计算化学公社

标题: 关于使用cp2k软件计算表面静电势图的问题 [打印本页]

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Author: wwl 时间: 2022-8-18 23:08
标题: 关于使用cp2k软件计算表面静电势图的问题
本帖最后由 wwl 于 2022-8-19 12:16 编辑

各位老师们好，我最近用cp2k软件计算一个cof结构的表面静电势图，我使用的方法是将cof结构的cif文件导入到sob老师的Multiwfn软件中，输入cp2k，进入自动生成cp2k输入文件模式。我选择的基组和方法是PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH，分别选用主功能-3的选项1和选项4分别计算cof结构的电荷密度和ESP表面静电势，然后编辑inp文件，将以下几个选项进行了修改“EPS_DEFAULT 1E-14 CUTOFF 500 REL_CUTOFF 60 EPS_SCF 1.0E-06”。这几个选项关系计算的精度。除以上内容我进行了编辑以外，其余选项均使用Multiwfn软件默认选项，我分别计算得到density1.cub和ESP1.cub文件，然后使用“使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（http://sobereva.com/443）”一文中的脚本载入cub文件，然后调节ESPiso.vmd脚本中set colorlow -0.2 set colorhigh 0.2，得到如下所示的图。但是无论我如何调节颜色范围，最终均表明整个cof结构的静电势均为正值，请问各位老师这是否合理呢？
以下文件中包含了此次计算的cof结构的cif文件TP.cif文件；两个输入文件density.inp和ESP.inp分别计算电荷密度和静电势；我计算的两个cube文件density1.cub和ESP1.cub由于体积过大，不能放到附件中，希望各位老师谅解。全部文件包括cube文件我放到了自己的百度网盘里，下面这个链接是所有文件合集链接：https://pan.baidu.com/s/1LuNbtH-2ja811u40LsZSKw 提取码：2vg7。本人找了很多信息，最终还是没能解决这个问题，一直焦头烂额的，请各位大佬们屈尊看一下，分享一下经验，本人在这方面完全是小白，任何信息都可能对我有巨大帮助，非常感谢。
请各位老师帮忙看看，这对我非常重要，现在急用，拜谢拜谢，再次拜谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-19 13:10
如果你要研究单层的情况，设成二维周期性，并且把盒子Z方向设大点

作者
Author: wwl 时间: 2022-8-19 16:39

sobereva 发表于 2022-8-19 13:10
如果你要研究单层的情况，设成二维周期性，并且把盒子Z方向设大点

嗯嗯，多谢老师，我马上试试

作者
Author: wwl 时间: 2022-8-19 17:06

sobereva 发表于 2022-8-19 13:10
如果你要研究单层的情况，设成二维周期性，并且把盒子Z方向设大点

sob老师您好，很感激您在百忙之中回复我的问题，非常感谢。
我根据您的指导，将单胞在z方向上扩了三次，获得了一个三层的晶胞，然后将cif文件导入Multiwfn中，输入以下：
cp2k\\进入cp2k功能选择模块
-7\\选择设置周期边界方向
XY\\输入XY表明在XY方向上
-3\\输出cube文件
1 Electron density (also with spin density for unrestricted calculation)\\计算电荷密度
0\\保存文件
得到inp文件以后，直接进行计算，其余选项皆为默认，以此得到了电荷密度cube文件
而ESP文件则重复以上步骤
cp2k\\进入cp2k功能选择模块
-7\\选择设置周期边界方向
XY\\输入XY表明在XY方向上
-3\\输出cube文件
4 Hartree potential (negative of ESP)\\计算ESP
0\\保存文件
以此得到ESP.cube文件，我不知道我的操作是否符合您指导的意思，最终得到的结果还是和此前的结果别无二致。如果您能看到这条消息，期待您能帮我看看我的操作哪里存在问题。非常感谢，感谢您能给出宝贵的意见。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-19 17:34
不是让你设三层的晶胞，而是模拟单层，但是把盒子Z方向尺寸设大

作者
Author: wwl 时间: 2022-8-19 17:36

sobereva 发表于 2022-8-19 17:34
不是让你设三层的晶胞，而是模拟单层，但是把盒子Z方向尺寸设大

嗯嗯，好的，我再试试

作者
Author: tong_gexthr 时间: 2024-4-12 16:00
本帖最后由 tong_gexthr 于 2024-4-12 16:36 编辑

您好，我用cp2k直接导出cube文件在VMD画静电势图，我也遇到了基本上是全红的情况，改了颜色显示autoscale也有点奇怪，想问下您怎么解决的呢？
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不好意思这个问题已经解决啦，应该是我的VMD有点bug，谢谢！

作者
Author: zhp1219 时间: 2024-6-12 01:40

tong_gexthr 发表于 2024-4-12 16:00
您好，我用cp2k直接导出cube文件在VMD画静电势图，我也遇到了基本上是全红的情况，改了颜色显示autoscale ...

请问最后是换了vmd版本解决了吗？我跟你遇到了同样的问题，但是我换了版本也不行

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