公社群聊Q&A整理：2015.07.27 20 ~ 2015.08.20 22 Concate - 计算化学公社

2015.07.27 19:08:23
Q:
sob老师，辛苦了！请问“绘制某个体系与组成它的各个片段的密度差图”若体系用对称性破损单重态，那么两个片段如何定义他的自旋多重度？谢谢！
A:
看具体体系。
一般就用片段的基态。
Q:
总体系是单重态，两个片段分别是二重态！
A:
那就只能用二重态。
Q:
这样的话，两片段总自旋为三重态了！
是否能够翻转一个电子的自旋啊！
A:
你当成两个片段自旋是相反的
但这在求密度差的时候不用考虑，因为无论单电子是alpha还是beta并不影响总密度
仅当你求自旋密度的差值时才有必要考虑翻转
Q:
这样我发现总体系，单三重态的密度差极为相似啊！不知对吗
A:
有些体系相差不大，毕竟总电子数很多，可能一个电子的自旋差异引起的波澜并不明显，但有的体系比如H2，单三重态差异就大了去了。
Q:
[图片]
[图片]
上，单，下，三
A:
正常
Q:
结合其他分析，单重态铁氧间形成双键，三重态是单键！密度差图怎么几乎没区别啊
A:
别光看这一个截面，没准差异体现在其余部分，可以看等值面图或者做盆分析积分其中的电子数来定量考察。但也有可能密度差本来就不好体现差异
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2015.07.27 19:39:52
Q:
我们使用高斯转的呃
[图片]
这是Windows下
Linux直接用命令 formchk name.chk
A:
选formchk，再选你的chk文件
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2015.07.27 20:21:10
Q:
我记得Gaussian下如果.chk文件很大就需要调环境变量，Multiwfn转格式的话，会不会简单一些？
A:
Multiwfn没法读chk
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2015.07.27 23:01:12
Q:
问下哪些软件可以算 Real-time TDDFT? 谢谢
A:
nwchem
octopus
Q:
谢谢。那Q-chem呢？
A:
不能
Q:
谢哈。我们老师希望我在deMon2K里面编入RT TDDFT. 我有点无从下手。想说看看别人的CODE
A:
绝非易事
Q:
有好建议该如何入手吗？
我现在在看些简单的PROPAGATOR. 想从最简单的入门
有看到一个Verlet propagation. 有比这个更简单的吗？
A:
很可能费了很大努力，最后也没成功或者没起到什么意义
除非确实打算这方面一直长期做下去，否则别随便进坑。起码先把已有的RT-TDDFT代码用得很熟悉再自己搞
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2015.08.15 04:59:57
Q:
请教大家一个问题：假设要得到B10的所有可能结构，用的是b3方法，可是忽然发现若用mp2还能优化出另外一个结构，可是这个结构在b3下不存在，
我猜b3是B3LYP
A:
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
专门批过写成B3
Q:
b3lyp
精度中等，优化不出某些结构也是正常的
A:
多试几种泛函，比如M062X
Q:
其他的方法没有这个结构就mp2有
如果MP2能优化出来的，就都用
B10 还真不知道是什么哪位高人指点下
就是10个B原子组成的团簇啊
A:
用双杂化泛函再验证
也出不来就舍弃
Q:
老师您的意思是mp2优化出的结构不一定存在？
A:
然
Q:
那为什么mp2能优化出来
老师MP2的精度不是比DFT高吗
难道是计算产生了误差？
A:
本来DFT的精度就>=MP2
除了算磁属性外、极化率等问题外
课上讲过
Q:
[Emoticon] 我也以为mp2精度高
A:
[图片]
Q:
请问单点能计算完用multiwfn看HOMO和LOMo
A:
量子化学理论基础部分，p74
Q:
怎么HOMO的能比LOMO还低啊？
量子化学理论基础部分，p74
这是一本书？
A:
培训班讲义
Q:
LOMO是什么
LUMO
估计是写错了。
A:
怎么可能有
Q:
这个是fch文件
看了能来那个真的是HOMO比LOMO低
A:
你先搞懂什么叫HOMO和LUMO
google
Q:
就是占据轨道啊
看反应可能性的
[图片]
这个上就是HoMO低啊
A:
占据轨道哪可能比空轨道还高？
屏幕上写的是LOMO么？
动脑，想不明白的就好好google
Q:
我觉得百度就可以了。。
A:
然
计算化学研究者起码也得比度娘勤奋聪明
Q:
这结果写的不也是lumo高么
[图片]
这个讲义上面，HOMO是负的，LOMO是正的
Q:
神马书？化学图文设计？
A:
科音的量化培训讲义
[图片]
讲义上这张图明明白白
还LOMO LOMO LOMO
可正可负
Q:
LOMO只能是lowest occupied MO了orz
谁研究那玩意。。
讲义上不是H比L还低吗
A:
那是最内核的轨道，也就研究核激发能、X光电子能谱时候有人研究
你截图里-7.235和-3.027分不出谁高谁低？
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2015.08.15 05:30:27
Q:
可以看fukui的书啊虽然老是老了的，写的还真是蛮好玩的
A:
新一些的和轨道有关的书可以看
ORBITAL INTERACTION THEORY OF ORGANIC CHEMISTRY 2ed
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2015.08.15 05:38:56
Q:
老师问您一个问题带电的小分子（ADP类似物）的力场参数要怎么算。试了好几个方法都不成功
A:
怎么不成功？
Q:
没算出来
就报错了
A:
步骤上没有特殊性
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2015.08.15 05:41:09
Q:
老师，请问做单点能计算的结果有没有包括电子旋转能、平移能等
A:
没有。没法说什么旋转、平移，只有电子动能而已
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2015.08.15 06:05:46
Q:
老师，我用的赝势基组（Lanl2赝势小核赝势）想做CDA及轨道成分分析，可以进行波函数分析吗？
A:
可
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2015.08.15 06:30:51
Q:
大侠你们好！求文献一篇！先谢谢了！http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0022285273902051
A:
[图片]
Q:
群主，你不生气，这篇文献的期刊权限，我们真心的没有！[Emoticon]
A:
看图
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2015.08.15 07:22:51
Q:
请教大家一个问题，计算A+BC→AB+C的反应前后的能量变化，需要考虑BSSE吗？要考虑的话怎么计算呢？
A:
由于前后状态都是反应复合物，涉及弱相互作用，为了算得更准可以考虑，但不是必需的
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2015.08.15 23:22:11
Q:
请问用NBO6.0算NICS值的时候怎么看每个轨道的NICS值啊
A:
将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献
http://sobereva.com/145
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2015.08.16 00:30:30
Q:
请教大家一下，进行IRC计算时我的输入文件如下：#p irc=(calcfc,reverse,maxcyc=1000,maxpoints=50,stepsize=5) b3lyp/genecp nosymm iop(5/13=1) scf=(maxcyc=1000,vshift,novaracc) scrf=(cosmo,solvent=water)。之前在网上看到说不要用iop(5/13=1)是为什么？我上面的输入文件还有什么明显错误么？
A:
多余的关键词一律别写
如果SCF没报错就别写
scf=(maxcyc=1000,vshift,novaracc)
IRC里的maxcyc=1000纯属多余
solvent=water是默认的，而且Gaussian根本不支持COSMO
5/13=1是饮鸩止渴
关键词能写得多简单就写得多简单
Q:
谢谢sob老师
A:
我是说写了scrf之后默认是水
Q:
如果结构优化和过渡态都是在液相中做的，IRC验证是不是一定要考虑溶剂化？
A:
是
Q:
老师您说Gaussian根本不支持COSMO，那我之前所有的结构优化都是用的cosmopolitan、
老师您说Gaussian根本不支持COSMO，那我之前所有的结构优化都是用的cosmo不就白做了？
A:
Gaussian不支持COSMO，你怎么可能在COSMO下来优化？
支持的CPCM倒是和COSMO有类似之处
COSMO本来就是PCM的近似形式，不要刻意用COSMO
Q:
哦了解了谢谢老师
再请问下老师，如果进行opt=ts搜索过渡态，输入文件是不是类似上面尽量简单iop、scf都不写。
A:
对
Q:
老师 irc验证时一定要读取chk文件吗？我直接是把过渡态的log文件保存为gjf文件计算的。
A:
不用
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2015.08.16 01:00:13
Q:
再请教老师一个问题 iop(5/13=1)关键词是只在结构优化下可加，其他情况可不加？
A:
什么时候都别加！
这是几乎害人最深、我最讨厌的一个IOp
Q:
要是不加5/13=1, SCF 过不去，怎么办？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
靠5/13=1强行让它过去了，结果就是不可靠的
Q:
难道是波函数不稳定？
A:
肯定SCF没收敛到参数空间的极小点，而且可能偏离不小，可以算是还没稳定
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2015.08.16 01:01:44
Q:
请教bader电荷用gaussian能计算么？
A:
Bader电荷就是AIM电荷，基于Gaussian输出的wfn文件可以用Multiwfn、AIMALL等程序计算
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2015.08.16 01:03:54
Q:
sob老师回来了？
A:
没忙完
Q:
我也遇到过就是加了之后4个收敛标准没有全部达到但是也正常终止了算不算老师你说的不稳定的情况？
A:
不是一码事，那是几何优化
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2015.08.16 01:22:08
Q:
为什么思想家公社的文章没了？
[图片]
成了这个样子？
A:
sobereva.com
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2015.08.16 01:23:23
Q:
请问一下MOPAC可以做MD吗？我查了下，关键字只有Dynamic Reaction Coordinate，这个是MD吗？
A:
不是
Q:
这样啊……那MOPAC是不能做MD吗？
A:
做不了
Q:
这样……
那么请问一下哪些可以算弱作用的软件可以做MD呢？
A:
那些基于分子力场的MD程序都可以
AIMD的话高斯、Dmol3等等
Q:
唔……我需要用AIMD，但是现在的Gaussian，PM7用不了，PM6不能做弱作用，其他方法又太慢了
另外还有一个问题，请问一下MOPAC可以多核运行吗？我看了下找不到类似于Gaussian那种可以调用多核的写法
A:
可以，但是并行效率不怎么样
threads=n可以用n线程并行。默认是有多少核就自动用多少核。
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2015.08.16 01:28:26
Q:
[Emoticon] 能不能麻烦老师帮我找一个用Multiwfn计算bader电荷的文章？
A:
引Multiwfn的文章太多，700多篇，不好从中找
计算过程在手册4.17.1节有详细说明
Q:
恩恩我要的就是计算过程
嘻嘻谢谢老师
手册是英文的我刚才是想麻烦老师帮我找个中文的能说明计算过程的文章
A:
无！
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2015.08.16 02:47:30
Q:
sob老师，小白问一个问题，PM3和MNDO这两个半经验的理论，哪个更适合用于计算生物分子体系啊？@Sobereva
amber中的QM/MM
A:
PM3
Q:
我也这么认为，但是我感觉用MNDO算来，和实验更接近，
不知道如何是好
A:
尝试AM1
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2015.08.16 12:47:55
Q:
刚才“看”了篇文献，题目是什么蛋白质的，作者是D Truhlar。我还奇怪这个Truhlar怎么连这个领域都搞。后来不知多久才醒来，原来刚才做了个梦～
A:
[Emoticon]
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2015.08.16 13:57:34
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
第二届量子化学波函数分析暨Multiwfn程序使用培训班获得圆满成功！
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1601
2015北京科音量子化学基础暑期班获得圆满成功！
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1600
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2015.08.16 14:20:49
Q:
DFT计算，怎么才能打印[图片]中的五项啊
A:
KE（第一项）、NE（第二项）、NN（第四项）在输出文件都直接有
IOp(5/33=1)可以输出DFT交换能和DFT相关能，即第5项
Q:
其实sob老师，我是gamess用户，在用B3lyp计算。gamess最后打印[图片]
那这个地方的能量项是不是就是把Exc放入了双电子那里了
A:
应该是
字号不要太大
注意这只是对于纯泛函如此
5/33=1对于杂化泛函，HF交换能被纳入电子间库仑作用能的那部分去了
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2015.08.16 17:41:43
Q:
请问，用DFT和MP2计算单点能差距好大啊。DFT算出来[图片]，MP2算出来[图片]。单位a.u
这个计算的还是小分子，CO
请问这个为什么差距会这么大呢？求帮助解答，谢谢了
A:
这不可能是单点能。单点能数量级绝对比这个大得多得多
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2015.08.16 19:35:02
Q:
前辈们，请问下面的出错怎么解决啊！
输入文件：
#p B3LYP/gen Opt=(maxcyc=200) SCF=(maxcyc=150) Freq
H2
0 1
H 0.0 0.0 0.0
H 0.0 0.0 0.74
****
H 0
S 3 1.00
34.0613410 0.60251978E-02
5.1235746 0.45021094E-01
1.1646626 0.20189726
S 1 1.00
0.32723041 1.0000000
S 1 1.00
0.10307241 1.0000000
P 1 1.00
0.8000000 1.0000000
****
输错信息：
Rotational constants (GHZ): 0.0000000 1831.4649389 1831.4649389
Leave Link 202 at Sun Aug 16 11:31:23 2015, MaxMem= 1310720000 cpu: 0.0
(Enter /export/g09/l301.exe)
General basis read from cards: (5D, 7F)
Unrecognized atomic symbol ****
Error termination via Lnk1e in /export/g09/l301.exe at Sun Aug 16 11:31:23 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.6 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
A:
去掉最开始的****
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2015.08.16 20:02:50
Q:
高斯09里面找不到pbe38这个函，大家知道怎么回事么？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.08.16 21:04:03
Q:
召唤老师
快来解救思想家公社
A:
踢了
Q:
@Sobereva
@卖萌君
我的文章写好了
A:
刚起来就看见娃娃6分钟前发的
Q:
[图片]
阿萌，今天有彩蛋
[Emoticon]
A:
杂事副群聊
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2015.08.16 21:36:06
Q:
不是睡觉去了
这么快就醒了
A:
醒了
不想醒这么早的，但是继续睡也睡不着了
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2015.08.16 22:28:32
Q:
看了群里都说用SCI-hub方法下文献，请教各位具体使用方法步骤是什么？谢谢！！！
A:
[图片]
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2015.08.16 23:53:41
Q:
请教有没有phys.这个杂志？
或者是Z.phys.这个杂志
哦我再找找
那您知道是哪个数据库的么？
不知道我知道缩写
想找篇文章呵呵
A:
这是极为古老的一个刊物
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2015.08.17 00:15:39
Q:
老师，361个原子的有机分子（C,N,H,O）用Multiwfn做静电势，可以做的动吗？
A:
如果是指绘图，做不动，需要借用cubegen来计算要算的点的静电势值，见Multiwfn手册4.12.7节的方法
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2015.08.17 00:47:03
Q:
我用gaussian做BOMD，先把结构优化到最稳定点，然后在做动力学发现结构根本不动了，怎么能调温，让原子的动能大一些啊。
A:
加大起始动能
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2015.08.17 01:44:36
Q:
Mutiwfn文件夹里面有个批处理文件，内容如下： off
setlocal enabledelayedexpansion
for /f %%i in ('dir *.gjf /b') do (
echo Calculating %%i...
g09 %%~ni %%~ni&if !errorlevel!==0 (
echo Calculation of %%i finished at !date! !time!) else (
echo Calculation of %%i failed at !date! !time!))
是不是把这个runall.bat文件复制到需要计算的gjf文件夹里面，然后用G09打开运行这个.bat文件就行了？
A:
对
前提是配置好了环境变量
Q:
我可能是没有配置好环境变量
A:
G09W目录必须已经加入到了PATH环境变量中，并且设好了GAUSS_EXEDIR
Q:
似乎Sob老师之前指导过我这个问题，我先回忆一下
[Emoticon]
[图片]
点击确定后，用G09运行bat文件，似乎还是没搞定 ******************************************
Route card not found.
Error termination via Lnk1e in D:\G09W\l1.exe at Sun Aug 16 18:01:47 2015.
A:
你先确保命令行下能用g09直接运行gjf文件
为保险，环境变量改过后重启
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2015.08.17 03:00:29
Q:
分子结构优化完之后，计算energy这个计算的是单点能吗？Homo和Lumo是在这个的log文件中看对吧？
A:
是
Q:
[图片][图片]
sob老师我就是结构优化后做的能量分析得出来的结果
嗯，我说的这个能量不是指单点能，是Homo和Lumo的值
是分子轨道的的能量
A:
问题的表述应尽可能严格准确
MP2的gap就是HF的gap，总比DFT的要高
Q:
不好意思sob老师，是我提问有误
那么计算应该用哪一个呢？不是说6ev是一个判断两个物质会不会反应的标准吗？这样两个算出来的不一样，那个更准呢？
A:
根本就没有这种规则
Q:
就是想判断两个物质会不会反应，看两个物质的gap，一个物质的Lumo-另个一个物质的Homo然后看这个值得大小，对吗？
如果这个值很大的话，就说明不会反应了
A:
能不能反应和这个没有必然性。
只不过是前线轨道理论特别适用的那些体系可能能奏效
Q:
哦哦，原来这样，那能不能反应应该看什么呢？还有DFT和MP2选择哪个？
A:
能否反应及难易，算个过渡态才能给出最决定性的结果，其它的都是辅助
Q:
就是试着算算过度态呗，如果算出来了就是能反应，算不出来就是不能反应？可是能不能算出过渡态和研究者本身有很大的关系啊
A:
是有关系，看水平
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2015.08.17 04:59:14
Q:
大家好，Gamess新手，请多多关照
需要计算键能，老师说用DFT EXCHANGE + CORRELATION ENERGY能量进行计算，求问什么意思？并且在计算不收敛的情况下也有这个能量，这种情况下计算有效吗？烦请各位大神帮忙，谢谢啦
A:
必须用收敛的结果。
直接用整体能量减去断键后两个片段的能量即可。
Q:
请问是直接用total energy吗？@Sobereva
A:
是
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2015.08.17 16:57:40
Q:
[图片] 老师，这两种方法对于几何优化收敛有什么不同吗
我的是7.0
A:
后者对步长上限进行了限制，有助于消除震荡导致的不收敛，但一般会令走向极小点所需步数更多。
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2015.08.17 17:43:38
Q:
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 与chemical physics那个更容易投
有知道请回复一下
谢谢
A:
半斤八两。前者对长度有限制。
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2015.08.17 17:49:56
Q:
PBE—2x，关键词怎么写啊，谢谢
A:
没听说过
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2015.08.17 18:29:19
Q:
[图片]最近看到一篇文章，对于其中所讲的(FEDHOMO2+ FEDLUMO2) 和2FEDHOMO2的计算不甚明白，不知道是怎么计算得来的，网上也没有查到有效地信息，不知道哪位老师可以指点一下？非常感谢！
A:
这种描述并不好。这些东西用Multiwfn全都能计算，预测反应位点的方法在群共享里Predicting reactive sites_EN和亲电取代反应中活性位点预测方法的比较有很多讨论。
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2015.08.17 21:28:59
Q:
请问各位老师：[图片]在这个中B是属于Sp3杂化还是？
[图片][图片]这里的N和Fe又是属于什么杂化呢？谢谢啦哈！[Emoticon]
A:
B和N都是sp3，Fe那个没必要讨论杂化
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2015.08.17 22:30:52
Q:
请问：如果我想研究外加电子对体系的影响，如何加这个电子？像研究外加电场对体系的影响的时候可以用到field关键词。电子是在gaussianview中设置方法中“Charge”里面设置吗？
老师您好，如果我想研究外加电子对体系的影响，如何加这个电子？像研究外加电场对体系的影响的时候可以用到field关键词。电子是在gaussianview中设置方法中“Charge”里面设置吗？
A:
Statile 这个描述比较怪。如果你就是指外部有一个点电荷对体系的影响就是用charge。
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2015.08.17 22:40:33
Q:
恩，那可以在charge里面设置对个点电荷吗？@Sobereva
多个点电荷，字打错了@Sobereva
A:
可
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2015.08.17 22:56:48
Q:
埃森的过渡态求反应速率右半部分有的公式exp(-△G/RT) 有的是exp(-△G/KBT）是不哪个求出来的和实验值相似就用哪个？
[图片] R≠K 为什么一样求大神指点 [Emoticon]
A:
取决于你用的deltaG的单位，因为exp里必须是无量纲的
----------------------------------------------------
2015.08.17 23:09:48
Q:
MPW1B95在G09中对应于mpwb95 IOp(3/76=0690003100) 对否请指正谢谢
A:
对
----------------------------------------------------
2015.08.17 23:16:42
Q:
老师您好！我想计算振动光谱中某一个频率对应的化学键的键能请问我该怎么做？
A:
你先看振动模式确认是哪个键振动，然后照常算键能即可
----------------------------------------------------
2015.08.17 23:20:26
Q:
请教下：M062X是不是已经包含色散力矫正了？
A:
不是包含色散校正，而是泛函本身在拟合参数时等效考虑了对色散作用的表现
----------------------------------------------------
2015.08.18 01:45:10
Q:
[图片]
请问这个咪唑环与甲基是什么相互作用，怎么会这么强？
DS能看出个啥，这都是用RDG做的分析了
让我很吃惊啊
A:
先确保已经充分优化过了。如果是因为外部作用导致它们强行离得很近，包括没有做过优化，都可能看上去很蓝。
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2015.08.18 02:03:37
Q:
请问一下，MOPAC的结果，生成焓能不能换算成自由能呢？
MOPAC输出的结果是Heat of formation，好像
A:
原则上可以。G=H-TS，做振动分析得到熵就可以把焓转过去
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2015.08.18 02:46:32
Q:
在群里求个配置吧，单位要配电脑了，台式机，唯一的限制就是winxp 64位系统（为了保密~[Emoticon]），我想用来做计算的前后处理为主和小型的计算，有什么比较合适的配置么？初步设想：32GB内存，2T硬盘，SSD似乎对xp没啥用，显卡用Quadro K2200，处理器用高级的，不知intel i7-5950HQ*2行不行？外设配轨迹球~
A:
5950HQ没法双路。用K2200没什么意义，白花钱，除非有特殊目的
----------------------------------------------------
2015.08.18 04:01:03
Q:
小伙伴们，模拟类的期刊有哪些大家知道吗
A:
看具体模拟哪方面的。综合性的有JMM、JMGM、Molecular Simulation
----------------------------------------------------
2015.08.18 04:09:09
Q:
老师，中文的模拟的，与实验结合的，探索反应机理的，有哪些期刊呢，谢谢老师
A:
物化学报、高等学校化学学报、化学学报、中国科学B等等
----------------------------------------------------
2015.08.18 04:15:37
Q:
老师 Energy of the σ -symmetric lone pair orbital ( E σ in eV).应该从哪里看？@Sobereva
A:
描述得不够确切。估计可以考察NBO输出的NBO轨道能
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2015.08.18 04:18:35
Q:
老师 opt也就是几何优化和 TD计算UV-VIS 必须用一致的泛函和基组么
A:
不用
除了几何优化和振动频率相关的必须是同一级别外，其它任何任务都不要求在同一级别
Q:
谢谢先前读过您的帖子：不同类型的泛函对激发态的计算适用各有千秋，那几何优化有不同类型的泛函基组适用推荐么？
A:
没什么特殊推荐的
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2015.08.18 04:23:05
Q:
Sob 老师[图片]想分析这个的二聚体的指纹图，我们应该怎么入手呢
A:
你可以看这篇Hirshfeld表面分析综述CrystEngComm, 2009, 11, 19--32
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2015.08.18 05:42:10
Q:
发现今天居然是长者的生日
A:
[图片]
Q:
http://video.weibo.com/show?fid=1034:826674f1a54c7f776f265d3d8a291881&type=mp4&from=singlemessage&isappinstalled=0
我也来一个
A:
老一辈的人都看过
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2015.08.18 05:52:09
Q:
老师，那么参考dell precision系列的配置自己改改可以么？关于K2200我想用来gpu加速我的ansys fluent程序。
A:
dell的可以定制
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2015.08.18 05:59:28
Q:
请问性价比比较高的，又能做3d建模又能兼做GPU计算的那种显卡比较好，仅就N卡而言
A:
一般的比如GTX970就行
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2015.08.18 06:19:05
Q:
群主我用VMD之前编程删除原子在膜上打孔突然忘记孔的直径了我该怎么办谢谢
A:
量呗
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2015.08.18 07:18:14
Q:
现在不管是听到，还是看天津这两个字，就特别烦[Emoticon]，同意的点赞[Emoticon]
A:
不要发表不良言论
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2015.08.18 16:50:10
Q:
老师你好，我计算的一个有机分子只含有碳氮氢氧四种元素，单分子包含361个原子，计算的这个有机分子的二聚体的结合能是-5eV，计算过程中包含了色散力矫正，请问这个数值靠谱吗？
A:
这个数值算是很大了，如果从结合模式上看确实作用区域很大也挺强，能达到这个级别
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2015.08.18 17:33:58
Q:
老师，利用polar关键词计算的极化率、超极化率与SOS计算得到的差了将近一个数量级，这个正常吗
[图片]
A:
合理
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2015.08.18 19:00:37
Q:
老师，用multiWFN载入NBO分析生成的PNHO轨道信息之后有600多个轨道，有没有什么办法可以快速找到某一个原子所属的PNHO轨道而不是通过检查每一个轨道的位置和形状来判断？
对于我的问题有什么解决办法吗？求教
A:
可以用Multiwfn做轨道成分分析，输出某个原子在一批轨道当中的成份，直接找到最大的
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2015.08.18 20:46:56
Q:
今天上午用Multiwfn3.3.8做NICS(zz)的图形(基本操作：输入fchk文件路径，选择200其他功能，4产生ICSS，-10后输入12扩大范围，1采用低quality，n产生系列gjf文件(马上采用G09在linux下获得系列gjf对应的系列out)，输入"out文件路径\NICS"，选择5 ZZ component，等待Multiwfn自动载入系列out文件后选择1查看结果)。第一个分子BF3的完成了，第二个分子AlF3的选择5 ZZ component载入系列out文件的时候，黑色窗口闪退了。我猜想是不是我的计算机内层不够造成的？请在线的高手指导
一般闪着out载入过程一边就闪退了
A:
所以要看出错提示
Q:
可否绕过cmd完成
Q:
进一下cmd很难么，这么不愿进
A:
对啊
Q:
hold不住就退了，根本来不及看就消失了
A:
若内存不够自然会有相应的提示
应当不是此原因
光从你的描述中无法判断原因
Q:
没用过cmd，从哪里进
[图片]
是这个吧
然后怎么做
A:
[图片]
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2015.08.18 20:51:55
Q:
[图片]
sob老师，我想做O2的优化，需要设置这个参数，图片是这个参数的说明，问题是这个参数对于O2来说是不是应该是1还是直接设置成3？
A:
不清楚，不用此程序
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2015.08.18 22:40:36
Q:
[图片]
这德国应化下载速度也太慢了啊
[图片]
A:
传群共享了
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2015.08.18 23:04:52
Q:
老师这个公式对于只涉及单双键的旋转的基元反应适合吗？
A:
适合
Q:
算出来的反应速率和实验数据相差数量级在10五次左右是不是过渡态算错了
A:
可能考虑不全面，以及计算精度不高
过渡态是否正确从IRC上能直接判断
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2015.08.18 23:10:32
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
现在开始清扫很长时间没发言的人，被踢后可以重新加入，预计清扫工作在两个小时内完成
扫除工作Step 1: ...finished
Q:
1962 to 1925
扫除工作这个字眼瞬间让我想起了电影《人类清除计划》[图片]@Sobereva
A:
这样的验证理由，虽然超过一年半没发言，也姑且网开一面，下次再清
[图片]
Q:
.....................
好可怕[Emoticon]
A:
还有个头像是晓美焰的，不舍得清，但一看验证理由里一开头是“好吧”，果断清了
加入未满1年的不会被清
Q:
赶快冒一下泡，趁还没清理到[Emoticon]
A:
再次强调：一年半内不发言会被移出
之后加入时如果说：“为什么把我踢了”，不会再批准的
清人的预告之前就发过，有这样的疑问正说明一直不看群消息
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2015.08.18 23:26:18
Q:
都说orca 有自带的例子，自带的例子在哪？
A:
RTFM
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2015.08.18 23:31:08
Q:
Sob 高级量化班什么时候办？
A:
未知
Q:
就是最近二十年量化新进展
A:
基础量化班已经涉及大量20年内的发展
Q:
培训的书籍有电子版的么？
老师，专著什么时候出？
A:
高级是指没那么黑箱的理论和技术，不是90%的人都需要的那些
未知
不可能发布电子版
Q:
就是理论原理，是吧
A:
恩，也有具体程序操作方面的东西
Q:
专注不是官网有说明么
Sob 的班很值得报
A:
CASSCF、CASPT2、MRCI、CDFT、显式相关、RT-TDDFT、旋轨耦合计算、MECP搜索、二分量四分量相对论计算等等都是高级班的内容
Q:
的确理清了一些思路
Sob 我建议在gromacs 的班上增加一些做材料模拟的例子
虽然其主打是生物模拟
A:
会有一些材料体系，但毕竟gmx不是专门做材料的，所以这方面不会很多，主要以小分子和生物体系为主
Q:
感觉比dlpoly 好用
但是做表面活性剂，gromcas 还是不错的
A:
表面活性剂会涉及的
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2015.08.18 23:39:04
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
AIM盆积分和算个Mulliken电荷耗时差1000倍以上
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2015.08.18 23:42:08
Q:
Sob老师，我想问下，使用高斯计算激发态频率成本过高（TDDFT方法），现在想使用orca计算频率，请问其激发态结构需要orca重新优化一次吗？还是直接使用高斯的激发态优化结构在使用orca计算频率？
A:
用orca算这个并不会更快啊，同样TDDFT没有二阶解析导数，连杂化泛函还不支持，而且还没法给出振子强度
orca对杂化泛函做TDDFT只支持TDA近似，你还得再在TDA近似下优化激发态结构
Q:
g09是不是可以算TDDFT的OPT，03好像不行
A:
g03也行，但不支持TDDFT解析梯度，速度慢一个数量级以上
Q:
我一算G03的TDDFT的OPT就出错。输出文件被我删掉了，网上也没找到解决办法。
A:
那是因为你没把要优化的变量写成变量形式
没有解析梯度的方法都必须明确写出要优化的变量
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2015.08.18 23:51:26
Q:
请问下sob老师你们的multiwfn软件怎么引用？
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
这里有注明
主页上、手册上、程序启动时也都注明了
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2015.08.18 23:56:09
Q:
请问Sob老师现在安装ORCA建议安装哪个版本？高版本的是测试版不稳定吗？
A:
就装最新的
[图片]
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2015.08.19 00:03:50
Q:
基金，吹骗
这样的观点有点偏激。基金写好了，不容易。
咱们讨论的是面上项目么？
Sob 的multiwfn
比那些所谓的砖家的基金研究出来的强多了
中国的科研体制存在很大的问题
我们学校的一些发水文的老师基金也中了
专家说你做的是计算完的整理工作就像收拾家，无创新，据掉
A:
自己科研用的钱自己赚，不求别人
Q:
关键是sob 如果钱更多岂不是更好？
A:
Shaw那样挺好
Q:
某人经常说，Werner他们从DFG拿来钱做Molpro，再用Molpro卖钱，纯属流氓行为
反正科研经费很多都混掉了
我觉得werner 做的好有人嫉妒
那理论化学可以
做实验的靠自己不容易吧
A:
就是说理论化学
Q:
国家不支持软件的你申请软件看看
也许吧。不过其实我看来，Molpro收费还算合理，他的东西做的确实好。尤其是MRCI和CCSD(T)，在底层技术上做了非常强的优化
Sob 的软件如果有基金支持，我觉得是不是会更好？
A:
应该不会
除非是开发大型的程序，像MS那样，是需要资金
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2015.08.19 00:08:24
Q:
sob老师ORCA的windows版本，不要求并列运行还需要安装mpi么
A:
不用
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2015.08.19 00:29:45
Q:
好吧，谢谢啦
A:
又忍不住发那张图了
Q:
额，我是不是违反群规了？
A:
对
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2015.08.19 02:04:32
A:
清人完毕，总共移出91人，范围包括：
1 曾经发言过，但是一年半内没再次发言
2 加入满一年，但是一年内都发言过
下次扫除预计在半年后，如果在此之前人就满了，则提前进行清扫。
Q:
[Emoticon]清理的不多大部分是在听说后马上发言免除了被清理的厄运
A:
是的，本以为能请到1800
Q:
[Emoticon]下次不提前预告可好？
A:
可能以后这个群就不是想加就能加的了
Q:
[Emoticon]好在我提前发现了。 sob老师应该也不会建立第二群吧
A:
希望腾讯早点扩容到最大3000、4000人
Q:
2k的群是最高人数了么
A:
不打算建另一个，否则弄不过来
是的
Q:
嗯不然两个群消息也不互通这边的问题解答了另一个群也看不到
麻烦的很
A:
如果能根据交的钱来有选择性地扩容就好了，比如每年交1块钱，就可以在2000人基础上多扩5个人
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2015.08.19 02:06:06
Q:
老师，只安装ambertools15可以进行REMD的计算吗
A:
可以
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2015.08.19 02:34:19
Q:
请问装的amber12无法计算PB是怎么回事啊？怎么破？[图片]
A:
先看mmpbsa串行版能否正常跑
Q:
用mm_pbsa.pl算的，无论串行并行，GB都是可以算的，就是PB算不了，一算就出错
哦，这个错误是用MMPBSA.py算的，如果用mm_pbsa.pl算PB无论串行还是并行都出错，显示[图片]
A:
ambertools现在已经包含了sander
Q:
前面的那个错误是用MMPBSA.py算的，这个错误是用mm_pbsa.pl算的，都是算的PB，都出错
有的，难道这个是bug吗？
A:
还是先仔细检验输入文件吧
Q:
输入文件看了，最后拿输入文件用amber11算着试了一下，都是可以正常结束，正常计算的，但是用12无论用什么脚本就是算不了PB，好奇怪。
A:
试试14吧
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2015.08.19 02:35:38
Q:
sob老师不是有服务器，不能自建群吗？
A:
只能自建论坛。不可能在自己服务器上跑QQ程序，因为不是开放的
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2015.08.19 03:51:58
Q:
请问multiwfn做红外，可以吧几个分子的红外画在一张图上吗
A:
不能，需要把曲线数据都导出来，放到origin里才能作在一起
Q:
老师好，我把红外的数据导入到origin里面，为啥是乱码呢[图片]
A:
文件直接拖进去
Q:
不好意思呀，怎么直接拖进去你
好的，我试试
A:
文件直接拉到origin的窗口里
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2015.08.19 04:58:28
Q:
老师，我用Multiwfn做了如下一个分析，但是出错了，请您看看是什么原因。我用Multiwfn载入NBO分析得到的.31文件，然后输入34读取PNHO，然后输入8进入轨道成分分析菜单，再输入7选择NAO分析。下面我想知道第45号原子所属的自然杂化轨道信息，于是输入-1进入片段指定环节。这个时候我输入a 45软件的窗口就立马消失了，输入all也是如此。请教老师，这是什么问题？
A:
NAO方法只能分析MO的成份，此时不能用NBO plot文件作为输入
Q:
那我想在一系列杂化轨道中找到某一个原子所属的轨道应该怎么办，上午你回答了我，看了手册还是没想明白，希望您再具体讲讲，谢谢
A:
NBO模块的输出信息里本身就有NHO的组成
Q:
是在file.3x这些文件里面找吗
A:
NHO不同NAO的成份都写明了
1. (1.98232) BD ( 1) C 1 - C 2
( 50.10%) 0.7078* C 1 s( 34.92%)p 1.86( 65.04%)d 0.00( 0.04%)
0.0000 0.5909 -0.0069 0.0008 0.7063
0.0289 0.3878 -0.0197 0.0000 0.0000
0.0150 0.0000 0.0000 0.0066 -0.0112
( 49.90%) 0.7064* C 2 s( 34.70%)p 1.88( 65.26%)d 0.00( 0.04%)
0.0000 0.5890 -0.0079 0.0005 -0.6901
0.0017 -0.4184 -0.0358 0.0000 0.0000
0.0134 0.0000 0.0000 0.0098 -0.0112
Q:
我想要PNHO的轨道形貌，这个跟这里的NHO不太一样吧
A:
不一样
不同原子间PNHO不是正交的
Q:
我其实是想要得到某一个原子的孤电子所在轨道的形貌，可以找到对应的NHO轨道，这个NHO中的该原子的LP轨道是不是就可以理解为该原子孤对电子所在轨道？
A:
你要看孤对电子形貌直接看相应的NBO图形就完事了
Q:
刚才说错了，是NBO。但是我把这个轨道的网格输出出来放到GaussianView里面的时候发现除了有这个原子本身的轨道外，还有邻近原子的一些轨道图像在其中
A:
首先确保轨道没弄错。
周围有一点也是正常的，等值面数值提高了就看不见了。
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2015.08.19 05:11:51
Q:
老师好，[图片]为啥会这样
A:
直接写清楚formchk所在目录
Q:
可以再说清楚一点吗，
我已经找到fchk文件了，可是转换的时候失败了@Sobereva
A:
屏幕上说得很清楚了
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2015.08.19 05:34:19
Q:
老师如果已经在溶液中吧反应物和过渡态优化出来了那在用kistheip就不用考虑隐式溶剂模型的作用了吧 [Emoticon][Emoticon]
A:
算振动频率的时候还得考虑
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2015.08.19 07:15:04
Q:
Error parsing secondary structure:
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
这个错误提示在高斯里是哪里出错了
pdb文件直接转成高斯任务文件的时候有什么需要注意的么
A:
确保元素都对就行了
Q:
但是保存出来的文件都在原子后面跟着一串（pdbname resname resnum）
不知道会不会是报错的原因
A:
把那些用列模式删掉
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2015.08.19 07:21:41
Q:
用一个蛋白质的四聚体跑分子动力学，平衡后，一般情况下，还能维持四聚体状态吗？
A:
能
Q:
如果不能的话，说明我的分子动力学参数设置不合理是吗？
A:
对，也可能模型和实际情况有所不同
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2015.08.19 11:14:00
Q:
请教sob老师和其他各位老师我跑了一个irc，发现曲线变成这样了结果还对吗？
[图片]
[图片]那个peak不知道咋回事
可以当成噪声处理吗
体系在这里
[图片]
A:
等都跑完再看
不过这趋势明显不对
Q:
能量他显示的好像是ONIOM的总能量我看了一下QM部分 QM能量的趋势是下降的唯独那个peak点的QM能量比TS点还稍微高一点
反应中心部分的反应路径也是对的
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24522948 A.U. after 4 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24523532 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24522098 A.U. after 9 cycles !!!
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24521102 A.U. after 9 cycles !!! 这里好像有问题
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24522890 A.U. after 8 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24524109 A.U. after 9 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24526264 A.U. after 9 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24529384 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24533622 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24539065 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24545753 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24553701 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24562904 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24573344 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24584994 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24597821 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24611788 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24626852 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24642971 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24660098 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24678186 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24697188 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24717054 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24737735 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24759182 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24781345 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24804176 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24827624 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24851641 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24876180 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24901193 A.U. after 10 cycles
SCF Done: E(RB3LYP) = -1231.24926633 A.U. after 10 cycles
A:
等都算完了再看。跑中途的时候容易出现一个点掉下去的问题，跑完了再看一般就没事了。
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2015.08.19 18:23:12
Q:
基金未中，哭晕了。
话说sob能不能考虑申请一下基金？最好能带一下我。
是啊，不是钱的问题啊
巴拉巴拉把文献发给大家帮你看看
万一不行还可以联系作者
A:
对基金真没兴趣
Q:
因为依靠培训完全可以支持开发程序
A:
甚至不用申请白给我经费我都不爱拿，拿人家手软
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2015.08.19 23:57:30
Q:
请问：高斯官网荧光计算过程（http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm）中，step 4需要改变二面角来破坏对称性，这个角度是任意的吗？
A:
随便调一下角度就行，破坏基态的Cs对称性即可
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2015.08.20 00:18:59
Q:
老师有个问题请教你两个分子，结构上就是一个基团邻对位的关系，与同一个分子反应，怎样比较他两的亲电活性？
怎么实现这个模型？DFT?lumo? 谢谢
老师有个问题请教你两个分子，结构上就是一个基团邻对位的关系，与同一个分子（亲核试剂）反应，怎样比较这两者的亲电活性大小？
高斯能实现这个模型？DFT?lumo? 谢谢
A:
群共享亲电取代反应中活性位点预测方法的比较
Predicting reactive sites_EN
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2015.08.20 02:21:20
Q:
看看优化过程震荡了没
Atom with larger contribution to HOMO (LUMO) is more likely to be the preferential site of electrophilic (nucleophilic) attack
这句话怎么理解呢
A:
那篇中文文章里都介绍了
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2015.08.20 02:56:24
Q:
我尝试使用过关键词 maxcycle=200 跑了57分钟，结果还是L9999错误@Kratos
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
就是优化没收敛
如果没有震荡而一直下降，接着最后的结构继续优化
不震荡就别用calcfc
先搞清楚收敛趋势
文中强烈批判maxcyc
Q:
可以减小步长
iop(1/8=1)
A:
对于解决震荡，1就太小了，通常3~5为宜，并且需结合notrust
Q:
嗯，我每次用1感觉计算一下子慢了很多
A:
是的，即便解决震荡用1也太小了
小体系震荡优先用calcall
Q:
又还遇到过计算单点能不收敛的
结果用scf=qc搞定了
好像也是大神批判过的[图片]
scf=qc大多数时候是没用的
A:
并不批判，只是不建议优先用，因为耗时增加太多
Q:
该不收敛还是不收敛，不过对单点能计算还是挺好的
优化的话，然并卵
A:
对SCF用QC，某种意义有点类似于优化用calcall
Q:
这样，我没怎么用过calcall
最多用calcfc
A:
[图片]
[图片]
Q:
[图片]这个图作为例子很清晰啊
A:
离收敛限很近的时候可先尝试calcfc
但对于不大的体系本身算得比较快，calcall解决问题的几率很大，建议直接试calcall
Q:
我一般从发生震荡那一步开始，继续优化
效率高
A:
解决不收敛也是艺术
并非最准确，只是说可以这么用
Q:
大体系用calcall那真是算到天荒地老了
A:
大体系震荡一般都是先考虑gdiis、减小步长上限+notrust，对明尼苏达泛函结合int=ultrafine，反复不行就loose收敛限
[图片]
Q:
对哒，因为大体系本来就不好收敛，所以可以loose收敛限~可以这么理解么
A:
大体系未必比小体系好收敛，不过对大体系通常也没必要优化得很精确，其实loose收敛限最后几步基本上从肉眼上已经看不出结构的变化了，而且通常感兴趣的属性的计算在loose收敛限下也足够准确了。
但对于范德华复合物来说，本来势能面就很缓，就不能用loose，否则结构精度不够，对于N2二聚体这样甚至得用tight
Q:
N2二聚体好像在Truhlar的文章中见到过这个
A:
昨天给你发的文章里也有
[图片]
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2015.08.20 03:16:01
Q:
[图片] 为何没有ESP 老师
A:
没算自然没有
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2015.08.20 03:21:05
Q:
我想做个中国自己的gaussian 可能不啊
A:
把量化程序想得太简单了
Q:
有希望吗
e
好有理想！！[Emoticon]
A:
除非你打算写程序写一辈子
写出来还不比高斯有优势，没人用
Q:
ESP 的关键词怎么输入呢说明书上没找到
开源就有人用
如果能达到
A:
大型成熟的量化程序往往都是汇聚几十个聪明人十几、几十年的努力的结晶
Q:
比高斯略差一点的话
然而一个人基本上做不到
我最近HF的源程序刚看一遍。
A:
开源也没人用
Dalton、GAMESS-US、PSI4等等全都开源，除非觉得自己能做得比他们明显更好
Q:
确实
有想法，坚持就会找到团队！
A:
光是能把双电子积分写得效率能达到高斯的1/3都是件难事
Q:
其实做开源量化程序还是很有必要的。尤其是国产的，这样可以带动方法研究这一块。很多人不以为然，觉得别人都已经做好了，我们直接拿来用就可以了，但是没有基础，我们想做新的方法就无从谈起。既然gauss好，为什么还有人去做Dalton、GAMESS-US、PSI4，nwchem，ADF等等，动力学这一块也是，除了商业价值，更多是科研用途。我们很多人觉得觉得然并卵，但是纵观这十几年，全世界却出了不下几十种功能类似的量化软件，所以还是值得思考的。
A:
关键是没这个条件
Q:
不是没有条件，这个取决于热情
A:
不是热情的问题
Q:
有热情没基础咋办
学
A:
光有热情不管用。开发者一心开发程序，不发文章，学生毕不了业，老师不出成果丢掉职位
Q:
开源的意义不在于一个人一条路走到黑
可以拉动更多有热情的人进来，集思广益
如果经费可以养程序员
A:
问题没这么简单
Q:
对这个问题的解决有什么样的影响
A:
上级拨款的人们没那么开明
Q:
我是说假设
就是国家基金没有其他来源
要是需要经费就很难开源了，那就回到一个小组单独开发的现状了
A:
现在学术交流很广泛，很多西方的程序很大部分都是国人开发的，没必要非得在学术上把国家的界限划分得那么明确，这和军工等方面不一样。像Multiwfn很多功能也都是应西方研究者的需要加入的。
GAMESS-US等程序作为底层已经还不错了，有限的精力应该更着眼于做到没有现成、好用的程序的开发上，而不是重新再把底层repeat一遍。
没有哪种函数的分析是万能的
梦藏秋之前发表过类似观点我也比较赞同
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2015.08.20 03:25:07
Q:
请问multiwfn手册有中文版的吗
A:
没有
Q:
啊？
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
这里写得很清楚
Q:
看着太费劲了
A:
没有必要有
Q:
multiwfn手册不需要中文吧，那么简单明了的英语！
A:
有培训班，有几十万字的帖子，有400页详细、清晰易懂的包含大量实例的手册，足够
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2015.08.20 03:28:41
Q:
老师，请教一个问题，怎样设置体系的温度压力以及同位素参数？
上课没做笔记，忘记了[Emoticon]
A:
将以都有啊
讲义上都有啊
就在热力学那部分
Q:
看到了
就是用freqchk工具载入振动分析任务的chk文件，但是这一步不知道怎么做[Emoticon]
A:
启动freqchk，选择chk
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2015.08.20 03:33:39
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
有人管我要讲义，这里声明一下：讲义概不对外提供
[图片]
PS：我特别反感“好吧”
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2015.08.20 03:35:17
Q:
我计算的chk文件有的删掉了
如果计算键级需要fchk文件，请问咋办
A:
重新算单点
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2015.08.20 03:35:34
Q:
Sobereva 支持保护知识产权 Multiwfn下个版本就别开源了
A:
还会继续开源
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2015.08.20 03:35:57
Q:
请问一下，分子的动力学直径如何计算啊
有直接计算的软件么？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=476
Q:
里面有好多键一起的，该怎么区分呢
A:
如果化学键和其它模式之间振动没有明显耦合，直接取相应振动模式的频率
如果耦合厉害，利用beefly的genA程序得到相应化学键的力常数（或者做势能面扫描得到）然后换算成频率
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2015.08.20 03:44:54
Q:
静电势预测反应活性位点的局限性在哪比方说某些结构比较差？
A:
局限性如文章所说，往往静电势极值点位置说明不了问题，比如正好在两个碳中间，有时候出现的位置不对，或者不全面（比如邻对位定位基，只出现在对位）
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2015.08.20 03:50:29
Q:
Sob老师，我尝试继续优化，依然出现L9999错误，如下图，并且发现体系中原子间距离越来越大，大的有点离谱，不知接下来该怎么办？3原子体系，使用的关键词是opt(loose,maxstep=1) freq[图片][图片]
A:
理论方法不合适，或者初始结构不对，或者电荷和自旋多重度问题
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2015.08.20 03:52:11
Q:
Sob老师，请问培训班每年开课几次，今年的课程除了暑期班，还有机会上课吗
A:
不一定，目前并没有固定的安排
反正明年肯定会有下一次量化培训
最近的一次科音的培训是预计明年春季的gromacs培训
Q:
比较期待gromacs培训
A:
大抵差不多那个时候，也可能开学后
预计5天
Q:
老师 ‘实用量子化学’大概什么时候可以出版
A:
不知道
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2015.08.20 03:54:45
Q:
请问VMD中怎么查看第110号残基的信息，比如包含多少个原子？
包含的原子的序号
A:
[atomselect top "resid x"] list
其中x是残基号
list代表输出序号列表，改成num则输出原子数目
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2015.08.20 03:58:42
Q:
[图片]
请问Multiwfn怎么设定工作目录啊？大家谁知道呢
默认的是exe文件所在的目录啊？
另外大家的cmd支持自动文件补全吗？
哦，对了，要是以后的Multiwfn能支持window power shell会不会更友好些呢 [Emoticon]
A:
这里都写着
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
产生文件一般都是产生在当前目录下，什么叫做当前目录手册第二页就说明了
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2015.08.20 04:59:55
Q:
优化配合物时PBE0和M06是否都可以较好的考虑与金属相关的弱作用？
因为有过渡金属，所以M06-2X不合适
A:
PBE0几乎不能考虑
M06考虑也不充分
加上DFT-D3就完事了。
M062X也并非不能用
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2015.08.20 04:59:55
Q:
原则上优化时加int=ultrafine是不是一般不会有不良影响？
A:
对结果只有好处没坏处
不会，但会增加耗时
Q:
Linux的G09在几核并行的情况下效率最高？
A:
当然核越少并行效率越高
Q:
并行效率高指的是计算时间短吗？
A:
[图片]
并行效率相当于CPU内核的运算能力在并行时实际体现出来的百分比
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2015.08.20 05:09:57
Q:
请问一下，MOZYME是不是对蛋白质常用的CHNO等元素加速效果明显超过过渡金属？
A:
过渡金属体系一般也不会很大，都不用开MOZYME
Q:
唔，我有一个1000多原子的体系，MOPAC下不开MOZYME根本算不动啊
A:
那就开呗
Q:
但是和你那篇大体系弱作用的帖子里提到的速度感觉差别有点大，1000多原子，单核耗时是2700s，我看到你3900多个原子耗时还不到500s
于是我想大概估量一下如果是十来万个原子的蛋白质体系，耗时会是多少
A:
你先拿那个体系测试
体系太大
Q:
十来万太大了吗，就算开MOZYME？
A:
也别太高估了MOZYME，那么暴力计算没好下场
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2015.08.20 05:11:52
Q:
sob老师，[图片][图片]
这个怎么办？
A:
修改xyz文件，就弄成元素名
Q:
哦哦，好的，我用window的Multiwfn，用aRDG，算26271个原子，过了40分钟了，还在算第一帧
A:
你先拿那个体系测试
体系太大
Q:
所以刚刚换成了linux版的，马上就提示原子类型不对，而window版的就没有提示这个问题
A:
如果版本完全一致，肯定是相同的
两个版本不会在这点上有任何差异
Q:
哦哦，linux版的是3.3.7，window版是3.3.7
那我升级去
A:
用最新版本
Q:
win版是3.3.8
新版的好啊，[Emoticon]
[图片]3.3.8的还没有编译好的文件啊
A:
有bin啊
Q:
哦哦，那我下载完了以后看看[Emoticon]
3.3.8的linux版只有源代码，没有bin啊
A:
你先看windows版能不能正确识别，能的话我给你编译linux版
Q:
能的
[Emoticon]
A:
/bangbangt 在主页上更新了
Q:
太好了，另外请我下，我用rpm -qa|grep “motif”没找到openmotif，那么会影响Multiwfn的使用吗？正在想安装motif-devel-2.3.4-1.x86_64_0.rpm，可是还不知道咋装呢
A:
只是用的话不用装devel版motif
只要你能正常启动就说明没问题了
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2015.08.20 06:02:52
Q:
请问求反应速率的软件Kisthelp怎么安装啊，没有exe可执行文件啊
A:
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
装JRE，然后双击.jar执行
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2015.08.20 06:41:49
Q:
在高斯的计算中，包含了freq关键字却没有输出频率信息是为什么（这是一批计算，但只有少数几个构象没有输出频率）具体的高斯版本是G09D
A:
仔细看输出文件
----------------------------------------------------
2015.08.20 06:41:49
Q:
!RI BLYP D3 GCP def2-SVP nopop
%maxcore 1000
* xyz 0 1
C -1.78456900 -2.48237700 0.05641800
sob老师，看下我orca的输入文件哪里不对
A:
BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/J
Q:
这是例子里的那个
A:
http://sobereva.com/214
这都有现成的例子
[图片]
Q:
之前你跟我说过：
PM6-D3H4预优化
RI-BLYP-D3/def2SVP gCP进一步优化
PWPB95-D3/def2QZVP算相互作用能
我选用第二种进一步优化的时候总是提示错误
A:
见佛杀佛，见怪杀怪
有什么问题解决什么问题
报错提示是hint
Q:
[图片]
总提示这个gcp有问题~
A:
哪个版本？
Q:
就你分享的那个版本
百度网盘的
A:
具体哪个？
Q:
orca_3_0_2_win64_openmpi162
A:
严格按博文里的写
Q:
好
A:
用3.0.3
Q:
网盘有么
A:
http://pan.baidu.com/s/1i3zLOGX
----------------------------------------------------
2015.08.20 08:17:29
Q:
MOPAC做几何优化，就第一步特别慢呢的原因是结构不好所以波函数收敛难吗？
A:
这是可能原因之一
Q:
还有什么原因呢？
A:
你把SCF迭代信息也输出出来就能了解详情
Q:
[图片]
是指的这个吗？
A:
写上PL关键词就可以输出SCF过程每一步的能量和密度矩阵的变化
----------------------------------------------------
2015.08.20 09:04:38
Q:
老师，Gromacs里的ns和其它MD软件里的ns是一个概念吗？为什么感觉用Gromacs算的MD，动不动就几十ns，而其它MD软件都是几ns。是我的错觉还是什么情况
A:
一个概念。
gromacs速度快，而且力场形式简单，跑几十、几百ns都是常见的。amber、NAMD等也都是这个尺度。
基于复杂力场的MD程序跑的时间尺度会显著低于这个。
Q:
力场形式简单与否不是由体系和计算的尺度来决定吗？
A:
像是MMFF94、MM2、compass就算复杂力场
gromos、amber、Charmm、UFF就算简单力场
根据需要选择合适的。
gromacs支持的都是简单力场形式
Q:
复杂力场复杂在哪儿呢？
A:
函数形式复杂
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2015.08.20 10:00:37
Q:
[图片]
sob老师，后来我优化了
还是，构象基本没有变
可这一块还是很蓝很蓝的
A:
什么级别优化的？
你看看蓝的区域数值到底多大
Q:
力场级别的[Emoticon]
A:
那就算了
Q:
charmm
A:
起码把这一部分抠出来做个PM6-D3H4优化，最好DFT
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2015.08.20 16:50:32
Q:
Optimized Geometries using OLYP/6-311++G** method,请问OLYP是什么方法啊
A:
OPTX交换泛函结合LYP相关泛函
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2015.08.20 20:36:48
Q:
请问有什么软件或程序能求得一个结构中两个平面的夹角？谢谢
选中了就可以看到二面角
选择四个原子这样能保证是两个平面的夹角（这个夹角就是二面角吧）？@Elaine
这不就是二面角嘛
我感觉四个原子的二面角不等于两个平面的夹角吧@Forza
A:
ABCD二面角等于ABC和BCD定义的两个平面的夹角
Q:
....那不然是什么.....
sob说的就是二面角的定义啊
[图片]求解26-45-1平面与2-21-1平面的夹角，
.....你要求五个原子的二面角.................
对的，是5个原子的二面角，
...................................................
A:
你先根据立体几何，建立26-45-1的平面方程，得到对应的法矢量。对2-21-1也这么做。然后将两个法矢量根据a·b=|a||b|cosθ求得夹角θ
Q:
是我我就算一下
根据坐标
太差了，
A:
有现成的子程序
!!-------- Input three points, get ABCD of Ax+By+Cz+D=0
subroutine pointABCD(x1,y1,z1,x2,y2,z2,x3,y3,z3,A,B,C,D)
real*8 v1x,v1y,v1z,v2x,v2y,v2z,x1,y1,z1,x2,y2,z2,x3,y3,z3,A,B,C,D
v1x=x2-x1
v1y=y2-y1
v1z=z2-z1
v2x=x3-x1
v2y=y3-y1
v2z=z3-z1
! Solve determinant(Vector multiply) to get the normal vector (A,B,C):
! i j k //unit vector
! v1x v1y v1z
! v2x v2y v2z
A=v1y*v2z-v1z*v2y
B=-(v1x*v2z-v1z*v2x)
C=v1x*v2y-v1y*v2x
D=A*(-x1)+B*(-y1)+C*(-z1)
end subroutine
multiwfn里的一部分
Q:
....别找借口高中数学....
唉唉想偷懒就要会想办法嘛比如你放一个虚原子
A:
高中数学应该没有，同济高数最后面有讲
Q:
高中立体几何不是学过求两个平面的夹角
还是我太老了....
必须有
A:
简单来说，你用ABC三个点定义平面，法矢量就是A-B与B-C的叉乘
Q:
虚原子放在两个平面的交线上
A:
高中印象中没引入矢量
Q:
就是一个三维坐标求平面角，高考肯定考了
A:
高中的方法怎么算的？
高中基本没听过课
Q:
至于虚原子怎么弄到交线上用Gv在两个平面上分别算咯偷懒就到想办法啦
好吧，科学进步都是懒人推动的。。。。。
A:
[图片]
Q:
在一个平面上添加虚原子，这个我会，
我尝试用diamond查看这个角度，但里面定义平面的选项是灰的，我的结构也不是X-ray结构，
A:
这个用虚原子不是很好搞
Q:
你还有diamond 那就用那个啊
A:
如果懒得计算，最傻的方法就是借个量角器，直接贴屏幕上量
----------------------------------------------------
2015.08.20 21:14:45
Q:
有没有很祥细的量化编程的书，最好有实例演示的，很多书一堆公式完全无从看下去。
A:
cook book那本有代码，不过好多代码弄得不太好，比如双电子积分用的都是很老很慢的方法
Q:
有数学处理过程么？
A:
有公式原理介绍
这种书只有那一本，其它的只有零零碎碎的代码
或者一些很老的书，比如《半经验分子轨道理论与实践》、pople的《分子轨道近似方法理论》里面有完整的代码
Q:
最好有物理原理，数学推导，例程演示
A:
没那么美的事
Q:
弄三本书呢有原理和推导写得很好的书
对我们门外汉真太难了，感觉无从下手，又没人带，又喜欢搞，却又搞不出，痛苦！
A:
量化编程绝不是件容易事
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2015.08.20 21:37:58
Q:
请问：RSC Advances 杂志需要推荐审稿人吗？
推荐不一定用
如果编辑看上了三个审稿人两个拒都有可能中
A:
前一阵子一个合作者投这个，就两个审稿人，都给大修，编辑就给拒了
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