计算化学公社

标题: gromacs如何计算某个区域内的氢键寿命 [打印本页]

作者
Author: iamthezhao 时间: 2022-8-11 21:08
标题: gromacs如何计算某个区域内的氢键寿命
我需要统计体系里不同位置的水的氢键寿命，比如按Z方向每1nm切分为一个块，想计算这个块内的水分子的氢键寿命。
现在是先用gmx select选出这个块内的原子，然后再直接用gmx hbond -f prd.xtc -s prd.tpr -life -n 0.5-1.5.ndx计算，这样计算出来的氢键寿命正确的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-12 07:15
水会自发扩散，统计的时间区间内可能明显移动到别处去，所以这种方法不理想（除非不会明显有我说的这种情况出现）

作者
Author: iamthezhao 时间: 2022-8-12 10:57

sobereva 发表于 2022-8-12 07:15
水会自发扩散，统计的时间区间内可能明显移动到别处去，所以这种方法不理想（除非不会明显有我说的这种情况 ...

好的，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)