计算化学公社

标题: 请问sobtop使用cp2k的hessian矩阵需要在input里添加什么关键词吗 [打印本页]

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Author: www1 时间: 2022-8-21 00:51
标题: 请问sobtop使用cp2k的hessian矩阵需要在input里添加什么关键词吗
请问各位老师同学，我在尝试用sobtop去产生一个比较大的非生物体系的top文件，有以下两个问题需要请教各位。
1. 在生成bonded的相关参数的时候，sobtop支持 ”Gaussian的freq任务得到的，用于给Sobtop提供Hessian矩阵。这一步用ORCA的freq任务产生的.hess文件、xtb的--ohess任务产生的名为hessian的文件、CP2K振动分析的输出文件亦可"。因为cp2k算的比较快，所以选择cp2k进行VIBRATIONAL ANALYSIS去产生hessian矩阵。但是算完之后把.out文件载入sobtop，提示说没有找到hessian cartesian。也尝试把计算结束后的.hess载入进去，应该是因为文件格式不识别而闪退了。请问要如何设置input才能让.out能够包含有sobtop需要的hessian matrix的信息呢。

2. 非生物体系能不能像生物体系那样，我把整个体系分成几个基团，然后去产生几个基团的itp，再include进主要的top文件里呢。如果可以，分基团有什么原则要遵循吗？

非常感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-21 09:09
1 http://sobereva.com/soft/Sobtop中的周期性的例子对应的CP2K的输入输出文件都在examples目录下直接给明了
教程里写得没法更明白。把整个网页从头到尾完整看一遍。

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2 不说具体体系没法回答

作者
Author: www1 时间: 2022-8-21 10:32

sobereva 发表于 2022-8-21 09:09
1 http://sobereva.com/soft/Sobtop中的周期性的例子对应的CP2K的输入输出文件都在examples目录下直接给明 ...

感谢sob老师。

1. 体系是非周期性体系，跑频率分析出来之后没有hessian的信息。和您这个例子之间，似乎只差了扩胞，k点设置等等这些，请问其中是有什么必然联系吗（周期性体系和产生hessian之间）。后来我为了测试方便，对一个H2O分子用各种inp也尝试无果。请教您~

2. 两个体系：1）MOF，比如说NU1000，能不能把金属簇和有机配体分别产生itp。 2）Au团簇+包被有机配体，比如Au25(PPh3)10(SC2H4Ph)5Cl2 和 Au25(SR)18 能不能把Au团簇和有机配体分开讨论。

谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-22 09:20

www1 发表于 2022-8-21 10:32
感谢sob老师。

1. 体系是非周期性体系，跑频率分析出来之后没有hessian的信息。和您这个例子之间， ...

1 非周期性体系干嘛用CP2K？用Gaussian或ORCA好得多得多

2 只要配体和簇不是共价相连的，一般都应当分别产生itp。如果共价相连，最好用sobtop一次性产生。习俗上gmx里把每个共价键（也包括配位键）相连的整体作为一个[moleculetype]

作者
Author: www1 时间: 2022-8-22 10:33

sobereva 发表于 2022-8-22 09:20
1 非周期性体系干嘛用CP2K？用Gaussian或ORCA好得多得多

2 只要配体和簇不是共价相连的，一般都应当分 ...

明白了明白了~ 谢谢老师。

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