计算化学公社

标题: 请问如何利用cub格点计算自由区域表面积？ [打印本页]

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Author: 夜千 时间: 2022-8-25 20:10
标题: 请问如何利用cub格点计算自由区域表面积？
有一批结构，每个结构为200个原子左右，通过卢天老师计算孔洞自由体积的办法（使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域 - 波函数分析与Multiwfn (Wavefunction Analysis & Multiwfn) - 计算化学公社 (keinsci.com)），得到了该孔洞（为局部）的格点数据，请问如何计算才能得到这部分的表面积呢。因为是批量计算，每个分子的自由区域序号不一样，输入原子序号计算SASA的方法不可行。尝试用过chimerax,无法打开这部分格点，vmd虽然能打开但无法计算，或仍需要输入原子序号计算。该格点如图所示。谢谢各位老师 (, 下载次数 Times of downloads: 27)

格点相关数据见附件

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Author: sobereva 时间: 2022-8-26 14:58
你的cube文件明显异常，格点间距也太大了

如果只算一个或数个分子，手动用ChimeraX计算特定等值面的表面积就完了。如果是有一批结构，据我所知没有自动化的工具，原理上也没自动法判断你实际想要算的区域

作者
Author: 夜千 时间: 2022-8-26 17:29

sobereva 发表于 2022-8-26 14:58
你的cube文件明显异常，格点间距也太大了

如果只算一个或数个分子，手动用ChimeraX计算特定等值面的表面 ...

老师您好，请问下用chimera计算的输入文件还是格点数据吗，因为我用格点cub文件无法在chimera中看结构。目前我已经把格点改为0.25，之前误设为1了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-27 11:10

夜千发表于 2022-8-26 17:29
老师您好，请问下用chimera计算的输入文件还是格点数据吗，因为我用格点cub文件无法在chimera中看结构。 ...

参考
使用Multiwfn和ChimeraX绘制自定义着色的电子定域化函数(ELF)等值面图
https://www.bilibili.com/video/av85684420
里面有ChimeraX载入格点数据，并且测量特定的等值面的面积的演示

作者
Author: 夜千 时间: 2022-8-28 10:58

sobereva 发表于 2022-8-27 11:10
参考
使用Multiwfn和ChimeraX绘制自定义着色的电子定域化函数(ELF)等值面图
https://www.bilibili.com/ ...

请问老师，格点大小与等值面的关系是什么，因为我看到不一样的间距，等值面明显不一样。我以为格点就像一个个小球一样填充，所以不太理解与等值面的关系

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-30 10:43

夜千发表于 2022-8-28 10:58
请问老师，格点大小与等值面的关系是什么，因为我看到不一样的间距，等值面明显不一样。我以为格点就像一 ...

格点间距越大，等值面越粗糙、越有棱角

等值面是怎么根据格点数据产生的，看我的论文：Journal of Molecular Graphics and Modelling 38 (2012) 314–323 http://dx.doi.org/10.1016/j.jmgm.2012.07.004

作者
Author: 夜千 时间: 2022-8-30 19:56

sobereva 发表于 2022-8-30 10:43
格点间距越大，等值面越粗糙、越有棱角

等值面是怎么根据格点数据产生的，看我的论文：Journal of Mol ...

老师，如果得到的格点数据，比预想的多了一部分，有什么办法可以切割掉一部分吗，还是重新建box计算格点。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-31 10:29

夜千发表于 2022-8-30 19:56
老师，如果得到的格点数据，比预想的多了一部分，有什么办法可以切割掉一部分吗，还是重新建box计算格点 ...

可以重新计算，在ChimeraX里也有抹除工具（可以控制圆球位置，圆球内的等值面会被抹去）

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Author: coolrainbow 时间: 2022-8-31 11:22

sobereva 发表于 2022-8-26 14:58
你的cube文件明显异常，格点间距也太大了

如果只算一个或数个分子，手动用ChimeraX计算特定等值面的表面 ...

我记得Multiwfn里有类似marching tetrahedron算法的，不能构造三角形计算面积吗？

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Author: sobereva 时间: 2022-8-31 19:23

coolrainbow 发表于 2022-8-31 11:22
我记得Multiwfn里有类似marching tetrahedron算法的，不能构造三角形计算面积吗？

可以，这正是下文功能用的做法
使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积
http://sobereva.com/487（http://bbs.keinsci.com/thread-13392-1-1.html）

只不过Multiwfn不允许用户对特定等值面计算面积（除非恰当定义盒子，让盒子里只出现感兴趣的等值面），而Chimera里可以交互式选择对哪个等值面计算

作者
Author: 夜千 时间: 2022-9-1 13:02

sobereva 发表于 2022-8-31 10:29
可以重新计算，在ChimeraX里也有抹除工具（可以控制圆球位置，圆球内的等值面会被抹去）

因为我是批量计算，老师，有没有可能，把生成的格点数据建立坐标系，在我指定的平面之外的格点舍去呢？我查了一些脚本，都不能读取cub文件

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-2 07:37

夜千发表于 2022-9-1 13:02
因为我是批量计算，老师，有没有可能，把生成的格点数据建立坐标系，在我指定的平面之外的格点舍去呢？我 ...

写脚本自然可以让Multiwfn批量处理cub文件
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

脚本里都可以让Multiwfn只计算特定区域的部分，恰当设置格点就完了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)