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标题: 求助分析gromacs模拟短肽和一个膜蛋白的相互作用的动力学的结果 [打印本页]

作者
Author: 352622668 时间: 2022-8-26 13:06
标题: 求助分析gromacs模拟短肽和一个膜蛋白的相互作用的动力学的结果
需求描述：我模拟了一个短肽和一个膜蛋白的相互作用，膜蛋白是嵌入到DPPC膜中。求助分析模拟的结果，包括能量变化，氢键等。目的是说明短肽与膜蛋白发生了相互作用。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-26 13:57
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “有偿求助，分析gromacs动力学模拟结果” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-26 13:59
氢键数目随时间变化用gmx hbonds分析，可以设置两个组，考察两个组之间的氢键情况
考察相互作用能可以设置能量组，可监控小分子和蛋白两个组之间的非键相互作用能

这些知识，以及各种其它常见分析，在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里都详细讲过

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