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标题: sobMECP能计算S0和S1交叉点吗？ [打印本页]

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2016-4-30 13:02
标题: sobMECP能计算S0和S1交叉点吗？
我知道求s1/s0 intersection points 可以用 casscf
S1/T1 ISC point 用 MECP，
那么想问一下 s1/s0 IC point 可不可以用 MECP 程序（sobMECP程序）？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-4-30 17:56
原理上可以，只要修改一下代码中收敛标准的判断即可。原先用于系间窜越MECP搜索，收敛条件之一是必须能量差小于一定值，但S0-S1交叉一般是避免交叉会有一定能量裂分，所以能量差必须足够接近0这个条件应去掉。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-21 10:30

sobereva 发表于 2016-4-30 17:56
原理上可以，只要修改一下代码中收敛标准的判断即可。原先用于系间窜越MECP搜索，收敛条件之一是必须能量差 ...

sob老师好，想在想通过这个sob-mecp来搜索S1-S0的交叉点。我看您说需要修改：
如果要调整收敛判断阈值，应修改temp/MECP.f的第300行。总共有5个标准。TDE是能量变化，TDXMax和TDXRMS是位移最大值和方均根，TGMax和TGRMS是受力最大值和方均根。默认情况下，受力和位移判断标准比Gaussian09几何优化默认判断标准松将近一倍。
我找到程序300行
PARAMETER (TDE=5.d-5,TDXMax=4.d-3,TDXRMS=2.5d-3,TGMax=7.d-4,TGRMS=5.d-4)
修改TDE数值吗？多少？谢谢sob老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-21 15:02

小范范1989 发表于 2016-6-21 10:30
sob老师好，想在想通过这个sob-mecp来搜索S1-S0的交叉点。我看您说需要修改：
如果要调整收敛判断阈值， ...

不是改这个。要搜索S1-S0交叉点得把“两个态之间能量差必须很小”这个收敛要求去掉或者设得很松，这是在其它地方改的。代码不长，从头到尾看看就能找到。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-23 09:32

sobereva 发表于 2016-6-21 15:02
不是改这个。要搜索S1-S0交叉点得把“两个态之间能量差必须很小”这个收敛要求去掉或者设得很松，这是在 ...

sob老师好，我比较笨，没有从.f程序中找到老师说的这个地方，不知道改哪个地方，希望sob老师能给指明一下，同时数值改为多少？
顺带问一下sob老师，这个MECP也能搜索T2-S1的交叉点是吧？谢谢sob老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-24 03:54

小范范1989 发表于 2016-6-23 09:32
sob老师好，我比较笨，没有从.f程序中找到老师说的这个地方，不知道改哪个地方，希望sob老师能给指明一下 ...

MECP.f里
   IF (GMax .lt. TGMax) THEN
      PConv(1) = .true.
      flags(1) = "YES"
   END IF
   IF (GRMS .lt. TGRMS) THEN
      PConv(2) = .true.
      flags(2) = "YES"
   END IF
   IF (DXMax .lt. TDXMax) THEN
      PConv(3) = .true.
      flags(3) = "YES"
   END IF
   IF (DXRMS .lt. TDXRMS) THEN
      PConv(4) = .true.
      flags(4) = "YES"
   END IF
   IF (DE .lt. TDE) THEN
      PConv(5) = .true.
      flags(5) = "YES"
   END IF

就这5个判断收敛的条件，把IF (DE .lt. TDE) THEN改成IF (.true.) THEN就行了，使这个条件判断总是为真。

原理上可以搜索T2-S1，只要让程序正确读取激发态计算给出的激发态能量信息就行了。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-24 07:33

sobereva 发表于 2016-6-24 03:54
MECP.f里
IF (GMax .lt. TGMax) THEN
PConv(1) = .true.

谢谢sob老师的指点，谢谢老师。
在搜索的时候S1这样写
%mem=2GB
%nproc=12
%chk=S1-gas.chk
#n pbe1pbe/6-311G* force guess(read) td

First State

0 1

T2这样写
%mem=2GB
%nproc=12
%chk=T2-gas.chk
#n pbe1pbe/6-311G* force guess(read) td(triplet,root=2)

Second State

0 1
对吧？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-24 16:26

小范范1989 发表于 2016-6-24 07:33
谢谢sob老师的指点，谢谢老师。
在搜索的时候S1这样写
%mem=2GB

对

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2016-7-10 13:07
有没有已发表的文献用这个方法？？

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2016-7-12 22:21
首先要得到激发态S1的PES 用tddft optimization 不合适，因为在conical intersection附近TDDFT失效
A serious drawback for photochemical applications, however, is that TDDFT predicts the wrong topology for any CI that involves the reference state
在此基础上上应用MECP程序的方法求S0/S1交叉点，似乎就不行了
当然求S0/T1就不存在这个问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-13 07:25

ZHANGZY 发表于 2016-7-12 22:21
首先要得到激发态S1的PES 用tddft optimization 不合适，因为在conical intersection附近TDDFT失效
A seri ...

对于避免交叉，只要能量分裂够大显然是可以用的
当然交叉上的情况TDDFT没法用，只能MCSCF或多参考方法

作者
Author: blueyangliu 时间: 2016-12-4 23:40

小范范1989 发表于 2016-6-24 07:33
谢谢sob老师的指点，谢谢老师。
在搜索的时候S1这样写
%mem=2GB

你用的什么服务器算这个的？我看你设置的%nproc=12，是单机还是集群

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-12-5 08:03

blueyangliu 发表于 2016-12-4 23:40
你用的什么服务器算这个的？我看你设置的%nproc=12，是单机还是集群

集群，我们点买了好几百个核。

作者
Author: blueyangliu 时间: 2016-12-5 14:51

小范范1989 发表于 2016-12-5 08:03
集群，我们点买了好几百个核。

SobMECP程序能放到集群上计算吗？我没成功呢，怎么做到的

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-12-5 17:52

blueyangliu 发表于 2016-12-5 14:51
SobMECP程序能放到集群上计算吗？我没成功呢，怎么做到的

能，就是在集群上。我之前用过，可以的。教程我的都有啊。你不能用，是因为你没把文件全部放进去，少文件吧

作者
Author: 遗忘爱神 时间: 2016-12-5 20:00
不妨试试用gamess的tddft寻找S0和S1的圆锥交叉点，

作者
Author: blueyangliu 时间: 2016-12-5 21:07

小范范1989 发表于 2016-12-5 17:52
能，就是在集群上。我之前用过，可以的。教程我的都有啊。你不能用，是因为你没把文件全部放进去，少文件 ...

你是按照sob教程提交的吗？那个是单机提交的，没有节点间并行啊。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2021-5-9 10:25

sobereva 发表于 2016-4-30 17:56
原理上可以，只要修改一下代码中收敛标准的判断即可。原先用于系间窜越MECP搜索，收敛条件之一是必须能量差 ...

请问Sob老师，用sobMECP计算相同多重度的态之间的交叉时，您提到需要修改代码中的收敛标准。那么，改了这个收敛标准后，这个程序就可以用在S0S1计算交叉了吗，有没有限制条件？（在您的帖子中曾看到，“（PS：这里说的都是搜索自旋多重度不同的态之间的MECP。搜索自旋多重度相同的态之间的MECP或避免交叉极小点只能用CASSCF，但如果能量分裂较大用TDDFT等单参考态方法也凑合，这些与本文无关就不多说了。）”（引自http://sobereva.com/286））

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-9 12:33

Theor_Comp 发表于 2021-5-9 10:25
请问Sob老师，用sobMECP计算相同多重度的态之间的交叉时，您提到需要修改代码中的收敛标准。那么，改了这 ...

是
是否适用取决于理论方法能否合理描述交叉点附近的势能面

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2021-5-9 16:35
本帖最后由 Theor_Comp 于 2021-5-9 16:41 编辑

sobereva 发表于 2021-5-9 12:33
是
是否适用取决于理论方法能否合理描述交叉点附近的势能面

多谢sob老师。另外，用sobMECP可以得到交叉点的分子构型，如何方便的得到势能曲线呢？如下图D:\图片1.png

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-5-10 00:04

Theor_Comp 发表于 2021-5-9 09:35
多谢sob老师。另外，用sobMECP可以得到交叉点的分子构型，如何方便的得到势能曲线呢？如下图

柔性扫描

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2021-5-10 07:00

wzkchem5 发表于 2021-5-10 00:04
柔性扫描

如果是柔性扫描的话，在能量最低点构型，和MECP构型之间，如何选定要扫描的参数呢？二面角还是单键转动？分子结构特征并不明显

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-5-10 17:00

Theor_Comp 发表于 2021-5-10 00:00
如果是柔性扫描的话，在能量最低点构型，和MECP构型之间，如何选定要扫描的参数呢？二面角还是单键转动？ ...

这个取决于具体的体系，不能一概而论。没看到具体体系长什么样，肯定没办法回答

作者
Author: niobium 时间: 2021-5-10 18:59

Theor_Comp 发表于 2021-5-9 16:35
多谢sob老师。另外，用sobMECP可以得到交叉点的分子构型，如何方便的得到势能曲线呢？如下图

可能只是个定性的图吧

作者
Author: 单单 时间: 2021-7-12 15:39

小范范1989 发表于 2016-12-5 17:52
能，就是在集群上。我之前用过，可以的。教程我的都有啊。你不能用，是因为你没把文件全部放进去，少文件 ...

你好，可以发一份集群提交sobmecp的具体教程嘛，研究了好久还没有搞明白。非常感谢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-12 15:44

单单发表于 2021-7-12 15:39
你好，可以发一份集群提交sobmecp的具体教程嘛，研究了好久还没有搞明白。非常感谢

《使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点》http://sobereva.com/286

这还不够具体么

作者
Author: 单单 时间: 2021-7-12 15:52

zjxitcc 发表于 2021-7-12 15:44
《使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点》http://sobereva.com/286

这还不够具体么{:lo ...

这个我看到了，但是不会运行./prepare.sh，./runfirst.sh这些。应该怎么运行呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-12 15:52

单单发表于 2021-7-12 08:39
你好，可以发一份集群提交sobmecp的具体教程嘛，研究了好久还没有搞明白。非常感谢

这个没法做得太具体，因为不同集群的排队系统不一样。只能是说一下如何在单机上跑，你再结合你所用的集群的排队系统的说明书，把它翻译成如何在集群上提交。
这就好比高斯官网不会告诉你如何在集群上提交高斯，因为他们不知道你的集群是什么样的，只有你们集群的管理员或者你们组的其他人会告诉你。

作者
Author: 单单 时间: 2021-7-12 15:54

wzkchem5 发表于 2021-7-12 15:52
这个没法做得太具体，因为不同集群的排队系统不一样。只能是说一下如何在单机上跑，你再结合你所用的集群 ...

嗯嗯好吧，谢谢啦

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-7-12 15:56

单单发表于 2021-7-12 08:52
这个我看到了，但是不会运行./prepare.sh，./runfirst.sh这些。应该怎么运行呢？

建议找本linux入门教材，看看关于bash的章节

作者
Author: 单单 时间: 2021-7-12 16:03

wzkchem5 发表于 2021-7-12 15:56
建议找本linux入门教材，看看关于bash的章节

谢谢

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