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标题: 求助：Amber产生小分子gaff力场如何产生三维尺寸不一样的溶剂化盒子 [打印本页]

作者
Author: cmd27 时间: 2022-8-28 15:56
标题: 求助：Amber产生小分子gaff力场如何产生三维尺寸不一样的溶剂化盒子
本帖最后由 cmd27 于 2022-8-28 16:17 编辑

老师们好，在使用AmberTools+ACPYPE+Gaussian创建小分子GAFF力场的拓扑文件，我发现solvatebox lig TIP3PBOX 8.0 使用这个命令默认三个方向都是16个埃，我想要z轴的水层厚一点，应该用什么命令呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-28 16:07
又不是产生GROMACS的拓扑文件，用ACPYPE做什么

若确实要产生GROMACS的拓扑文件，用sobtop产生拓扑文件结合RESP2(0.5)电荷是最好也是最方便的做法，看http://sobereva.com/soft/Sobtop里的例子，以及
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

拓扑文件是拓扑文件，构建结构是构建结构，不要把问题搅合在一起问，都不知道你到底要问什么

看手册便知solvatebox就是构建立方溶剂盒子，考虑到小分子在模拟过程中会自由旋转，单方向更厚没有意义。

帖子标题严重病句。发帖前记得仔细检查。发现有问题及时编辑帖子修改

作者
Author: cmd27 时间: 2022-8-28 16:16

sobereva 发表于 2022-8-28 16:07
又不是产生GROMACS的拓扑文件，用ACPYPE做什么

若确实要产生GROMACS的拓扑文件，用sobtop产生拓扑文件结 ...

好的谢谢sob老师明白了我直接得到结构再用amber产生力场

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