计算化学公社

标题: packmol软件中我定义的原子数量是否合理？ [打印本页]

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-8-24 14:09
标题: packmol软件中我定义的原子数量是否合理？
大家好，我有水分子1650个，氯离子300个，钠离子300个，放置在半径为25埃的球型模型里面，预模拟10M的氯化钠溶液，使用packmol，tolerance为2.5，这样的模型是否合理？

作者
Author: chands 时间: 2022-8-24 15:55
你可以计算半径25 A的球里面该有多少个水分子，水的密度是 1 g/mL。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-24 16:09
不要手写【求助】标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你去了，以后注意。

合理不合理没有唯一判据

如果以packmol能否成功产生作为判据，试一下便知

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-8-24 19:48

sobereva 发表于 2022-8-24 16:09
不要手写【求助】标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你去了，以后注意 ...

好的，下次注意
另外packmol可以构型出来，但是在lammps跑的过程就会报错

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-8-24 19:51

chands 发表于 2022-8-24 15:55
你可以计算半径25 A的球里面该有多少个水分子，水的密度是 1 g/mL。

我用的（球体积*密度）/M*6.02/10计算出来，水取1g/mL的密度，M=18，r为25，结果为2189

作者
Author: 牧生 时间: 2022-8-24 19:56
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

看4.3这一部分。
你所要关心的，仅仅是多少个水分子和多少个氯化钠能得到你想要浓度的溶液。所以，球形的坐标都是一样的，加入水，钠离子，氯离子这三种就OK了

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-8-24 21:04

牧生发表于 2022-8-24 19:56
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

看4.3这一部分。

谢谢哈，我其实那些会写程序，只是想看模型是否合理，是否因为我指定数量不对的原因，导致我在lammps跑的过程中会报错，在纠结模型的不合理问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-25 09:16

mengxiangidea 发表于 2022-8-24 19:48
好的，下次注意
另外packmol可以构型出来，但是在lammps跑的过程就会报错

先用纯水跑，如果能跑，只加极少量的离子，如果还能跑，再增加离子到期望的浓度。如果发现离子浓度太高就跑不了，可能初始结构里静电互斥太大之类原因导致，先做充分的能量极小化、再用小步长预跑一阵

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-8-25 11:24
本帖最后由 mengxiangidea 于 2022-8-25 11:30 编辑

sobereva 发表于 2022-8-25 09:16
先用纯水跑，如果能跑，只加极少量的离子，如果还能跑，再增加离子到期望的浓度。如果发现离子浓度太高就 ...

sob老师，静电互斥会不会和半径有关系，我看过一篇论文，用的半径比我的会大一些，自然，水分子也多一些，离子的参数也就多一点，浓度大的情况下跑出来也没有问题，但是他是传统力场做出来的，我走的reaxff力场，我在弛豫过程中就原子不动了。小的浓度下可以跑，但是效果没达到我想要的，我看过相关的论文，说要10M起步的浓度才能达到效果。我想原子数量设置小一点，因为是reaxff力场，不适合大体系。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-25 19:21

mengxiangidea 发表于 2022-8-25 11:24
sob老师，静电互斥会不会和半径有关系，我看过一篇论文，用的半径比我的会大一些，自然，水分子也多一些 ...

当前问题又不涉及反应，用reaxFF干嘛，白浪费时间，结果还不如直接用恰当参数化的水模型和离子参数（如KBFF）好

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-8-25 19:56

sobereva 发表于 2022-8-25 19:21
当前问题又不涉及反应，用reaxFF干嘛，白浪费时间，结果还不如直接用恰当参数化的水模型和离子参数（如KB ...

需要有反应，所以采用的reaxff，做电化学方向

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-26 09:27
当前跑氯化钠溶液如果不涉及反应，就不需要reaxFF，之后要涉及反应是之后的事

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-8-26 10:26

sobereva 发表于 2022-8-26 09:27
当前跑氯化钠溶液如果不涉及反应，就不需要reaxFF，之后要涉及反应是之后的事

老师的意思我可以先在普通力场下，先把氯化钠液滴跑平衡，然后后续转reaxff嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-26 13:43

mengxiangidea 发表于 2022-8-26 10:26
老师的意思我可以先在普通力场下，先把氯化钠液滴跑平衡，然后后续转reaxff嘛？

是

作者
Author: mengxiangidea 时间: 2022-8-26 13:56

sobereva 发表于 2022-8-26 13:43
是

好的，非常感谢老师

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