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标题: 对于有机大分子环状体系该使用势能面扫描过渡态初猜求助 [打印本页]

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Author: Chris——szk 时间: 2022-8-9 01:53
标题: 对于有机大分子环状体系该使用势能面扫描过渡态初猜求助
本帖最后由 Chris——szk 于 2022-8-9 01:56 编辑

各位老师好，想向各位老师请教一下像下面这样子的分子应该如何使用势能面扫描确定其过渡态初猜结构呢，反应是一个翻转过程，应该是不是一个基元反应，所以不太想打算用qst2去寻找过渡态，知道用势能面扫描可以确定一个分子的过渡态初猜结构，但是对于这样子的分子不知道该如何进行势能面扫面，希望各位老师不吝赐教，谢谢！

类似于像下面的这个反应过程应该如何通过势能面扫描寻找过渡态的初猜结构呢）：

作者
Author: sai77 时间: 2022-8-9 08:35
做过螺烯的消旋过渡态寻找，这类分子的过渡态基本都是你图上TS那个结构，所以直接在GaussView里构建就行了。
实在需要做势能面扫描，可以尝试旋转图里这根轴

上面那个大环分子不清楚，感觉也可以尝试扫旋转轴，不过可能需要同时扫对应的两根轴

作者
Author: Chris——szk 时间: 2022-8-9 09:55

sai77 发表于 2022-8-9 08:35
做过螺烯的消旋过渡态寻找，这类分子的过渡态基本都是你图上TS那个结构，所以直接在GaussView里构建就行了 ...

好的谢谢老师！最上面这个结构（优化好的结构）可以发您帮忙看一下嘛，谢谢老师！

作者
Author: QuantumicGuy 时间: 2022-8-9 14:22
对于helicene的过渡态搜索，我的做法一般是：
①先优化P/M结构；
②然后用Chem3D工具栏里的拖拽原子功能拖拽末端芳环原子构建过渡态结构初猜；（如P->M，如果分子没有对称性，那么末端芳环（假定为A, B片段）可能为：把A拽上来/把B摁下去两种）
③用Gaussian的TS搜索过渡态；（a. 并监测结构是否朝着合理的方向走，如果不合理，取某一帧较合理结构重算/重新构建过渡态初猜结构。b. 如果初猜没把握，先用便宜的级别算，然后取合理的一帧再用较高级别算。）
④检查虚频振动。

这种8字型的分子Jishan Wu课题组发过一篇可以参考一下：J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 15924–15929. 我记得SI里好像有相关的计算。

作者
Author: sai77 时间: 2022-8-9 14:30

Chris——szk 发表于 2022-8-9 09:55
好的谢谢老师！最上面这个结构（优化好的结构）可以发您帮忙看一下嘛，谢谢老师！

尝试扫了几次都没成功，暂时没什么头绪。
不过感觉翻转过程中NN键会断开，而且除了NN轴旋转，连带的所有的联芳基碳碳轴都要相应旋转，才能实现构型翻转，要扫描出初猜可能有点困难。
可以尝试直接建模，NN键打开，把所有碳碳轴旋转到近似平面的位置，看看能否找到过渡态

作者
Author: Chris——szk 时间: 2022-8-9 18:05

sai77 发表于 2022-8-9 14:30
尝试扫了几次都没成功，暂时没什么头绪。
不过感觉翻转过程中NN键会断开，而且除了NN轴旋转，连带的所有 ...

好的好的谢谢老师，我试试看）

作者
Author: Chris——szk 时间: 2022-8-9 18:05

QuantumicGuy 发表于 2022-8-9 14:22
对于helicene的过渡态搜索，我的做法一般是：
①先优化P/M结构；
②然后用Chem3D工具栏里的拖拽原子功能 ...

好的好的谢谢老师，我看看这篇文献先）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-10 07:17
这就是我培训里的例子

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Author: Chris——szk 时间: 2022-8-10 20:05

sobereva 发表于 2022-8-10 07:17
这就是我培训里的例子

谢谢社长！！

作者
Author: 欢乐多 时间: 2022-9-19 02:02

sobereva 发表于 2022-8-10 07:17
这就是我培训里的例子

卢老师您好，
按照您的方法，进行了二面角扫描（图1），分别扫描图2中两个二面角均可以实现了构型的翻转。
取最高点的结构进行过渡态搜索时，搜索到过渡态虚频只有-4.0左右。多次尝试不同的过渡态初猜，还是搜到同样的过渡态。
用IRC去验证过渡态，跑了两个点就停止了（图3），按照帖子http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html，尝试增大步长，1-500，甚至1000均不能跑出完整IRC，尝试不同泛函和基组也不起作用，而取IRC两端点分别优化之，就可以优化到相应的产物和反应物。
尝试downhill计算，也是跑两个点停止了，增大或减小步长，也跑不出完整的路径来。
肉眼看着过渡态挺合理的，只是跑不出完整的IRC来，卢老师，您来指点一下吧。
附件是其中的一个Gaussian的IRC输出文件。

谢谢！

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