公社群聊Q&A整理：2015.07.24 17 ~ 2015.08.15 05 Concate - 计算化学公社

2015.07.24 16:49:06
Q:
群主老师，您好，能问你个问题吗，我做带电荷体系。负电荷原子总是吸引自由基，这正常么
A:
不好说，多换几种方法试试
----------------------------------------------------
2015.07.24 16:52:28
Q:
[图片][图片]老师，做HOMO LUMO,的时候，我把两个分子放在一起的，怎么点击显示homo，成图只成在一个分子上，点击lumo，又成图在另一个分子上，这理论上不管点击哪个分子，都应该两个分子都应该有图像分布的呀。
A:
很正常，本来MO就未必非得离域在整体
像这种情况若HOMO->LUMO激发就相当于电荷转移跃迁
这里也有例子
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
----------------------------------------------------
2015.07.24 17:09:55
Q:
请教下有人安装过最新版本的lapack么，如何安装可否给点建议
A:
lapack在CVF/ivf下的使用
把lapack压缩包内的SRC内的.f都加入工程，把INSTALL里的辅助子程序slamch.f和dlamch.f加入子程序。把BLAS库文件加入工程。build即可。
blas在linux下编译：
解压后，把make.inc里面编译器改成自己的。然后make即可。
lapack在linux下编译：
解压后，把make.inc.example改名为make.inc，把FORTRAN、LOADER都改为ifort，把OPTS改成-O3，把BLASLIB改成blas.a的路径。然后make即可。
----------------------------------------------------
2015.07.24 17:20:16
Q:
一般需要在root权限安装
A:
具体怎么不能装？
如果是新装的win7旗舰，其它什么都没装就装不上MS，就report bug
按理说是这样
Q:
如果你直接把license拷到C:\Program Files\Accelrys\LicensePack\Licenses路径下呢
A:
要是我的话，搞明白此问题，就弄两个虚拟机，一个家庭一个旗舰，步骤一步一步对应着操作
----------------------------------------------------
2015.07.24 17:30:23
Q:
老师，我用qst2输入中间体及产物（264个电子）均为带一个电荷的单重态，找出过渡态显示为不带电的二重态可能吗，电荷怎么会凭空消失呢，是过渡态不对吗
A:
能用opt=TS就别用QST2
----------------------------------------------------
2015.07.24 17:38:54
Q:
请教大家一个问题，用高斯做SCAN，想同时扫两个键长，编辑输入文件格式与单扫描有区别吗[Emoticon]，我的计算文件发现只有一个键长在扫，另外一个根本没在扫
A:
[图片]
[图片]
Q:
就像分子说明部分的A1 A2 B1 B2都是自己敲上去的吗
A:
gview保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法
http://sobereva.com/292
Q:
我有155个原子，那样都敲上去，还要在下面标，很费时，难道就是这么做吗
SOB老师，你给的例子是柔性扫描吗
A:
刚
Q:
发文章刚性扫描可以吗
Sob老师，能不能提供个柔性扫描的例子
A:
[图片]
Q:
双扫描就是在下面写两行？
A:
对
Q:
谢谢大家耐心解答，我再试试，出现问题再请教大家
A:
不要啊啊啊
----------------------------------------------------
2015.07.24 18:11:32
Q:
[图片]我模拟此，能量基本一致，但我算的偶极矩均为正数啊，RR为2.61，SS为2.71，meso的偶极矩为2.6589啊，什么情况啊@Sobereva
A:
不管方向的时候偶极矩就是一个正值
Q:
meso为0，而我计算为2.6589
A:
一码事
Q:
#p opt=（ts，calcfc，calcall）用此命令找过渡态，最后可以看出vibration，对吗，@Sobereva
A:
calcall太费时间，一般这么写
opt(noeigen,ts,calcfc) freq
Q:
哦，好的，谢谢老师
[图片][图片]完成1,2步骤，第三步跑irc命令irc=(forward,calcfc,maxcyc=200,stepsize=11,maxpoints=300)还需要设定 iop(5/13=1,1/11=1,1/8=7,2/16=1) scf=(maxcycle=300) int=fine geom=connectivity等命令吗？@Sobereva
A:
不要写那一大堆恶心、多余的关键词
----------------------------------------------------
2015.07.24 18:12:16
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
符号相反是因为方向取得相反
----------------------------------------------------
2015.07.24 18:28:53
Q:
我可以问一个比较菜的问题吗冗余内坐标内坐标笛卡尔坐标有什么区别吗因为平时一般使用的笛卡尔坐标所以对内坐标和冗余内坐标不是很了解的
A:
这里都写了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2015.07.24 20:14:04
Q:
含Si的体系，算NPA的话，用什么基组会好一些？
A:
6-311G**就够了
Q:
哦，谢谢老师，如果再加上++的话，会更好一些吗？
A:
没用
Q:
哦，弥散对算电荷分布影响不大吗？
A:
看群共享原子电荷计算方法的对比
Q:
Sob老师，我想问一下，如果考虑Mulliken电荷的话，弥散是否需要加？ b3lyp/6-311++g** 和 b3lyp/6-311g** 两者，应该采用哪一个进行计算啊？
加弥散对Mulliken电荷的计算有无影响啊？
A:
我让你看的文章看了没？仔细看过的话不应该有这样的问题
Q:
Sob老师，我看过了，里面这样写的，
[图片]
这样的话，我是想确认一下，要考虑Mulliken电荷的话，我在计算时是不是就应该把弥散都去掉？
也得看体系吧，比如阴离子的结构优化波函数分析什么的，就得加弥散。个人意见。
A:
去掉弥散
不去掉结果完全没法用
----------------------------------------------------
2015.07.24 21:02:02
Q:
老师好。我想请问一下优化方法M11L和M11以及B97D3的关键字输入是神马啊。。查手册没查到。。谢谢老师
A:
去官网看最新版手册
----------------------------------------------------
2015.07.24 22:21:28
Q:
请问，ROHF和RHF有什么区别呢
可是开壳层不是UHF吗？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.24 22:24:38
Q:
sob 老师ORCA 怎么安装[Emoticon]
A:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
里面写着
----------------------------------------------------
2015.07.25 00:04:06
Q:
一直有个很初级的问题想请教下大家，就是freq的输出结果中的low frequencies中出现的负值算不算虚频？如果不算的话，那它的意义何在呢？
[图片]
A:
那个不用管，最低六个对应转动、振动模式，会被投影掉
----------------------------------------------------
2015.07.25 01:26:06
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
本身是免费的，也可以在64bit windows下运行
----------------------------------------------------
2015.07.25 01:31:33
Q:
Sob老师您好，您在“使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索”这篇文章中提到可以用Material Studio跑动力学，我试了一下MS的轨迹文件不能用VMD转换成XYZ的轨迹文件，应该怎么办？
A:
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
----------------------------------------------------
2015.07.25 01:32:12
Q:
irc命令irc=(forward,calcfcmaxpoints=300)可以吗老师@Sobereva
A:
可以
Q:
[图片]#p irc=（forward，calcfc，maxpoints=300）b3lyp/genecp test
跑irc输入命令，上图图片显示报错；下图为irc path[图片]怎么办，过渡态不对吗@Sobereva
A:
IRC里写LQA
----------------------------------------------------
2015.07.25 02:37:40
Q:
sob老师，按您说的输出轨迹文件之后，用VMD转换成xyz，但是molclus程序闪退，输出的isomers文件为空，是什么原因呢？
A:
先把帖子里的例子完整重复一遍
如果能重复出来，而你的体系不行，先确保xyz文件内容正常，如果确保正常，看molclus中间生成的输出文件之类来判断。先启动命令行界面再运行molclus即便出错也不会导致窗口关闭，从报错信息上也能判断。
----------------------------------------------------
2015.07.25 03:03:01
Q:
linear-transit calculations 线性过度扫描法分析异构体间有无过渡态，怎么描述，哪儿有相关资料啊@Sobereva
A:
这根本没实际意义，甭管它
这里有相关讨论
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
----------------------------------------------------
2015.07.25 04:47:49
Q:
老师这个帖子是不是该删了。。或者封他号。。。。http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1510
支持封号
A:
已删号
----------------------------------------------------
2015.07.25 05:31:15
Q:
[图片]各路大神，请问这个都如何解决的？
A:
设定GAUSS_EXEDIR环境变量，将之指向f:\g09w
Q:
[Emoticon] sob老师，我填写的是f:\g09w\g09.exe
我再试试
sob老师这个环境变量如何改成指向f:\g09w
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.25 16:38:34
Q:
高手们，如果gaussian进行opt优化之后失败了，我是不是可以把挂了的chk文件直接复制重命名，再继续计算呢？这样是不是等同于让她继续最多计算128次呢？
Convergence criterion not met.
SCF Done: E(RB3LYP) = -1168.97997521 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.2200D-06 -V/T = 2.0113
Convergence failure -- run terminated.
这个是不是不能看失败原因？
A:
SCF没收敛
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
[Emoticon]我研究一哈
就是降低其收敛标准？行，我试试。谢谢~
A:
几何优化别降低SCF收敛标准
几何优化要求密度矩阵收敛精度较高
[图片]
要搞清楚原理
Q:
我先参照汇总里的方法试一试觉得自己真的是太太太菜鸟了[Emoticon]
那个，如何判断能量是不是震荡呢？
查找 DE=- 关键词，看看能量变化
A:
[图片]
Q:
你这个属于一个SCF cycle还没收敛的情况，请查看Delta-E
老师，我想知道命令行每增加一个关键词，会不会影响优化的几何构型及能量@Sobereva
A:
不懂理论的话就try
Q:
[图片][图片]是这个吗
A:
SCF不收敛基本用不着看每轮迭代的能量变化，几乎一定震荡或发散
尝试按博文里的方法解决就是了
几何优化不收敛才有必要考察轨迹、能量、受力的变化来综合考虑对策
----------------------------------------------------
2015.07.25 17:04:25
Q:
请问：参加过4月份培训的学员，有在6月15号以后的邮件中收到视频连接吗？
我问了我同学，也没收到。
A:
过两天发布
----------------------------------------------------
2015.07.25 17:05:49
Q:
好的谢谢老师
另外我四月份报名邮箱和八月份报名邮箱不是同一个，不会有啥影响吧？
A:
会发到四月报名时的邮箱
----------------------------------------------------
2015.07.25 17:12:47
Q:
老师，你好，请问一个吸收峰有没有可能是两个电子激发态共同贡献的？谢谢
A:
可能，司空见惯
----------------------------------------------------
2015.07.25 17:38:14
Q:
请问大家一个英语的翻译： blind prediction 一般翻译成什么比较合适？我向来翻译成盲点预测。不过最近老觉得这个翻译不是很妥
A:
盲预测
Q:
嗯，就是感觉盲预测读起来怪怪的
是否可以有一个文艺一点的说法呢
[Emoticon]
A:
瞎预测
Q:
[Emoticon]
哈哈
A:
没必要太文艺，盲审不也是么
Q:
XXX的盲预测。读的时候总是感觉如鲠在喉啊
A:
robustness还被翻译成鲁棒性呢
这才粗鲁
----------------------------------------------------
2015.07.25 17:47:36
Q:
我想问一下老师，高斯计算NTO TD以后，用GAUSSVIEW对轨道进行可视化，为什么标题还是显示的Alpha MOs？
A:
gview程序里的标题只有alpha MO
你用什么轨道都一样
----------------------------------------------------
2015.07.25 18:32:50
Q:
请教各位老师：NO分解为N的自由基和O的自由基这一步需要对应的过渡态吗？还是可以认为这一步可以不需要过渡态就能发生？谢谢！
A:
没有。
Q:
谢谢sob老师指导，我一直也没找到这一步对应的正确过渡态
老师，我想知道这一步为什么不会有对应的过渡态，能稍微指导一下吗
A:
凭什么有？
Q:
什么情况下会有过度态呢
这个我也不清楚
A:
[图片]
Q:
Diels-Alde反应也是靠电子转移完成，为什么他有过渡太呢？
还有各种环加成反应
A:
结构明显也在变化，新键生成，旧键断裂
----------------------------------------------------
2015.07.25 19:00:42
Q:
大神，振子强度f能大于1吗？
A:
极强的甚至能到10
----------------------------------------------------
2015.07.25 19:20:53
Q:
大家好，当我在用counterpoise这个关键词计算BSSE是，结果文件中出现很多次的 Counterpoise: corrected energy = 。。。。
Counterpoise: BSSE energy = 。。。。，到底要看哪一个？是看最后一个吗？
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
----------------------------------------------------
2015.07.25 21:08:39
Q:
同问啊老师们，初学gauss 好多都不懂，要去[图片]这个培训了马上。请教大家
A:
去过之后就懂了
Q:
一点量化基础都没有的去了能听懂吗
A:
能
----------------------------------------------------
2015.07.25 21:17:16
Q:
汇款时，没有备注姓名，邮箱说明了，可以吗？
A:
可以
----------------------------------------------------
2015.07.26 00:05:36
Q:
Multiwfn能不能输出特定某几个BCP点拓扑计算的结果到txt文档里边
A:
直接从屏幕上复制
或者选项7里输入0导出所有bcp信息
----------------------------------------------------
2015.07.26 02:35:35
Q:
Gaussian里面的TDDFT可以用scissor operate来矫正UV谱吗？？
A:
不能
----------------------------------------------------
2015.07.26 02:40:34
Q:
想请教一个问题One expects this in a classical system, as the phase space
approaches a single point when motion ceases 这可以怎么理解当原子停止运动时相空间是一个点呢
A:
问题太含糊
算原子电荷
----------------------------------------------------
2015.07.26 02:48:16
Q:
怎么处理chk文件能直接看出来电子云密度大小啊老师先谢谢您啊
[图片]老师颜色深浅代表什么差别啊
[图片]这么选择的两个参数
A:
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
写得很清楚
----------------------------------------------------
2015.07.26 02:56:52
Q:
我这样写对面
对吗为什么老是提示我 LANL2DZ 语法错误
[图片]
A:
lanl2tz自行去EMSL拷定义
Q:
ok
A:
I甭用这种基组
Q:
那用什么比较好呢
A:
lanl08
----------------------------------------------------
2015.07.26 03:50:46
Q:
谁有比较好用的google或者类似google的网址？
有没有直接搜索的，不是scholar的？
A:
g.51open.net
https://duliziyou.com
----------------------------------------------------
2015.07.26 04:35:08
Q:
win下安装multiwfn，是点击这个吗[图片]最上面那个？
@Sobereva
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Q:
这个我看了没看明白啊谢谢您啊
[图片]出现了这个啊
A:
再仔细看，里面写得很清楚
并且仔细读屏幕上的文字
Q:
嗯好的我得把文件生成.wfn等这些格式的文件然后再输入命令打开是吧老师我再仔细看看
A:
真是不知道怎么在英文文本界面下，让所有用户能知道下一步该干什么
是
手册第四章有80多个例子，tips博文里也有几十篇文章，里面净是例子
Q:
得研究怎么把gauss的输出文件转成Multiwfn可以识别的格式
A:
手册、博文里都写了
所有用户需要知道的信息全都写得极为清楚
----------------------------------------------------
2015.07.26 04:53:34
Q:
老师，我把两种物质放在一起优化BSSE修正之后，E（A+B)-EA-EB的相互作用能居然有[图片]kcal/mol,这是不是属于形成共价键的范围了？@Sobereva
老师，我把两种物质放在一起优化BSSE修正之后，E（A+B)-EA-EB的相互作用能居然有[图片]kcal/mol,这是不是属于形成共价键的范围了？@Sobereva
A:
你先甭考虑counterpoise校正，直接E(A)+E(B)-E(AB)
真要是这么强的相互作用根本也不需要做counterpoise校正
如果确实是弱相互作用，肯定算错了
Q:
用3-21G算出来只有-35，用6-311G（d,p)算出来，就这么大了
老师，不考虑BSSE就只有[图片]了。这是什么情况？需要加上弥散，不加BSSE再算一下吗？目前用的是6-311G（d,p)@Sobereva
A:
6-311+G**直接算，不考虑BSSE
Q:
BSSE矫正之后一般是变小的吧
A:
对，算出来的相互作用能变弱
Q:
所以我怀疑她搞错了
A:
所以说，counterpoise原理没搞清楚前先别乱用counterpoise
----------------------------------------------------
2015.07.26 04:53:35
Q:
sob老师，我想请问一下，培训第二部分会集中在使用multiwfn解决实际问题上的理论和应用，那么第一部分的基础班培训是否有对multiwfn的使用、操作方面一些应用的简单介绍？
A:
只会涉及一丁点，因为讲量化知识三天都不够，有的不太重要的都得回去自己看讲义。
----------------------------------------------------
2015.07.26 05:30:16
Q:
请问下 wfn里面的电子密度图可以导出文件用其他软件画么
A:
能
不要简写成wfn
----------------------------------------------------
2015.07.26 05:34:12
Q:
[图片]各位老师，请问，我这个输入路径有问题吗，为什么运行不了，总是Error termination via Lnk1e in /home[Emoticon]em/pmmpemsoft/g09d01/g09/l1.exe at Sat Jul 25 21:06:06 2015.
A:
def2tzvp
其它关键词都别写，全是多余的
----------------------------------------------------
2015.07.26 05:55:01
Q:
请问下VMD能做等值线图么
A:
能作等值面图，不能作等值线图
Q:
请教下什么软件画等值线图比较好看啊而且能看到分子原本构型
A:
将分子结构图和Multiwfn绘制的平面图准确合并的方法
http://sobereva.com/274
----------------------------------------------------
2015.07.26 06:02:46
Q:
是不是 cc-pCVCZ代表 cc-pCV5Z和cc-pCV6Z?
A:
不能这么说，一般用cc-pCVnZ表示，具体是哪个看n
Q:
H元素是不是没有cc-pcvtz基组，因为氢原子不能考虑内层的core,,,如果一个体系里面全部都用cc-pcvtz,,而氢原子只能用cc-pvtz??
A:
对
----------------------------------------------------
2015.07.26 17:04:43
Q:
请问下TD-DFT计算对开壳层或者闭壳层有要求么
A:
也能做基态是开壳层的情况
一般都是闭壳层
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.26 19:07:47
Q:
你做晶体也用高斯？
A:
原理第一，程序第二
----------------------------------------------------
2015.07.26 19:10:31
Q:
请问用高斯计算离子半径加什么关键词呢，比如说我要算Cl+7的半径，加什么关键词呢，输出的文件应该怎么读呢？[Emoticon]
A:
根本没有相应的关键词
Q:
[图片]
高斯说明书里有呢
A:
根本不是一码事！
----------------------------------------------------
2015.07.26 23:06:46
Q:
老师，怎么看周期性的体系的偶极矩呢？
老师，高斯计算的周期性体系的偶极矩怎么看呢
A:
可以尝试其它程序计算晶胞的偶极矩，但可能有一定原理上的问题
一种可行的做法是计算不同聚合度的这个体系，考察总偶极矩随N的变化，然后外推到N极大，就可以知道每个晶胞的偶极矩。
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.27 01:27:18
Q:
请教，GAMESS Windows版最多能算多大的体系？
各位，谁有GAMESS 软件能传我一份吗？
A:
看机子、方法
官网下
----------------------------------------------------
2015.07.27 01:35:00
Q:
Sob老师，问您一个问题，我在算拉曼的时候，就是freq=raman，算到这的时候任务掉下来了，是怎么回事啊?
[图片]
A:
重新算
每次都这样就换版本或换计算级别
----------------------------------------------------
2015.07.27 01:40:22
Q:
老师，我的问题呢？
[图片]
A:
什么体系？
什么程序？
Q:
[图片]
高斯计算的
[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
自洽场迭代失败
A:
高斯PBC应该没法计算偶极矩
Q:
老师，那该怎么计算呢
A:
早上都给你发幻灯片了
----------------------------------------------------
2015.07.27 01:49:21
Q:
请问各位老师，我按sob老师的帖子，想学A
想学AdNDP。可是为什么不能进入呢。不好意思，一不小心给按enter了。
“启动Multiwfn，输入Li5+.out的文件路径”
[图片]这个是为什么呢
A:
显然路径输错了
屏幕上提示得很清楚
仔细看屏幕上一切提示
Q:
[图片]可是老师，我的文件就是在这个文件夹里呀
A:
显然有个work
----------------------------------------------------
2015.07.27 01:55:04
Q:
ISPHER=1 是什么意思？
GAMESS 的输入文件中ISPHER=1 是什么意思？
A:
用球谐型高斯函数
RTFM
----------------------------------------------------
2015.07.27 02:01:09
Q:
[图片]老师，这个也是不收敛的原因吗？@Sobereva
A:
first 否
自行思考
----------------------------------------------------
2015.07.27 02:15:21
Q:
sob老师，GAMESS 算 MOROKUMA能量分解时，不需要指定理论方法，只需要指定基组，是吗？那基组不同对结果影响很大吗？
A:
morokuma只支持RHF。基组有一定影响。建议用LMOEDA
----------------------------------------------------
2015.07.27 02:31:02
Q:
[图片] Sob老师，表面活性剂ANS_C系列为同系物，a,b,c,d,e的分子量逐渐增加，看表格中的数据（能量和偶极矩）存在趋势。但不知道用什么语言来表述，想想又不是异构体不能说哪个最稳定，但能量和偶极矩有这样的趋势该怎么说明，甚至有什么结论。希望您给一点儿建议
A:
光从这数据说不出什么来，要从结构上考察
----------------------------------------------------
2015.07.27 03:45:39
Q:
[图片]
A:
发错群了吧
----------------------------------------------------
2015.07.27 04:06:01
Q:
请教sob老师，1、氢键原子的磁耦合常数与横向电子通讯有什么关系？2、restart是不是不需要rwf文件，可以都删掉的吧
A:
什么“横向电子通讯”？
restart什么？
Q:
Transverse Electronic Communication；就是断了重算。。
A:
没听说过这词
什么任务的restart？
能restart的任务多了
Q:
一般优化
A:
无需rwf
Q:
嗯，因为rwf太大，是不是需要及时清理
A:
没用的就删
----------------------------------------------------
2015.07.27 04:15:46
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
核的距离，以及附近的电子结构
----------------------------------------------------
2015.07.27 04:55:18
Q:
sob老师，请问用DFD-D3对弱相互作用体计算后，输出文件中的R6Disp: Grimme-D3(BJ) Dispersion energy=-0.4928659438 Hartrees，是不是单体件的色散相互作用能？
A:
不是
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
怎么算色散作用能这里写着
Q:
那考虑了BSSE之后的R6Disp: Grimme-D3(BJ) Dispersion energy也不是色散能吗？
A:
看文章
Q:
好的
A:
搞懂原理，别瞎猜
Q:
SOB老师，看了你文章，那R6Disp: Grimme-D3(BJ) Dispersion energy应该是体系中总的色散能，是吗？
包括分子间的，和分子内的，两部分色散能，是吗？
A:
“DFT-D3色散校正能”和“色散能”是两码事
前者是数值方法上的校正，后者是有物理意义的量
仅当如文中所属，对于B3LYP之类完全不能描述色散的泛函，且用零阻尼的时候，二者才近似等价
不管你算什么体系（除了单个原子），色散校正能总是存在的
----------------------------------------------------
2015.07.27 05:48:20
Q:
[图片]老师，看到这个错误提示，说错在内部坐标系统，我只是算一个简单的自由基优化，应该处理呢？
A:
opt=cartesian
----------------------------------------------------
2015.07.27 18:29:09
Q:
谢谢老师收到视频连接了好好学习下
只有四月份参加培训的学员才有不好意思不能分享
请大家不要给我私聊了我要维护卢老师的权益
A:
视频仅是给4月份参加培训的人的，当时由于时间紧有个别没来及讲所以录成了视频，不会提供其他人的，这点在发布视频时也明确声明过了。这不是维护本人权益，而是维护参加过培训的学员的权益。
----------------------------------------------------
2015.07.27 18:31:29
Q:
因为大家的说法不一，想确认一下
[图片] without ZPE correction
[图片]
A:
既然你已经做了振动分析，就用最后一个
求出来的正是过渡态理论要的活化自由能
----------------------------------------------------
2015.07.27 18:33:05
Q:
[图片]请问各位开壳层体系应该怎么画这样的能级图？
A:
开壳层只能对alpha和beta分别画
Q:
是各自对应相应的HOMO和LUMO轨道吗?
A:
对
Q:
[图片]
[Emoticon]
@[图片]
到底哪个呢
A:
我已经回答了
Q:
什么情况下对应哪种能量呢
大家的说法还是不一样
A:
信谁的自行判断
Q:
sob老师，我做B-Co体系，三重态，我做出的一个结构，HOMO及HOMO-1并不是真正的单占据，可以和beta的抵消。而真正的单占据是在HOMO-17和HOMO-20。这是什么情况呢。
sob老师，我做B-Co体系，三重态，我做出的一个结构，HOMO及HOMO-1并不是真正的单占据，可以和beta的抵消。而真正的单占据是在HOMO-17和HOMO-20。这是什么情况呢。@Sobereva
A:
[图片]
Q:
噢，这样啊。那也就是说，对于我这种体系，有三重态，又有过渡金属，分析什么HOMO单占据已经没有意义了吧@Sobereva
A:
HOMO本来就没法说单占据
单占据叫SOMO
----------------------------------------------------
2015.07.27 18:38:02
Q:
看out文件Sum of electronic and thermal Free Energies
一般用G的多用H的也有
A:
用H是不合适的
求吸热放热问题的时候才用H
----------------------------------------------------
2015.07.27 19:08:23
Q:
sob老师，辛苦了！请问“绘制某个体系与组成它的各个片段的密度差图”若体系用对称性破损单重态，那么两个片段如何定义他的自旋多重度？谢谢！
A:
看具体体系。
一般就用片段的基态。
Q:
总体系是单重态，两个片段分别是二重态！
A:
那就只能用二重态。
Q:
这样的话，两片段总自旋为三重态了！
是否能够翻转一个电子的自旋啊！
A:
你当成两个片段自旋是相反的
但这在求密度差的时候不用考虑，因为无论单电子是alpha还是beta并不影响总密度
仅当你求自旋密度的差值时才有必要考虑翻转
Q:
这样我发现总体系，单三重态的密度差极为相似啊！不知对吗
A:
有些体系相差不大，毕竟总电子数很多，可能一个电子的自旋差异引起的波澜并不明显，但有的体系比如H2，单三重态差异就大了去了。
Q:
[图片]
[图片]
上，单，下，三
A:
正常
Q:
结合其他分析，单重态铁氧间形成双键，三重态是单键！密度差图怎么几乎没区别啊
A:
别光看这一个截面，没准差异体现在其余部分，可以看等值面图或者做盆分析积分其中的电子数来定量考察。但也有可能密度差本来就不好体现差异
----------------------------------------------------
2015.07.27 19:39:52
Q:
我们使用高斯转的呃
[图片]
这是Windows下
Linux直接用命令 formchk name.chk
A:
选formchk，再选你的chk文件
Q:
我记得Gaussian下如果.chk文件很大就需要调环境变量，Multiwfn转格式的话，会不会简单一些？
A:
Multiwfn没法读chk
----------------------------------------------------
2015.07.27 23:01:12
Q:
问下哪些软件可以算 Real-time TDDFT? 谢谢
A:
nwchem
octopus
Q:
谢谢。那Q-chem呢？
A:
不能
Q:
谢哈。我们老师希望我在deMon2K里面编入RT TDDFT. 我有点无从下手。想说看看别人的CODE
A:
绝非易事
Q:
有好建议该如何入手吗？
我现在在看些简单的PROPAGATOR. 想从最简单的入门
有看到一个Verlet propagation. 有比这个更简单的吗？
A:
很可能费了很大努力，最后也没成功或者没起到什么意义
除非确实打算这方面一直长期做下去，否则别随便进坑。起码先把已有的RT-TDDFT代码用得很熟悉再自己搞
----------------------------------------------------
2015.08.14 05:05:20
Q:
老师，今天上午讲的那个丙酮的激发态键分析例，我怎么也整不出来，在默认
radpot= 75 ， sphpot= 434 下，运行9，7 结果出现“Error of AOM is 5.91995609
Warning: The integration is not very accurate, you may need to increase sphpot
and radpot value in settings.ini”，于是我一直从低改到radpot=1900 ， sphpot=5810 ，结果还是一样，过了radpot=1950 ，程序则自动退出
”
那我还是建议你，用16G的
你问问工程师的建议吧
A:
不用管这个提示，直接看下面的结果
----------------------------------------------------
2015.08.14 22:04:16
Q:
做CDA的时候计算的基组不能够加弥散吗？
A:
最好别加
Q:
难怪！到输入碎片的时候就闪退了
A:
不是不能加。只不过用了弥散函数时有时输出文件里会有星号（数值不稳定导致系数过大），或者其它一些原因
Q:
明白
把基组从aug-cc-pVTZ改到cc-pVTZ之后还是闪退真是搞不清楚怎么回事？是不是Multiwfn不能做线性分子啊！
A:
确保输入文件满足CDA的要求
[图片]
examples\CDA目录下有CDA示例文件
Q:
完全按照示例文件搞得，我甚至直接用示例文件改坐标和方法，然后计算出结果，放进去还不行
[图片]
A:
文件传给我
----------------------------------------------------
2015.08.14 22:42:59
Q:
大家好，我请教个赝势的问题，读了Sob大大关于赝势的几篇文章，理论大致清楚了，现在有个具体计算的问题。
我需要重复一个优化计算，是一个含一个Pt其他都是碳氢的分子，他们文章里描述的算法是在Gaussian09里用a small basis set consisting of SDD for Pt and 6-31G(d) for all other atoms。我实验室没有高斯只有qchem，qchem手册里说内置赝势有The Stuttgart-Bonn sets (SRLC and SRSC)。我查了下感觉这和高斯里的应该是一回事。SRLC和SRSC的定义如下：
[图片]
[图片]
我觉得应该是SRSC，SRLC里Pt都没定义。但没经验，想问下文献里的说法对应的是SRSC吗？是否是一模一样？qchem手册和文件夹里我没找到具体的参数，手册上说去http://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html看，但那里的选项只有Guassian94，而且Sob的文章里说那里的SDD参数好像比较老了，我不知道高斯09有没有什么修改。对比高斯对SDD给出的参考文献里二者应该是差不多的，就是不知道是否一模一样，我打算先算一下看看吻不吻合，想请教下是不是SRSC看着比较可能吻合。
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_basis_sets.htm
再一个问题是他们说除了Pt都用6-31G(d)，高斯的
[图片]
也就是说小原子他们用的不是默认的D95对吧？这样合理吗，Sob的文章里是说赝势最好配合相应的基组使用。谢谢
A:
你把赝势、赝势基组打印出来，和EMSL或Gaussian的信息对比一下就清楚了。SRLC是大核赝势，也不建议用，最好用小核版本。
D95很烂，因此别对轻原子用SDD关键词。
赝势应当配合相应的赝势基组，这是指对重原子来说的，轻原子该用什么还用什么。
----------------------------------------------------
2015.08.14 22:50:58
Q:
请问如果使用kisthelp计算kie的话，同位素下的irc要另外计算吗，还是使用原有的结构
A:
如果你是用VTST，那么才涉及IRC、TS以外的点的振动频率，这样原则上需要重新做IRC，因为IRC是质权坐标。
如果只是TST来做，不需要重跑IRC
----------------------------------------------------
2015.08.14 23:21:05
Q:
用TDDFT 算出来的uv-vis光谱与实际测得相差甚远（主要吸收比实验测得红移100nm,振子强度也不理想），有什么好的办法补救么，需要修正么谢谢
我用的是b3lyp/6-311g** 查阅文献后大部分用的都是这个用其他的函有说服力么推荐个呗@杰仔
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
用什么泛函取决于具体情况
没有一个泛函对所有情况都能给出很理想的结果
MPWPW91这样的纯泛函会低估激发能，特别是CT态、里德堡激发，对于大共轭体系还容易有ghost态问题
----------------------------------------------------
2015.08.14 23:47:51
Q:
老师，我用QST2方法找过渡态，输出文件提示需用QST3计算，我只需要判断两个构象间有无过渡态，该怎么办啊
A:
什么提示？
Q:
最后几行Iteration 97 RMS(Cart)= 0.00011436 RMS(Int)= 1.07695548
Iteration 98 RMS(Cart)= 0.00011433 RMS(Int)= 1.07693066
Iteration 99 RMS(Cart)= 0.00011430 RMS(Int)= 1.07690585
Iteration100 RMS(Cart)= 0.00011426 RMS(Int)= 1.07688106
New curvilinear step not converged.
***** Convergence failure in GTrans *****
Try using 3 structures as input for
QST transition state search
Error termination via Lnk1e in /home/dell/soft/g09/l101.exe at Fri Aug 14 15:34:17 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 2.8 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
A:
那就初猜过渡态，先用opt=TS，不行再试QST3
Q:
好吧
A:
[图片]
Q:
关键是有文献报道类似两种构象间确实没有过渡态啊，我怎么猜想啊
对不起，老师
A:
没过渡态的反应你用QST2也照样不可能找到过渡态
----------------------------------------------------
2015.08.15 00:03:05
Q:
[图片] 根据这句话我决定使用 HF 但是我测得想要的吸收的振子强度几乎是禁阻的，有什么办法能提高么？
谢谢@Sobereva
A:
你是指理论计算上禁阻，但实验上能测到？
Q:
理论上是禁阻的实际上有吸收
A:
一些跃迁波函数上是禁阻的，但当考虑振动耦合时就不再严格禁阻。比如最低层次的就是FCHT方式的处理
Q:
有啊但不是我想要的吸收我想要的吸收计算值几乎禁阻
如何实现FCHT？
A:
振动分辨的电子光谱的计算
http://sobereva.com/223
----------------------------------------------------
2015.08.15 00:18:46
Q:
老师，对于含有过渡金属Ti的配合物几何优化选用B3LYP/genecp；利用高基组计算能量，我选用CCSD(T)/def2-TZVPP计算单点能合理吗
A:
合理
但没明确genecp是什么。lanl2TZ+TZVP比较不错。
----------------------------------------------------
2015.08.15 00:26:38
Q:
老师，几何优化初猜结构，用半经验的AM1初猜结果可以吗？
A:
first 可以。但还不如用更新的PM6
如果是涉及弱相互作用，不如用PM7。如果成键古怪、涉及金属原子，那么AM1可能初猜结构很烂。也就对于有机分子AM1的结构还行。
----------------------------------------------------
2015.08.15 00:26:38
Q:
而比如一些CT和LE杂化的分子，同时有CT和LE发射的成分，那么属于CT的轨道跃迁就很可能很有很小的f值，而LE成分就有很大的f，也就是跃迁允许
对于这种分子很可能看到比如属于CT的H-L是禁阻的，而相对高能一些的LE却是允许的
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.08.15 00:36:55
Q:
各位老师，请问计算磷光发射光谱时，用UB3lyp,多重度取3得出T1几何结构后，下一步如何计算发射光谱？
A:
不考虑旋轨耦合时只能算激发能，用T1结构下再算一下单重态，求与T1的能量差即可。
Q:
Sobereva老师，是哪个与T1的差？
Sobereva老师，不考虑旋轨耦合时只能算激发能，此激发能用谁减谁？
A:
T1结构下T1能量减S0能量
----------------------------------------------------
2015.08.15 00:46:41
Q:
求教：氢转移的过程是否存在过渡态？谢谢！
A:
大多数都存在
----------------------------------------------------
2015.08.15 01:08:52
Q:
老师，我的两个分子都只有CHO，用PM6优化出来的在一个平面，用DFT/6-311G**优化出来的是垂直结构,请问我需要再用两个结果算一下单点能，看看谁的能量比较较低，最后确定几何优化的结构吗？
A:
信DFT的
也可以换个泛函再检验下
----------------------------------------------------
2015.08.15 01:45:31
Q:
请问大家，用VASP计算产生什么文件，可以用Multiwfn软件做ELF图呢
A:
不支持VASP
除非将VASP的ELF格点数据转换为.cub文件，倒是能在Multiwfn里绘制平面图、曲线图等，也可以用其它程序绘制等值面图
Q:
那如何奖ELF格点转化为.cub文件呢
A:
貌似网上有一些小程序能转，我忘了
----------------------------------------------------
2015.08.15 02:14:36
Q:
[图片]老师，请问如何将此边框加大，保存完整图形啊
A:
zoom out
Q:
我想把边框设置大些，zoom out 使得目标分子显示的电子云分布变小啊，老师
A:
这不是电子云，电子云只有正值
变小就变小
如果你只是想让等值面变大，isovalue改小
----------------------------------------------------
2015.08.15 03:03:48
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
这个月底将对加群满一年，但一年内没发过言者进行大清洗
PS：群主认识的人除外
Q:
好吓人[Emoticon]
A:
你不用担心被踢
----------------------------------------------------
2015.08.15 03:26:12
Q:
请问大侠，什么是非自洽计算
A:
需要具体语境
----------------------------------------------------
2015.08.15 04:25:33
Q:
老师拜读你的文章(乱谈激发态的计算方法)后，在算激发态方面wB97XD是不是一个万金油的函？现在用的比较多B3LYP 以后有取代B3LYP的趋势么
A:
M062X更万金油一些
Q:
M062X和wB97XD 孰优孰劣？
A:
半斤八两
----------------------------------------------------
2015.08.15 04:32:31
Q:
[Emoticon]
干嘛这么说我
[Emoticon]
什么情况
抢我的名字
你能换个名字吗
西风多少恨，吹不散眉弯。
[图片]
不许偷我的图
A:
如果名字撞了，后来者请改名
----------------------------------------------------

复制代码