计算化学公社

标题: 蛋白质如何质子化 [打印本页]

作者
Author: lishine 时间: 2022-8-24 12:24
标题: 蛋白质如何质子化
我想对带不同电荷的蛋白质进行分子动力学仿真，比如+2 +9等等。
带不同电荷的过程应该就是蛋白质的质子化。

Q: 请问gromacs如何模拟这个过程或者有没有其他质子化程序(能得到gmx需要的文件，和gmx结合起来用)

作者
Author: casea 时间: 2022-8-24 12:33
gmx pdb2gmx ... -inter手动选择氨基酸残基的质子化状态。propka、H++网站预测不同pH下的质子化状态

作者
Author: lishine 时间: 2022-8-24 13:11

casea 发表于 2022-8-24 12:33
gmx pdb2gmx ... -inter手动选择氨基酸残基的质子化状态。propka、H++网站预测不同pH下的质子化状态

您好，感谢回复！
我使用过H++，但是她似乎是针对AMBER软件的，得到的拓扑文件是AMBER的，gmx无法使用。不知道propka如何，我去看看，感谢建议。

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-8-24 14:03

lishine 发表于 2022-8-24 13:11
您好，感谢回复！
我使用过H++，但是她似乎是针对AMBER软件的，得到的拓扑文件是AMBER的，gmx无法使用。 ...

如果用amber系列的力场参数，我个人更推荐的方式是整个体系都用ambertools构建，然后parmed转成gromacs的格式；charmm系列力场参数的推荐方式则是整个体系都走charmm-gui。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-24 16:04
不要把模拟说成仿真
看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

预测pKa的程序没有针对什么动力学程序一说
都给你预测出各个残基pKa了，pdb2gmx里把质子化态设成相应的不就完了（根据pKa大于还是小于pH），前面都说了用-inter

作者
Author: lishine 时间: 2022-8-24 20:57

sobereva 发表于 2022-8-24 16:04
不要把模拟说成仿真
看
计算化学中的一些常见不良写法和用词

谢谢sob老师的指点！我还有一个问题想请教一下：
我使用H++获得1ubq蛋白的结果如图所示（设置的pH值是3.5）。是否意味着图中结果pk_(1/2)大于3.5的氨基酸都会被质子化（带正电），而小于3.5的会去质子化？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-25 09:11

lishine 发表于 2022-8-24 20:57
谢谢sob老师的指点！我还有一个问题想请教一下：
我使用H++获得1ubq蛋白的结果如图所示（设置的pH值是3. ...

看具体什么氨基酸
对于诸如ASP，只有质子解离和非解离（去质子化）的状态，预测的pKa明显小于pH就是去质子化的

作者
Author: lishine 时间: 2022-8-26 09:46

sobereva 发表于 2022-8-25 09:11
看具体什么氨基酸
对于诸如ASP，只有质子解离和非解离（去质子化）的状态，预测的pKa明显小于pH就是去质 ...

好的！谢谢sob老师的指导~

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