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标题: 求助：为DNA设置水箱盒子大小的问题 [打印本页]

作者
Author: 3157917898 时间: 2022-8-21 17:57
标题: 求助：为DNA设置水箱盒子大小的问题
各位老师好，阅读的文献里关于水箱大小的描述是“Each DNA was solvated in a truncated octahedron box with5.7 and 6 nm spaced faces for decamers and DDD”，然后我为DDD设置水箱的指令是“gmx editconf -f 1BNA.gro -o 1BNA_box.gro -bt octahedron -d 3.0” 发现-d设置为3.0的时候体系太大了。感觉我不是很清楚6nm spaced faces具体是指什么，在设置水箱大小的时候的参数应该是啥呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-22 09:42
说明此处的decamers和DDD是什么

作者
Author: 3157917898 时间: 2022-8-22 10:18
老师，DDD是1bna.pdb的dna，我只打算做1bna的模拟，decamers不做。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-23 12:52
通常-d 1.2（甚至1.0）就够了
大分子溶质距离盒子边界必须有足够远的距离，否则会和镜像有虚假的相互作用

作者
Author: 3157917898 时间: 2022-8-23 14:14
哦哦好，谢谢sob老师。

作者
Author: racy 时间: 2022-11-7 23:50

sobereva 发表于 2022-8-22 09:42
说明此处的decamers和DDD是什么

看了一下他说的应该是这篇文章中的模拟体系，我曾经看过。

Thermodynamics of DNA Hybridization from Atomistic Simulations
Gül H. Zerze, Frank H. Stillinger, and Pablo G. Debenedetti
The Journal of Physical Chemistry B 2021 125 (3), 771-779
DOI: 10.1021/acs.jpcb.0c09237

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