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标题: CGenFF力场文件并转换成gromacs格式遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: chengl 时间: 2022-8-30 10:13
标题: CGenFF力场文件并转换成gromacs格式遇到的问题
在生成蛋白质配体的top文件时，根据这个帖子（https://zhuanlan.zhihu.com/p/357603663）里面的步骤，在（https://cgenff.paramchem.org）网站上用pdb文件（帖子里面使用mol2文件生成的）生成了对应的Actos.str文件,并且根据步骤下载了python cgenff_charmm2gmx.py、charmm36-feb2021.ff并放到了同一个路径下，在使用python cgenff_charmm2gmx.py转换程序时出现报错，该怎样解决呢？

显示的错误：
Traceback (most recent call last): File "cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py", line 991, in <module>
if(float(nx.__version__) < 2.0):
ValueError: could not convert string to float: '2.8.6'

#在cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py文件中，line 991 内容如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

#可能是说我的networkx版本不对，但是不知道具体应该怎样处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-30 18:47
对于跑这个体系，用CGenFF比用GAFF没有额外好处，还不如用方便得多的sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF的gromacs的拓扑文件，省得折腾

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