计算化学公社

标题: 求助：使用Dmol3进行IRC计算 [打印本页]

作者
Author: lomon 时间: 2022-8-25 13:57
标题: 求助：使用Dmol3进行IRC计算
请问各位老师：我已经使用dmol3完成了过渡态的搜寻，现在需要再使用dmol3计算IRC，因为基组不同所以暂时不用Gaussian跑，但是我在网上没找到dmol3计算IRC的教程，所以如果老师有相关的教程麻烦您分享一下，或者您简单指导一下如何操作，万分感谢！

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2022-8-25 14:05
通过改基团坐标的方法可以近似实现IRC扫描吧，柔性就不好整了

作者
Author: lomon 时间: 2022-8-25 14:17

Eudaimonia 发表于 2022-8-25 14:05
通过改基团坐标的方法可以近似实现IRC扫描吧，柔性就不好整了

谢谢老师的回复。我查到用TS Confirmtion可以进行IRC的计算，但是我直接用计算出来的TSSearch.xsd计算的话会提示没有轨迹文件，必须要用计算过渡态之前的reaction-production.xtd才能运行。请问这样会对最终结果造成影响吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-26 14:06
Dmol3比Gaussian差太远了，强烈不建议用Dmol3算分子体系
仔细阅读下文，会令你放弃用Dmol3的想法
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508

作者
Author: lomon 时间: 2022-8-26 19:52

sobereva 发表于 2022-8-26 14:06
Dmol3比Gaussian差太远了，强烈不建议用Dmol3算分子体系
仔细阅读下文，会令你放弃用Dmol3的想法
为什么 ...

谢谢sob老师的回复。我之前是用gaussian做的优化和过渡态搜寻，但是因为因为搜寻过程始终不能收敛，所以我导师建议我先用dmol3跑一下能收敛了之后得到过渡态结构，再去Gaussian用qst3跑。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-26 22:24

lomon 发表于 2022-8-26 12:52
谢谢sob老师的回复。我之前是用gaussian做的优化和过渡态搜寻，但是因为因为搜寻过程始终不能收敛，所以 ...

那不需要用dmol3跑IRC，dmol3跑出过渡态结构以后给高斯优化完，在高斯里跑IRC就行了。
另外如果用其他程序收敛好了过渡态结构做初猜，一般初猜结构质量都很好，就不需要用QST3了，直接opt=ts就行了。
此外我比较怀疑dmol3收敛概率真的比高斯高吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-27 11:09

lomon 发表于 2022-8-26 19:52
谢谢sob老师的回复。我之前是用gaussian做的优化和过渡态搜寻，但是因为因为搜寻过程始终不能收敛，所以 ...

不可能存在Gaussian找不到过渡态但用Dmol3才能找到的情况，除非对Gaussian的过渡态搜索的基本使用都不了解

作者
Author: lomon 时间: 2022-8-30 10:32

wzkchem5 发表于 2022-8-26 22:24
那不需要用dmol3跑IRC，dmol3跑出过渡态结构以后给高斯优化完，在高斯里跑IRC就行了。
另外如果用其他程 ...

谢谢老师的回复。目前我是把dmol3的结构输出到高斯优化了。需要做qst3是因为我是要做吸附解离的，因为反应物和生成物的结构不同所以需要用qst3.从我跑的过程来看，我认为高斯的收敛标准是比dmol3高的，哪怕放宽了收敛限，如果初猜结构不合理也不容易收敛，dmol3相对好一点，跑的时候只要在合理的范围内都能收敛，并且输出的结果放到高斯里也能比较好地得到结果，所以我觉得dmol3可以作为跑高斯之前的预处理。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-30 15:43

lomon 发表于 2022-8-30 03:32
谢谢老师的回复。目前我是把dmol3的结构输出到高斯优化了。需要做qst3是因为我是要做吸附解离的，因为反 ...

没有“因为反应物和生成物的结构不同所以需要用qst3”这个说法，这个逻辑关系不成立
仔细看http://sobereva.com/460了解QST3和其他找过渡态方法的区别，以及为什么即便反应物和生成物的结构不同也可以不用QST3

作者
Author: lomon 时间: 2022-8-31 09:51

wzkchem5 发表于 2022-8-30 15:43
没有“因为反应物和生成物的结构不同所以需要用qst3”这个说法，这个逻辑关系不成立
仔细看http://sober ...

收到，谢谢老师

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