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标题: Dmol3计算energy报错 [打印本页]

作者
Author: 加班or不加班 时间: 2022-8-22 10:20
标题: Dmol3计算energy报错
Dmol3计算出现Message: DMol3 job failedError: DMol3 exiting
Message: License checkin of MS_dmol successful
***** Error *****
allocation failure: z4 in get_del1
Errors from parallel task 2:
***** Error *****
allocation failure: z4 in get_del1

请问各位大神，是什么原因？

作者
Author: 含光君 时间: 2022-8-22 13:53
建议贴一下输入文件，包括结构文件和.input文件，交代清楚什么命令提交的计算

作者
Author: 加班or不加班 时间: 2022-8-22 19:36

含光君发表于 2022-8-22 13:53
建议贴一下输入文件，包括结构文件和.input文件，交代清楚什么命令提交的计算

之前打错了，是进行Dmol3的结构优化时报的错
结构为酯类物质（C、H、O）
.input文件：
# Task parameters
Calculate                   optimize
Opt_energy_convergence       2.0000e-05
Opt_gradient_convergence    4.0000e-03 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-03 A
Opt_iterations             1000
Opt_max_displacement       0.3000 A
Symmetry                   on
Max_memory                   2048
File_usage                   smart
Scf_density_convergence    1.000000e-05
Scf_charge_mixing          2.000000e-01
Scf_diis                   6 pulay
Scf_iterations             200

# Electronic parameters
Spin_polarization          restricted
Charge                      0
Basis                      dnd
basis_version                basfile_v4.4
Pseudopotential             none
Functional                   blyp
Aux_density                hexadecapole
Dftd                         G06
Integration_grid             medium
Occupation                   thermal 0.0050
Cutoff_Global                3.3000 angstrom
Kpoints                      off

# Calculated properties
Print_eigval_window          -1.d9
Plot                         homo
Plot                         lumo
Plot                         density
Plot                         potential
Plot                         fukuip
Plot                         fukuim
Plot                         fukui0
Mulliken_analysis          charge
Hirshfeld_analysis          charge
Frequency_analysis          on
Tddft                      12
Tddft_xc                   singlet_alda
Grid                         msbox  3 0.2500 0.2500 0.2500 3.0000

作者
Author: 含光君 时间: 2022-8-22 20:37
从input文件看，可以把symmtery取消勾选（如果你的结构没有对称性的话），Max_memory 调大试试。

作者
Author: 加班or不加班 时间: 2022-8-22 22:42

含光君发表于 2022-8-22 20:37
从input文件看，可以把symmtery取消勾选（如果你的结构没有对称性的话），Max_memory 调大试试。

谢谢！我试一下

作者
Author: 加班or不加班 时间: 2022-8-23 19:19
调大了max_memory，还是出现了计算错误
out文件：
Insufficient memory for this job:
Requested: 79061.8, available: 94530.0
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
Error: failed allocating memory
Errors from parallel task 2:
Error: failed allocating memory
... Calling mpi_abort ...
Errors from parallel task 3:
Error: failed allocating memory

我设定的available的值大于requested的值，为啥是提示insufficient？

作者
Author: shfxiong 时间: 2023-1-19 23:24

加班or不加班发表于 2022-8-23 19:19
调大了max_memory，还是出现了计算错误
out文件：
Insufficient memory for this job:

遇到同样的问题。楼主解决问题了吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-1-20 10:41

shfxiong 发表于 2023-1-19 23:24
遇到同样的问题。楼主解决问题了吗？

内存是平均每个核心的，有可能设置的值已经超过了实际计算设备的物理内存。

作者
Author: shfxiong 时间: 2023-1-21 00:03

卡开发发发表于 2023-1-20 10:41
内存是平均每个核心的，有可能设置的值已经超过了实际计算设备的物理内存。

那在Job control面板上max. memory设置多少合适呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-21 00:07

shfxiong 发表于 2023-1-20 17:03
那在Job control面板上max. memory设置多少合适呢？

先看你计算所用的节点上有多少物理内存，除以你计算所用核数，然后设成比这个数略小的值（例如比这个数小20%）

作者
Author: shfxiong 时间: 2023-1-21 20:07

wzkchem5 发表于 2023-1-21 00:07
先看你计算所用的节点上有多少物理内存，除以你计算所用核数，然后设成比这个数略小的值（例如比这个数小 ...

好的。非常感谢您。我有些菜，还是没明白“计算所用节点上的物理内存”在哪个面板上可以看到？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-22 17:59

shfxiong 发表于 2023-1-21 13:07
好的。非常感谢您。我有些菜，还是没明白“计算所用节点上的物理内存”在哪个面板上可以看到？

如果你用的是windows，看任务管理器；如果你用的是linux，用free命令

作者
Author: shfxiong 时间: 2023-1-29 22:33

wzkchem5 发表于 2023-1-22 17:59
如果你用的是windows，看任务管理器；如果你用的是linux，用free命令

好的。非常感谢！

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