pbc -norm number_density -seltype res_com

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-17 18:27

azero 发表于 2022-8-12 10:38
Sob老师，我又翻了翻论坛的帖子和手册。计算RDF的分母是要统计的组的平均密度
但是在野生型和突变的酶中 ...

应当注意明确被选择的组是什么。rdf是把被选择的组里每个原子都当做被统计的粒子，不是以分子为单位来算的

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