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标题: 能量最小化并未生成新的坐标文件 [打印本页]

作者
Author: SuXXXX 时间: 2022-8-26 23:25
标题: 能量最小化并未生成新的坐标文件
我在进行能量最小化、加热步骤时，并未生成能量最小化的坐标文件。
我的能量最小化min.in文件如下：
Initial minimization solvent + ions
&cntrl
imin=1,
ntx=1,
irest=0,
maxcyc=5000,
ncyc=2500,
ntpr=100,
ntb=1,
igb=0,
ntr=1,
ntwx=0,
cut=8.0,
nmropt=1,
/
&wt type='DUMPFREQ', istep1=10, /
&wt type='END', /
DISANG=dist.RST
DUMPAVE=dist_vs_t
LISTIN=POUT
LISTOUT=POUT
/
END

因为Linux经常断掉，所以我是使用pbs文件直接把任务交上去算
mpirun -np 36 pmemd.MPI -O -i min.in -p parm7 -c A.rst7 -ref A.rst7 -o min1.out -r min1.rst7
mpirun -np 36 pmemd.MPI -O -i heat.in -p parm7 -c min1.rst7 -ref min1.rst7 -o heat.mdout

按理来说应该要生成min1.out和 min1.rst7，但是并未生成 min1.rst7，且 min1.out文件无报错戛然而止，最后几行如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 10)

请问该如何处理这个问题呀？

作者
Author: plus 时间: 2022-8-27 09:02
EEL太大，原子距离太近

作者
Author: SuXXXX 时间: 2022-8-27 16:06

plus 发表于 2022-8-27 09:02
EEL太大，原子距离太近

原来如此！感谢您回复！

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