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标题: gromacs该如何实现制冷剂冷凝 [打印本页]

作者
Author: Reisende 时间: 2022-8-12 21:57
标题: gromacs该如何实现制冷剂冷凝
本帖最后由 Reisende 于 2023-2-17 22:52 编辑

如题，请教各位老师，在跑完nvt与npt，体系达到平衡（如图一）之后，该如何设置，来实现制冷剂的冷凝，让分散的分子凝聚在一起呢，之前用的是在npt里面插入退火进行降低温度的方法，但是只有密度随温度慢慢变化，没有得到密度突变的点（如图二和图三），试了好久了还是不知道该如何解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-15 07:20
如果你想观察到的是在保持盒子不变的情况下，在低温下分散的分子逐渐聚集起来，就用NVT模拟，让参考温度不断降低就完了，在热运动弱的情况下靠分子间相互作用自然分子最终会聚在一起（前提是cutoff不能太小）
问题要交代具体，"npt退火"都不知道你具体怎么做的

作者
Author: Reisende 时间: 2022-8-18 22:11

sobereva 发表于 2022-8-15 07:20
如果你想观察到的是在保持盒子不变的情况下，在低温下分散的分子逐渐聚集起来，就用NVT模拟，让参考温度不 ...

谢谢老师，提问已修改。
然后想请问一下，那个cutoff不能太小是什么意思呢？能麻烦您帮我看看我的nvt.mdp与npt.mdp，看看有没有啥设置错误。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-19 12:28

Reisende 发表于 2022-8-18 22:11
谢谢老师，提问已修改。
然后想请问一下，那个cutoff不能太小是什么意思呢？能麻烦您帮我看看我的nvt.md ...

非键相互作用的截断半径

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