标题: 使用gmx_MMPBSA时，用gromacs2020如何获取nopbc的复合物轨迹 [打印本页] 作者Author: smk 时间: 2022-8-24 13:26 标题: 使用gmx_MMPBSA时，用gromacs2020如何获取nopbc的复合物轨迹 在使用gmx_MMPBSA计算复合物的自由能时，要求输入nopbc的复合物轨迹。尝试用gromacs2018.8设置pbc=no，提示：OpenMP threads have been requested with cut-off scheme Group, but these are only supported with cut-off scheme Verlet，加上-ntmop 1，仍无法解决。之后用gromacs2020的gmx editconf 在原有结构外增加5nm的真空区，设置pbc=xyz，获取的轨迹无法被MMPBSA读取，提示：gmx trjconv failed when querying com_traj.xtc.
大家有什么好办法来准备gmx_MMPBSA所需的非周期性轨迹呢？