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标题: 求助：VMD怎么进行多个分子多个frame显示 [打印本页]

作者
Author: calcifa 时间: 2022-8-20 21:46
标题: 求助：VMD怎么进行多个分子多个frame显示
请教一下各位老师，我想用VMD显示一个物理过程，这个过程有几十步（几十个frame），其中每一步包括几千个分子（C1,C2,C3组成一个分子结构，A单独组成一个分子结构)，并且存在上一步与下一步分子数不相同的情况，请问这个用xyz文件能实现吗？或者有其他更好的实现方法吗？
我目前是用一个xmol文件包括每一步的所有原子，用TK console导入所有xmol文件，一开始mol new，然后在分子数不变的情况下用mol addfile的方式添加多个frame，分子数变换后就mol new，但是这样出来的效果不好，需要手动调整很麻烦，而且无法识别出每个分子结构，无法成键。
希望各位老师能够指点一下！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-22 09:32
VMD命令行窗口输入诸如topo readvarxyz test.xyz利用Topotools提供的功能载入，原子数变化的情况Topotools会自动用虚粒子占位

作者
Author: calcifa 时间: 2022-8-22 12:50

sobereva 发表于 2022-8-22 09:32
VMD命令行窗口输入诸如topo readvarxyz test.xyz利用Topotools提供的功能载入，原子数变化的情况Topotools ...

感谢老师指导，我去试试

作者
Author: 牧生 时间: 2022-9-4 11:33
本帖最后由牧生于 2022-9-4 13:35 编辑

sobereva 发表于 2022-8-22 09:32
VMD命令行窗口输入诸如topo readvarxyz test.xyz利用Topotools提供的功能载入，原子数变化的情况Topotools ...

请教一下，近日正好遇到了这样一个问题，需要将多个原子总数量不同的pdb文件，做成一个轨迹文件，以便于用VMD的movie maker转为视频。

比如这里，做水结冰，中间是冰，两边是液态水，我想看液态水分子变少的过程，取了其中10帧液态水为例，其中一帧为 (, 下载次数 Times of downloads: 16)
我的方法是，使用脚本调用Multiwfn将这一批pdb文件批量转为xyz文件（有一个问题：Multiwfn不识别四点水的虚原子，MW都变成了Mg，且xyz格式，没有盒子尺寸），再用cat命令合并这一批xyz文件。
然后命令行打开vmd，输入topo readvarxyz Hyd.xyz，确实是10帧，但得到的图像全是点 (, 下载次数 Times of downloads: 14)

需要请教解决的问题：
（1）如何才能实现10帧的总原子数量不同的pdb文件，转为一个轨迹？
（2）如果我的上述方法行不通，有没有什么方法，可以将这多个pdb文件按照一定的设置显示方法（如同时显示lines和hbond），批量转成图片，然后再ffmpeg合并为视频？
期待看到的效果是，所显示的分子数量越来越少。

我所用的这10个pdb在附件中

(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-4 23:15

牧生发表于 2022-9-4 11:33
请教一下，近日正好遇到了这样一个问题，需要将多个原子总数量不同的pdb文件，做成一个轨迹文件，以便于 ...

用xyz格式也可以传递给Multiwfn盒子信息，需要自己补充，见
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

每帧作为单独的pdb文件，写VMD脚本，自动载入，渲染成图片，然后再处理下一个。参考
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: 牧生 时间: 2022-9-5 17:18
本帖最后由牧生于 2022-9-5 19:25 编辑

sobereva 发表于 2022-9-4 23:15
用xyz格式也可以传递给Multiwfn盒子信息，需要自己补充，见
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入 ...

非常感谢，在依葫芦画瓢的过程中，整了个半成品，现在可以顺利同时显示氢键和线条了，也有盒子信息了，可以批量截多个pdb的图。。
但仍有一个问题，整了好久都没弄好。source 脚本得出的图形较小，看不清，如下所示
(, 下载次数 Times of downloads: 15)

希望得到的图形是以下的大小，请问改在脚本里加入什么样的语句啊。

(, 下载次数 Times of downloads: 16)

脚本如下（本外行写的，一定有很多不合理的地方），我只知道应该设置set current_view，但不会弄

#vmd

display projection Orthographic
color Display Background black
display depthcue off
menu main on
set allfiles [glob *.pdb]
foreach file $allfiles {
mol new $file

# turn on lights 0 and 1
light 0 on
light 1 on
light 2 off
light 3 off
lappend viewplist [molinfo top]
puts "Rendering $file..."
display nearclip set 0.1
mol delrep 0 top
mol representation hbonds 3.5 35 1
mol addrep top
mol representation lines
mol addrep top
pbc box
display rendermode GLSL
lappend viewplist [molinfo top]
render TachyonInternal $file.bmp
mol delete top
}

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-5 20:59

牧生发表于 2022-9-5 17:18
非常感谢，在依葫芦画瓢的过程中，整了个半成品，现在可以顺利同时显示氢键和线条了，也有盒子信息了，可 ...

对其中一个体系，把视角调合适了，用ppt里的sv命令保存，然后脚本里每次都调用ppt里的lv命令使视角和之前设的一致

(, 下载次数 Times of downloads: 18)

(, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: 牧生 时间: 2022-9-5 22:23

sobereva 发表于 2022-9-5 20:59
对其中一个体系，把视角调合适了，用ppt里的sv命令保存，然后脚本里每次都调用ppt里的lv命令使视角和之前 ...

我还专门把录音的这几页听了几遍，但还是没有完全重复出来讲义上的效果，请帮忙看一下我的操作在哪里出了问题

https://www.bilibili.com/video/BV1ND4y1q7rw/

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