计算化学公社

标题: 已解决：轨迹调整后结构不在盒子中心 [打印本页]

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作者
Author: wyfgg    时间: 2022-8-17 20:01
标题: 已解决：轨迹调整后结构不在盒子中心


各位老师好，我对表面活性剂的体系进行了100ns的模拟，并采用以下命令输出了xtc轨迹

1. gmx trjconv -s md1.tpr -f md1.xtc -n index2.ndx -o md1n.xtc -pbc mol -center
   

复制代码

结果发现在早期整个目标结构还在盒子中央，在模拟后期，目标结构已经偏移。计算得到的Rg也很奇怪

请问这种结构偏移的情况如何解决呢？

检索论坛发现这篇帖子gmx trjconv 处理轨迹遇到问题求助，其中社长提到处理掉后边的轨迹，是不是相当于只计算一部分Rg，比如0-50ns？

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作者
Author: sobereva    时间: 2022-8-18 11:26
光写个-center起不到作用。得先结合-pbc cluster处理，让特定部分保持完整，之后的trjconv才能-center然后选这个组使之居中

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作者
Author: wyfgg    时间: 2022-9-20 16:06

sobereva 发表于 2022-8-18 11:26
光写个-center起不到作用。得先结合-pbc cluster处理，让特定部分保持完整，之后的trjconv才能-center然后 ...

非常感谢Sob老师的解答，之前忙着做动物实验，最近才有时间处理。按照Sob的指导，我先用

1. gmx trjconv -s md1.tpr -f md.xtc -n index.ndx -o md1.xtc -pbc cluster -center
   

复制代码

将目标分子固定在盒子的中心，这个时候发现导出的轨迹除了目标分子之外，全部都是碎的
之后在cluster获得的轨迹的基础上，采用

1. gmx trjconv -s md1.tpr -f md1.xtc -n index.ndx -o md2.xtc -pbc mol -center
   

复制代码

将所有的原子调整，最终得到了完整的轨迹
再次感谢Sob老师！

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