公社群聊Q&A整理：2016.04.19 17 ~ 2016.04.28 13 Concate（含既往全文） - 计算化学公社

2016.04.19 16:43:21
Q:
vasp里面的杂化泛函是不是只有 HSE ？
算freq就没有快的
谁用crystal算过东西？与vasp比感觉如何？
castep里面有很多杂化泛函吗？
crystal可以用Gaussian基组，以及大量的杂化泛函。计算量是不是比别的算杂化的快一些？
vasp里面的杂化泛函是不是很少？
现在还有了HSE了是吗？
杂化也可以增加gap。所以杂化泛函比较重要。
sob推荐的那篇文章里面说 B3PW91最好。
A:
目前是只有HSE。B3LYP貌似只是实验性地支持。
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2016.04.19 16:55:31
Q:
请问大家，使用orca计算Bibbs自由能的关键字就是freq吗？
我算mp2，Gaussian和Orca都是数值方法算梯度，应该还是Orca的PI-MP2快一些吧 @计算化学噶兵
再请教一下ORCA MP2算freq必须用Numfreq关键字吗？我用feq关键字计算会出错，但是也没有提示关键字出错
我的体系20个原子，用RI-MP2，按照高斯的经验设了20G内存，请问设多少内存比较合适？
Orca里 %mp2 maxcore 设置的是单核内存吗？
有兴趣的话还是参加一下数学或者物理这样锻炼思维能力的竞赛，化学竞赛主要靠背书，没太大意思。但是要是对这个特别感兴趣，那是另外一回事了
A:
是
目前ORCA的MP2支持解析Hessian
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2016.04.19 17:16:42
Q:
请问gaussian09优化结构，总是出现 FormBX had a problem.的错误，该怎么破？
A:
opt里写cartesian
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2016.04.19 19:47:11
Q:
老师，氢键的键能怎么计算？
A:
整体能量减去破坏氢键后两个片段的能量。或者用AIM方法估计，见Multiwfn手册4.2.1节的例子，也可以用静电势方法估计，见手册4.1.2节的例子
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2016.04.19 22:50:53
Q:
请问群里有同学做过LJ参数拟合吗？我在文献上看到一种拟合的方法，其中有个地方不知道具体怎么做.文献上的方法是（1）先以之前报的过的LJ参数为基础。用量化方法优化好结构。（2）用物理性质拟合参数。其中第二步中的原文为：For nitrobenzene the LJ parameters for nitrogen and oxygen were simultaneously
fit to its normal boiling point and liquid density at 298.15 K：请问这个第二步怎么具体怎么做呢？先谢谢大家呢
A:
把当前LJ参数模拟的诸如沸点的结果和实验值做差，当成误差函数。然后用优化方法，优化你的参数，反复优化，直到模拟结果和实验相近。如果不懂的话，看看这篇文章的基本思路
J. Phys. Chem. Lett. 2014, 5, 1885?1891
[图片]
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2016.04.19 23:09:07
Q:
[图片]
这样行吗？
[图片]
A:
noeigen写opt里面
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2016.04.19 23:18:42
Q:
高斯09可用于过渡金属的半经验算法有哪些？
A:
PM6
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2016.04.19 23:22:01
Q:
老师，我上午请教您的弱相互作用的计算。提到用Multiwfn。我没有用过这个，所以，我还是想进行简单计算能量相减，我看一些资料说要进行BSSE校正。
A:
是否考虑BSSE看你用什么基组以及要求精度多高
Multiwfn超级好用
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2016.04.19 23:26:05
Q:
我想计算一个气态分子的分解的吸放热情况。本来是算一下反应物和生成物能量相减可能就好了。但是，这个分子它是一个类似于复合物，由两个小分子组成，我就不确定它们之间是否为氢键作用链接起来的。所以想通过计算验证一下。老师，您看我这个思路可以吗？
这个分子分解的时候也正好是那个氢键断开的位置。
A:
看起来是氢键就是氢键，要么用Multiwfn做RDG分析一下
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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2016.04.21 17:56:23
Q:
大家碰到过1个多G的log文件没？
我这个log文件4个G，居然还是正常结束的。
A:
嫌文件大就避免使用对大体系会造成过量输出信息的关键词，不用#P等
Q:
嗯，谢谢老师。
log文件大了，打不开。
[图片]
删除哪些东西呢？
#p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq oniom(b3lyp/6-31+g(d):amber=hardfirst)=embed
geom=connectivity
这是我的关键字
我还要看频率
A:
从前往后读
不代表频率计算有问题
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2016.04.21 18:22:43
Q:
老师，关于Au和非金属O,S,Se等的成键性质，我想测试的泛函有B3LYP，BP86，M06，M06-2X，M06L，B3PW91，WB97XD，HSE，tspp，您觉得这9个泛函怎么样，能补充或剔除几个泛函吗？[表情]刚看了http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=536
老师，关于Au和非金属O,S,Se等的成键性质，我想测试的泛函有B3LYP，BP86，M06，M06-2X，M06L，B3PW91，WB97XD，HSE，tspp，您觉得这9个泛函怎么样，能补充或剔除几个泛函吗？/调皮刚看了http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=536
泛函...
A:
B3PW91、HSE不用测，其它的可以测
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2016.04.21 18:26:22
Q:
PBE1PBE 请问这个命令代表啥
B3LYP
这两个算法区别大吗
1 基态几何优化：# PBE1PBE/6-311g(d) opt （如果你觉得初始结构已经比较合理的话，这一步可以省）
2 取上一步优化得到的结构，做S1态优化：# PBE1PBE/6-311g(d) TD opt （TD默认是root=1，默认的nstates=3对于优化S1一般够了，所以这里只写个TD）
网页里面给的是这种命令
但是我用B3LYP
也算出来了
区别大吗
A:
B3LYP也可以。但是对于普通有机体系PBE1PBE计算几何结构精度以及光谱计算精度比B3LYP略高。
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2016.04.21 19:08:15
Q:
请问老师，为什么有那么多atomic charge model存在啊？
就比如有Mulliken， APT， ESP， NBO
A:
因为原子电荷不是物理可观测量，定义方式本身也不唯一，不同目的、思路会产生不同的计算方法
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2016.04.22 00:01:25
Q:
请问，高斯中基态分子改变其自旋多重度计算能量的话，不收敛会不会是因为自旋多重度设置不合理的原因啊~
A:
可以先尝试用帮助SCF收敛的方法解决。有些体系自旋多重度不是基态的话确实不容易收敛
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2016.04.22 00:45:12
Q:
哪位老师会用VMD画三维空间矢量
位移矢量
能不能请教一下
摸索了好久，也没画好
通过初坐标和末坐标，得到矢量
有初末坐标文件
[图片]
第一个数代表原子序号，的二个数是原子类型，剩下三个为三个方向的坐标
脚本文件还不太会写
老师，我看见你网站上有画力矢量，我类比过来，没成功，能不能大概讲一下方法
谢谢啦！
A:
VMD里画圆柱和画锥形的命令一起使用来画箭头，始末点的坐标就根据你实际的矢量来确定
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2016.04.22 01:12:33
Q:
请问，氢转移的过程电荷为0吗？
A:
这话没法这么说。没法说某个过程的电荷
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2016.04.22 01:53:45
Q:
老师，请问怎么在高斯view中看HOMO-1的分子轨道图？
A:
[图片]
Q:
可是只能看HOMO吧，HOMO-1应该怎么看啊老师？
A:
选哪个就能看哪个啊
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2016.04.22 02:13:04
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
@LKXYT
使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法
http://sobereva.com/117
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2016.04.22 03:14:02
Q:
老师，您好，我想在linux系统下安装高斯09，一直出现这样的提示，[图片]不知道该如何修改
A:
你先确认好路径，到底装在哪了
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2016.04.22 06:32:55
Q:
RdWrB1 read garbage pointers.
Error termination via Lnk1e in /home/amax/Opt/g09/l301.exe
这个报错信息应该怎么处理呢@Sobereva
A:
上传输入输出文件
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2016.04.22 06:44:46
Q:
过渡态只有一个虚频吧
我的过渡态优化正常结束，也只有一个虚频，可是我看这个振动动画，不象是我想要的成键断键动画呀。
正常
300多是伸缩振动，正常得很。
只要振动位置是你设想的键就对了
A:
单纯的成键断键过程本身没有过渡态，除非伴随电子结构重排
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2016.04.22 07:10:29
Q:
算的是个BSSE
[图片]
[图片]
A:
上传整个文件，截图说不清楚
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2016.04.22 09:49:37
Q:
请问为什么dispersion effect在geometry optimization里很重要
A:
话没法这么说
只能说色散作用显著的体系在优化时考虑色散作用是必须的，否则结果定性错误
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2016.04.22 14:06:36
Q:
那可不可以说，dispersion effect （B3LYP-D3) 在 geometry optimization一个分子中的作用是不重要的
有些文献说不考虑色散作用，反而结果是对的，这又是为什么呢
A:
你得看是什么体系啊
不考虑色散作用反倒对纯属巧合
Q:
哦
谢谢老师
那请问，想要列出所有的approximations在MP2/3-21G NH3标准生成自由能的计算
都有哪些approximation啊
A:
基组太烂
MP2考虑电子相关能有限
再往更微小的地方说，相对论没考虑，非谐振效应没考虑（假设用的谐振模型计算的），非BO校正没考虑
Q:
这些approximation中，哪个错误最小，哪个错误大呢
A:
导致最大的误差：基组
导致最微小的误差：非BO校正
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2016.04.22 15:19:24
Q:
请问老师，在算13C NMR chemical shift之前，做geometry optimization 是必须的吗
A:
是
Q:
您觉得有什么重要原因吗
A:
算性质前当然得先让结构合理
Q:
也可以说geometry optimization calculation could produce nuclear coordinates corresponding to a minimum on potential energy surface.吗
您觉得这个算是个理由嘛
A:
还必须说PES极小点对应于实际可能出现的结构才行
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2016.04.22 16:13:30
Q:
您好，我就是昨天在计算化学公社问您磁性计算的，您给的信息很有帮助，谢谢啦！但是我还是有些小问题。1：论坛中所给的三种不同方法计算自旋极化单重态，都是在gv中自己创建的原子，所以需要先优化以下结构然后再计算自旋极化单重态，我的情况是我现在已经有单晶结构，是否还需要先优化结构（我目前的理解是不需要）。
一般情况下，我们解析晶体结构时，都是理论加氢，0.85A
A:
如果结构不是很柔性，只需冻结重原子，但优化一下氢原子位置
晶体测的和氢有关的键长一般都明显偏短
Q:
我的结构跟您在例子中Fe2S2结合四个S-R配体的体系有点类似，跟这个gaussian中的示例很像Mn2O2(NH3)8，只是金属换成了
但是，我测化合物磁性发现是个铁磁体，所以不知道能否按Mn2O2(NH3)8（反铁磁）体系来分成四部分计算？
A:
先用最简单的guess=mix来计算，不行再考虑片段组核波函数
Q:
那您看我这种输入可以吗？#p ub3lyp/6-31+g guess=(mix,only) pop=full
A:
#p ub3lyp/6-31g* guess=mix nosymm
Q:
那我这个电荷和自旋多重度就写成0,1
A:
y
Q:
那我就算HS的时候，就算把guess=mix去掉，然后电荷和自旋多重度就写成0,11就相当于#p ub3lyp/6-31g* nosymm是吗？
A:
此时直接写b3lyp/6-31g*就够了
是0,11
Q:
这个时候不需要u?
A:
默认就u了
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2016.04.22 17:23:03
Q:
[图片]
请问优化过程这么震荡
如何处理呢？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
opt=cartesian，gdiis先试试吧
A:
看博文
用cartesian很多情况下会更糟
博文末尾明确写明了优先怎么处理
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2016.04.22 17:31:16
Q:
我是A版本跑的IRC，能直接在E版本里，加D3BJ矫正，做opt+freq吗？
A:
不
Q:
为什么不行？老师，必须在一个级别下？
A:
干嘛不在一个级别下
要想横向对比，理论级别都不一样还怎么放一起讨论
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2016.04.22 17:44:35
Q:
请教老师一个问题，用 opt=modredundant做柔性扫描，在某些的扫描点上可能不收敛。那么，程序会不会自动跳过这个点，做下一个点的优化？
A:
应该不会
Q:
还有一个问题，用 opt=modredundant做柔性扫描，下一个点的初始坐标，是取自上一个点的优化结果吗？还是取自原始的输入坐标？
A:
既然是扫描，显然是根据初始结构以及当前点相对于初始结构移动的值来得到初始结构到
...的
Q:
当前点的坐标，= 原始坐标+移动值？
还是当前点的坐标 = 上个点的坐标+移动值？
A:
原始坐标+移动值
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2016.04.22 18:12:10
Q:
[图片]请问这种图应该用什么软件画呢（不包括分子轨道）
A:
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320
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2016.04.25 23:06:21
Q:
请问一下大家一个问题，计算出来的电子云不是有正负相位么（比如说红绿色分别代表正负），如果所有相位变号（相反，就是红绿反过来）的话是不是也是正确的？
A:
也正确
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2016.04.25 23:46:13
Q:
老师好，我想问一下计算重组能时，阴阳离子的能量是用单点能还是直接看优化后的能量呢[图片]
我不太清楚，这能量指的是单点能对吗
A:
是指单点能
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2016.04.26 00:07:21
Q:
[图片]老师，我要算的体系是CH2OO,电子数是24，算是偶数，但是它是自由基，之后我还要算他的激发态，这样的话，是不是我优化结构就直接闭壳层，算激发态时开壳层？
A:
说“激发态”是开壳层体系，这个说法完全不确切。
用TDDFT、CIS的时候，基态怎么设电荷和自旋多重度，算激发态的时候还怎么设。看此文
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.04.26 00:12:35
Q:
我想请问一个很简单的问题
gaussview能调解鼠标键位的设置吗？
我的鼠标右键是放大缩小，而不能转动，请问怎么设置呢
但一按alt建，画好的分析轨道就没有了，请问是怎么回事？
分子轨道
A:
改不了键位。你在MO观看工具里即便显示出来轨道依然可以用鼠标左键拖拽随意旋转
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2016.04.26 00:51:58
Q:
大家有没有遇到这样的情况 NVT跑了2ns左右，最后的温度却不是自己设定的那个值，而且偏离有点大？
A:
肯定不是恰好那个值。你看看温度随时间的变化，如果平均值已经平稳了并且是你设的温度就行了。如果平均值都还在有趋势性地变化就再跑跑。
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2016.04.26 01:04:06
Q:
老师，我看有些论文中有人用到Molpro的软件，这个跟高斯功能一样吗？
A:
molpro专长是搞MCSCF和多参考计算的，和Gaussian的目的不同，这部分是高斯软肋。高斯是大众向程序，侧重于黑箱式的DFT和后HF方法。
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2016.04.26 01:19:03
Q:
高斯计算中使用opt=loose是时候我看手册上写的是设定优化收敛标准的最大步长为0.01au，RMS力为0.0017au，默认是多少呢？
A:
默认是
default
Maximum Force 0.000000 0.000450 YES
RMS Force 0.000000 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.000000 0.001800 YES
RMS Displacement 0.000000 0.001200 YES
01800 YES
RMS Displacement 0.000000 0.001200 YES
默认是
default
Maximum Force 0.000000 0.000450 YES
RMS Force 0.000000 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.000000 0.0
----------------------------------------------------
2016.04.26 03:52:16
Q:
请问各位老师为什么3Ir原子的电荷比1,2,4,5号Ir原子的电荷少[图片][图片]
请问各位老师为什么3Ir原子的电荷比1,2,4,5号Ir原子的电荷少[图片][图片]
3Ir原子的配位数大于1,2,4,5号Ir原子，不是它的电荷数应该比其它的大吗？
请问那种布居方式比较准确呢？
A:
算NPA或Hirshfeld电荷再看。Mulliken没什么说服力
看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
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2016.04.26 03:57:35
Q:
有个问题想请教一个各位大神我在计算Ru配合物时使用了SDD基组审稿人问使用SDD的依据是什么不知道该怎么回答求赐教
A:
你找个SDD算Ru的文章的例子给他就完了。SDD是很可靠的，审稿人问这个纯属多余
----------------------------------------------------
2016.04.26 04:09:02
Q:
请问老师，计算以-COOH…O=C-，-NH…O=C键连的氨基酸笼状八聚物的相互作用能，需要考虑BSSE吗？
A:
看你用什么基组以及要求的精度
counterpoise是弥补基组不完备性导致的BSSE，所以用不用必须先说用什么基组
Q:
优化是M062X/6-311G**，算相互作用能要加弥散吧？
A:
用6-311+G**
优化的时候可以6-311G**来节省时间，算单点得相互作用能的时候要加弥散
Q:
恩，好的，这样要考虑BSSE吗
A:
你若对精度要求高可以考虑
Q:
老师，若有N分子的话，那counterpoise=N 对吗？
A:
对
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2016.04.26 04:13:44
Q:
# B3LYP/6-311+G(3df) opt freq td=(singlets,nstates=20,root=4) gfinput pop=full
优化了S4态
请问Multiwfn如何算S4态的 Raman光谱
A:
Multiwfn不是算光谱的，但可以读取高斯的输出文件来作光谱图
你这个算完了之后就照常有振动分析输出，Multiwfn照常绘制光谱就完了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2016.04.26 04:19:22
Q:
请教各位老师 MD模拟不同的pH值一般怎么体现
A:
通常设定初始状态的质子化方式体现，不同pH下质子化状态不同。也可以用Amber之类程序做constant PH模拟
----------------------------------------------------
2016.04.26 04:22:09
Q:
1 2 3
A' A' A'
Frequencies -- 305.3941 597.0504 1318.4753
Red. masses -- 18.0841 19.5741 13.4546
Frc consts -- 0.9937 4.1111 13.7805
IR Inten -- 1.2998 1.7050 1044.8417
Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z
1 6 0.00 0.83 0.00 0.00 0.79 0.00 0.96 0.00 0.00
2 16 -0.36 -0.16 0.00 0.41 -0.15 0.00 -0.18 0.06 0.00
3 16 0.36 -0.16 0.00 -0.41 -0.15 0.00 -0.18 -0.06 0.00
1 2 3
A' A' A'
Frequencies -- 305.3941 597.0504 1318.4753
Red. masses -- 18.0841 19.5741 13.4546
Frc consts -- 0.9937 4.1111 13.7805
IR Inten -- 1.2998 1.7050 1044.8417
Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z
1 6 0.00 0.83 0.00 0.00 0.79 0.00 0.96 0.00 0.00
2 16 -0.36 -0.16 0.00 0.41 -0.15 0.00 -0.18 0.06 0.00
3 16 0.36 -0.1
6 0.00 -0.41 -0.15 0.00 -0.18 -0.06 0.00
算完只有红外强度，没有拉曼活性
因为TD-DFT无法计算Raman
对于这样的Gaussian输出文件，Multiwfn在读入时会提示你要载入非谐振的数据还是谐振的数据。
(2)对于拉曼光谱，写freq=raman关键词就可以了。（由于长期以来以讹传讹，无数人居然误以为Gaussian的freq任务默认就计算raman，还每次都特意写上noraman以为这样会节省时间，这是弥天大误，Gaussian只对HF的freq任务才默认计算raman！！！）
这是算的基态的Raman,对吧？
A:
刚想起来，TDDFT目前算不了raman
[图片]
等高斯16出了，有了TDDFT二阶解析导数可能就能算raman了
Q:
没觉得TDDFT有多耗时..
500个基函数，TDDFT解析频率，20个核，12小时算完
30个左右..
纳米体系你敢用高斯？
1000个原子之类的，没用太多重元素..
CP2K随意跑
高斯2000个基函数基本就瞎了..
A:
高斯2000个基函数能跑
Q:
太大的分子纯用DFT跑激发态，这个是找虐啊..
分子成像分析要算激发态吗？
分子成像分析算算电子密度也差不多了吧...还要搞那么复杂算激发态？
而且还是大分子
高斯2000个以上基函数就比较慢了..正常的话20核机器，128GB内存，平均得24小时左右一个单点能
close-shell
ADF的话3000个以上基函数，速度也非常快，但是很难收敛...
A:
DFT计算瓶颈不在基函数上，而是GTF上。按6-31G*来论，2000基函数单点不会这么长。
ORCA纯泛函跑这种体系跟玩儿似的
Q:
ORCA我就算过DMRG，大体系没经验..
A:
看具体什么含时演化。结构含时演化就用高斯或ORCA之类程序跑BOMD就行，如果是电子结构含时演化得用octopus、NWChem之类程序做RT-TDDFT之类
Q:
ORCA对镧系金属计算怎么样？
针对收敛问题..
请教一下sobereva..
高斯算的DFT很难收敛，HF到挺容易收敛..
A:
高斯的DFT收敛已经算好的了，GAMESS-US那真叫一个费劲
高斯用各种关键词搞不收敛的情况，换其它程序折腾通常也好不到哪去
Q:
高斯确实，收敛容易程度和波函数收敛进度在我遇到的程序中是最好的..
A:
ORCA算镧系没问题
Q:
但是高斯算镧系就难收敛的，DFT
噢，谢谢经验分享，
高斯算镧系用QC强制收敛之后，读取波函数再优化也不能收敛，有得进入QC环节.
又
A:
这也具体看什么基组。以前算一个记得是镧系的团簇，SDD小核赝势特难受收敛，换了SDD大核赝势就很顺利了。
而且DFT实际计算也有数值积分精度问题，尤其是明尼苏达泛函，不收敛先提高泛函积分精度再试。而且HF容易收敛也往往因为gap较大，这种情况往往比HF成分低而gap较小的泛函容易收敛。
Q:
我用的就是大核ECP
A:
QC不太建议用，也并没法强制收敛。很多地方说什么强制收敛都是不确切的。
Q:
可能是分子大了...
但是我对轻元素用了了3-21G的小基组之后还是一样的问题,,DFT不非得QC才能收敛，然后HF却很容易收敛..
DFT不收敛，非得QC
我错别字连天...唉
改用ORCA试试以后
A:
先尝试这里的QC以外的方法
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
通常QC以外的方法都搞不定，即便QC收敛了，也有一定危险性，很可能没收敛到非最优波函数上。
所以我极少用QC。
----------------------------------------------------
2016.04.26 04:22:33
Q:
想考察不同pH下氢离子在界面的聚集行为应该不能用constant pH 今天大体看了看 constant pH是不是类似连续介质模型那样不知道我理解的有没有问题
A:
不是那种连续介质模型，而是根据一定方式确定质子化状态发生变化的几率，在MD过程中不断切换质子化状态。
至于你说的聚集行为，明显不适合constant PH
如群共享里群规所示，字号请不要超过12
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2016.04.26 04:28:13
Q:
哪位能帮忙下载一个PPT,需要1个百度下载券
http://wenku.baidu.com/link?url=PCqhlG3VGUPzDSCPYFisUyOt0NNYRCx-traP-w3pIp3pLuTXyH1Fknul3SykrYMgKX3rHH27MQxG3s0dsivEr56pNZTgRFdMlXPbwQfgKsW
A:
和学术无关的求助不要发在这里
下载这种东西用冰点文库自行解决
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2016.04.26 04:43:49
Q:
假如要研究T1态AIM，是否可以在优化T1后用以下命令行计算波函数：
M062X/6-311G** out=wfn guess=read geom=check MaxDisk=20GB
多重度设为3
A:
可以
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2016.04.26 04:51:42
Q:
sob老师，我用[图片]来计算Ehs,再用[图片]来计算Ebs，但是计算得到的J值很大，有500左右，不知道是哪里出了问题。
A:
我记得ORCA里有计算J的例子，你可以重复一遍
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2016.04.26 04:59:14
Q:
老师，请问高斯如何计算键能呢？
A:
整体能量减去断键后两个片段的能量
Q:
两个片段的结构保持和在整体中的结构一样，做单点计算获得的片段能量？
还是各个片段要分别做优化？
A:
[图片]
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2016.04.26 05:12:39
Q:
[图片]
CALYPSO也在计算化学公社开坛了
吉大王彦超博士即将在此板块长期答疑已经分享一些使用经验
注：王彦超博士是吉大Ma组的得力干将，也是CALYPSO的主要开发者之一
A:
great
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2016.04.26 05:28:39
Q:
各位大神，算三重激发态带正电荷的体系时，能用wb97xd计算吗？
A:
能
Q:
sob老师，我在算激发态时，第一激发态波长是负值是什么原因呢？[图片]输入是[图片]
A:
基态波函数不稳定
Q:
老师，我应该怎么做呢？
在算这个时我用的是优化好的构型
A:
stable关键词检查一下是否确实不稳定，是的话stable=opt去找稳定波函数。然后激发态计算时guess=read
----------------------------------------------------
2016.04.26 05:31:24
Q:
[图片]您是说这个吗？
A:
不是，就是手册里的例子
Q:
[图片]就是Guassian里面自带的test780吗？
我试试
A:
ORCA手册里的例子
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2016.04.26 05:38:20
Q:
以镧系元素Tb来说，不看原始文献的话，只从ECP文件，请教一下怎么看大核ECP里有几个f电子被放入有效核势里呢，
A:
根据赝化的电子数，以及每个壳层多少电子，凭直觉就能知道哪些壳层被赝化了
Q:
知道是有些f电子被放入核里面，问题是不知道放了几个进去了..
谢谢@Sobereva
以前没看原始文献..还不清楚竟然把f电子冻结了这么多...
Sobereva你觉得目前要算算镧系化合物荧光，靠谱不？
A:
可以算
Q:
如果用CI方法，没有相关能校正，结果可用不？
用DFT是不行了吧？
A:
如果你指CIS，TDDFT火了之后就没人用了
Q:
CI我指的是组态相互左右
CAS
A:
这两码事
Q:
我都认为是组态相互左右方法..习惯了...
A:
CAS虽原理上可以，但是配合物往往算不动，而且不考虑动态相关结果定量准确度也差点
Q:
CI，看来这个认为不正确啊
你觉得可用那写方法呢..用DMRG的话30以上的轨道还是容易的
些
A:
一般还是TDDFT
Q:
TD的话就必须把f电子包含进去了..
收敛可能是巨大的问题
A:
小核呗
Q:
而且DFT描述f电子太差了..用那个泛函都不知道..也没多少人测试过
A:
一般先考虑B3LYP、M06
你也可以看这个
http://lumpac.pro.br/
是一套作者自认为可靠的计算稀土配合物发光的流程化protocal
Q:
那么你觉得用DMRG算怎么样？
没有动态相关...
A:
这个东西我暂时保留意见
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2016.04.26 05:39:57
Q:
请问 Multi可以做自旋密度图吗？
[图片]
A:
做曲线图、平面图、等值面图分别看手册4.3、4.4、4.5节的例子。示例的有的是绘制其它函数，只要你选择函数那一步选自旋密度就完了，其它步骤都一样。
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2016.04.26 05:44:05
Q:
[图片]一点击这个就跳转到[图片][图片]到这里了，没发现有Manual这东西了。https://sites.google.com/site/orcainputlibrary/home 请问老师你有manual吗？谢谢
https://sites.google.com/site/orcainputlibrary/home 请问老师你有manual吗？谢谢
[图片]一点击这个就跳转到[图片][图片]到这里了，没发现有Manual这东西了。
找到了，不好意思@Sobereva
A:
http://pan.baidu.com/s/1i3zLOGX
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
A:
[图片]
[图片]
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2016.04.26 05:59:08
Q:
Alpha 和Beta所占的成分使用Multi能看出来吗 4.3节的例子里只有line 怎么样做出类似[图片]这种自旋方式会显示在某原子处不同颜色代表不同自旋方式如果还能看出Alpha 和Beta所占成分就好了
A:
“Alpha 和Beta所占成分”说法不确切。
应该叫计算各个原子的自旋布居，做法在手册4.A.2节说了
这就是等值面图，看4.5节绘制等值面图的例子
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2016.04.26 06:05:04
Q:
我想问一个问题，从一个蛋白质配体复合物里面把配体的坐标删掉用vmd怎么做啊，或者有其他便捷的方法也可以推荐。谢谢各位了
A:
file-保存坐标的时候，用选择语句把配体那部分给排除掉
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2016.04.26 06:05:50
Q:
[图片]sob老师这图片里面依次是反应物，生成物，过渡态，我感觉这个是不是画的不对吧，5-6原子没有必要断键吧
A:
这个反应过程化学上说不通
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2016.04.26 06:10:12
Q:
请问multiwfn获取wiberg bond order信息可以通过读入molpro输出的Molden文件吗？谢谢
A:
可以
还是建议算Mayer键级
从头算计算应当忘记Wiberg键级这东西
Q:
好的，谢谢。这个键级是不是与计算方法无关啊？
A:
有关。
对基组也敏感，特别是不能用弥散函数
Q:
如果用CASSCF呢？
A:
可以
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2016.04.26 06:19:32
Q:
老师，请问用高斯怎么看对分子对称群的不可约表示，以及轨道的对称性呢
我用过，带过chemoffice的助教
A:
[图片]
[图片]
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2016.04.26 07:06:54
Q:
刘文剑老师在宏剑公司是不是有股份？
刘文剑老师组的学生根本不会用高斯。。。我无依据的推测其对宏剑公司没有太大兴趣
A:
这听起来有点诙谐
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2016.04.26 07:28:56
Q:
老师，请问multwfn根据能画tddft的激发态和振子强度，画uv谱吗？
A:
能
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.04.26 17:25:51
Q:
opt=(calcall,ts,noeigen) b3lyp/6-31g(d) 优化至过渡态。
[图片]
这样的优化曲线，是不是没戏？
A:
再观望观望，同时结合优化轨迹判断
轨迹上看还往正确方向走就再跑跑
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2016.04.26 17:47:08
Q:
请问老师有没有go model的tutorial，刚开始做动力学，一头雾水啊
A:
no
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2016.04.26 18:14:23
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
报名人数已达112，离预定人数上限不远了。报名的尽快。
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2016.04.26 18:22:49
Q:
各位老师用oniom算qm/mm时电子总数算的是哪一部分？[图片]
图中375个电子数目和qm部分和mm部分或者总电子数都对应不上
A:
你看程序目前正在算哪部分，model还是real
默认情况下model部分会在边界加氢，影响电子数
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2016.04.26 18:30:21
Q:
就是这个是目前计算体系的电子数？
A:
一看体系便知
Q:
明白了那alpha 和betacharges 也是这样？
A:
什么意思？如果是alpha和beta电子数，根据体系也直接知道了
----------------------------------------------------
2016.04.26 18:32:25
Q:
请问multiwfn的激发态分析里的H index是什么指数，能显示什么关系。
A:
[图片]
H衡量的是hole和electron的弥散程度的平均值
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2016.04.26 18:33:15
Q:
谁用过Multiwfn做NCL了，或者有相关的文献给片谢谢；哦
A:
没有NCL这东西
如果是NCI，即曰RDG方法，看
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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2016.04.26 18:37:05
Q:
请教一下，在一个优化的好的结构下，然后再计算了频率，出现虚频我应该怎么去解决呢
[图片]
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
谢谢老师
老师，思想家公社我怎么进不去，之前收藏的一些贴在都不能进去了
[图片]
A:
计算化学的帖子在sobereva.com基本里都有
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2016.04.26 18:45:17
Q:
[图片] 老师这个反应速率系数计算的公式中，E和E0的含义，以及公式中分子的意义不是很明白？
A:
[图片]
[图片]
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2016.04.26 19:24:37
Q:
老师RRKM理论为单分子反应速率系数计算公式，是不是双分子反应就不能用了？
A:
对
Q:
我看讲义上有讲到碰撞理论的反应速率常数计算公式中，活化能只能由实验得到，那我们利用TST理论计算的结果是不是不能用阿伦尼乌斯公式？@Sobereva
A:
TST是理论计算k的方法，TST计算出k~t的关系来，然后可以用阿仑尼乌斯公式拟合
Q:
哦，是这样的，明白。那利用TST计算K是需要用到KisTheIP软件是吗？@Sobereva
A:
恩。
用这个也行
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
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2016.04.26 19:30:48
Q:
请问老师，bin 文件夹下的dircolors用vim 看是乱码，有什么办法能让它正常显示吗？
A:
不知道这是什么东西，如果是二进制文件，vim打开必然是乱码
Q:
这个文件不是关于系统文件夹显示颜色的设置吗？
A:
dircolors是个命令，用法man dircolors查看
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2016.04.26 19:39:56
Q:
分子间的电子转移怎么做
A:
若算转移速率用marcus理论，若算净转移量算原子电荷加和成片段电荷
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2016.04.26 19:57:40
Q:
老师，Multiwfn中可以分别作出，自旋向上和自旋向下的态密度图吗？[图片]就是像这样的，我找了一下说明书好像没找到
A:
直接做不了，导出曲线数据放origin里做就行了。
Q:
导出来的数据Y值不是都是正的吗，怎么把它分为自旋向上和向下两个方向？
A:
导出的beta数据在origin里乘上-1就完了
Q:
哎呀，我咋就没想到呢
谢谢老师
老师，那么从哪里可以判断出是alpha还是beta的数据？输出的数据里没有标记呢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.26 20:05:08
Q:
老师，利用高斯计算出的一些数据，为什么不直接带入TST反应速率常数的计算公式直接计算反应速率？我感觉我理解问题是不是反了，感觉您刚才跟我说的是利用K-T来求活化能和指前因子是吗？@Sobereva
是不是因为直接用过渡态能量减去反应物能量算出来的活化能太不准确？@Sobereva
A:
就是直接代到TST里
阿伦尼乌斯只是一套适合描述k-T关系的函数而已，不去拿已知的实验测出来的或理论算出来的k-T来拟合出其中的指前因子和活化能的话，其本身什么用也没有
Q:
这样对吗？TST能直接求出k，然后再利用阿伦尼乌斯公式拟合求出A？是这样理解得吗？@Sobereva
A:
对
----------------------------------------------------
2016.04.26 20:54:24
Q:
请教老师，单独优化的产物结构，用qst2方法找到了过渡态，但是产物的能量比过渡态能量高，这种情况是哪方面出错了呢？能量我直接看的是summary。
A:
要么数据弄错了，要么这个过渡态不是直接通向那个产物的过渡态，做个IRC验证下就知道了
Q:
那直接看summary可行吗？
A:
自行看输出文件最靠谱
Q:
不好意思老师。输出文件能量是看哪个？
A:
如果是DFT，且不是频率计算任务，读最末尾的HF=后面的值
Q:
[图片]是这个吗
A:
y
----------------------------------------------------
2016.04.26 23:53:32
Q:
[图片] 老师，关于RRKM的计算，我还是不太明白，您上午给我的那两张讲义，我看了。有个在线计算器，它需要输入临界能最大能，以及平衡结果和过渡态结构的振动频率。老师，您能看一下我发的图片，这些参数都具体指什么？
A:
那个在线计算RRKM的不好用，你用kisthelp来算
----------------------------------------------------
2016.04.26 23:59:56
Q:
我用gaussview修改out文件中的原子编号，可是无法保存为out文件，但我用Multiwfn算密度矩阵又需要用到修改后的out文件，请问有什么好的方法
请问有用Multiwfn算跃迁密度矩阵的过程吗？这是我的输入过程，可是不知道错哪了？启动Multiwfn——拖入fchk文件——18电子激发分析——2绘制跃迁密度矩阵——拖入out文件——1分析和显示电子空穴分布，转变偶极矩和跃迁密度——拖入out文件——1（提问：这里有40个转换模型，分析哪一个）——4形成和输出跃迁密度矩阵——n(提问：是否使跃迁密度矩阵对称）——拖入tdmat.tex，结果Multiwfn自动关闭了
A:
程序不会输出tex文件
载入.fch文件后，依次输入
4
18
1
载入激发态.out文件
选择态
4
y或n
就得到了tdmat.txt
然后你拖入tdmat.txt干嘛？程序没让你这么做。
----------------------------------------------------
2016.04.27 00:36:06
Q:
请教各位老师，在做完优化后搜索Symmetry关键词那些KE值是什么意思？[图片]
是不是数值越小，代表这个对称性的能量越低呢？
A:
相应不可约表示的轨道动能和
----------------------------------------------------
2016.04.27 02:05:43
Q:
老师，请问AIM2000在QTAIM computations方面的功能，Multiwfn也可以完成吧？
A:
能，比AIM2000还快得多得多得多
----------------------------------------------------
2016.04.27 03:32:24
Q:
sob老师，想问下如何将高斯的输出文件转化成turbomole的输入文件啊？[图片]
这个转化怎么弄啊？
A:
.xyz、.mol2是标准格式，不是turbomole特有的。.mol2用gview就能保存。.xyz格式很简单，你用gview保存成.gjf文件后稍微改一下格式就行了
----------------------------------------------------
2016.04.27 04:47:24
Q:
请教老师关于gromacs上的一个问题，我在一个由水和dmso分子里加上一个2.5ghz 10^9v/m的时变电场能在能量上体现出来吗
A:
不行，目前只能是恒定电场
每个时刻还是按静电场算，但是电场会随时间变化，会导致模拟出的体系运动特征和均匀电场时不同。
Q:
请问是不是加了交变电场后，体系的能量就会变化呀？
因为有人给我说就算加了交变电场，实际计算时也是分段按静电场来计算的，其实没多大影响
谢谢老师，那就是说能量并不会有太大的变化，应该分子受的力，和分子的速度会有比较明显的变化？因为这两个量是矢量？
那么，我的想法应该是可行的吗？有交变电场的情况体系的能量应该和静电场的不同，和不加电场的也不同
正常情况下电场强度是不会影响能量的，除非场强太大到了击穿介质的情况
A:
交变电场时体系能量是在不断变化的，没法说体系能量。
----------------------------------------------------
2016.04.27 05:17:28
Q:
sob老师，我算一个体系C3V对称性的能量比较低，但是在优化的过程中它会优化成C1对称性，并且在C1收敛。但是稳定构性要比初始构型C3V能量高？
求助：我算一个体系C3V对称性的能量比较低，但是在优化的过程中它会优化成C1对称性，并且在C1收敛。但是稳定构性要比初始构型C3V能量高？
但是慢慢变成C1
A:
你做做振动分析，看此时C1结构是否是极小点
----------------------------------------------------
2016.04.27 06:38:49
Q:
问下，gauss中所说的串行，是指进程数为1（nproc=1）吧？
也有种说法是串行是核数为1的情况
根本就不懂核数和进程的区别
[图片]
A:
nproc=1就是串行，只利用一个线程执行，不管你当前机子有多少个核。这1个线程可能会在不同核之间交替运行，但终究只有一个线程，只能等效利用1个核的运算能力，所以就是串行。
----------------------------------------------------
2016.04.27 06:40:00
Q:
老师，你是说用gview将算出的log文件保存成gif文件，再改一下格式吗？怎么改编成xyz啊？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.04.27 06:40:36
Q:
sob老师，请问我用PCM模型，高斯中选择是水溶剂，但实际上我的物种不溶于水，这样的计算是不是没有意义呢？
A:
那你为什么还要选水溶剂？
你可以算水下的，纯粹理论性地研究，只不过实际中不出现这种情况
Q:
我是用不溶于水的吸附剂吸附水中的离子
所以计算水环境对它的影响
A:
可以算
----------------------------------------------------
2016.04.27 06:45:23
Q:
sob老师您好，multiwfn可以导出pdb文件吗
A:
可以用主功能100里的选项2导出
----------------------------------------------------
2016.04.27 06:49:02
Q:
请教大家自由基反应后生成了ho2。优化后得到的o-o的键长只有1.35比文献中1.45的短一些。这个时候要换更大的机组试试吗？
A:
理论方法更关键，前提是基组已经足够大。
基组cc-pVTZ足矣
可以试试
Q:
老师。理论方法指的是反应机理？
A:
泛函、后HF方法等等
Q:
[图片]
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
----------------------------------------------------
2016.04.27 06:49:59
Q:
5.1以后的版本可以加交变场啦[图片]这样可以么
这个电场类似与电化学里加的电势吗？没用过..不清楚..
A:
是
电场=电势的导数
体系能量也会随时间变化的，因为不同时刻和电场的相互作用不同
Q:
我主要是想比较加交变电场和不加电场时，体系的能量变化，这应该可以的吧
A:
你可以把交变电场和不加电场时E(t)曲线绘制在一起
----------------------------------------------------
2016.04.27 06:55:49
Q:
请问如何才能画出这么好看的电子密度图
A:
VMD
例如此文第4节的例子
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
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2016.04.27 06:57:34
Q:
[图片]
这样一个分子用multwfn分析怎么样
open-shell
会不会太大了点，波函数是反铁磁耦合得到的
还没用过multiwfn，准备学习一下..
[图片]这样一个分子用multwfn分析怎么样
open-shell
会不会太大了点，波函数是反铁磁耦合得到的
还没用过multiwfn，准备学习一下..
基本上还是键级..这个分子在积累了H以后可以活化N2三重键..
就像看看积累H的过程中各种键级的变化
A:
Multiwfn分析这个没问题，不算大
而且看你用什么方法分析，有的分析方法计算量大，比如盆积分，有的小，比如计算Mayer键级
Mayer键级算这种体系，一般基组下也就几秒钟
Q:
希望不用反铁磁耦合得到的波函数不要影响键级结果..
主要担心这个..
不同反铁磁
还有多中心键结果..
我先学习，有问题再请教你sobereva
A:
没问题，可以用于开壳层
----------------------------------------------------
2016.04.27 07:04:06
Q:
vmd做轨道图一般isovalue 设多少比较合适
A:
0.02~0.05都可以，看情况
----------------------------------------------------
2016.04.27 07:28:51
Q:
请问Sobereva 老师，用gaussian计算动力学轨迹时，最后的6个收敛标准从前到后重要性依次降低呢还是同样重要？，还有，初始动能根据体系能垒设置吗？谢谢
A:
同样重要。初始动能取决于多方面，比如反应温度等
----------------------------------------------------
2016.04.27 07:33:59
Q:
请问老师，优至过渡态需不需要采取开壳层非限制性计算方法？
A:
初态是闭壳层的没必要用非限制性开壳层，通常TS依然是闭壳层的
----------------------------------------------------
2016.04.27 08:28:42
Q:
我想问一下做RGD是否需要做输入文件，我找高斯说明书没找着，是我看书不认真吗
我想问一下做RGD是否需要做输入文件，我找高斯说明书没找着，是我看书不认真吗[emoji]
A:
什么RGD？
Q:
RDG
[emoji]RDG
A:
高斯说明书里当然不可能提RDG，这要用Multiwfn来做
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
----------------------------------------------------
2016.04.27 08:29:02
Q:
Sob老师，在特定温度下算出来的TS,做BOMD也要考虑温度？温度与初使动能的设定有怎样的关系？
A:
考虑温度时就没有TS的概念。TS是在势能面上定义的。
----------------------------------------------------
2016.04.27 08:31:47
Q:
画过了，两条线有点相近，波动又很大，不好比较的说
A:
对曲线在origin等程序里做平均化然后比较
----------------------------------------------------
2016.04.27 16:58:50
Q:
[图片],老师好，我优化一个结构总是报错，报错原因是Number of steps exceeded，这个结构我是从IRC上才下来再做优化的，我试着把优化过程中的低能量结构取出来优化，总是出现能量震荡的情况，请问一下这种情况应该怎么解决？谢谢了
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2016.04.27 17:01:48
Q:
[图片]大家好，请问振动分辨光谱的输出文件中给出这个收敛度是为了说明什么呢？另外，紧接着那一行又是什么意思啊？有哪位能帮我解答下不，谢谢啦
A:
这是计算到了百分之多少，不用管
----------------------------------------------------
2016.04.27 17:10:22
Q:
我发现，转酯反应的历程中，势能最高处并不是成键断键的那个点，而是和SN2历程一样，势力最高处是在成键之后、构象反转的过程中。所以，转酯反应的过渡态，要在成键之后、构象反转的过程里去找。
并且，这个过渡态的虚频的振动位置和方向，就不再是反应坐标的伸缩振动。
[图片]
A:
irc=(maxpoints=20,recalc=4,calcfc)可以
不用IRCMax
----------------------------------------------------
2016.04.27 17:14:51
Q:
可以文献求助吗
不行啊
【链接】Hydrogenolysisofdiethyloxalateovercopper-basedcatalysts
能帮我下载吗
A:
求sci-hub.io能下文献一次，违规已记录，扣6分，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
----------------------------------------------------
2016.04.27 17:47:47
Q:
请问UHF得到的波函数是single determinant wavefunctions吗
我算的是五重态
A:
是
----------------------------------------------------
2016.04.27 18:00:12
Q:
请问用Multiwfn可以计算分子S1态某个基团上电荷数吗？是用Mulliken atomic transition charge计算吗？
请问如何计算某一个激发态，分子中各原子及其轨道所带电荷的绝对数值？
激发态计算是加上density pop=npa
A:
这跟跃迁电荷没关系。你获得对应激发态密度的.wfn文件，然后在Multiwfn里算Hirshfeld、ADCH、CHELPG等电荷就行了。
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2016.04.27 18:42:09
Q:
看文献看到这样的话语[图片]，请问是这样理解吗？溶剂化能=液相中计算的单点能-气相中的相互作用能
A:
对
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2016.04.27 19:03:14
Q:
sob老师，如果multiwfn技术AdNDP结果中没有显示两个原子之间的ON，是不是可以说这两个原子之间没有成键，如果两个原子之间的ON越接近2.00.是不是可以说明这两个原子之间的键越强？谢谢。
A:
这不是确切的标准。还是用键级、ELF等判断为宜，AdNDP占据数只是辅助的。实际上你只考察两个原子之间，用NBO就可以。
你选了隧道效应的计算才考虑隧道效应，看此文的例子
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
指前因子和活化能正是根据k与T的关系拟合出来的，哪能说某个温度下的活化能和指前因子
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2016.04.27 19:52:58
Q:
老师你昨天给我的反应速率常数计算表格和KipsTheIP软件是不是一个原理？
我知道这些理论，但是，那个计算反应速率的EXCEL的表里也是基于这些理论吧？
[图片]老师，是不是不建议用RRKM计算单分子反应?同样可以用TST理论来计算单分子的反应？
A:
相对于那个表格，kisthelp可以考虑VTST、eckart方式的隧道效应校正，以及RRKM。并且可以自动做阿仑尼乌斯公式拟合。
RRKM目的是算低压气相中的情况，在高压极限下，包括溶液中的情况，和TST结果是一致的。
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2016.04.27 20:37:45
Q:
请问高斯计算，几通路的效率比较好？[表情]
请问高斯计算，几通路的效率比较好？/抱拳
A:
什么叫通路？
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2016.04.27 21:36:03
Q:
有时候过渡态虚频太小了，IRC跑不动，这个过渡态能要吗？
频率在-50左右
A:
-50通常不是化学反应的过渡态的虚频。往往是数值精度不够导致的虚假虚频，或者分子柔性运动模式的虚频，一看动画就知道了。
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2016.04.28 00:03:10
Q:
求助:运用什么方法可以算CH3I中甲基和碘的轨道杂化呢，CDA可以吗
A:
说得不确切，如果是获得杂化原子轨道，用NBO。如果是研究甲基和碘的轨道的混合，可以用CDA。
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2016.04.28 00:29:08
Q:
gauss算NMR是怎么个步骤？溶剂是氘代水能算吗？
A:
优化结构，直接写NMR关键词。可以考虑溶剂，但考虑不了轻水和重水的区别。
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2016.04.28 00:37:04
Q:
请问下 multiwfn怎么安装linux 版本呢？
实在是找不到.bashrc文件。
谢啦，我试试
看了教程，还是不会装
[图片]
请问下multiwfn怎么安装linux 版本？[表情]
老师，那个rpm包怎么安装呢？http://motif.ics.com/motif/downloads 在这个网站下载下来后，他是一个有一个压缩包，没法安装的。
A:
这是你Linux基础不够的问题。安装方法在手册和你拿到的讲义上都写得很详细了。
rpm在CentOS/RHEL系统里双击就能安装，不会的话先google
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2016.04.28 01:04:17
Q:
sob 老师在计算分子里面含有I 然后用Multiwfn 计算deformation density maps 的时候I有的有些畸形 [图片] 不知道为什么会出现这样谢谢老师
A:
先确认你用的原子波函数文件对应的基组和你实际分子体系计算用的碘的基组是否一致。我也没看出有什么异常。
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2016.04.28 01:33:20
Q:
我看拉普拉斯分布的时候，MULTIWFN有没有只显示我想要的几个原子周围的分布，其他的原子不出现分布
A:
可以。如果你是指绘制平面图，关闭图像后选-9 Only plot the data around certain atoms
只有较新版本才有此功能
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2016.04.28 03:17:14
Q:
钟老师，我想请教个问题，评价分子二聚体稳定除了从能量角度出发，还有其他方法
A:
可以再跑跑动力学看稳定性。
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2016.04.28 05:06:17
Q:
下面的图显示不完整，坐标轴的范围怎么调？
A:
在设定格点的那一步设定延展距离，设一个比默认值更大的值。
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2016.04.28 05:16:52
Q:
[图片]sob老师在吗？
[图片] 我按照这个输入的出来的是这个
而例子却不是 [图片]
是不是我输错了什么
A:
例子没错，肯定是你输错了
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2016.04.28 05:22:11
Q:
gview能够在分子窗口用方形圈住一批原子，并且固定它们吗？
[图片]
比如，我选择了一批原子（黄色），能够一次性固定它们吗？
这些都需要手动修改gjf文件。不能在giew里改。
只能一个原子一个原子的冻住，不能批量冻住。
A:
[图片]
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2016.04.28 06:02:16
Q:
配一个高一点的，10000足够秒杀小型服务器
[表情] 能让我们了解一下8000能是个什么样的配置不
[表情]的确是这样，高配单机就电量也比较省
如果你想要更高的图形效果，加一个GPU
四核对于大部分量化计算也足够了
主板是技嘉的还是七彩虹的，还是用微星的
A:
华硕、技嘉、微星，是台湾三大主板老厂，质量都没问题。
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2016.04.28 06:07:57
Q:
主板是技嘉的还是七彩虹的，还是用微星的
A:
七彩虹就是神船那种档次
买他的你能省一两百块钱，一开始用着通常也没问题，但是日后会带来不安定因素
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2016.04.28 06:12:04
Q:
没有的，我最初发现这个情况之后每次都会把远程的文件清掉再提交，但有时候能算的下去，有时候不行。老师，请问怎么保留rwf文件？多谢@冰释之川
可是我现在每次都清掉了之前的文件再提交的，算不完一步就会这样@娃娃-首席卖萌官
那老师请问提交到服务器的怎么找scratch的文件呢？
A:
过渡态定位不准。int=ultrafine结合tight标准，或者calcall重新优化过渡态
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2016.04.28 06:34:02
Q:
[图片]
我的输入文件已经加了opt=cartesian的
[图片]
怎么还是显示在这错呢？
A:
去掉gdiis，否则无效
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2016.04.28 07:12:39
Q:
请问老师用高斯做完NTO分析，打开fchk文件new cube-Molecular obital-occupied-virtual判断so-s1的激发类型，比如40号向42号轨道跃迁占主导，在做NTO分析后的fchk文件和在优化后的fchk文件里看到的结果是一样的呀，那这样就不用做NTO了吧，老师我这样看轨道分析不对吧，应该怎样看NTO分析后的轨道激发类型呢，谢谢老师啦！
A:
你得用pop=saveNTO，这样通过chk文件看的轨道才是NTO轨道，否则里头的还是MO轨道。
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2016.04.28 12:34:11
Q:
Sobereva..真是好耐心啊..佩服佩服 ..
请教个问题..为什么现在算固体的CC程序还没有呢..
A:
1号群、论坛里还一堆问题没回完
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2016.04.28 12:34:11
Q:
看过一篇science的文章，里面有用CC算固体..但是我死活找不到
找不到CC程序..
A:
固体算耦合簇太困难了
一方面是常用的是平面波，没法按照一般量化方法来算。再者还有k点等其它问题。用原子中心基组的第一性原理程序，如crystal对应的cryscor，现在能算LMP2，但是算耦合簇还没法做。
Q:
MP2现在倒是常见..CP2K也能算..就是没有CC的
我读过一篇nature，里面用QMC，还有CCSD算固体..可是找不到他们的程序...额..
A:
这种高精尖研究大多都不公开代码，搞得神神秘秘
记得helgaker等人的science文章也是，研究极强磁场下H2成键，代码也没法公开获得
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