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标题: mmpbsa在用tutorial练习时，得到的EPB值和tutorial不一样 [打印本页]
作者
Author: Dongxiao    时间: 2022-8-23 21:59
标题: mmpbsa在用tutorial练习时，得到的EPB值和tutorial不一样
我在用mmpbsa计算自由能时，先练习tutorial,在练习时，按照tutorial的input参数跑任务，用的md trajectory是tutorial提供的，通过分析结果，修改了input的参数，参数如下：
&general
  endframe=50, keep_files=2,
/
&gb
igb=2, saltcon=0.100,
/
&pb
radiopt=0, istrng=0.100, inp=1, cavity_surften=0.00542,cavity_offset=-1.008
/
但是得到的能量结果还是和tutorial结果又一点点不同，结果如下：
  
All unit is kcal/mol
  
            tutorial
            me
GB
PB
GB
PB
  
VDWAALA
  
-56.2934
-56.2934
-56.2921
     -56.2921
  
EEL
  
-38.0300
-38.0300
-38.0301
     -38.0301
  
EGB/EPB
  
EGB: 50.2053
EPB: 57.6402
EGB: 50.2050
EPB: 56.8405
  
DELTA G  non-polar
  
-8.1491
-5.0423
-8.2682
    -5.0423
  
DELTA  G gas
  
-94.3234
-94.3234
-94.3222
    -94.3222
  
DELTA  G solv
  
42.0562
52.5978
  41.9369
      51.7982
  
DELTA G  binding
  
-52.2672
-41.7256
-52.3853
    -42.5240
EPB的值还是跟tutorial有一点点不同，想请教一下大家，还有哪个参数会影响到EPB的值呢，使它和tutuoria不一样，因为tuturial是比较老的版本算的自由能，有些参数和新版软件不太一样，我不太知道哪个参数会导致这样的结果。




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