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标题: 凝胶体系离子传输模拟问题 [打印本页]

作者
Author: zzk 时间: 2022-8-11 00:22
标题: 凝胶体系离子传输模拟问题
我用GAFF力场跑凝胶体系的分子动力学，体系大概是这样的，但是这样子密度也不可能达到凝胶的密度，如果我想模拟凝胶里面离子传输的行为，我需要npt的过程中加压吗，加多少合适呢，凝胶的密度大概在30g/cm^3左右，我体系中有聚合物，水，有机小分子和离子

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-8-11 03:48
30g/cm^3的凝胶是啥做的。。。。
比饿晶体还大

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-11 05:07
显然得用NPT
压力和实际环境一致

作者
Author: zzk 时间: 2022-8-11 09:12

sobereva 发表于 2022-8-11 05:07
显然得用NPT
压力和实际环境一致

老师您好，可是压力与实际环境也就是大气压一致没法让体系达到想要的密度，这样子去分析里面的离子传输现象可以得到想要的结果吗

作者
Author: chengsq 时间: 2022-8-11 16:20
老师您好，我也想请教一下分子动力学模拟凝胶体系时怎么控制密度

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-12 06:33

zzk 发表于 2022-8-11 09:12
老师您好，可是压力与实际环境也就是大气压一致没法让体系达到想要的密度，这样子去分析里面的离子传输现 ...

很可能是模型或者力场等因素有问题所致。
诸如力场很差，就是低估密度，然后你故意用很大的气压让密度和实际一致，明显说不通，审稿人肯定会质疑

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-12 06:34

chengsq 发表于 2022-8-11 16:20
老师您好，我也想请教一下分子动力学模拟凝胶体系时怎么控制密度

用压浴

作者
Author: bobosiji 时间: 2022-8-12 09:37

sobereva 发表于 2022-8-12 06:33
很可能是模型或者力场等因素有问题所致。
诸如力场很差，就是低估密度，然后你故意用很大的气压让密度和 ...

根据实验密度，整个模拟盒子，往里填相应数量的凝胶分子，然后跑nvt可否？

作者
Author: zzk 时间: 2022-8-12 11:19

sobereva 发表于 2022-8-12 06:33
很可能是模型或者力场等因素有问题所致。
诸如力场很差，就是低估密度，然后你故意用很大的气压让密度和 ...

是的老师，我用的是GAFF力场。步骤是按照比例往盒子里面塞分子，如果盒子太小，gmx insert-molecules就插不进分子，所以一开始的盒子比较大，然后跑NPT。跑完后得到的密度确实达不到凝胶的密度。
1.请问如果我密度没有达到凝胶的密度，这个体系还能用来描述离子在凝胶体系中的运动情况嘛？
2.如果不能描述，有没有更适合的力场推荐呢？
3.能不能跑NVT系综，往盒子里面塞很多分子让他密度达到凝胶的密度，然后统计离子的运动情况

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-17 18:00

zzk 发表于 2022-8-12 11:19
是的老师，我用的是GAFF力场。步骤是按照比例往盒子里面塞分子，如果盒子太小，gmx insert-molecules就插 ...

1 如果差得太多，可能会被质疑
2 看像样的文献里用什么力场

体系达到平衡前别用PR压浴
注意监控计算过程中密度的变化

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