计算化学公社

标题: 求助Dalton报错QC-SCF not implemented/tested for DFT [打印本页]

作者
Author: Voland 时间: 2022-8-20 13:22
标题: 求助Dalton报错QC-SCF not implemented/tested for DFT
如题，最近我在用Dalton进行磷光光谱计算，这里根据Sob老师的意见，先用Gaussian进行Tn的几何优化，然后再通过Dalton计算振子强度等数据。但是过程中遇到了QC-SCF not implemented/tested for DFT的报错，看起来是QC-SCF目前并不支持DFT方法。那么，在此之前首先是SCF的DIIS不收敛的问题，我看了下手册，结合Sob老师在Gaussian中提到的能够解决SCF不收敛的建议，调整了.SHIFT（目前设置为-4.0），初猜结构也是Gaussian的DFT方法激发态几何优化收敛所得（泛函B3LYP，我注意到了Dalton这里的差别，不过这里不是重点），但是仍然感觉收敛非常缓慢，无意义地增加SCF ITER也不是个好办法（默认60）。请问一下还有什么办法可以加快收敛吗？
实在没辙那我只能用TDHF之类的方法做了，也不知道能不能行。
十分希望收到大家的建议，非常感谢！

作者
Author: Voland 时间: 2022-8-20 13:29
本帖最后由 Voland 于 2022-8-20 13:42 编辑

噢，不好意思忘了说了，现在60圈大概收敛到D-2的水平吧，距离D-5还有相当的距离

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-20 13:46
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-8-20 13:48 编辑

这还不简单

用高斯算完之后，用fch2dal小程序生成.dal和.mol文件，Dalton飞速SCF收敛。举个简单的例子，高斯输入文件

%chk=h2o.chk
%mem=4GB
%nprocshared=2
#p RHF/def2TZVP nosymm int=nobasistransform
Title Card Required
0 1
O -0.31210987 0.61797752 0.0
H 0.64789013 0.61797752 0.0
H -0.63256446 1.52291335 0.0

复制代码

算完之后执行

fch2dal h2o.chk

复制代码

生成h2o.dal和h2o.mol。交给Dalton做计算，SCF 1圈收敛。

如果你要算B3LYP，gjf文件里就把RHF改成B3LYP，然后打开生成的.dal文件，把其中的方法部分改成

**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYP

复制代码

其他你认为必要的关键词也可以自行添加。B3LYP的话，可能要花个5圈收敛（这是由于各个程序的默认积分格点不一样，B3LYP定义也未必一样）。

fch2dal小程序免费、开源，见https://gitlab.com/jxzou/mokit。也可以到https://gitlab.com/jxzou/mokit/-/releases下载Win预编译版本，直接使用。

作者
Author: Voland 时间: 2022-8-20 14:13

zjxitcc 发表于 2022-8-20 13:46
这还不简单用高斯算完之后，用fch2dal小程序生成.dal和.mol文件，Dalton飞速SCF收敛。举个简单的例子 ...

非常感谢，然而我觉得你应该没明白我的意思，我的重点不是说输入文件，而是说现在面临Dalton的DIIS不收敛的问题，您拿一个水来算我自然也能正常运行并得到预期的结果，但是我的体系并不是那么简单的体系，而这个问题您是否有什么好办法呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-20 14:18
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-8-20 14:29 编辑

Voland 发表于 2022-8-20 14:13
非常感谢，然而我觉得你应该没明白我的意思，我的重点不是说输入文件，而是说现在面临Dalton的DIIS不收敛 ...

上面只是举个例子，我要是贴个100原子坐标，来几个过渡金属，大家鼠标上下滚动老久、不方便看帖啊。你体系就算再复杂，你用高斯能收敛的话，传给Dalton都是一样的操作步骤啊，没什么不同。
fch2dal不仅产生Dalton输入文件，文件里面还包含高斯算好的轨道（经过转换的）的，所以才能让Dalton极速收敛。

我算过很多复杂的例子，传轨道的方法也包括CASSCF，操作上没什么不同。

作者
Author: Voland 时间: 2022-8-20 14:23

zjxitcc 发表于 2022-8-20 14:18
我上面只是举个例子啊，我要是贴个100原子坐标，来几个过渡金属，大家鼠标上下滚动老久、不方便看帖啊 ...

行，了解了，我试试看，多谢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-20 14:27

Voland 发表于 2022-8-20 14:23
行，了解了，我试试看，多谢

注意高斯gjf提交计算之前，输入文件关键词最好加上nosymm int=nobasistransform哈，这样传轨道更保险，Dalton收敛更快。

作者
Author: Voland 时间: 2022-8-21 22:45

zjxitcc 发表于 2022-8-20 14:27
注意高斯gjf提交计算之前，输入文件关键词最好加上nosymm int=nobasistransform哈，这样传轨道更保险，Da ...

非常感谢，已经拿到能用的结果了。
祝您的MOKIT开发一切顺利！

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-27 13:33

Voland 发表于 2022-8-21 22:45
非常感谢，已经拿到能用的结果了。
祝您的MOKIT开发一切顺利！

楼主，想请教一下你是怎么解决的，我这边也遇到了相同的问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-6-27 13:58

zhouyulin 发表于 2025-6-27 13:33
楼主，想请教一下你是怎么解决的，我这边也遇到了相同的问题

楼上几个帖子已经把解决方案写得清清楚楚的了

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-27 15:39

wzkchem5 发表于 2025-6-27 13:58
楼上几个帖子已经把解决方案写得清清楚楚的了

谢谢老师，只不过我对原先gaussian生成的T1的chk文件已经做了nosymm int=nobasistransform guess=read处理得到fchk文件，最后通过multiwfn程序得到mol文件，但是还是出现了相同的报错，所以想问一下还有什么解决方法吗

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-6-27 15:50
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-6-27 16:00 编辑

zhouyulin 发表于 2025-6-27 15:39
谢谢老师，只不过我对原先gaussian生成的T1的chk文件已经做了nosymm int=nobasistransform guess=read处 ...

3L的回答写得非常详细，是用MOKIT的fch2dal小程序从Gaussian传轨道给Dalton，建议您再阅读几遍。如果你觉得仍不过瘾，可以阅读
《利用MOKIT从Gaussian向其他量化程序传轨道》
fch2dal小程序会同时产生.dal和.mol文件，包含体系坐标，基组和赝势（如果有用到赝势的话），转化好的轨道系数。如果觉得哪里看不懂，可以具体问。

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-27 16:10

zjxitcc 发表于 2025-6-27 15:50
3L的回答写得非常详细，是用MOKIT的fch2dal小程序从Gaussian传轨道给Dalton，建议您再阅读几遍。如果你 ...

谢谢老师，我是第一次接触MOKIT程序，所以并不清楚。这边试着使用windows的fch2dal程序，将fchk文件拖入fch2dal.exe中，但是不知道为什么总是无法运行，这种情况是我的操作有问题吗

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-27 16:12

zjxitcc 发表于 2025-6-27 15:50
3L的回答写得非常详细，是用MOKIT的fch2dal小程序从Gaussian传轨道给Dalton，建议您再阅读几遍。如果你 ...

而且不知道为什么fch2inp.exe文件能够运行，并且能够生成相应的inp文件

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-27 16:53

zjxitcc 发表于 2025-6-27 15:50
3L的回答写得非常详细，是用MOKIT的fch2dal小程序从Gaussian传轨道给Dalton，建议您再阅读几遍。如果你 ...

老师，抱歉打扰一下，有个关于MOKIT的问题我还是不太理解，fch2inp.exe和fch2dal.exe这两个程序应该都属于能够直接在window下使用的小程序吧。为什么将fchk文件拖入fch2inp.exe后，能够生成相应的inp文件，而将fchk文件拖入fch2dal.exe后，则会直接闪退呢，是我的使用方法存在问题。而且不足fch2inp.exe，其它的几个exe程序也出现了类似的情况

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-6-27 21:16

zhouyulin 发表于 2025-6-27 16:53
老师，抱歉打扰一下，有个关于MOKIT的问题我还是不太理解，fch2inp.exe和fch2dal.exe这两个程序应该都属 ...

Windows版小程序可以用，你用法不对。建议你还是到Linux下使用fch2dal小程序，时间宝贵，毕竟conda install几十秒就好了，没理由去用旧版Windows小程序。看中文README如何在线安装MOKIT

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-27 21:30

zjxitcc 发表于 2025-6-27 21:16
Windows版小程序可以用，你用法不对。建议你还是到Linux下使用fch2dal小程序，时间宝贵，毕竟conda insta ...

老师，我这边试着安装程序，在Linux上面安装了mokit-master安装包，但是安装完以及编译后只在src文件夹里面发现fch2dal.f90文件和lib文件夹里面的py2dalton.py文件。这种情况是我编译失败了吗，还有老师您说Windows版小程序可以用，我用法不对。但是我用同样的方法试了其他fch的exe程序，却能成功，我不太明白是我哪里操作有问题

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2025-6-27 21:44

zhouyulin 发表于 2025-6-27 21:30
老师，我这边试着安装程序，在Linux上面安装了mokit-master安装包，但是安装完以及编译后只在src文件夹里 ...

目前最简单的安装方式是通过conda安装：https://gitlab.com/jxzou/mokit/- ... 94%A8%E4%BA%8Elinux

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-27 22:48

hebrewsnabla 发表于 2025-6-27 21:44
目前最简单的安装方式是通过conda安装：https://gitlab.com/jxzou/mokit/-/blob/master/README_zh.md?ref ...

谢谢老师，不过我目前安装MOKIT的主要原因是为了得到dalton计算磷光所需要的mol和dal文件，这样的话我采用https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... want-frag_guess_wfn里面2.2.3 节提到的方法安装是不是也可以

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2025-6-27 22:55

zhouyulin 发表于 2025-6-27 22:48
谢谢老师，不过我目前安装MOKIT的主要原因是为了得到dalton计算磷光所需要的mol和dal文件，这样的话我采 ...

可以。

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-27 22:59

hebrewsnabla 发表于 2025-6-27 22:55
可以。

谢谢老师，我试试

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-28 17:58
本帖最后由 zhouyulin 于 2025-6-28 18:00 编辑

hebrewsnabla 发表于 2025-6-27 22:55
可以。

老师，我已经试着通过MOKIT得到相关的mol文件和dal文件，并且跑一遍之后正常结束。但是当我想把dal文件改成计算磷光的文件，即T1new(MOKIT).dal，运行时又出现了QC-SCF not implemented/tested for DFT的报错，是我的dal文件哪里有问题吗

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-28 18:06
本帖最后由 zhouyulin 于 2025-6-28 18:08 编辑

hebrewsnabla 发表于 2025-6-27 22:55
可以。

通过MOKIT得到相关的mol文件和dal文件，并且跑一遍之后正常结束，并且也看到了SCF收敛提示，但是我不知道我要怎么改dal文件，从而使它能够通过dalton计算磷光 (, 下载次数 Times of downloads: 31)

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2025-6-28 18:40
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2025-6-28 18:45 编辑

zhouyulin 发表于 2025-6-28 17:58
老师，我已经试着通过MOKIT得到相关的mol文件和dal文件，并且跑一遍之后正常结束。但是当我想把dal文件改 ...

在dalton里面要做b3lyp的话，生成fch的高斯任务也要用相同的泛函。如果确实已经用了相同的泛函，上传一下dalton输出文件。

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-28 19:19
本帖最后由 zhouyulin 于 2025-6-28 20:30 编辑

hebrewsnabla 发表于 2025-6-28 18:40
在dalton里面要做b3lyp的话，生成fch的高斯任务也要用相同的泛函。如果确实已经用了相同的泛函，上传一下 ...

老师，这是我的输入输出文件

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2025-6-28 21:01
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2025-6-28 21:08 编辑

zhouyulin 发表于 2025-6-28 19:19
老师，这是我的输入输出文件

不要设置 .DOUBLY OCCUPIED

另外，当前的计算是c1的，所以roots什么的也是一个数，不是四个数。

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-28 21:43
本帖最后由 zhouyulin 于 2025-6-28 21:48 编辑

hebrewsnabla 发表于 2025-6-28 21:01
不要设置 .DOUBLY OCCUPIED

另外，当前的计算是c1的，所以roots什么的也是一个数，不是四个数。

改成这样吗，老师，这是改完的dal文件(T1new.dal[url=]l[/url])

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2025-6-29 13:32

zhouyulin 发表于 2025-6-28 21:43
改成这样吗，老师，这是改完的dal文件(T1new.dall)

试试

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-29 14:22
本帖最后由 zhouyulin 于 2025-6-29 14:24 编辑

hebrewsnabla 发表于 2025-6-29 13:32
试试

还是不行，老师。运行之后显示有报错
@ MPI MASTER, node no.:    0
@ Reason: Illegal "*" option under **RESPONS
以及
WARNING for ERROR  (DALTON program stopped with exit code 100)
- THEREFORE scratch directory /public1/home/scfa8196/dalton/dalton/install/tmp/DALTON_scratch_scfa8196/T1new_127316 is not deleted
  by this script so you may restart the calculation, if possible
  ( /public1/home/scfa8196/dalton/dalton/install/tmp/DALTON_scratch_scfa8196/T1new_127316 may be deleted by your queueing system )
- REMEMBER to delete /public1/home/scfa8196/dalton/dalton/install/tmp/DALTON_scratch_scfa8196/T1new_127316 yourself !!!

Output from 'grep -n ERROR' :
31379:  --- SEVERE ERROR, PROGRAM WILL BE ABORTED ---
----------------------------------------------------------
2 informational messages have been issued by DALTON,
output from 'grep -n INFO'  (max 10 lines):
30200: INFORMATION: Switched to ".FCKTRA" integral transformation, because MPI parallel
30643:@ INFO: Sorry, plot of MOs with Molden is only implemented for spherical GTOs

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2025-6-29 18:42

zhouyulin 发表于 2025-6-29 14:22
还是不行，老师。运行之后显示有报错
@ MPI MASTER, node no.: 0
@ Reason: Illegal "*" option un ...

mokit生成的

**WAVE FUNCTIONS
.HF
*ORBITAL INPUT
.MOSTART
FORM18
.PUNCHOUTPUTORBITALS

复制代码

中间不要插入别的东西，你把**RESPONS插进去，下面的orbital input就无效了。但是可以把HF改成DFT。
**RESPONS 相关的关键词写后面。

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-29 21:15
本帖最后由 zhouyulin 于 2025-6-29 21:19 编辑

hebrewsnabla 发表于 2025-6-29 18:42
mokit生成的

中间不要插入别的东西，你把**RESPONS插进去，下面的orbital input就无效了。但是可以把H ...

改成这种形式吗，老师。但是我试了之后还是报错
**DALTON INPUT
.RUN WAVE FUNCTIONS
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
*ORBITAL INPUT
.MOSTART
FORM18
.PUNCHOUTPUTORBITALS
.RUN RESPONS
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYP
**RESPONS
*QUADRATIC
.PHOSPHORESENCE
.PRINT
3
.ROOTS
  1
**MOLORB (punched by fch2dal of MOKIT Sat Jun 28 17:33:02 2025)
-0.00000031056001 -0.00000212511394  0.00006060471390  0.00000120133812
  0.00000060866362 -0.00000034696842  0.00003191794410  0.00000054888932
  0.00000145203578  0.00000095409512 -0.00000022474850  0.00000040323304
-0.00000029556427 -0.00000009210741 -0.00000029050104 -0.00000005080526

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2025-6-29 22:58
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2025-6-29 22:59 编辑

zhouyulin 发表于 2025-6-29 21:15
改成这种形式吗，老师。但是我试了之后还是报错
**DALTON INPUT
.RUN WAVE FUNCTIONS

已经完全在瞎写了……看dalton手册5.2.4了解一下基本语法

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-29 23:21
本帖最后由 zhouyulin 于 2025-6-30 01:10 编辑

hebrewsnabla 发表于 2025-6-29 22:58
已经完全在瞎写了……看dalton手册5.2.4了解一下基本语法

对不起老师，我之前都是用BDF+MOMAP算的，没有用dalton算过磷光，所以实在是不太清楚，我看dalton里面算磷光是下面这样算的，但是我不知道要怎么把通过MOKIT转化得到的dal文件与dalton示例中计算磷光的dal文件结合起来，我再去尝试一下
ATOMBASIS
HF
test
Atomtypes=2 Angstrom
Charge=1.0  Atoms=1    Basis=aug-cc-pvdz
H       0.0000000000       0.0000000000    -0.5000000000
Charge=9.0  Atoms=1    Basis=aug-cc-pvdz
F       0.0000000000       0.0000000000       0.4500000000

**DALTON INPUT
.RUN RESPONS
**INTEGRALS
.SPIN-ORBIT
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYP
*SCF INPUT
.DOUBLY OCCUPIED
  3 1 1 0
**RESPONS
*QUADRATIC
.PHOSPHORESENCE
.PRINT
3
.ROOTS
  1 1 1 0
**END OF DALTON INPUT

作者
Author: zhouyulin 时间: 2025-6-30 15:57

hebrewsnabla 发表于 2025-6-29 22:58
已经完全在瞎写了……看dalton手册5.2.4了解一下基本语法

老师，我这边试着改了一下，已经通过dalton得到的磷光计算速率，就是值不太对，以及报一个这样的错误Sorry, plot of MOs with Molden is only implemented for spherical GTOs，是我轨道信息读取的不对吗

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2025-6-30 16:24
轨道读取看起来没什么问题，这一部分已经成功了。

报一个这样的错误Sorry, plot of MOs with Molden is only implemented for spherical GTOs，是我轨道信息读取的不对吗

不是报错。

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