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标题: orca5.0.3计算化合物优化+振动报错 [打印本页]

作者
Author: ezez 时间: 2022-8-24 14:00
标题: orca5.0.3计算化合物优化+振动报错
本帖最后由 ezez 于 2022-8-25 11:00 编辑

用orca5.0.3计算化合物优化+振动报错，相关信息如下：1. 化合物. chemdraw里绘制结构（没有画氢键），粘贴到chem3D后发现自动加氢键了，MMF94 minimizatin后保存为mol2. 再在DS中加氢，保存为mol2。再在gview打开，检查结构（这一步由于化学直觉不太好，不是很肯定）。
2. 用Multiwfn生成orca的输入文件（方法参照卢老师的帖子“详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能”）。先算optimize（7c//RI-revDSD-PBEP86-D4/def2-QZVPP），生成.inp文件后，用orca运行，结果这一步报错了：

(, 下载次数 Times of downloads: 4)

自己感觉可能是我的这个化合物的结构式不对？或者含有某些元素导致报错？

输入文件_opt_frq.inp内容如下：

! D4 def2-QZVPP def2/J def2-QZVPP/C RIJCOSX tightSCF opt freq noautostart miniprint nopop
%maxcore  8000
%pal nprocs 8 end
%method
Exchange X_PBE
Correlation C_P86
ScalHFX 0.69
ScalDFX 0.31
ScalGGAC 0.4210
ScalLDAC 0.4210
ScalMP2C 1.0
LDAOpt C_VWN5
D3S6 0.5132
D3S8 0.0
D3A1 0.44
D3A2 3.60
end
%mp2
DoSCS true
PS 0.5922
PT 0.0636
end
* xyz 0 1
C    -8.27304971 -2.19394558 0.63064547
C    -7.18333025 -2.94200867 0.18860900
C    -7.34914001 -4.24188278 -0.26973890
C    -8.62478540 -4.78631940 -0.26566601
C    -9.72103150 -4.05196204 0.19159965
C    -9.55412700 -2.74042970 0.63473560
C    -7.83881682 -0.82747830 1.07119342
C    -6.43644500 -0.69359912 0.45451409
C    -5.92165633 -2.13484805 0.31064568
C    -9.06921747 -6.15675674 -0.69338867
C -10.43442419 -6.31099876 -0.00596917
C -10.97378245 -4.87801167 0.12866262
N -10.66265019 -1.98186570 1.09053211
C -11.67432305 -1.46647778 0.31462772
N -11.55390981 -1.77405157 -1.03618430
O -12.58392659 -0.79809093 0.77058175
S -12.80073096 -1.56671176 -2.18631532
C -14.19617539 -2.33930770 -1.44521009
O -14.19060397 -3.69834416 -1.32002536
C -15.34117650 -4.01445382 -0.65746411
C -16.06270882 -2.89506406 -0.37068665
C -15.30589762 -1.80011847 -0.88564755
C -17.37331233 -2.77694192 0.36005254
O -17.28348712 -1.70148582 1.31159845
C -18.47813212 -2.36393900 -0.60222687
C -17.73811293 -4.07234235 1.07468891
O -13.13288871 -0.15168701 -2.30569222
O -12.32028524 -2.37417503 -3.31345005
H    -6.50114440 -4.81964333 -0.61747318
H    -8.52177103 -0.04051669 0.75303460
H    -7.79007426 -0.77595440 2.16404347
H    -5.77438485 -0.06262037 1.04351254
H    -6.52414559 -0.24304708 -0.53378266
H    -5.24779596 -2.26319642 -0.53549510
H    -5.36779670 -2.44181994 1.20298468
H    -8.36303703 -6.94057070 -0.42266940
H    -9.17768538 -6.19090412 -1.78149076
H -11.11195191 -6.96664289 -0.54891834
H -10.28941258 -6.73556568 0.98755687
H -11.61406247 -4.73387709 0.99806054
H -11.57798515 -4.61183382 -0.74221176
H -15.49690202 -5.06289489 -0.48312094
H -15.53211733 -0.75269740 -0.80860533
H -19.40944156 -2.22401196 -0.05694512
H -18.62729564 -3.12537267 -1.36433933
H -18.22531596 -1.42779847 -1.09358147
H -17.89407508 -4.88986655 0.37160704
H -16.95566709 -4.36600163 1.77372046
H -18.65756914 -3.92641953 1.63574309
H -10.60991635 -1.54589324 1.99642468
H -10.82949909 -2.40146173 -1.35301177
H -16.49007494 -1.84303049 1.84296450
*

附件上传的是：
1. 化合物结构式
2. 输入文件_opt_frq.inp
3. out文件_opt_frq.out
4. orca报错截图-1.jpg

麻烦了，谢谢～

[attach]54086[/attach]
[attach]54084[/attach]
[attach]54085[/attach]

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-8-24 14:40
这么大的玩意你用双杂化做振动分析？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2022-8-24 14:57
ORCA啥时候发布5.3版了？

作者
Author: ezez 时间: 2022-8-24 14:58

喵星大佬发表于 2022-8-24 14:40
这么大的玩意你用双杂化做振动分析？

你的意思是说我的报错是由于体系太大而选用的计算级别太高的原因吗？

算不动的话我会降低基组和计算方法，主要不知道除了计算级别的不合理之外，是否有其它的问题，例如化合物结构是否合理，是否包含有其它元素等~~

作者
Author: ezez 时间: 2022-8-24 15:00

喵星大佬发表于 2022-8-24 14:40
这么大的玩意你用双杂化做振动分析？

我的目的是算个优化+振动，这样再用Sobtop来生成跑md的gro文件～
“使用ORCA做优化+振动分析并保留.hess文件”

作者
Author: ezez 时间: 2022-8-24 15:03

冰释之川发表于 2022-8-24 14:57
ORCA啥时候发布5.3版了？

sorry，写错了，是ORCA5.0.3

已在原帖中纠正过来～

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-24 15:33

ezez 发表于 2022-8-24 07:58
你的意思是说我的报错是由于体系太大而选用的计算级别太高的原因吗？

算不动的话我会降低基组和计算方 ...

这个报错就是因为磁盘写满了，TMatrixContainer是一个存储矩阵的类，但是矩阵不是放在内存里而是放在硬盘里，TMatrixContainer::AddMatrix报错就是说往存储矩阵的文件里添加新的矩阵的时候报错，那大概率就是硬盘写满了、没法写入新的矩阵的意思。
输入文件看起来没有大问题。这个体系用B3LYP-D3/def2-TZVP甚至B3LYP-D3/def2-SVP足够了，尤其你是用来跑MD的，不是用来算高精度光谱的，那频率稍微差一点也没什么影响，远小于MD的误差。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-8-24 15:35

ezez 发表于 2022-8-24 14:58
你的意思是说我的报错是由于体系太大而选用的计算级别太高的原因吗？

算不动的话我会降低基组和计算方 ...

就是级别太高以至于报错，具体原因wzk已经说了

作者
Author: ezez 时间: 2022-8-24 16:03

wzkchem5 发表于 2022-8-24 15:33
这个报错就是因为磁盘写满了，TMatrixContainer是一个存储矩阵的类，但是矩阵不是放在内存里而是放在硬盘 ...

明白，谢谢谢谢～～
我调整一下～

感谢感谢～～

作者
Author: ezez 时间: 2022-8-24 16:04

喵星大佬发表于 2022-8-24 15:35
就是级别太高以至于报错，具体原因wzk已经说了

好的，感谢感谢～～

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-24 16:07
没有叫做MFN的程序，别瞎起名

作者
Author: ezez 时间: 2022-8-24 21:34

sobereva 发表于 2022-8-24 16:07
没有叫做MFN的程序，别瞎起名

收到，谢谢社长～～

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