计算化学公社

标题: 铁离子加显式溶剂模型后优化SCF不收敛 [打印本页]

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-20 21:04
标题: 铁离子加显式溶剂模型后优化SCF不收敛
请问单独的铁离子可以优化，但是加了6个水分子做显式溶剂模型之后优化无法收敛。尝试了能试的方法（包括更换基组改变隐式溶剂化模型smd、IEFPCM等改变水分子位置以调整结构对称性加opt=GDIIS symm=loose等)以后能量和位移依然反复震荡。请问模型是否合理？若不合理，该如何构建铁离子的显式溶剂模型？ gjf文件、log文件及能量优化状况如下
(, 下载次数 Times of downloads: 29) (, 下载次数 Times of downloads: 29) (, 下载次数 Times of downloads: 34)

作者
Author: chands 时间: 2022-8-20 21:14
本帖最后由 chands 于 2022-8-20 21:26 编辑

你只加了5个水呀。
你摆这个初始结构，优化之后水会不会到处跑？

作者
Author: scf 时间: 2022-8-20 22:11
是几何优化不收敛，不是scf不收敛？

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-20 22:21

chands 发表于 2022-8-20 21:14
你只加了5个水呀。
你摆这个初始结构，优化之后水会不会到处跑？

一开始加了6个H2O，优化之后水总是会跑的很对称，不过我一开始放的位置也比较对称，后来我就调整水分子摆放的位置破坏对称性，用5个H2O跑，还是不收敛

作者
Author: chands 时间: 2022-8-20 22:26

smlscu 发表于 2022-8-20 22:21
一开始加了6个H2O，优化之后水总是会跑的很对称，不过我一开始放的位置也比较对称，后来我就调整水分子摆 ...

[Fe(H2O)6]3+跑得很对称是对的，除非加了一堆水变成一个团簇。你现在是[Fe(H2O)5]3+，但是溶液中其实是[Fe(H2O)6]3+，只不过一个水用隐式溶剂模型描述，先不论收敛不收敛，[Fe(H2O)5]3+的建模有问题，因为其中一个配位键用隐式溶剂模型描述，众所周知隐式溶剂模型无法描述配位键。其次[Fe(H2O)5]3+受力不对称，估计一优化水分子就跑，就算收敛结构也不符合实际情况。

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-21 13:33

scf 发表于 2022-8-20 22:11
是几何优化不收敛，不是scf不收敛？

对哈谢谢老师

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-21 13:51
本帖最后由 smlscu 于 2022-8-21 14:00 编辑

chands 发表于 2022-8-20 22:26
[Fe(H2O)6]3+跑得很对称是对的，除非加了一堆水变成一个团簇。你现在是[Fe(H2O)5]3+，但是溶液中其实是[F ...

就还是用6个水分子做优化吗？但是6个水分子的也把能改的参数都试了一遍没有收敛才试的5个水而且我参考了一篇est的文章里的溶剂化模型中水分子的摆放位置我昨天试着跑了一下它的结构就没有报错对于6个水分子的模型老师还有什么建议吗或者说还是做成团簇较好

作者
Author: chands 时间: 2022-8-21 13:56

smlscu 发表于 2022-8-21 13:51
就还是用6个水分子做优化吗？但是6个水分子的也把能改的参数都试了一遍没有收敛才试的5个水而且我参考了 ...

贴出输出文件看看

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-21 14:00

chands 发表于 2022-8-21 13:56
贴出输出文件看看

输出文件过大我上传不上来

作者
Author: chands 时间: 2022-8-21 14:03

smlscu 发表于 2022-8-21 14:00
输出文件过大我上传不上来

你那输出文件的最后1帧续算了吗，结果怎样？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-21 14:04
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-8-21 19:39 编辑

无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性。复杂体系（尤其是开壳层过渡金属）通常没法用一行关键词就能作出顺利、合理的计算。“更换基组改变隐式溶剂化模型smd、IEFPCM等改变水分子位置以调整结构对称性加opt=GDIIS symm=loose等”这些其实都不应该尝试。提供一种合理做法：

第一步：构建片段组合波函数，以得到合理的初始猜测，然后将其收敛，做波函数稳定性检测
[Fe(H2O)6]^(3+)要分成2个片段，Fe^(3+)与6个水。输入文件示例如下

%chk=FeH2O6.chk
%mem=56GB
%nprocshared=28
#p UPBE1PBE/def2TZVP guess(fragment=2) em=GD3BJ nosymm
title
3 6 3 6 0 1
Fe(fragment=1) 0.00000000 0.00000000 0.00000000
H(fragment=2) 0.00000000 2.68428109 -0.78751709
H(fragment=2) 2.68128062 0.78751744 0.00000000
H(fragment=2) 0.00000000 -2.68428109 0.78751709
H(fragment=2) 0.78751709 0.00000000 -2.68228109
H(fragment=2) -2.68128062 0.78751744 0.00000000
H(fragment=2) -0.78751709 0.00000000 2.68228109
O(fragment=2) 0.00000000 2.10100000 0.00000000
H(fragment=2) 0.00000000 2.68428109 0.78751709
O(fragment=2) 0.00000000 0.00000000 2.09900000
H(fragment=2) 0.78751709 0.00000000 2.68228109
O(fragment=2) 0.00000000 0.00000000 -2.09900000
H(fragment=2) -0.78751709 0.00000000 -2.68228109
O(fragment=2) 2.09800000 0.00000000 0.00000000
H(fragment=2) 2.68128062 -0.78751744 0.00000000
O(fragment=2) -2.09800000 0.00000000 0.00000000
H(fragment=2) -2.68128062 -0.78751744 0.00000000
O(fragment=2) 0.00000000 -2.10100000 0.00000000
H(fragment=2) 0.00000000 -2.68428109 -0.78751709
--Link1--
%chk=FeH2O6.chk
%mem=56GB
%nprocshared=28
#p UPBE1PBE chkbasis guess=read geom=allcheck em=GD3BJ scrf nosymm stable=opt

复制代码

注1：上述坐标数值仅做示例使用，实际计算中请采用你体系的真实坐标数值
注2：如果--Link1--中SCF不收敛，可以加上关键词Scf(xqc,maxcycle=128)
注3：如果对片段组合波函数不熟悉，建议先阅读以下三篇
《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》，《片段组合波函数实例1.双原子分子》，http://gaussian.com/afc
注4：要打开fch文件看看alpha、beta HOMO, LUMO附近的轨道，看看算出的Fe是不是3d^5组态（另一方面，也可以根据UNO轨道来判断）。如果不是，说明可能收敛到了高能的稳定解上，不是最低能量的稳定解。

第二步：读取第一步算好的稳定波函数，开始结构优化，例如

%chk=FeH2O6.chk
%mem=56GB
%nprocshared=28
#p opt(maxstep=15,calcfc) freq UPBE1PBE chkbasis guess=read geom=allcheck em=GD3BJ scrf nosymm

复制代码

如果保险起见，还可以执行第三步：即结构优化完成后，再次检验波函数稳定性，以此确定没有在优化过程中收敛到了不稳定波函数上。如果按此步骤有问题，可以按“回复”提问，并说明具体哪一步碰到了问题。

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-21 14:05

chands 发表于 2022-8-21 13:56
贴出输出文件看看

(, 下载次数 Times of downloads: 23)

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-21 14:09

chands 发表于 2022-8-21 14:03
你那输出文件的最后1帧续算了吗，结果怎样？

续算了 log文件结尾如帖子开头的log文件截图名言后面跟Error termination request processed by link 9999.

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2022-8-21 14:21
[Fe(H2O)6]3+离子最低能量的结构，点群属于Th。如果你摆不出来Th点群的[Fe(H2O)6]3+，应该先用小基组或者低级的方法优化，优化到正确的点群之后再上大基组高方法进一步优化

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-21 14:21

smlscu 发表于 2022-8-21 14:09
续算了 log文件结尾如帖子开头的log文件截图名言后面跟Error termination request processed by link 99 ...

不建议在这个问题里目前去搞什么续算，建议仔细阅读我在11L写的详细回答，以便尽快做出合理的计算。

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-21 14:23

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

感谢老师！拜读了您的回帖受益匪浅我认真学习并严格按照您说的步骤操作之后再来反馈结果

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-8-21 14:34

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

其实不用片段组合也行，也是稳定的。

然后结构优化 5圈就收敛了。

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-21 14:37

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:21
不建议在这个问题里目前去搞什么续算，建议仔细阅读我在11L写的详细回答，以便尽快做出合理的计算。

好的老师已拜读您的回帖受益匪浅！我认真学习并严格按照您说的步骤测试之后再来反馈结果

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-21 15:10

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

老师构建片段组合波函数之后出现如下报错我先在论坛搜了一下未找到相同问题 (, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-21 19:39

smlscu 发表于 2022-8-21 15:10
老师构建片段组合波函数之后出现如下报错我先在论坛搜了一下未找到相同问题

那就在第一个任务里把scrf去掉

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-21 19:41
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-8-21 19:43 编辑

hebrewsnabla 发表于 2022-8-21 14:34
其实不用片段组合也行，也是稳定的。

然后结构优化 5圈就收敛了。

这是有可能的，这个例子中Fe六重态是最高自旋，是比较简单的情况

我上面展示的步骤是比较广义的，也适用于中间自旋等复杂情况

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-21 20:50

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

按照老师给的步骤，[Fe(H2O)6]^(3+)显式溶剂模型结构成功收敛！并且检验了波函数稳定性如下图已稳定。19楼遇到的问题通过将scrf分开计算得到解决。再次感谢大神的指点！麻烦老师贴出几篇自己的代表作以供我们在文章中引用 (, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-21 20:52

smlscu 发表于 2022-8-21 20:50
按照老师给的步骤，[Fe(H2O)6]^(3+)显式溶剂模型结构成功收敛！并且检验了波函数稳定性如下图已稳定。19 ...

我自己做过这方面的计算，但是没有发过这方面的文章。。。

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-21 21:03

zjxitcc 发表于 2022-8-21 20:52
我自己做过这方面的计算，但是没有发过这方面的文章。。。

我们还可以如何感谢您

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-21 21:08

smlscu 发表于 2022-8-21 21:03
我们还可以如何感谢您

仔细读读上面推荐的三篇就行。。。不用感谢

或者给你们实验室的同学（如果有不懂的话）也推荐一下

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-21 21:12

zjxitcc 发表于 2022-8-21 21:08
仔细读读上面推荐的三篇就行。。。不用感谢或者给你们实验室的同学（如果有不懂的话）也推荐一下

谨遵教诲！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-22 09:57

smlscu 发表于 2022-8-21 14:00
输出文件过大我上传不上来

注意看置顶的新社员必读贴里关于上传文件的说明
严禁大型文本文件不压缩就上传的行为

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-23 08:54

sobereva 发表于 2022-8-22 09:57
注意看置顶的新社员必读贴里关于上传文件的说明
严禁大型文本文件不压缩就上传的行为

好的sob老师我下次一定注意

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-23 21:32

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

老师，我按照相同的方法，在构建了片段组合波函数并测试了稳定性无误后，对[FeOH(H2O)6]^(2+)做结构优化，出现了第二幅图的报错。然后我看了置顶帖的FAQ的解决办法，就导出报错之前的结构然后加opt=cartesian进行结构优化，出现了图3的报错，此时的结构如图4。我的想法是因为此时要计算的是[Fe(OH)]^(2+)的显式溶剂模型，所以是否应该周围为5个水分子较为合理呢。请问老师对于这个体系有什么建议呢 (, 下载次数 Times of downloads: 17) (, 下载次数 Times of downloads: 22) (, 下载次数 Times of downloads: 19) (, 下载次数 Times of downloads: 26)

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-8-24 00:48
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-8-24 00:49 编辑

smlscu 发表于 2022-8-23 21:32
老师，我按照相同的方法，在构建了片段组合波函数并测试了稳定性无误后，对[FeOH(H2O)6]^(2+)做结构优化 ...

建议
（1）将[Fe(OH)]^(2+)拆成两个片段，Fe^(3+)和OH-
（2）先算4个水包围，成功后在4个配位水的结构基础上再加1个水（即算5个水配位，不要随便加，看准空隙加），以此类推，再算6个水配位。哪个数目水分子时的结合能最大，就应该采取那个数目。

作者
Author: smlscu 时间: 2022-8-25 14:54

zjxitcc 发表于 2022-8-24 00:48
建议
（1）将[Fe(OH)]^(2+)拆成两个片段，Fe^(3+)和OH-
（2）先算4个水包围，成功后在4个配位水的结构 ...

谢谢老师是5个水

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-12 22:05

zjxitcc 发表于 2022-8-24 00:48
建议
（1）将[Fe(OH)]^(2+)拆成两个片段，Fe^(3+)和OH-
（2）先算4个水包围，成功后在4个配位水的结构 ...

老师我按照片段组合波函数的方法构建[Fe(OH)(H2O)5]^(2+)并且基态结构优化成功收敛之后，对其做激发态计算，然而尝试了几种关键字组合后（如下5张图），激发态优化仍不收敛，请问老师我这个是否存在何种问题或是有何建议吗
(, 下载次数 Times of downloads: 16) (, 下载次数 Times of downloads: 18) (, 下载次数 Times of downloads: 20) (, 下载次数 Times of downloads: 22) (, 下载次数 Times of downloads: 19)
报错文件如下 (, 下载次数 Times of downloads: 21)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-12 22:15

smlscu 发表于 2022-9-12 15:05
老师我按照片段组合波函数的方法构建[Fe(OH)(H2O)5]^(2+)并且基态结构优化成功收敛之后，对其做激发态计 ...

检查一下结构优化最后几步的激发能是不是非常接近0或者是负值。
有的时候一个体系的激发态势能面根本不存在局部极小值点，如果优化激发态结构会优化到激发态和基态的锥形交叉点。对于这种体系，不收敛是正常的，收敛了反而是错的。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-12 22:58
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-9-12 23:04 编辑

smlscu 发表于 2022-9-12 22:05
老师我按照片段组合波函数的方法构建[Fe(OH)(H2O)5]^(2+)并且基态结构优化成功收敛之后，对其做激发态计 ...

（1）你没写guess=read，没有读入辛苦算好的、稳定的基态波函数，变成了使用高斯默认初猜，那还算个啥，报错也不用看了。
（2）没写关键词guess(fragment=N)，只在坐标处写一堆(fragment=x)并不表示使用片段组合波函数构建初始猜测。
（3）片段组合波函数是在基态DFT下算的，算完、检验好基态波函数后，在TDDFT计算时需读入（并且此时不需要写关键词guess(fragment=N)和坐标处一堆(fragment=x)）。

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-14 01:08
本帖最后由 smlscu 于 2022-9-16 21:52 编辑

zjxitcc 发表于 2022-9-12 22:58
（1）你没写guess=read，没有读入辛苦算好的、稳定的基态波函数，变成了使用高斯默认初猜，那还算个啥， ...

好的老师，前两步有按照您说的操作，激发态的时候是没有读取基态的初猜波函数，已改正并提交计算。除此之外有在做过渡态的计算，采用了柔性扫描势能面的方法寻找初猜过渡态，想算的是带显式溶剂模型的Fe(OH)^(2+)与双氧水反应的过渡态，我想算的具体反应路径及初步计算结果如下图1，过渡态应该是没找对需要重新算。我参考了图2已发表文章的计算方法和模型，图3是它的模型，图4是它的计算方法，我的理想结果应该是跟它一样的但是目前差距甚远，请问老师有何建议呢。我目前是按照老师说的构建组合波函数的方法找反应初态IS_1，然后柔性扫描势能面找过渡态TS_1，然后再根据过渡态的结果找产物IS_2，但是整个优化过程中是固定了双氧水附近的5个水分子，过渡态的结果出错是否与我把这5个水分子固定了有关呢（频率计算的时候5个水分子是放开的）

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-14 01:24
本帖最后由 smlscu 于 2022-9-14 01:40 编辑

wzkchem5 发表于 2022-9-12 22:15
检查一下结构优化最后几步的激发能是不是非常接近0或者是负值。
有的时候一个体系的激发态势能面根本不 ...

是的老师，最后一步激发能计算结果如下图，而且阵子强度几乎每步都为0，个别不为0的也是0.0002。我是算了3种形态的三价铁，按理来说这个是最需要算出来的，可是只有这个在更换几次关键词后仍未算出想要的结果，同样关键词条件下单独三价铁离子的激发态是可以算出来并收敛的，且阵子强度不为0。这种情况我是否可以认为此种形态铁无法被激发了呢，但是从实验角度来说这种形态的铁是最有可能被激发的（因为实验pH条件下Fe(OH)^(2+)占的比例是最多的），但是我的实验条件是pH=3，当前计算条件应该是中性pH条件对吧老师。但是此时单独三价铁离子的激发态是可以算出来并收敛的，也就是说如果Fe(OH)^(2+)能够被激发那么它应该也能够算出来。目前正在读取基态优化后的波函数重新提交激发态计算，谢谢老师
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-14 03:44

smlscu 发表于 2022-9-13 18:24
是的老师，最后一步激发能计算结果如下图，而且阵子强度几乎每步都为0，个别不为0的也是0.0002。我是算了 ...

不是无法被激发，而是激发后分子会极快地发生内转换回到基态。这就是为什么激发能会优化到负值，实际上激发能从正值优化到0的时候就代表分子回到基态了，但是因为算法限制，高斯默认分子一直处于激发态，所以硬着头皮给你优化到了激发态比基态还低的、实际上并不存在的状态，然后报错不收敛。
量化计算没有pH一说，即使有pH也不默认是中性。关于如何在量化计算里体现pH，以及为什么你的计算不是中性pH，参见https://mattermodeling.stackexch ... molecules/9605#9605

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-14 16:02
本帖最后由 smlscu 于 2023-4-3 14:50 编辑

zjxitcc 发表于 2022-9-12 22:58
（1）你没写guess=read，没有读入辛苦算好的、稳定的基态波函数，变成了使用高斯默认初猜，那还算个啥， ...

谢谢老师

。读取了基态优化的初猜波函数后激发能算出来啦，就是仍未收敛。图1 (, 下载次数 Times of downloads: 20)
图2 (, 下载次数 Times of downloads: 16)
图3 (, 下载次数 Times of downloads: 25)
图3的结果，虽然一般是看S1，但由于其阵子强度只有0.0002，我是否可以说发射信息为S0->S3，激发能 2.7829 eV，激发波长445.52nm，阵子强度0.0114，激发贡献34B-> 36B,激发贡献为0.83871^2/0.5=1.41。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-14 18:15

smlscu 发表于 2022-9-14 16:02
谢谢老师，是我缺乏最基本的常识也没有动脑子了。读取了基态优化的初猜波函数后激发能算出来啦 ...

你贴了太多图和文字，我已经看不懂你想问/说什么了。。。

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-14 19:40
本帖最后由 smlscu 于 2022-9-14 19:48 编辑

zjxitcc 发表于 2022-9-14 18:15
你贴了太多图和文字，我已经看不懂你想问/说什么了。。。

35楼是想问过渡态的计算。请问老师有什么建议呢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-15 12:41

smlscu 发表于 2022-9-14 19:40
35楼是想问过渡态的计算。请问老师有什么建议呢

具体哪个基元反应中哪个过渡态找不到/报错/有啥问题？

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-15 16:03
本帖最后由 smlscu 于 2022-9-15 16:13 编辑

zjxitcc 发表于 2022-9-15 12:41
具体哪个基元反应中哪个过渡态找不到/报错/有啥问题？

老师先帮我看下反应物初态结构吧，初态结构是三价铁与双氧水反应（图1），但是经过结构优化之后双氧水上的氢就会跑到旁边的溶剂水分子上（这个结构应该是我的目标产物）（图2），我尝试过把这个水分子拉远，但是结果还是一样的，这里我该如何处理才能完成对三价铁与双氧水的反应物的模型结构优化呢，固定双氧水中的一个原子是否可行呢，或是用什么办法呢老师（附件初态结构输入文件和优化后的fchk文件）图1： (, 下载次数 Times of downloads: 15)
图2： (, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: ZH123456 时间: 2022-9-16 19:36

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

老师，我按照您说的设计了第一步，输入文件里我多写了溶剂和模型，提交linux系统之后提示 No SCRF with Counterpoise出错，我这个体系溶剂是水，请老师指点，谢谢老师

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-16 19:39

ZH123456 发表于 2022-9-16 19:36
老师，我按照您说的设计了第一步，输入文件里我多写了溶剂和模型，提交linux系统之后提示 No SCRF with C ...

你说的这个问题在本帖的19L和20L中讨论过了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-16 19:48

smlscu 发表于 2022-9-15 16:03
老师先帮我看下反应物初态结构吧，初态结构是三价铁与双氧水反应（图1），但是经过结构优化之后双氧水上 ...

你的初始结构里H2O2中的氧原子离三价铁太近了，O配到Fe上后转移1个H给旁边的水是正常现象。有两点建议：
（1）倒着搜索反应路径，扫描距离缩短的H2O...H键，看能否通过柔性扫描把H原子转移回去，这个过程中Fe-O键应该会自动断开，如果成功的话，你就往反应物走了一步。没有人规定搜索反应路径要从反应物开始，能从产物倒着算回反应物也是一样的。
（2）正着搜索反应路径，那当前初始结构肯定是不合适的，H2O2靠近Fe前，Fe应该是6配位满的，这个过程H2O2需要挤掉1个水分子进第一配位层，这个过程是分步的还是协同的需要你自行探索。

作者
Author: ZH123456 时间: 2022-9-16 20:04

zjxitcc 发表于 2022-9-16 19:39
你说的这个问题在本帖的19L和20L中讨论过了

好哒，谢谢老师

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-16 22:06

zjxitcc 发表于 2022-9-16 19:48
你的初始结构里H2O2中的氧原子离三价铁太近了，O配到Fe上后转移1个H给旁边的水是正常现象。有两点建议：
...

好的谢谢老师，今天通过扫描距离拉长的Fe-O键无意间扫出了H原子转移回去的构型，看了您说的第（1）条明白了此种情形属于倒着搜索反应路径，反应物结构已扫到。您说的第（2）点我觉得可以在反应物前面再加一个六配位水Fe和双氧水的Initial State，然后下一步再是扫描得到的反应物结构。感谢老师的指导！

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-9-18 09:45

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

老师好，按照你的方法我计算完了第一步，对于第二步我搞不懂要怎么书写.gjf文件？是将第一步产生的.fch结构记录的构型作为原子坐标，再配上你给的关键词，作结构优化吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-18 11:20

护卫天使发表于 2022-9-18 09:45
老师好，按照你的方法我计算完了第一步，对于第二步我搞不懂要怎么书写.gjf文件？是将第一步产生的.fch结 ...

不用这么麻烦。11L回复中写得很详细，其中“第二步”

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-18 20:24
本帖最后由 smlscu 于 2022-9-18 22:44 编辑

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

老师，我算反应路径的反应物初态和产物终态结构，测试完波函数稳定性以后试的几个几何结构优化均不收敛（包括搜索出来的和若干猜测的结构），是不是还是我的结构不合理呢，还是再试一下波函数片段细分呢。或者这种情况就可以加关键词帮助收敛了呢。。

No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Sun Sep 18 19:30:33 2022, MaxMem=  6442450944 cpu:             27.9 elap:             1.3
(Enter /THFS/home/xfm/software//g16/l9999.exe)

I WISH TO HAVE NO CONNECTION WITH ANY SHIP THAT DOES NOT SAIL FAST,
FOR I INTEND TO GO IN HARM'S WAY.
   -- JOHN PAUL JONES, USN 1747-1792
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /THFS/home/xfm/software//g16/l9999.exe at Sun Sep 18 19:30:33 2022.
Job cpu time:    3 days 21 hours 13 minutes 12.0 seconds.
Elapsed time:    0 days  4 hours  6 minutes 17.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 800 Int=    0 D2E=    0 Chk=    33 Scr=    1

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-19 13:27

smlscu 发表于 2022-9-18 20:24
老师，我算反应路径的反应物初态和产物终态结构，测试完波函数稳定性以后试的几个几何结构优化均不收敛（ ...

你这个product.gjf里结构挺奇怪的，有HOO·自由基？这算产物么？

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-19 18:29

zjxitcc 发表于 2022-9-19 13:27
你这个product.gjf里结构挺奇怪的，有HOO·自由基？这算产物么？

有HOO·自由基呢老师，这个是算产物

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-20 22:02

smlscu 发表于 2022-9-19 18:29
有HOO·自由基呢老师，这个是算产物

我觉得这不是很合理，在结构优化过程中HOO·自由基应该会从一堆水分子里夺取一个H，重回H2O2，换句话说，不太可能优化出含游离HOO·自由基的结构

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-21 21:59

smlscu 发表于 2022-9-16 22:06
好的谢谢老师，今天通过扫描距离拉长的Fe-O键无意间扫出了H原子转移回去的构型，看了您说的第（1）条明白 ...

老师这个是倒着扫出来的反应物，铁配位的其中一个水分子上的H转移到旁边的溶剂水分子上了呢，只有这个构型很愉快的收敛了。。。老师有时间的话请看一下呢。我尝试过其它很多初始构型，没有H原子转移的话都是几何优化不收敛

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-22 18:52

zjxitcc 发表于 2022-9-20 22:02
我觉得这不是很合理，在结构优化过程中HOO·自由基应该会从一堆水分子里夺取一个H，重回H2O2，换句话说， ...

但是老师我单独优化了OOH自由基是收敛了的，您的意思是说如果它和水分子在一起，在显式溶剂模型里是不太可能优化出含游离HOO·自由基的结构吗

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-22 19:07

smlscu 发表于 2022-9-22 18:52
但是老师我单独优化了OOH自由基是收敛了的，您的意思是说如果它和水分子在一起，在显式溶剂模型里是不太 ...

回复54L：54L中的附件结构没问题。这里面没有疑问句，我不知道该该回答啥。
回复55L：单独优化游离HOO·自由基当然能收敛，因为没有其他分子，没法夺取氢原子。
是的。

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-22 19:59

zjxitcc 发表于 2022-9-22 19:07
回复54L：54L中的附件结构没问题。这里面没有疑问句，我不知道该该回答啥。
回复55L：单独优化游离HOO· ...

54楼我的疑问是这个结构可以作为加了显式溶剂模型的三价铁和双氧水反应的初态结构吗老师

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-22 20:34

smlscu 发表于 2022-9-22 19:59
54楼我的疑问是这个结构可以作为加了显式溶剂模型的三价铁和双氧水反应的初态结构吗老师

可以

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-23 10:56
本帖最后由 smlscu 于 2022-9-23 10:57 编辑

zjxitcc 发表于 2022-9-22 19:07
回复54L：54L中的附件结构没问题。这里面没有疑问句，我不知道该该回答啥。
回复55L：单独优化游离HOO· ...

继55L的问题，老师这个OOH自由基和羟基自由基类似在我们做的实验方向里是很经典的自由基，我看文献中加了显示溶剂模型的羟基自由基是可以收敛，那我这个OOH自由基在类似环境中是不是有办法可以强行收敛呢，我在别的贴子看到有个老师给的下面这条建议“Decreasing the step length, adding key words: opt=notrustupdate and iop(1/8=n), n is default to 30, you can try 10, I guess.”我先尝试一下上面的建议，老师可以帮我看一下附件fchk我优化完几何优化不收敛的含OOH自由基的终态产物结构模型吗

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-23 11:12
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-9-23 11:18 编辑

smlscu 发表于 2022-9-23 10:56
继55L的问题，老师这个OOH自由基和羟基自由基类似在我们做的实验方向里是很经典的自由基，我看文献中加了 ...

注意，我从未否定“显式溶剂模型下HO·自由基可以收敛”，从未否定“显式溶剂模型下HOO·自由基可以收敛”，我不赞成的是在含有Fe2+/3+水合离子和显式水分子的情况下，还有HOO·自由基可以游离存在。
我看了你上传的product.zip，我认为这没啥帮助，我也给不出啥建议。此贴讨论到现在，我认为真正有用的不是再看某个结构，而是你描述一下你期望这个结构是怎么从前一步反应过来的，下一步你想让它怎么变，不然盲人摸象。怎么写关键词，那是次要的。

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-23 14:25

zjxitcc 发表于 2022-9-23 11:12
注意，我从未否定“显式溶剂模型下HO·自由基可以收敛”，从未否定“显式溶剂模型下HOO·自由基可以收敛 ...

哦哦好的老师，抱歉之前是我理解错了。这一步基元反应产物结构对应的反应物结构为[Fe(H2O)5-OOH]^(2+)[H3O]^(+)[(H2O)4]，该构型已收敛，我设想的是该反应物结构通过Fe-O bond cleavage和Fe-(H2O) formation的过渡态之后产生水合二价铁离子和OOH自由基的产物[Fe(H2O)6]^(2+)(H2O)3(HO2)[H3O]^(+)。目前这一步基元反应只有反应物结构收敛（附件INT_2.fchk），我尝试过通过拉长Fe-O键从反应物柔性扫描势能面得到过渡态，然而该过程质子化水上的H离子被转移回OOH自由基变成了双氧水，得到的过渡态和产物都不符合预期。因此我尝试先优化产物结构，然后倒着扫回过渡态。然而产物结构几何优化不能收敛（附件product.fchk）。这一步为设想的整个反应路径的最后一步。

作者
Author: ZH123456 时间: 2022-9-25 22:44

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

老师，我在第一步link1得到的稳定波函数的基础（输出文件的结构）上设置了过渡态的gjf文件，如下。提交linux系统马上就报错了，我实在找不到什么原因导致得了，恳请老师指点
%chk=TS1-R-Fe3+.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,gdiis,maxstep=4,notrust) freq
ub3lyp/6-31+g(d,p) scrf=(cpcm,solvent=water) nosymm guess=read pop=nbo
chkbasis scf=(xqc,maxcycle=128) int=ultrafine
报错文件： 1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=8,6=8,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2101,71=1,72=1,74=-5,75=-5,116=2/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2,7=128,8=3,13=1,38=6,53=1/2,8;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1,40=1/1,7;
7/30=1/1,2,3,16;
1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4/3(2);
2/9=110,15=1/2;
99//99;
2/9=110,15=1/2;
3/5=8,6=8,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2105,71=1,72=1,74=-5,75=-5,116=2/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,7=128,8=3,13=1,38=5,53=1/2,8;
7/30=1/1,2,3,16;
1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4/3(-5);
2/9=110,15=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1,40=1/1,7;
99/9=1/99;
Error termination via Lnk1e in /data/home/liuzzgroup/g09/g09/l1.exe at Sun Sep 25 22:32:15 2022.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.9 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-26 20:58
本帖最后由 smlscu 于 2022-9-27 08:59 编辑

ZH123456 发表于 2022-9-25 22:44
老师，我在第一步link1得到的稳定波函数的基础（输出文件的结构）上设置了过渡态的gjf文件，如下。提交li ...

freq和pop=nbo去掉试一下呢要先搜索过渡态
[Gaussian/gview] Gaussian 常见报错及解决方法；新手求助报错时的注意事项 http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html 进这个链接ctrl+F搜索关键词，sob老师有在这里讲

作者
Author: ZH123456 时间: 2022-9-27 20:44

smlscu 发表于 2022-9-26 20:58
freq和pop=nbo去掉试一下呢要先搜索过渡态
[Gaussian/gview] Gaussian 常见报 ...

去掉freq和pop=full，只保留了opt=ts，可还是那样，网上说是内存和核数不正确，我修改以后还是计算不了，可以减掉关键词吗老师

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2022-9-27 20:47

ZH123456 发表于 2022-9-25 22:44
老师，我在第一步link1得到的稳定波函数的基础（输出文件的结构）上设置了过渡态的gjf文件，如下。提交li ...

看起来你没有写坐标也没有geom=allcheck。

作者
Author: ZH123456 时间: 2022-9-27 21:06

hebrewsnabla 发表于 2022-9-27 20:47
看起来你没有写坐标也没有geom=allcheck。

坐标用的第一步第二小节得到稳定波函数的结构的坐标，写了geom=allcheck,输入文件如下
%chk=R-Fe3+.chk
%mem=4GB
%nprocshared=40
#p opt=(calcfc,ts) ub3lyp/6-31+g(d,p) chkbasis guess=read geom=allcheck scrf=(cpcm,solvent=water) nosymm int=ultrafine
scf=(xqc,maxcycle=128)

作者
Author: ZH123456 时间: 2022-9-27 21:11

smlscu 发表于 2022-9-14 01:08
好的老师，前两步有按照您说的操作，激发态的时候是没有读取基态的初猜波函数，已改正并提交计算。除此之 ...

请问怎么读取基态的初猜波函数啊？是第一步计算得到稳定波函数的结果文件里的坐标结构吗？

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-28 22:35
本帖最后由 smlscu 于 2022-10-5 22:42 编辑

zjxitcc 发表于 2022-9-12 22:58
（1）你没写guess=read，没有读入辛苦算好的、稳定的基态波函数，变成了使用高斯默认初猜，那还算个啥， ...

老师，我用柔性扫描和IRC得到的过渡态和反应物及产物结构，在相同条件下即低精度b3lyp/6-31G*算频率高精度UPBE1PBE/def2TZVP算单点能之后加合得到吉布斯自由能（体系为三价铁和双氧水反应加显式溶剂模型，过渡态的吉布斯自由能量都低于反应物和产物。但是无论是柔性扫描还是IRC路径上显示的能量都是过渡态高于反应物和产物的。我也尝试了反应物和产物优化到稳定波函数之后或者直接读取扫出来的chk文件，然而结果都是过渡态能量最低。最后我尝试直接将要断的键拉长1/3并做过渡态优化，成功找到能量及结构最为合理的过渡态模型。

作者
Author: smlscu 时间: 2022-9-29 11:14

ZH123456 发表于 2022-9-27 21:11
请问怎么读取基态的初猜波函数啊？是第一步计算得到稳定波函数的结果文件里的坐标结构吗？

当前工作文件夹目录下要有前一步计算所得chk文件

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-9-29 14:18

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

老师好，按照您给的方法，算一个金属配合物，到了结构优化的时候，输出文件显示一直卡着某个地方，不知道我需不需要关掉它，重新再算？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-29 16:06
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-9-29 16:19 编辑

护卫天使发表于 2022-9-29 14:18
老师好，按照您给的方法，算一个金属配合物，到了结构优化的时候，输出文件显示一直卡着某个地方，不知道 ...

截图内容是正常的计算过程。如果你觉得计算量太大，可以考虑自定义基组，给不重要的原子小一点的基组。如果你觉得计算不动了，就检查进程还在不在。你这体系自旋多重度是啥？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-29 16:11

护卫天使发表于 2022-9-29 07:18
老师好，按照您给的方法，算一个金属配合物，到了结构优化的时候，输出文件显示一直卡着某个地方，不知道 ...

这是在做频率计算（可能是freq的步骤，也可能是calcfc的步骤）。因为频率计算当中输出文件更新速率比结构优化慢，所以如果你习惯了结构优化时输出文件的更新速度，就会觉得程序卡了。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-29 16:18

ZH123456 发表于 2022-9-27 21:06
坐标用的第一步第二小节得到稳定波函数的结构的坐标，写了geom=allcheck,输入文件如下
%chk=R-Fe3+.chk
...

（1）内存给得太小，40核计算怎么可能只给4GB，好歹40GB或80GB（如果机器配置允许的话）。
（2）R-Fe3+.chk文件是否为前一步计算得到的？是否把R-Fe3+.chk文件放到当前目录以供读取？

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-9-29 17:07
本帖最后由护卫天使于 2022-9-29 17:09 编辑

zjxitcc 发表于 2022-9-29 16:06
截图内容是正常的计算过程。如果你觉得计算量太大，可以考虑自定义基组，给不重要的原子小一点的基组。如 ...

老师好，我把输入文件上传一下，总体自旋多重度是1.

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-9-29 17:10

wzkchem5 发表于 2022-9-29 16:11
这是在做频率计算（可能是freq的步骤，也可能是calcfc的步骤）。因为频率计算当中输出文件更新速率比结构 ...

明白了，谢谢老师！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-29 17:13

护卫天使发表于 2022-9-29 10:07
老师好，我把输入文件上传一下，总体自旋多重度是1.

自旋多重度设错了，由配体场理论显然可知这个体系的自旋多重度不可能是1

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-9-29 18:10

wzkchem5 发表于 2022-9-29 17:13
自旋多重度设错了，由配体场理论显然可知这个体系的自旋多重度不可能是1

感谢老师指正！那我是不是只能一个一个的试一下。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-29 19:38

护卫天使发表于 2022-9-29 11:10
感谢老师指正！那我是不是只能一个一个的试一下。

不是，应该从配体场理论判断。
如果不知道怎么从配体场理论判断，建议找一本金属有机或者配位化学的教材好好学一下，这个没有任何捷径

作者
Author: ZH123456 时间: 2022-10-2 20:08
本帖最后由 ZH123456 于 2022-10-2 20:12 编辑

zjxitcc 发表于 2022-9-29 16:18
（1）内存给得太小，40核计算怎么可能只给4GB，好歹40GB或80GB（如果机器配置允许的话）。
（2）R-Fe3+. ...

老师，我在Linux系统上试过10GB、40GB、80GB,结果都是显示如下错误，报错说是内存和核数不对，修改了之后还是不可以，第一部分是报错内容，第二部分是我的输入文件，第一步计算得到的稳定波函数的.chk文件放到当前目录文件文件夹下了，还是这样报错的，不知道问题出在了哪里？请老师帮我看一下
报错文件：
%chk=E-R-Fe3+.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,gdiis,maxstep=4,notrust) freq
ub3lyp/6-31+g(d,p) scrf=(cpcm,solvent=water) nosymm guess=read pop=nbo
chkbasis scf=(xqc,maxcycle=128) int=ultrafine
1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=8,6=8,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2101,71=1,72=1,74=-5,75=-5,116=2/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2,7=128,8=3,13=1,38=6,53=1/2,8;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1,40=1/1,7;
7/30=1/1,2,3,16;
1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4/3(2);
2/9=110,15=1/2;
99//99;
2/9=110,15=1/2;
3/5=8,6=8,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2105,71=1,72=1,74=-5,75=-5,116=2/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,7=128,8=3,13=1,38=5,53=1/2,8;
7/30=1/1,2,3,16;
1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4/3(-5);
2/9=110,15=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1,40=1/1,7;
99/9=1/99;
Error termination via Lnk1e in /data/home/liuzzgroup/g09/g09/l1.exe at Sun Sep 25 22:32:15 2022.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  1.9 seconds.
输入文件：
%chk=E-R-Fe3+.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest) ub3lyp/6-31+g(d,p) guess=read chkbasis geom=allcheck scrf=(cpcm,solvent=water) nosymm int=ultrafine

TS1-R-Fe3+

2 4
C             000
C                000
S             000
O             00
O             000
F             000
F             000
F                000
F                000
O             000
Fe             000
F             000

作者
Author: ZH123456 时间: 2022-10-4 11:54

zjxitcc 发表于 2022-9-29 16:18
（1）内存给得太小，40核计算怎么可能只给4GB，好歹40GB或80GB（如果机器配置允许的话）。
（2）R-Fe3+. ...

老师您好，我要设计一种配合物断键产生自由基，那么在寻找稳定波函数（第一步时）就应该把相应的键长拉长到原来的1.3倍吗？在得到稳定波函数的基础上设置过渡态的任务（第二部）吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-4 15:49

ZH123456 发表于 2022-10-4 04:54
老师您好，我要设计一种配合物断键产生自由基，那么在寻找稳定波函数（第一步时）就应该把相应的键长拉长 ...

对，但是更重要的是优化收敛以后需要再做一次稳定性检验。优化前读哪个结构的稳定波函数只影响计算时间（读的结构越接近过渡态，之后发现过渡态波函数不稳定需要再优化一次的概率就越小），不影响结果的可用性

作者
Author: ZH123456 时间: 2022-10-5 10:38

wzkchem5 发表于 2022-10-4 15:49
对，但是更重要的是优化收敛以后需要再做一次稳定性检验。优化前读哪个结构的稳定波函数只影响计算时间（ ...

谢谢老师，我明白了，那后续跑IRC的时候走的步数会比不寻找稳定波函数这个过程的步数少吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-5 15:32

ZH123456 发表于 2022-10-5 03:38
谢谢老师，我明白了，那后续跑IRC的时候走的步数会比不寻找稳定波函数这个过程的步数少吗？

IRC必须从稳定的过渡态波函数出发来算。所以不存在”不寻找稳定波函数这个过程“的概念，只有你即使不找稳定波函数也知道这个波函数肯定是稳定的，才可以不找稳定波函数。
这个和做结构优化是不同的，结构优化只需要最后一步是正确的就行，但IRC的每一步都是IRC曲线的一部分，所以必须一开始波函数就是正确的。

作者
Author: ZH123456 时间: 2022-10-21 23:03

zjxitcc 发表于 2022-9-29 16:18
（1）内存给得太小，40核计算怎么可能只给4GB，好歹40GB或80GB（如果机器配置允许的话）。
（2）R-Fe3+. ...

请老师帮我看一下是哪里出了问题，我之前按照这样的方法短链成功了，现在长链使用相同的方法，总是报错，请老师指点
这是我的输入文件
%chk=E-SP256-R-Fe3+.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p ub3lyp/6-31+g(d,p) nosymm guess(fragment=2) scf=qc

E-SP256-R-Fe3+

2 6 0 2 0 5
C(Fragment=1)    5.44079800 -0.41272900 0.30312500
C(Fragment=1)    0.19088400 -0.32443700 -0.16948500
S(Fragment=2)    -5.35963100 -0.20743600 -0.49900900
O(Fragment=2)    -5.41550500 -1.34692900 0.67191300
O(Fragment=2)    -6.41711600 0.76139500 -0.26353400
O(Fragment=2)    -5.20013700 -0.90460200 -1.76115500
F(Fragment=1)    5.51498000 -0.32654100 1.63738800
F(Fragment=1)    6.51905600 0.18448500 -0.22452700
F(Fragment=1)    5.44496500 -1.70617000 -0.05395200
F(Fragment=1)    1.46676700 1.35942600 0.93908100
F(Fragment=1)    1.67380000 1.18426800 -1.24722700
F(Fragment=1)    -2.43036200 -0.16379000 -1.74990100
F(Fragment=1)    -3.79293700 0.77143500 1.37224600
F(Fragment=1)    -3.75836300 1.86591200 -0.52632900
Fe(Fragment=2) -6.35365700 -1.70390900 2.16479000

--Link1--
%chk=E-SP256-R-Fe3+.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p ub3lyp chkbasis guess=read geom=allcheck scrf=(cpcm,solvent=water) nosymm stable=opt scf=qc
输出文件总是报错（下面是输出文件）
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Fri Oct 21 17:31:52 2022, MaxMem= 536870912 cpu:       6.7
(Enter /data/home/liuzzgroup/g09/g09/l122.exe)
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI=-1 IRwCP=  731 ICalc=  2 LCPTot=    556095 Len1MO=    1099571 IndFrg=    3854808
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=    556095 Len1MO=    1099571 IndFrg=    1655666
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 1 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=    556095 Len1MO=    1099571 IndFrg=    1655666
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc= -1 LCPTot=    556095 Len1MO=    1099571 IndFrg=    556095
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=    556095 Len1MO=    1099571 IndFrg=    1655666
FinFrg:  NACore= 42 NAVal2= 89 NAVal1=    5 NBCore= 42 NBVal2= 89 NBVal1=    0
      NA= 136 NB= 131 NAE= 135 NBE= 130
Bad data into FinFrg.
Error termination via Lnk1e in /data/home/liuzzgroup/g09/g09/l122.exe at Fri Oct 21 17:31:53 2022.
Job cpu time:    0 days  1 hours 24 minutes 16.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 212 Int=    0 D2E=    0 Chk=    6 Scr=    1

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-11-6 23:05
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-11-6 23:08 编辑

ZH123456 发表于 2022-10-21 23:03
请老师帮我看一下是哪里出了问题，我之前按照这样的方法短链成功了，现在长链使用相同的方法，总是报错， ...

（1）你指定了两个片段都是中性的，但是整体却带+2电荷，片段与整体信息矛盾
（2）B3LYP计算过渡金属不是明智的选择，建议阅读《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://sobereva.com/272
（3）不建议直接上scf=qc，若通过片段组合波函数构建初始猜测，最终SCF仍难以收敛，那建议写scf(xqc,maxcycle=128)

作者
Author: xyz0101 时间: 2023-6-29 22:13

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

您好，我按照您给出的方法用相同的基组泛函可以正常计算，但是基组泛函换成ccsd(t)/aug-cc-pvtz后，出现了这样的报错。
Gaussian 09:  ES64L-G09RevD.01 24-Apr-2013
            29-Jun-2023
******************************************
%mem=36000MB
%nprocshared=12
Will use up to 12 processors via shared memory.
%chk=1H2O-charge1a.chk
----------------------------------------------------------------------
#p opt(maxstep=15,calcfc) freq ccsd(t)/aug-cc-pvtz guess=read geom=all
check
----------------------------------------------------------------------

Warning:  this job cannot use analytic gradients
         and so will do many energy evaluations.

No analytic 2nd derivatives for this method.
Error termination via Lnk1e in /home/wangzgjlu/software/g09/l1.exe at Thu Jun 29 22:10:35 2023.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    3 Scr=    1

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-30 03:35

xyz0101 发表于 2023-6-29 15:13
您好，我按照您给出的方法用相同的基组泛函可以正常计算，但是基组泛函换成ccsd(t)/aug-cc-pvtz后，出现 ...

报错已经说得很清楚了，No analytic 2nd derivatives for this method.
看一下http://gaussian.com/freq/的availability页面就知道了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-6-30 10:07
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-6-30 10:21 编辑

xyz0101 发表于 2023-6-29 22:13
您好，我按照您给出的方法用相同的基组泛函可以正常计算，但是基组泛函换成ccsd(t)/aug-cc-pvtz后，出现 ...

CCSD(T)不是泛函，世界上不止DFT一类方法，CCSD(T)方法分类属于波函数方法-耦合簇方法-考虑单双激发和微扰三激发。CCSD(T)耗时甚巨，一般不适合用来做结构优化和频率分析（除非是三、四个原子），你得清楚自己想算什么、要算什么，不然万一算一周一个分子都没算完，挨导师骂。

作者
Author: xyz0101 时间: 2023-6-30 19:56
本帖最后由 xyz0101 于 2023-6-30 21:48 编辑

wzkchem5 发表于 2023-6-30 03:35
报错已经说得很清楚了，No analytic 2nd derivatives for this method.
看一下http://gaussian.com/freq ...

没有二阶分析倒数，但为什么前两步可以算，但第三步优化才显示这种错误呢，而且我是在内坐标下进行的，这样可以避免ccsd（t）方法没有解析频率的问题。

作者
Author: xyz0101 时间: 2023-6-30 20:03

zjxitcc 发表于 2023-6-30 10:07
CCSD(T)不是泛函，世界上不止DFT一类方法，CCSD(T)方法分类属于波函数方法-耦合簇方法-考虑单双激发和微 ...

因为体系不大，想用ccsd(t)做基准。那一般构建片段组合波函数用什么方法是大家认可的呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-1 02:31

xyz0101 发表于 2023-6-30 12:56
没有二阶分析倒数，但为什么前两步可以算，但第三步优化才显示这种错误呢，而且我是在内坐标下进行的，这 ...

前两个什么步骤？
如果你指的是这个gjf文件里有三个任务，第三个任务是CCSD(T)的opt=calcfc计算，那当然在第三个任务（的第一步）报错。
用不用内坐标不是解决没有解析频率问题的方法，用数值频率才是。可能高斯里的某些写法允许你即使不明确要求用数值频率、也会自动给你用数值频率，但是用数值频率仍然是程序可以解决没有解析频率问题的根本原因。建议了解一下数值差分法和解析导数的关系

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-1 02:32

xyz0101 发表于 2023-6-30 13:03
因为体系不大，想用ccsd(t)做基准。那一般构建片段组合波函数用什么方法是大家认可的呢？

只要构造出来的波函数正确即可，方法不重要

作者
Author: xyz0101 时间: 2023-7-1 08:19
本帖最后由 xyz0101 于 2023-7-1 10:38 编辑

wzkchem5 发表于 2023-7-1 02:32
只要构造出来的波函数正确即可，方法不重要

我想要设置体系中一些原子的电荷，其他部分不变
O(Fragment=1)
H(Fragment=1)                1          B1
H(Fragment=2)                1          B2 2          A1
O                                     1          B3 2          A2 3          D1 0
H                                     4          B4 1          A3 2          D2 0
H                                     4          B5 1          A4 2          D3 0

请问我其他部分该怎么设置呢

作者
Author: xyz0101 时间: 2023-7-1 11:59

wzkchem5 发表于 2023-7-1 02:31
前两个什么步骤？
如果你指的是这个gjf文件里有三个任务，第三个任务是CCSD(T)的opt=calcfc计算，那当然 ...

第一步构造完波函数，我想要得到的改变后的体系的能量，进行了读取波函数单点能计算，但是单点计算完，电荷分布又恢复到了原始的状态，即没有设置片段电荷前的值，这是为什么呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-1 14:33

xyz0101 发表于 2023-7-1 04:59
第一步构造完波函数，我想要得到的改变后的体系的能量，进行了读取波函数单点能计算，但是单点计算完，电 ...

仔细阅读http://bbs.keinsci.com/thread-535-1-1.html

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-7-1 16:55
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-7-1 16:58 编辑

xyz0101 发表于 2023-6-30 20:03
因为体系不大，想用ccsd(t)做基准。那一般构建片段组合波函数用什么方法是大家认可的呢？

（1）是二阶解析导数，不是“二阶分析倒数”。用内坐标不能避免高斯中CCSD(T)没有解析二阶导数的问题。

（2）片段组合波函数是用来构建HF/DFT初始轨道的，通常用于复杂体系的UHF和UDFT计算。在UHF计算完成后，CCSD(T)计算是一样的计算步骤（读取UHF轨道，做UCCSD(T)计算）；不是让你在UCCSD步骤去用片段组合波函数。

（3）“为什么前两步可以算，但第三步优化才显示这种错误”你没明确交待什么是“前两步”、什么是“第三步”。不过如果与问题无关，倒也不用继续谈这一点。

（4）目前你的计算略为混乱，想CCSD(T)，又想指定电荷，又想片段组合波函数，有理由怀疑进入了误区。建议把完整问题描述一下，然后让大家推荐你合适的做法。

作者
Author: xyz0101 时间: 2023-7-3 23:40

zjxitcc 发表于 2023-7-1 16:55
（1）是二阶解析导数，不是“二阶分析倒数”。用内坐标不能避免高斯中CCSD(T)没有解析二阶导数的问题。
...

您好！我想要做的是规定一个原子带一个电荷，与不带电荷相比较，我在用组合片段波函数计算时，将片段2即带电荷的原子设置为1 -1，其余部分为-1 1，但按照教程，我计算出的结果，可以完成第一个任务，即电荷按设置情况分配，但我并未在log文件中找到体系的能量，在计算第二个任务，稳定波函数后，体系电荷又恢复的未设置的状态;计算第三个任务后，体系恢复的初始的状态和能量。
这是我的输入文件，请各位老师指正。
C%mem=36000MB
%nprocshared=12
%chk=1H2O-charge1.chk
#p b3lyp/aug-cc-pvtz guess(fragment=2,only)

Title Card Required

0 1 -1 1 1 -1
O(Fragment=1)                0.00000000 0.12844200 0.00000000
H(Fragment=2)                0.78587100 -0.59771700 0.00000000
H(Fragment=1)                -0.78587100 -0.42982000 0.00000000

--link1--
%mem=36000MB
%nprocshared=12
%chk=1H2O-charge1.chk
#p b3lyp/aug-cc-pvtz guess=read geom=allcheck  scrf nosymm stable=opt

--link1--
%mem=36000MB
%nprocshared=12
%chk=1H2O-charge1.chk
#p opt(maxstep=15,calcfc)  b3lyp/aug-cc-pvtz guess=read geom=allcheck

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-7-4 09:06
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-7-4 09:08 编辑

xyz0101 发表于 2023-7-3 23:40
您好！我想要做的是规定一个原子带一个电荷，与不带电荷相比较，我在用组合片段波函数计算时，将片段2 ...

片段组合波函数可以用来构建SCF初始猜测，但收敛结果并不一定你是预想的，因为：（1）一个人预想的不一定是合理的，不是真实基态SCF收敛解；（2）想啥就算出啥，这有很大任意性，不是严谨的科学。

你想要的能量在第二个任务中，SCF刚开始时，第一次输出的能量。如果想要更严谨的能量，像95L建议的那样使用Constrained DFT方法。

如果你还想在限制电荷的情况下做结构优化，那很容易让人怀疑你知不知道自己在算什么、要达到什么样的目的，或许已经走入了误区而不自知，需要别人提供更合适的方案。Anyway，算是可以算的，就是在Constrained DFT下做结构优化（高斯不支持）。

作者
Author: xyz0101 时间: 2023-7-4 09:33

zjxitcc 发表于 2023-7-4 09:06
片段组合波函数可以用来构建SCF初始猜测，但收敛结果并不一定你是预想的，因为：（1）一个人预想的不一定 ...

我也用了qchem中的CDFT方法，结算出的结果没有按我设置的电荷分布，这是我的部分输入和输出信息。
input
$cdft
2
1 1 2
-1 3 3
$end

out:
Ground-State Mulliken Net Atomic Charges
   1 O                   -0.588026
   2 H                   -3.883611
   3 H                   2.468544
   4 O                   -0.560063
   5 H                   0.078551
   6 H                   0.269400
   7 O                   0.404533
   8 H                   1.440387
   9 H                   0.370286

作者
Author: smlscu 时间: 2023-10-30 15:32

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

老师，我构建类似体系片段组合波函数时报错并且找不到原因。体系为带一个氢氧根的三价铁配位5个水分子和一个羟基自由基。输入和输出文件贴附件。输入文件如下：
%chk=FeH2O6INT2.chk
%mem=48GB
%nprocshared=24
#p guess(fragment=3) nosymm UTPSSh def2TZVP scf=(xqc,maxcycle=300,vshift=500)

title

2 5 2 6 0 1 0 2
Fe(Fragment=1) -0.11675200 -0.12176900 -0.16031000
H(Fragment=2)    -0.61023700 2.55520200 -0.60905100
H(Fragment=2)    2.58536100 -0.45094700 -0.23363400
H(Fragment=2)    0.62026700 -2.73388100 0.28630600
H(Fragment=2)    -1.96250600 0.40969800 -4.43918700
H(Fragment=2)    -2.76893500 0.31135800 0.45065800
H(Fragment=2)    -0.71843100 -0.55717300 2.51354800
O(Fragment=2)    -0.29335400 1.94362700 0.07046800
H(Fragment=2)    -0.50618300 2.31794000 0.93802100
O(Fragment=2)    -0.09000500 -0.02924900 2.00026000
H(Fragment=2)    0.77699400 -0.14182100 2.41758400
O(Fragment=2)    -2.12415400 0.50264600 -3.48962300
H(Fragment=2)    -2.91714300 -0.02222900 -3.31065800
O(Fragment=2)    1.95233500 0.18867400 0.12582300
H(Fragment=2)    2.28467000 1.07115900 -0.09970000
O(Fragment=2)    -2.19104100 -0.34808900 0.04042400
H(Fragment=2)    -2.57419600 -1.22231500 0.20421600
O(Fragment=2)    0.06997100 -2.15929000 -0.26262700
H(Fragment=2)    0.25368100 -2.31269600 -1.23831200
O(Fragment=1)    -0.08451600 -0.13715100 -2.02608300
H(Fragment=1)    -0.89131400 0.06698500 -2.61465700
O(Fragment=3)    0.26448176 -1.90917551 -5.23028809
H(Fragment=3)    1.13105147 -2.02617161 -5.65813806

报错信息如下：
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Mon Oct 30 15:19:27 2023, MaxMem=  6442450944 cpu:             27.6 elap:             1.3
(Enter /THFS/home/xfm/software//g16/l122.exe)
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI=-1 IRwCP=  731 ICalc=  3 LCPTot=    219987 Len1MO=    430521 IndFrg=    1942071
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=    219987 Len1MO=    430521 IndFrg=    650508
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 1 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=    219987 Len1MO=    430521 IndFrg=    650508
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc= -1 LCPTot=    219987 Len1MO=    430521 IndFrg=    219987
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=    219987 Len1MO=    430521 IndFrg=    650508
FinFrg:  NACore= 17 NAVal2= 31 NAVal1=    6 NBCore= 17 NBVal2= 31 NBVal1=    0
      NA= 54 NB= 48 NAE= 53 NBE=    49
Bad data into FinFrg.
Error termination via Lnk1e in /THFS/home/xfm/software//g16/l122.exe at Mon Oct 30 15:19:27 2023.

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