计算化学公社

标题: 请问用PR压浴跑产生相无法达到目标压力怎么办？ [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-8-9 15:03
标题: 请问用PR压浴跑产生相无法达到目标压力怎么办？
本帖最后由高处裹棉被于 2022-8-9 15:04 编辑

各位老师好，我在跑一个超临界CO2+聚合物的体系，设置了2w原子左右的box，3000个CO2分子和四条聚合物链，盒子边长在9nm左右

对于平衡相我设置Berendsen压浴，tau_p=0.5，NPT系综跑了10ns后对密度，温度，压力，聚合物sasa进行分析，约3ns后趋于稳定，没有出现整体变化，

随后对产生相设置P-R压浴，tau_p=2.0，跑5ns后发现平均压力远偏离目标值，并且box出现忽大忽小的情况

将tau_p修改为4.0后仍旧出现平均压力偏离预设值，盒子剧烈波动的情况，而改小tau_p则直接出现LINCS报错

想请问各位老师该如何解决？可以用Berendsen压浴，保持tau_p不变，继续跑平衡相并作为产生相对其进行轨迹分析处理吗？

谢谢各位老师

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-8-9 18:18
最好不要用Berendsen，因为berendsen不是严格的NPT系综，除非是做正式模拟前的预平衡，或者想要研究的是非平衡的过程。参考手册Berendsen部分最后一段。
https://manual.gromacs.org/curre ... n-pressure-coupling
可以尝试继续增大时间常数，因为Parrinello-Rahman的时间常数一般需要设置为Berendsen的4-5倍。参考手册Parrinello-Rahman部分最后一段。
https://manual.gromacs.org/curre ... n-pressure-coupling

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-8-9 20:02
本帖最后由高处裹棉被于 2022-8-10 08:34 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-9 18:18
最好不要用Berendsen，因为berendsen不是严格的NPT系综，除非是做正式模拟前的预平衡，或者想要研究的是非 ...

谢谢老师，我继续加大PR压浴的时间常数tau_p到6，终于让平均压力达到预设值了，

想再追问下这样加大时间常数（已经到Berendsen压浴的12倍了）会对产生相的计算结果有影响吗？有必要再加大以减小RMSD,还是该减小寻找一个临界的tau_p值吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-10 06:53
不排除模拟有其它问题的可能，但光从压浴来说，可以考虑2021版开始加入的C-rescale，原理上比Berendsen和PR压浴都更好

有超临界CO2的体系一般建议NVT，取恰当的盒子尺寸以达到合适的压力。对可压缩系数较大的体系，一般的靠控压往往难以维持好盒子。

tau_p设大没有关系，本身PR压浴和Berendsen压浴的tau_p就没有可比性，而且关键看的是压力能平均维持的值，能达到控压的实际目的即可。

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-8-17 16:47
各位老师好，我最近依照sob老师的方法用NVT系综对该体系继续进行测试

我发现因为混合体系的密度未知，较难尽快设置出一个当前模拟条件的温度压力下所对应的初始盒子尺寸

我只有通过直接用上一步NPT平衡结果（Berendsen压浴）续跑NVT系综，才能维持合理的压强

想请问各位老师这一做法合理吗？

另外还想请问从NPT切换到NVT后是否还要继续跑一段时间平衡相再进行采样？

以及和先前PR压浴跑产生相（如果都能达到控压）相比，是否该体系NVT下得到的物理量更准确？

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