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标题: AmberTools16 生成的 md.mdcrd 文件 vmd 加载出错 [打印本页]

作者
Author: 北纬18° 时间: 2016-5-1 18:33
标题: AmberTools16 生成的 md.mdcrd 文件 vmd 加载出错
本帖最后由北纬18° 于 2016-5-1 18:36 编辑

ambertools16 生成的 md.mdcrd 文件 vmd 加载出错，显示不出分子。
VMD for LINUXAMD64, version 1.9.2 (December 29, 2014)

(, 下载次数 Times of downloads: 42)

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作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-2 04:39
这个mdcrd文件用文本编辑器打不开，和传统格式明显不同。或许amber16做了些改变
用ptraj转成binpos看看能否打开

作者
Author: 北纬18° 时间: 2016-5-2 09:50

sobereva 发表于 2016-5-2 04:39
这个mdcrd文件用文本编辑器打不开，和传统格式明显不同。或许amber16做了些改变
用ptraj转成binpos看看能 ...

目前只安装了AmberTools16，没有发现有ptraj 命令。

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-5-3 14:23

北纬18° 发表于 2016-5-2 09:50
目前只安装了AmberTools16，没有发现有ptraj 命令。

用cpptraj也行
如果非要用ptraj则自己进入src里面ptraj，make 编译一下即可。

作者
Author: laoman 时间: 2016-5-8 10:05
Ambertools16不是大概一个星期之前才出来的？

作者
Author: laoman 时间: 2016-5-8 10:06
其实我想试试里面的ff14SB力场，但貌似之前用的leap命令在16里会出错。。。

作者
Author: happychen0621 时间: 2016-11-28 21:06

laoman 发表于 2016-5-8 10:06
其实我想试试里面的ff14SB力场，但貌似之前用的leap命令在16里会出错。。。

我好像也遇到这样的问题

作者
Author: dongdawn1120 时间: 2016-12-5 18:25
ioutfm=1,所以trj是NetCDF的，用linux下的vmd，导入轨迹是选择NetCDF就ok了

作者
Author: kittycui 时间: 2016-12-9 17:15
本帖最后由 kittycui 于 2016-12-9 17:19 编辑

楼上正解，在amber16里ioutfm=1为default，NetCDF文件更精确，文件小，易于读写，所以amber16里建议使用NetCDF格式，另外amber16鼓励大家接受和使用cpptraj，不过老版本的Ptraj脚本基本都能cpptraj里使用，如果不想用netcdf的轨迹模式，可以如sob所说用cpptraj转一下格式，输出类型选择mdcrd，就可以用原来的方法看vmd了，亲测可用

作者
Author: ORCA_in_TCC 时间: 2016-12-10 10:39
cpptraj -p name.prmtop -y name.mdcrd -x namd.dcd
转换成DCD格式

作者
Author: happyknighthawk 时间: 2017-8-25 15:50

dongdawn1120 发表于 2016-12-5 18:25
ioutfm=1,所以trj是NetCDF的，用linux下的vmd，导入轨迹是选择NetCDF就ok了

这个方法很方便，谢谢了！

作者
Author: Laura_ 时间: 2020-7-22 17:28
同样在VMD中载入mdcrd的时候，报错：Problem reading CRD file
在使用“cpptraj -p name.prmtop -y name.mdcrd -x namd.dcd”时候，报错
Error: Reading format FLAG 'IPOL'
Error reading topology file 'prmtop'
Error: Could not open topology 'prmtop'
TIME: Total execution time: 0.0045 seconds.
Error: Error(s) occurred during execution.老师们有遇到吗，请问是怎么解决的呢？
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想请问下如何在动力学模拟过程中修改ioutfm=1呢？谢谢老师们

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