计算化学公社

标题: Tinker如何统计体系中各个分子的电荷 [打印本页]

作者
Author: 安陈 时间: 2022-8-26 10:54
标题: Tinker如何统计体系中各个分子的电荷
一个水盒子体系，用tinker跑了一个NPT，老师让统计每个水分子的电荷（我试过VMD的get charge命令取出全是零），请求帮助谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-26 13:50
如果是不可极化力场（具体来说，原子电荷不是动态更新的那种），每个水分子的净电荷始终精确为0，没有算的意义

作者
Author: 安陈 时间: 2022-8-26 15:22
谢谢sob老师，但我用的就是amoeba可极化力场

作者
Author: 安陈 时间: 2022-8-26 15:23
这是我的key文件

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-26 15:30
我不用tinker，反正免不了得自己写程序。先搞清楚实时的原子电荷存在什么文件里。

作者
Author: 安陈 时间: 2022-8-26 15:36

sobereva 发表于 2022-8-26 15:30
我不用tinker，反正免不了得自己写程序。先搞清楚实时的原子电荷存在什么文件里。

好的谢谢sob老师

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-8-26 18:02
AMOEBA也是0。可极化动的是偶极，不是总电荷。电荷转移是另外的东西。

AMOEBA最好用OpenMM跑

作者
Author: 安陈 时间: 2022-8-26 20:53

k64_cc 发表于 2022-8-26 18:02
AMOEBA也是0。可极化动的是偶极，不是总电荷。电荷转移是另外的东西。

AMOEBA最好用OpenMM跑

哦哦这样啊，谢谢cc您的解答

作者
Author: ZiyuSong 时间: 2024-4-5 09:57

k64_cc 发表于 2022-8-26 18:02
AMOEBA也是0。可极化动的是偶极，不是总电荷。电荷转移是另外的东西。

AMOEBA最好用OpenMM跑

那请问这个电荷转移后会更新每个原子的电势能或者说电荷吗？还是仍然不变？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-4-5 11:20
AMOEBA只有原子偶极部分是浮动的，原子电荷和原子四极部分是死的，偶极变了静电势当然会变

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)