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标题: 请问氢键对称代码可以通过什么软件得到？ [打印本页]

作者
Author: UTM 时间: 2022-8-17 14:50
标题: 请问氢键对称代码可以通过什么软件得到？
如题，晶体结构中的氢键对称代码（比如-x,1-y,-z）是说明什么的？该怎么得到？

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2022-8-17 15:08
本帖最后由 ChrisZheng 于 2022-8-17 15:10 编辑

解晶体的软件可以得到比如SHELXL https://shelx.uni-goettingen.de/ 的HTAB可以生成氢键的对称操作 https://shelx.uni-goettingen.de/shelxl_html.php#HTAB
晶体可视化软件可以从CIF里读取对称操作比如Mecury (Display -> More Information -> Atom List Symm. op.)
基于晶体结构的结构验证软件可以生成最有代表性的是platon http://www.platonsoft.nl/platon/

作者
Author: UTM 时间: 2022-8-18 02:14

ChrisZheng 发表于 2022-8-17 15:08
解晶体的软件可以得到比如SHELXL https://shelx.uni-goettingen.de/ 的HTAB可以生成氢键的对称操作 https: ...

好的，谢谢！
请问对称代码能说明什么呢？为什么有的氢键有有的没有？

作者
Author: ChrisZheng 时间: 2022-8-19 17:34

UTM 发表于 2022-8-18 02:14
好的，谢谢！
请问对称代码能说明什么呢？为什么有的氢键有有的没有？

a) 对称操作代码是表示晶体里重复结构的方式

b) 晶体结构画图可以分为两类一类展示不对称单元一类展示超分子结构

比如一个晶体是通过氢键结合到一起的二聚体不对称单元包含组成二聚体的两个完整的分子那么只画不对称单元氢键就没有对称操作因为这种情况的对称操作就是x, y, z

而如果两个分子其中一个是反演对称出来的画超分子结构的时候氢键可能是 O-H...Oi i对称操作是-x, -y, -z

作者
Author: UTM 时间: 2022-8-19 21:52

ChrisZheng 发表于 2022-8-19 17:34
a) 对称操作代码是表示晶体里重复结构的方式

b) 晶体结构画图可以分为两类一类展示不对称单元一类展 ...

哦哦好的，谢谢老师

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