计算化学公社

标题: gromacs在超分子化学中的应用求助（主客体建模） [打印本页]

作者
Author: saaamon 时间: 2022-8-30 19:09
标题: gromacs在超分子化学中的应用求助（主客体建模）
本人专业方向为超分子化学（水相中的主客体键合研究，主体是合成的环状分子，分子量1000+，带有负电荷，客体是有机小分子，分子量<500,一般不带电荷），我对于Gromacs属于入门学习阶段，想向各位社友咨询相关问题：
1. Gromacs是否适合超分子化学的模拟，因为在我所看的教程中，大部分是关于生物蛋白分子的模拟，而关于超分子化学的研究，可能由于力场建模相对复杂，相关文献找到了一下，但是比较少（并且我也没找到超分子相关的建模教程，但是我认为超分子化学研究的内容与蛋白质结合小分子的模式是类似的，应该是行得通的）。如果不适合，是否有替代的模拟程序；
2. 如果以上的答案是“gromacs很强大，完全适合超分子化学的相关研究”（我们具体研究的内容：主客体间的键合模式，主体/客体分子的水合自由能计算，空腔水分子模拟等），那如何对主体和客体进行建模：力场的选择，top文件的生成，主客体怎么组合？
3. 大致的流程，通过最近在论坛的学习已经基本了解，例如我可以选择GAFF力场，通过Sob老师开发的Sobtop进行gro和top，itp文件的生成，并用multiwfn进行resp电荷计算。后续的步骤应该如何进行？例如：如何将分别生成的主客体拓扑文件进行组合得到复合物拓扑文件并进行模拟，恳请社友帮忙。感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-30 19:26
1 gmx是最适合的程序

2 你说的分子类型的拓扑文件用sobtop都能直接生成

3 搞清楚gmx的top文件的格式，各类分子的itp文件恰当include进去。需要保证字段顺序、内容合理

如果你对gmx的基本使用处于近乎零基础的状态，具体怎么操作、哪些细节要注意、怎么去模拟和分析，绝不是论坛里几句话就能讲清楚的。在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里有极其系统详细的讲解，把讲的都掌握了模拟当前问题就轻车熟路了。

另外，计算化学问题在提问时一律说原子数或者化学组成，不要说没有什么意义的分子量。

作者
Author: saaamon 时间: 2022-8-30 19:47
感谢Sob老师坚实了我继续学下去的道路，我也持续关注科音的相关培训，我下次注意有关计算化学的提问。

作者
Author: Rosefinch 时间: 2022-8-30 19:52
同样想请问一下，对于这种分子量1000+的大环有机分子，该如何利用multiwfn去生成它的RESP电荷？

作者
Author: saaamon 时间: 2022-8-30 21:38

Rosefinch 发表于 2022-8-30 19:52
同样想请问一下，对于这种分子量1000+的大环有机分子，该如何利用multiwfn去生成它的RESP电荷？

按照论坛的教程，通过高斯计算得到fch文件，然后再用multiwfn进行计算

作者
Author: rpestana94 时间: 2022-8-30 22:25
You can also check coarse grain simulations using martini force fields, maybe with that you can deal with the system you want to simulate

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-31 19:40

saaamon 发表于 2022-8-30 19:47
感谢Sob老师坚实了我继续学下去的道路，我也持续关注科音的相关培训，我下次注意有关计算化学的提问。

前面我刚说完

另外，计算化学问题在提问时一律说原子数或者化学组成，不要说没有什么意义的分子量。

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