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标题: ORCA在超算集群上运行时openmpi报错求助 [打印本页]

作者
Author: Strange 时间: 2022-8-23 20:36
标题: ORCA在超算集群上运行时openmpi报错求助
最近打算在学校的超算集群上使用ORCA，按照社长的教程装好了openmpi和ORCA。但在运行时报错，报错文件如附件所示。我感觉出错原因如下：
MPI_INIT has failed because at least one MPI process is unreachable
from another. This *usually* means that an underlying communication
plugin -- such as a BTL or an MTL -- has either not loaded or not
allowed itself to be used. Your MPI job will now abort.
You may wish to try to narrow down the problem;
* Check the output of ompi_info to see which BTL/MTL plugins are
available.
* Run your application with MPI_THREAD_SINGLE.
* Set the MCA parameter btl_base_verbose to 100 (or mtl_base_verbose,
if using MTL-based communications) to see exactly which
communication plugins were considered and/or discarded.

之后尝试单核能正常运行无报错，输入文件应该没有问题，是openmpi在运行时有问题。

这是我的环境变量：
export PATH=/nfs-share/home/StudentID/openmpi411/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/nfs-share/home/StudentID/openmpi411/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$PATH:/nfs-share/home/StudentID/orca_5_0_3
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/nfs-share/home/StudentID/orca_5_0_3

这是我的作业提交脚本（学校使用的是slurm作业调度系统）：
#!/bin/bash
#SBATCH -o %j.%N.out
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH --qos=normal
#SBATCH --get-user-env
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=32
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --time=48:00:00
/nfs-share/home/StudentID/orca_5_0_3/orca test.inp > test.out

如有知道如何解决的希望能告诉我一下，非常感谢！

作者
Author: abin 时间: 2022-8-23 23:14
你的贴文提到的export行，
放在作业脚本。

报告测试结果。

作者
Author: Strange 时间: 2022-8-24 00:00

abin 发表于 2022-8-23 23:14
你的贴文提到的export行，
放在作业脚本。

报错与之前无差别

作者
Author: highlight 时间: 2022-8-24 09:08
http://bbs.keinsci.com/thread-30105-1-1.html

作者
Author: Strange 时间: 2022-8-24 09:21

highlight 发表于 2022-8-24 09:08
http://bbs.keinsci.com/thread-30105-1-1.html

我之前已经试过该方法了，export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1可以解决“By default, for Open MPI 4.0 and later, infiniband ports on a deviceare not used by default. The intent is to use UCX for these devices.
You can override this policy by setting the btl_openib_allow_ib MCA parameterto true.”这个提示，但解决不了我后面这段。ORCA是自己调用openmpi，所以“--mca btl '^openib'”试不了

作者
Author: abin 时间: 2022-8-24 09:24

Strange 发表于 2022-8-24 00:00
报错与之前无差别

如果确认你的操作没有错误的话，
那是你的MPI不兼容某些高端设备，比如高速IB卡。

如果你的集群有singularity ，可以试试我提供的开箱即用的方案。

否则，你自己调试编译MPI，
或者让你的管理员或者技术支持，重新配置MPI。

作者
Author: Strange 时间: 2022-8-24 09:54

abin 发表于 2022-8-24 09:24
如果确认你的操作没有错误的话，
那是你的MPI不兼容某些高端设备，比如高速IB卡。

好的，我去联系集群管理员试一下，谢谢！

作者
Author: LittlePupil 时间: 2022-8-24 23:14

Strange 发表于 2022-8-24 09:21
我之前已经试过该方法了，export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1可以解决“By default, for Open MPI 4. ...

事实上ORCA手册里有写怎么给OpenMPI传递参数，直接加“--mca btl '^openib'”确实不行，但用比如

$orcapath/orca test.inp > test.out "--mca btl_openib_allow_ib true"

复制代码

命令是可以的。

不过很遗憾，对于你的问题，或许只能尝试自己编译MPI或者联系集群管理员，祝好。

作者
Author: Strange 时间: 2022-8-28 17:18
本帖最后由 Strange 于 2022-8-28 17:21 编辑

后续：在超算管理员的指导下，提交脚本加上

"--mca btl tcp,self"

复制代码

成功解决了问题。也谢谢各位的建议与帮助！

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