计算化学公社

标题: ORCA给出的提示中OnDisk storage和InCore storage是啥意思 [打印本页]

作者
Author: 413 时间: 2022-8-10 21:40
标题: ORCA给出的提示中OnDisk storage和InCore storage是啥意思
各位专家，今天orca给出了一个提示信息
请问OnDisk storage和InCore storage是啥意思？

Error (ORCA_SCFHESS): Available memory of 6000 MB is insufficient!
-------> Increase MaxCore to 6749 MB for OnDisk storage
- or - 57345 MB for InCore storage

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-10 22:23
OnDisk storage 临时数据写硬盘上，所需内存没那么多。
InCore storage 临时数据写内存里，所需内存较多。

作者
Author: 413 时间: 2022-8-10 22:32

zjxitcc 发表于 2022-8-10 22:23
OnDisk storage 临时数据写硬盘上，所需内存没那么多。
InCore storage 临时数据写内存里，所需内存较多。

这样的啊
谢谢

作者
Author: 413 时间: 2022-8-11 19:53

zjxitcc 发表于 2022-8-10 22:23
OnDisk storage 临时数据写硬盘上，所需内存没那么多。
InCore storage 临时数据写内存里，所需内存较多。

请教下，如何指定临时数据写在硬盘呢

内存条不太够了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-11 21:43

413 发表于 2022-8-11 19:53
请教下，如何指定临时数据写在硬盘呢

内存条不太够了

按照提示，你只需要把MaxCore增大到6749 MB即可（比这略大一些较好）。如果你内存不够用，可以减少核数，这样能保证每核内存（即MaxCore）足够。如果你要DLPNO-CCSD(T)算蛋白质，那另说

作者
Author: 413 时间: 2022-8-11 21:48

zjxitcc 发表于 2022-8-11 21:43
按照提示，你只需要把MaxCore增大到6749 MB即可（比这略大一些较好）。如果你内存不够用，可以减少核数， ...

谢谢大佬

我试下减小核数

作者
Author: KSeGaSn 时间: 2023-12-6 17:50

zjxitcc 发表于 2022-8-11 21:43
按照提示，你只需要把MaxCore增大到6749 MB即可（比这略大一些较好）。如果你内存不够用，可以减少核数， ...

老师您好，我在超算上进行ORCA频率任务的计算，136原子/UKS 一路加到了20G/核都会在Response fock operator R(S(x))这一步报错，根据超算提示我一直认为是内存不够，但是今天跑了一下DryRun的任务，输出结果是：
ORCA_SCFHESS: DryRun results:
-----------------------------
Memory available                ...       4000 MB
Memory needed for OnDisk batching  ...       454 MB
Memory needed for InCore handling  ...       18858 MB
那是不是我给4G/核也是充分可用了呢？但依然还是进行不下去。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-12-6 19:13
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-12-6 19:14 编辑

KSeGaSn 发表于 2023-12-6 17:50
老师您好，我在超算上进行ORCA频率任务的计算，136原子/UKS 一路加到了20G/核都会在Response fock operat ...

（1）交待计算级别（完整说清楚方法、基组、溶剂模型等信息，比如不要随意地以6-311g代替6-311G(d,p)）
（2）计算节点有多少核？可用内存有多少GB？
（3）展示报错信息的截图。

作者
Author: KSeGaSn 时间: 2023-12-6 21:31

zjxitcc 发表于 2023-12-6 19:13
（1）交待计算级别（完整说清楚方法、基组、溶剂模型等信息，比如不要随意地以6-311g代替6-311G(d,p)）
...

不好意思老师
1. 我的计算是ZORA/ZORA-def2-SV(P)/SARC-ZORA-TZVP的水平上进行该分子T1激发态的freq的运算（目的是用在ESD中，以UKS方法进行），无溶剂模型的使用。
2. 我提交的计算节点是128核/512G，我提交freq任务是18核，每核8G，向节点通过#SBATCH --mem=160000来指定160G的内存，正好留下大概10%。如果不指定内存、只在脚本中申请更多核来提升可用内存量（超算管理员说的方法，按4G/核，实际用超过4G/核的内存就#SBATCH -n更多核）的话会更快的报错。

3. 实际报错信息如下。 (, 下载次数 Times of downloads: 9) (, 下载次数 Times of downloads: 5)
谢谢老师！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-12-6 21:48

KSeGaSn 发表于 2023-12-6 21:31
不好意思老师
1. 我的计算是ZORA/ZORA-def2-SV(P)/SARC-ZORA-TZVP的水平上进行该分子T1激发态的freq的运 ...

那你为什么不这么设置：18核，每核给20G，#SBATCH --mem=370G
或者这么设置：24核，每核给20G，#SBATCH --mem=500G

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