计算化学公社

标题: 第11届北京科音分子动力学与GROMACS培训班获得圆满成功！ [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-18 09:18
标题: 第11届北京科音分子动力学与GROMACS培训班获得圆满成功！

第11届北京科音分子动力学与GROMACS培训班获得圆满成功！

2022年8月18日

北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com ）连同北京科韵科技发展中心于2022年8月13日至16日在北京冠京饭店成功举办了“第11届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”，本培训由北京科音自然科学研究中心主任卢天讲授。从2015年起，北京科音已举办了40多期质量很高且费用良心的计算化学培训，在我国计算化学领域内获得了非常好的口碑和很高的关注度，累计参加人数超过6000人，培训的回顾和学员发表的感想可参见http://bbs.keinsci.com/forum-43-1.html。本次“第11届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”的报名情况同北京科音举办的历届培训一样火爆，培训正式通知于2022年7月27日中午12点整在北京科音官网、非常知名的计算化学论坛“计算化学公社”（http://bbs.keinsci.com）和非常活跃、十分专业的共9000人的计算化学QQ交流群“思想家公社”（18616395、466017436、764390338）发布后不到5分钟即报满现场名额。

由于有关部门对COVID-19疫情期间会议规模的限制，现场名额很有限，本次培训的近一半学员以不到现场方式学习。参加本次培训的学员共176人，到现场参加93人，其它不便到现场的83名学员通过快递寄送的印有培训用的全部约1600页ppt的讲义+听全程现场录音+看10个小时补充视频（对应“第五天”的课程）+线上答疑方式学习。值得一提的是，COVID-19疫情完全没有对本次培训的现场举办造成任何不良影响，而且为了保证培训期间学员健康的绝对安全，在培训过程中我们要求所有学员全程佩戴口罩，只接受低风险地区的学员到现场参加。

本次学员来自全国各地高校，如清华、北大、中科大、南大、西安交大、山大、上交大、南开、川大、天大、浙大、武大、兰大、吉大、厦大、北科大、国科大、北航、中南、中山、哈工大，等等；也有很多来自研究院所，如中科院上海有机所/化学所/工程所/深圳先进技术研究院、中国中医科学院中药所、石油化工科学研究院、国家纳米科学中心、中国环境科学研究院，等等。还有大陆以外的单位的学员参加，他们来自加州大学洛杉矶分校/伯克利分校/戴维斯分校、柏林洪堡大学、新加坡国立大学、纽卡斯尔大学、香港城市大学、北亚利桑那州立大学、曼切斯特大学。另外，也有少量学员来自与材料、生物和药物有关的企业单位，如武汉睿健医药科技、烟台显华光电材料研究院、弈柯莱生物科技、广东迪美生物技术、上海翰森生物、传化精细化工、吉林奥来德光电材料等。

北京科音的培训一直以来都以信息量极大、信息密度极高而著称。本届四天共32课时的培训安排得极其紧凑，内容丰富，强度非常大，每天上午3个小时+下午5个小时的课程中连一次课间休息时间都没有，为了尽可能多讲，每天下午实际下课时间还比预定的晚一些。由于培训的信息量实在太大导致在4天的现场培训中不可能全讲完，因此我们还向学员提供了多达约10个小时的补充视频讲解剩余内容，相当于“第5天”的课程。

本次培训中由讲授者卢老师精心制作的幻灯片总量多达约1600页。虽然培训发给了学员印有所有这些幻灯片的讲义，而且幻灯片上的内容非常详细，在课上卢老师还即兴添加了很多额外内容，争取令学员能学到更多，并且尽力把幻灯片上的内容解释得易于理解。

紧密的四天的现场培训结束后，卢老师紧接着又在培训专门的QQ群里花了大量时间详细耐心认真地解答了学员们在听课中产生的各种疑问以及平时研究当中遇到的各种问题。

本次培训的专用QQ群会在培训结束后的半个月后解散，然而在培训群解散后，学员们的问题还会由讲授者卢老师继续在计算化学公社论坛（http://bbs.keinsci.com）和专门讨论计算化学的9000人的思想家公社QQ群中进行的无限期的义务解答。

北京科音分子动力学与GROMACS培训班简介：培训讲授内容的详细介绍参看http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html，页面会随着培训内容的不懈的改进和扩充而不断更新。此培训既非常详细讲授分子动力学的各种相关的理论知识、深入全面介绍GROMACS程序的使用，也详解VMD、Packmol以及许多讲授者自编的大量相关脚本和程序的使用（如Sobtop、Multiwfn、ba2r、genmixmem）。此培训既适合分子动力学初学者，使他们回去立刻能上手开展研究，也适合已有多年研究经验的分子动力学研究者查缺补漏、获得更多模拟技巧、掌握更多类型体系的模拟方法。本培训特别注重知识的系统性、全面性、完整性，考虑到不同类型体系、不同问题模拟的要点和流程差异较大，本培训把常见的模拟体系和常见的研究问题几乎全部囊括，一一进行了细致的讲解和演示、给出了大量例子，并且传授了诸多相关研究经验和技巧。学员在充分领悟所讲内容后稍加变通、举一反三，就能对于各种实际情况应对自如，不仅会跑模拟还知道怎么进行深入的分析。相反，目前社会上许多完全以盈利为目的的计算化学培训净是一些零散例子东拼西凑而成，结构凌乱，严重缺乏系统性、深度、信息量和含金量，参加者只能学到一些皮毛、对相关概念和程序使用只能做到一知半解。值得一提的是，北京科音分子动力学与GROMACS培训班不仅对于GROMACS使用者是极为宝贵的学习机会，AMBER、NAMD、Lammps等其它分子动力学模拟程序的使用者的水平在此次课程中也能得到很大提高，因为相关模拟理论、各种问题模拟的背景知识、分析方法、可视化程序的使用在很大程度上都是共通的。

“北京科音分子动力学与GROMACS培训班”每年都会开办约2次，从而不断令更多科研工作者能顺利踏入分子动力学研究的大门、提高分子动力学研究水平，推动我国计算化学事业的整体进步。下一届（第11届）本系列培训的举办时间预计于2023年1月。另外，北京科音即将于2022年9月3~8日举办“第11届基础（中级）量子化学培训班”，报名将于8月19日开始，预告见http://bbs.keinsci.com/thread-31517-1-1.html，非常欢迎关注和参加。

北京科音所有培训的报名时间都会在培训开始前一个月左右在北京科音官网（http://www.keinsci.com）的首页预告，与培训有关的各种常见问题请参阅《北京科音办的培训班FAQ》（http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html）。同时非常欢迎关注“北京科音”微信公众号以接收北京科音未来举办的培训的预告和提醒，避免错过报名机会。

本次培训的现场照片：
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培训中卢老师的讲解使学员们受益很多。在培训最后一天结束后，有大量学员向卢老师索取签名。

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作者
Author: 小范范1989 时间: 2022-8-18 09:43
前段时间写一个申请材料。里面涉及到MD模拟计算的研究基础，当时写了课题组的老师和学生都参加过卢天老师举办的北京科音分子动力学与GROMACS 培训班（确实都参加过），系统掌握了MD 模拟的理论基础和计算流程，并开展了一系列研究工作.....。专家们都很认可。
PS: 不过有一个问题一直困扰，sob老师工作强度这么大，这个发量如何保持的？我尝试了很多方法，偏方也用过，为啥还是快发展成地中海发型了。

作者
Author: sobfans 时间: 2022-8-18 09:44
辛苦老师！非常精彩！收获满满！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-18 09:50

小范范1989 发表于 2022-8-18 09:43
前段时间写一个申请材料。里面涉及到MD模拟计算的研究基础，当时写了课题组的老师和学生都参加过卢天老师举 ...

也许是我的时间相对自由，有足够休息时间，也可能是日常大量接触二次元的缘故

作者
Author: lhx-xwzj 时间: 2022-8-18 09:52
参加完去年的初级量化班后就决定自费参加后面的初级分子动力学班，如愿以偿了。讲的内容真的太丰富了，卢老师像个铁人一样完全不给反应时间

，现在正在看第二遍前面的基础知识。感觉不管是量化还是分子动力学卢老师都能面面俱到的过一遍，能把所有知识串起来。之前从未做过分子动力学，刚开始听前面的一些东西完全不懂，后面做一些例子慢慢就能掌握了，总之感谢卢老师。后面有空一定再参加第一性原理培训班，争取把所有初级班都学习一下

，唯一的遗憾是没能赶上和卢老师的合影

作者
Author: chands 时间: 2022-8-18 10:13

sobereva 发表于 2022-8-18 09:50
也许是我的时间相对自由，有足够休息时间，也可能是日常大量接触二次元的缘故

sob老师的黑衣服是否与二次元有关？

作者
Author: zzffzz33 时间: 2022-8-18 10:38
不虚此行，卢老师定力了得，内容非常丰富，需要自己慢慢消化，非常期待下次能够继续参加（ps：不管什么班，无脑报就行了，都会收获很大）

作者
Author: wanghaoyu 时间: 2022-8-18 10:43
学习过程中觉得卢老师讲的真的面面俱到，更佩服卢老师的精力，听课的人都扛不住了卢老师作为主讲人在台上一直讲解原理+演示，毫无倦意，实在是高强度！是一个很好的入门机会，但是如果能涉及到一些自由能计算理论就更好了，目前来看这部分似乎是加在了高级班里面？但是高级班也太遥远了

，希望有机会把卢老师的课全部打卡。确实学习到很多，还需要自己慢慢回去琢磨复习～

作者
Author: wanghaoyu 时间: 2022-8-18 10:45
参加过初级量化班，当时收获很大，可以说给我一个不知道如何入门的小白很多的帮助和信息。
这次又参加了初级动力学模拟班级，同样收获不小，但是希望卢老师能更多的讲解一下理论知识，个人对这部分非常感兴趣，觉得卢老师讲解的又透彻。
期待高级动力学班，就是感觉要等很久才能推出～

最后膜拜卢老师的精力.... 一瓶水、一台电脑、一身黑衣，上午3h下午5h中间不下课，连续高强度授课实在是牛。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-18 11:05

wanghaoyu 发表于 2022-8-18 10:45
参加过初级量化班，当时收获很大，可以说给我一个不知道如何入门的小白很多的帮助和信息。
这次又参加了初 ...

这不是“初级班”。动力学培训没有初级班。当前的培训很多内容都已经属于中级的范畴，诸如VMD tcl脚本编写
理论知识已经讲得很多了，对于实际做分子动力学模拟已经完全够用了。大多数人参加是以应用、解决实际问题为主，所以纯理论知识、背景知识部分不能超过1/3。培训最后的“分子动力学模拟的相关书籍”提供的书单专供希望更多了解分子模拟理论知识的人阅读。有了课上讲的理论知识作为铺垫，再阅读那些书也就不会云里雾里了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-18 11:07

wanghaoyu 发表于 2022-8-18 10:43
学习过程中觉得卢老师讲的真的面面俱到，更佩服卢老师的精力，听课的人都扛不住了卢老师作为主讲人在台上一 ...

培训最后的高级班预告里说了，各种方式的自由能计算（MMPBSA、MMGBSA、TI、FEP、metadynamics等）是高级班内容

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-18 11:09

chands 发表于 2022-8-18 10:13
sob老师的黑衣服是否与二次元有关？

无关
随便穿的
实际上家里有很多二次元相关的衣服

作者
Author: heather雅 时间: 2022-8-18 11:28
Sob老师非常敬业，输出知识很丰富，本人上过初级量子化学和初级分子动力学模拟的班，收获颇丰。未来需要细嚼慢咽这些知识，希望来年能够继续上中级班和高级班。

作者
Author: anson 时间: 2022-8-18 11:30
这次的gmx培训班内容太充实太满了（估计得花一年半载来消化x），4天的线下课程真的是全靠功能饮料续命，再次真心佩服sob老师的喉咙和肝

这两天再次复习讲义和观看补充视频，感觉对很多东西都有了更深一层的了解，很多以前想不明白的问题都能在讲义和公社帖子里找到思路，真的收获满满。强烈推荐需要做分子动力学模拟的朋友都来参加一下培训，对于入门初学还是进阶学习者来说都是一个极好的自我提升机会！

作者
Author: zjwshr 时间: 2022-8-18 20:29
平时做研究就经常查阅卢老师的博文，去年报的第10届由于疫情转到这次第11届，听完之后收获很大，内容非常丰富，软件的具体操作细节也都列出来，对于我这种新手来说非常友好，但估计要花很多时间来消化这些知识。另外非常佩服卢老师的精力，我靠着上午和下午各一杯咖啡才勉强顶住，希望未来有机会把卢老师的课都刷一遍。

作者
Author: TyDRfan 时间: 2022-8-18 22:43
在经历了本次培训后，可以用醍醐灌顶来形容！Sob老师专业且系统地讲解了分子动力学模拟计算的理论知识，并以GROMACS（包含但不限于）程序为主体，讲述了分子动力学模拟思路、模拟方法，并结合VMD等对计算化学科研制图及数据后续的处理分析进行了详细教学，对于我一个计算化学新手来说十分友好，收获巨大！本次培训内容极为丰富，在课后仍需很长一段时间进行复习、消化、实操。对之前自己稀里糊涂的模拟经历有了深刻反思并加深了理解，同时使之后的模拟过程有了清晰的思路，再次真心感谢Sob老师！！！！！

作者
Author: test521 时间: 2022-9-14 14:45
佩服卢老师的精力

作者
Author: mol 时间: 2022-9-25 09:52
期待高级班赶快上
另外卢老师现在培训班用的gmx是哪个版本呀

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-26 05:22

mol 发表于 2022-9-25 09:52
期待高级班赶快上
另外卢老师现在培训班用的gmx是哪个版本呀

2018.8。后来的版本不断砍功能，对编译器版本要求不断提升，除了追求GPU加速性外没有太大更到更新版本的意义。
最新版本相对于2018.8所做的所有相对重要的改进，比如后来引入的multiple-time step、C-rescale压浴等，课上都会说。所以不需要担心漏掉什么重要信息

作者
Author: 想喝可乐 时间: 2022-10-27 18:27
sob老师，请问一下我想学习gromacs需要去参加11月12号的初级量子化学培训班吗，如果需要的话我可以来北京，我做的是液态二氧化碳增稠方向的，想通过分子角度模拟出具体的过程，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-28 01:51

想喝可乐发表于 2022-10-27 18:27
sob老师，请问一下我想学习gromacs需要去参加11月12号的初级量子化学培训班吗，如果需要的话我可以来北京， ...

不是必须参加，但分子动力学模拟和量子化学有有一些交叉点，比如自己用量子化学程序做势能面扫描然后拟合力场参数、基于量子化学程序计算原子电荷等等，有量子化学知识绝对有好处，也能开阔眼界。而且很多问题如果把分子动力学和量子化学结合起来，分析的时候视角更为全面，能讨论更为深入，也更容易出好文章。比如分子间相互作用，可以通过分子动力学从动态角度考察表观现象，同时可以再结合量子化学和波函数分析手段对相互作用的本质做更细致深入的探讨。

作者
Author: 想喝可乐 时间: 2022-11-1 21:22
sob老师，今天重庆大学附近新增一例阳性患者，目前学校已经开始限制出行，三天三检了，之前我已经报名参加培训了，但是钱还没交，按照防疫要求我可能来不了了，您之前说过要是学gmx的话量子化学班不是必须参加的，抱歉给您添麻烦了，邮箱也会尽快回的，实在抱歉

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