计算化学公社

标题: 计算二聚体结构相互作用能时是否考虑D3矫正？ [打印本页]

作者
Author: phosphorescence 时间: 2022-8-15 08:43
标题: 计算二聚体结构相互作用能时是否考虑D3矫正？
各位老师好，我使用QM/MM方法模拟了固相中分子的磷光性质，将中心分子设为QM区域作优化，环境分子设为MM区域。并参考使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算的帖子(http://sobereva.com/526)，将中心分子和周围分子当成二聚体，分析了二聚体之间的相互作用能。现在审稿人问选择二聚体的结构是否已经通过QM/MM方法优化，并且计算相应的相互作用能时是否考虑了D3矫正。关于审稿人的意见，想请问各位老师，是否需要在一开始就将不同的二聚体用QM的方法优化？以及二聚体间相互作用时怎么考虑D3矫正？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-8-15 09:21
看最后一段的红字
http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-8-15 09:45

牧生发表于 2022-8-15 09:21
看最后一段的红字
http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

他这个是做SAPT能量分解计算，应该不用再额外考虑DFT-D3色散校正了吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-15 19:58
SAPT方式算弱相互作用能不需要D3校正（虽然也有刻意用类似D3校正的方式代替直接计算的色散作用来节约SAPT时间的方法，但非主流）

作者
Author: phosphorescence 时间: 2022-8-16 08:36

sobereva 发表于 2022-8-15 19:58
SAPT方式算弱相互作用能不需要D3校正（虽然也有刻意用类似D3校正的方式代替直接计算的色散作用来节约SAPT时 ...

作者
Author: phosphorescence 时间: 2022-8-16 10:35
本帖最后由 phosphorescence 于 2022-8-16 10:36 编辑

sobereva 发表于 2022-8-15 19:58
SAPT方式算弱相互作用能不需要D3校正（虽然也有刻意用类似D3校正的方式代替直接计算的色散作用来节约SAPT时 ...

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-17 17:47

phosphorescence 发表于 2022-8-16 10:35
**** 本内容被作者隐藏 ****

不能把其它分子当背景电荷，否则优化时根本没法描述QM原子和背景电荷描述的原子间的范德华作用对结构的影响。Gaussian里必须用ONIOM(QM:MM)优化，下文说了
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579（http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html）

SAPT是那样

作者
Author: phosphorescence 时间: 2022-8-17 21:24

sobereva 发表于 2022-8-17 17:47
不能把其它分子当背景电荷，否则优化时根本没法描述QM原子和背景电荷描述的原子间的范德华作用对结构的影 ...

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-18 06:52

phosphorescence 发表于 2022-8-17 21:24
**** 本内容被作者隐藏 ****

如果之前的结构不是理想的，诸如不是高解析度的晶体结构里抠出来的（而且氢原子位置已经合理），就优化

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)