计算化学公社

标题: 求助：gromacs运行一段时间过后，计算速度显著下降 [打印本页]

作者
Author: Tttgb 时间: 2022-8-9 16:25
标题: 求助：gromacs运行一段时间过后，计算速度显著下降
任务提交的脚本如下：
#PBS -q core40
#PBS -l mem=30gb,walltime=1999:00:00,nodes=1:ppn=4
#HSCHED -s TEST
#PPN limit 4
cd /path/to/gromacs_test
gmx_mpi mdrun -deffnm md_0_1 -s md_0_10.tpr -cpi md_0_1.cpt -v

是否有人遇见过类似的问题呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-10 06:58
不用MPI而用thread_MPI+OpenMP方式并行再试。单节点并行强烈不建议用MPI并行

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