计算化学公社

标题: 求助：如何模拟磷酸化修饰某位点的蛋白质，以及应该如何进行动力学模拟 [打印本页]

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Author: hongyi166_ 时间: 2022-8-26 15:54
标题: 求助：如何模拟磷酸化修饰某位点的蛋白质，以及应该如何进行动力学模拟
想要模拟对蛋白质的某个氨基酸进行磷酸化修饰，有两个问题：用pymol或者什么对接软件应该怎样对氨基酸进行修改？
修改后的蛋白质，拥有一个非标准氨基酸，用GMX该怎样进行动力学模拟？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-27 11:42
gview里画上去就行，注意之后在pdb里恰当修改原子名和GROMACS的rtp文件里的相应残基条目对应上

你可以自己修改rtp，把母体残基信息复制成一个新的，里面加入磷酸基相关的项。用到的原子电荷可以用Multiwfn结合恰当的模型算，看里面的氨基酸残基的电荷计算例子
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

很多力场也直接自带了很多非标准残基的信息，比如http://vienna-ptm.univie.ac.at/?page_id=100提供的特殊版G54A8力场包，以及JCTC, 17, 3554 (2021)

作者
Author: hongyi166_ 时间: 2022-8-30 14:43
太感谢社长了~救大命了

作者
Author: lzhzau 时间: 2022-12-3 22:51
你好，请问一下能否将用gview软件对蛋白质的某个氨基酸进行磷酸化修饰的步骤详细描述一下嘛？入门小白也需要对蛋白进行磷酸化处理后跑动力学

作者
Author: Ricco 时间: 2023-6-3 22:50
社长能在新一期GMX培训班中加一下如何模拟XX化修饰某位点的蛋白质吗。一定再去听一次！

作者
Author: 哼哼2001 时间: yesterday 23:33

lzhzau 发表于 2022-12-3 22:51
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请问您怎么操作的呀，我目前也遇到了相似的问题

作者
Author: 哼哼2001 时间: yesterday 23:35

hongyi166_ 发表于 2022-8-30 14:43
太感谢社长了~救大命了

您好，请问您的磷酸基团怎么在Gaussview里面画上的呀，我的画出来连接不上我原本的碳原子

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