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标题: 求助：偏置势是什么，该如何理解？ [打印本页]

作者
Author: HuangYiF 时间: 2022-8-8 23:14
标题: 求助：偏置势是什么，该如何理解？
如题

作者
Author: chands 时间: 2022-8-8 23:23
本帖最后由 chands 于 2022-8-8 23:28 编辑

偏置势就是人为地在体系中加一项势能。假如体系原来的势能是V(X1, X2, ..., Xn...)，现在加一项V1(X1, X2, ..., Xn...)，使得总势能为Vtot= V + V1。
例如不想分子跑到某个地方去，就在这个地方加一项很高的势能，使得分子过不去。
增强采样也是加偏置势，比如伞型采样。【转载】杂谈自由能计算，PMF，伞形抽样，WHAM - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)

作者
Author: 八力八力卜 时间: 2024-8-28 17:29
请问老师，在MD模拟过程中我如果不加偏置势进行采样的话，在沿着反应路径SMD之后截取了足够的window的初始configuration，然后进行在每个window进行独立的MD。我感觉最后的结果是：势垒区域的概率密度就很低会接近于零最后得到的自由能值就是无穷高，那这样的话还是能够找到最低的自由能点呀，所以是不是不加偏置势也可以呢。

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