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标题: 关于伞形采样数据收集阶段参数设置的问题 [打印本页]

作者
Author: qq1020935287 时间: 2022-8-10 20:00
标题: 关于伞形采样数据收集阶段参数设置的问题
各位老师好，请问在伞形采样结束，对每个窗口完成弛豫后的MD阶段一般跑多长时间的盒子？我用一个分子从真空穿越油层、界面处直到水层，想算一下自由能变，但是最终的结果波动较大，如图所示8nm以后的均为水层，感觉起伏较大，现在设置过每个窗口1ns和5ns的MD阶段，结果波动都比较大，请问应该怎么降低这种波动？降低窗口间隔还是继续增大MD采样时间？请各位老师指导！

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-8-11 14:43
只看这个图似乎没有问题，如果你认为6nm到7nm之间的波动是不正常的，可以取6nm和7nm处的构象开始模拟，看看会不会向6.5nm变化。

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