计算化学公社

标题: 求助：在用Gromacs模拟时使用了amber的力场，那么在发表文章时是否需要给amber付费？ [打印本页]

作者
Author: t11b41 时间: 2022-8-25 08:49
标题: 求助：在用Gromacs模拟时使用了amber的力场，那么在发表文章时是否需要给amber付费？
最近想从amber转到Gromacs，心理总是觉得amber的力场可能更准确一些，如果我使用了amber的力场，是否需要先购买amber？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-25 09:01
不需要，要不然GROMACS怎么可能内置AMBER力场。你唯一需要付出的“费用”是引用力场原文
不说具体力场版本没法说准确性，诸如AMBER99模拟蛋白质存在不合理的构象倾向性是众所周知的，还不如GROMACS自带的G54A7。

作者
Author: t11b41 时间: 2022-8-25 15:07

sobereva 发表于 2022-8-25 09:01
不需要，要不然GROMACS怎么可能内置AMBER力场。你唯一需要付出的“费用”是引用力场原文
不说具体力场版本 ...

感谢卢老师的回复！

作者
Author: t11b41 时间: 2022-8-25 15:26

sobereva 发表于 2022-8-25 09:01
不需要，要不然GROMACS怎么可能内置AMBER力场。你唯一需要付出的“费用”是引用力场原文
不说具体力场版本 ...

还想继续请教一下：我自己的感觉，随着力场的不断迭代更新，各家的力场逐渐趋同。ff19SB和G54A7如果进行比较，是否只有极个别体系中才会出现明显差异？这也是困扰我很久的问题，究竟应该以什么样的标准去选择力场？是否应在开始分析结果前，应使用不同的力场进行尝试？那么是否可以选择对我结论有正面支持作用的力场作为正式模拟的力场？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-25 19:24

t11b41 发表于 2022-8-25 15:26
还想继续请教一下：我自己的感觉，随着力场的不断迭代更新，各家的力场逐渐趋同。ff19SB和G54A7如果进行 ...

显然应当用程序支持的、已知的尽可能好的力场
这就需要多关注力场的发展，诸如多看力场的benchmark文章、力场原文里的对比测试
ff19SB模拟蛋白质绝对比G54A7强。看ff19SB的原文就知道力场开发者在训练和验证力场方面付出了多大努力

作者
Author: t11b41 时间: 2022-8-26 08:43
谢谢卢老师的指导！正在学习ff19SB的原文：doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00591

作者
Author: sxj886 时间: 2022-9-14 11:26

t11b41 发表于 2022-8-26 08:43
谢谢卢老师的指导！正在学习ff19SB的原文：doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00591

同学你好，力场原文是参考文献吗？本人最近使用amber99sb-ildn.ff的力场做萃取，但是苦于找不到一些类似标准来进行模拟，想问一下有什么好的途径来寻找力场原文来设置参数吗？谢谢您。

作者
Author: t11b41 时间: 2022-10-9 15:06

sxj886 发表于 2022-9-14 11:26
同学你好，力场原文是参考文献吗？本人最近使用amber99sb-ildn.ff的力场做萃取，但是苦于找不到一些类似 ...

老师您好，这个问题不知道您解决了与否，可能直接发帖和sob老师讨论可能更好一些。

作者
Author: sxj886 时间: 2022-10-10 09:18

t11b41 发表于 2022-10-9 15:06
老师您好，这个问题不知道您解决了与否，可能直接发帖和sob老师讨论可能更好一些。

好的，谢谢您

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-10-10 11:35

sobereva 发表于 2022-8-25 19:24
显然应当用程序支持的、已知的尽可能好的力场
这就需要多关注力场的发展，诸如多看力场的benchmark文章 ...

然而gromacs似乎并不支持ff19SB的cmap形式而面角

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-10 16:05

喵星大佬发表于 2022-10-10 11:35
然而gromacs似乎并不支持ff19SB的cmap形式而面角

GROMACS支持cmap项，和AMBER19SB的cmap形式似乎没有差别

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