公社群聊Q&A整理：2015.07.21 22 ~ 2015.07.24 17 Concate - 计算化学公社

2015.07.21 21:33:28
Q:
请问培训会教授激发态的计算吗
A:
会
Q:
比如活化空间的选择
还有molcas和molpro
A:
CASSCF在提高班才会讲，基础班不涉及
Q:
基础班的激发态计算讲哪些呢
A:
以TDDFT为主
内容很多，几句话概括不完
Q:
哦哦，没有molpro之类的吗
A:
没有
----------------------------------------------------
2015.07.21 22:41:42
Q:
大家务必注意实验室安全，今天某搞计算的机器冒烟了，浓浓的塑料燃烧后的芳烃类化合物味道
尤其是天也热
......
A:
想起来以前倒腾老声卡，上面带运放耗电大，上面的额外供电接口很像软驱供电口，就接上了，机子启动后没几秒钟就听一声爆炸，机箱后面迸射出火花。赶紧关了，闻到焦糊味。
Q:
...原来做计算的也危险
击穿或短路了？
A:
大抵吧
Q:
今天这台电脑插着电，没有问题，忽然死机连不通了，把电源拔了再插回去，浓烟滚滚~
A:
好像是这块声卡吧，很多很多年以前的往事了，记不清了
[图片]
Q:
很早的型号了
A:
可不，右下角可见98年的
Q:
好声卡
creative
A:
一般般啦
创新的低端声卡二手市场10块钱不到
SB live也早已是白菜价
Q:
当年很是羡慕
A:
论经典还是当属AWE64 Gold，听MIDI的巅峰
[图片]
Q:
[Emoticon]MIDI
A:
这也是我收藏的第一块声卡
----------------------------------------------------
2015.07.21 23:09:58
Q:
大家好，我用这种方法计算能量，但输出结果却死了，请教原因，谢谢! #mpwb95/6-31+G(d,p) IOp(3/76=0560004400),而输出文件是>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(RmPW+HF-B95) = -3916.16147725 A.U. after 129 cycles
NFock=128 Conv=0.26D-05 -V/T= 2.0069
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /usr/local[Emoticon]/g09/l502.exe at Fri Jul 17 16:37:59 2015.
Job cpu time: 1 days 23 hours 36 minutes 15.2 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 822 Int= 0 D2E= 0 Chk= 25 Scr= 1
A:
老生常谈
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
如果弥散函数对当前问题不是必需的，先去掉弥散函数，容易收敛得多
----------------------------------------------------
2015.07.21 23:31:18
Q:
[图片]
请问跑完gmx后，用vmd查看轨迹的时候，这个蛋白总是不停地旋转（不是因为VMD的视角的旋转），导致根本就看不清它本身位置的绝对移动，怎么破？
A:
先用extensions-analysis-RMSD trajectory tool做一下align，即点击ALIGN按钮
----------------------------------------------------
2015.07.21 23:39:11
Q:
谁用过avogadro ？（我用这个软件打开xyz文件的时候，老是出现[图片]，然后就一直等，最后这个软件就关闭。）
A:
这程序bug很多
Q:
那有什么软件可以打开DRC生成的xyz文件？
A:
如果就是标准的xyz格式，建议用VMD
Q:
我对VMD不熟，VMD可以开过渡态的振动动画吗？如何看？
A:
xyz文件拖进主窗口即可
假设某程序把振动模式动画通过xyz轨迹来记录，播放轨迹动画倒是可以看振动模式的动画
----------------------------------------------------
2015.07.21 23:50:36
Q:
建议找个教程随便看一看这是最基本的看图操作问题针对你的问题应该都是在[图片]这个目录下实现的
Multiwfn产生的func1和func2文件导入到VMD中后，我想让某些基团以不同的显示方式来显示。如何选中这些基团呢？因为func文件只包含了如图信息[图片]
A:
.cub文件本身包含分子结构信息，你在graphics-representation里设定分子显示方式即可
选中基团方法很多，用比如serial 1 3 5 to 8这类语句选择
----------------------------------------------------
2015.07.22 00:07:33
Q:
做一个反应体系的势能面时，是不是需要将反应的反应物生成物和过渡态一起输入进高斯？
A:
势能面是3N-6维函数，你怎么“做”势能面？
Q:
我是先进行sacn
scan
A:
只能选取势能面的较小的子空间来考察，比如考察IRC，这从过渡态来走IRC即可
3N-6维根本不可能扫得动
Q:
哦，这样的啊，谢谢老师
A:
如果只扫几个变量，那也显然不可能一起输入高斯。看看scan的例子就知道
----------------------------------------------------
2015.07.22 00:17:54
Q:
【活跃】默默(1083486332) 15:38:28
自旋度怎么算啊，我体系带一个正点荷，自旋度为几啊
单电子数加1
A:
严格表述是：alpha电子数-beta电子数+1
比如双自由基就不能说单电子数加1
----------------------------------------------------
2015.07.22 00:27:46
Q:
老师：您好！请问我要用NBO对原子之间的成键情况进行分析，我应该用哪个关键词，（pop=readnbo, pop=nbo,pop= saveobo.pop=savenlmo）,这几个我搞混了，
A:
pop=NBO
----------------------------------------------------
2015.07.22 00:33:44
Q:
[图片]
请问我在gmx中使用了周期性边界，然后跑出来的轨迹出现了键被拉伸的情况，然后我用了trjconv命令，将该轨道xtc fit到原蛋白文件gro，对轨迹进行修正即可，命令为trjconv -f md_0_1.xtc -o md_0_2.xtc -s md_0_1.tpr -fit rot+trans，这时候蛋白没有被拉伸了，但是小分子还是一瞬间在pocket，一瞬间又跑到了结合腔外面很远的位置，这个怎么破？
A:
trjconv的时候用-pbc nojump
----------------------------------------------------
2015.07.22 01:16:18
Q:
请问一下 window、7旗舰版是否安装materials studio8.0一直有问题？
A:
我倒是能正常装上
Q:
一起用window7 的家庭版一直没有问题
按照那个破解步骤一步不差的还是不行啊
A:
Win7中文 SP1 64bit ultimate
Q:
[图片]
[图片]
一起记得好像有人就说旗舰版的安装是有问题的
所有过程都是使用管理员运行。而且安装账户也在administrator下进行的
系统照理说家庭高级版和旗舰版都是中文系统（所以中文系统应该没事啊）
A:
旗舰版比家庭版应该多了一些服务，可以关一些试试。
不过最好还是向官方求证一下
----------------------------------------------------
2015.07.22 01:37:34
Q:
我输入如下链接，结果一直等着白屏没有反应，已经四分钟多了，怎么回事？是网速问题吗 http://pubs.acs.sci-hub.org/doi/full/10.1021/jp810632f
已经多次遇到这样的事情了，或者是计算机配置太低了？
A:
你得写
http://pubs.acs.org.sci-hub.org/doi/full/10.1021/jp810632f
----------------------------------------------------
2015.07.22 01:41:35
Q:
sob 老师，我算的体系60个原子。计算弱相互作用，高斯和ORCA哪个比较快
A:
只要开RI，ORCA总是更快
但高斯更便利
Q:
我试着用高斯算，一个就要一星期，我的时间有点吃不消
A:
机子好用高斯考虑这种体系没问题，但我还是会优先用ORCA
Q:
相对ORCA不便利的地方是哪里
A:
PM6-D3H4预优化
RI-BLYP-D3/def2SVP gCP进一步优化
PWPB95-D3/def2QZVP算相互作用能
Q:
一直用高斯，但时间有点紧张了。所以最近考虑用ORCA 。也是看了sob 老师你的帖子
A:
没gview这样的图形界面
不过没图形界面也不太碍事
Q:
那计算出来的结构优化的结果怎么可以展示出来
A:
VMD
----------------------------------------------------
2015.07.22 01:45:23
Q:
[图片]
请问windows版的vmd，再倒入amber的nc文件时，没有像linux版的那样，自动选择NetCDF，下拉框中找不到NetCDF，怎么导入nc文件呢？
[图片]
我安装了最新版的windows版VMD1.9.2
A:
可能是scripps binpos
Q:
sober老师，windows版的vmd怎么导入amber的nc文件啊？
下拉框中找不到NetCDF
A:
Sobereva(190258442) 17:46:20
可能是scripps binpos
----------------------------------------------------
2015.07.22 01:46:29
Q:
再问一下Sob老师，ORCA 计算一个大概耗时多少
A:
RI-PWPB95-D3/def2QZVP算个60原子的单点几个小时吧
Q:
对了，你刚刚说的机组是你用的，那我计算我的60个原子的，可以借来用么
A:
当然可以
Q:
如果体系里有金属离子了，需要换机组么
A:
不用
Q:
OK
A:
def2除了镧系锕系和最后一个周期没有外所有元素都有
----------------------------------------------------
2015.07.22 01:49:24
Q:
感觉遍历first brillouin zone的高对称点只是尽可能在first brillouin zone的表面上的点。但如果first brillouin zone是一个多面体的话，那体内部的k点不用考虑吗？
问个问题，为什么求band structure plot的时候，在first brillouin zone里面从一个高对称点出发遍历所有高对称点再回到原点就能代表整个first brillouin zone？first brillouin zone 到底是一个体，还是一个面啊？感觉遍历first brillouin zone的高对称点只是尽可能在first brillouin zone的表面上的点。但如果first brillouin zone是一个多面体的话，那体内部的k点不用考虑吗？
A:
三维PBC时就是体
Q:
高对称点有特殊的物理意义，能带是周期性晶体结构的电子能量表现出的特性，典型的二维能带图中，比如横坐标是2pi/a，a是晶格常数，在正常的空间中，人们往往研究不同晶向的能带结构，因此，横坐标可以是2pi/x，这里x对于同晶体结构的某一层里的不同方向的原子间距是不一样的
2pi/x就是倒格子空间的点也就是布里渊区的点，只有这些点的研究有意义，而布里渊区内部的点在正格子空间中不对应实际的原子，因此研究是没有意义的
不知道这么说严格不严格
感觉那里看起来不太对
在从（0，0，0）到（bi，bj，bk）体内的都是first brillouin zone，这里的每一个k点都不重复，而first brillouin zone外面的k点会和first brillouin zone里面的k点重复，所有我们只研究first brillouin zone里面的k点就好了。
正在看着呢
bi=2pi/ai， bi是reciprocal space里面的vector，ai是real space里面的vector
如果差一个倒格子矢量的n倍，电子的能量是没有什么不同的，所以通常的研究限制在了第一布里渊区
A:
非没体现体内的k点。gamma和表面的点相连的k点路径本身就已经穿过了体内了
Q:
是和找表面的高对称点同样的道理
嗯，是的，体内的连线相对于极坐标r，将整个first brillouin zone polyhedron 剥成一层层的shell
没有，我只是这么比喻，抱歉
[图片]
请教，这个图中的first brillouin zone polyhedron的k点路径怎么走的？你知道吗？
A:
[图片]
建议看看此文，山坡推荐的
Computational Materials Science 49 (2010) 299–312
----------------------------------------------------
2015.07.22 01:49:24
Q:
sob老师我今天在计算化学的公邮里下密度泛函理论的一些资料的时候发现了vasp4.6.rar 这个是源代码吗是编译后就能用吗[Emoticon]
A:
没试过
----------------------------------------------------
2015.07.22 04:03:38
Q:
请问下，multiwfn可以对vasp的波函数进行分析么
A:
不可
----------------------------------------------------
2015.07.22 04:51:41
Q:
高斯NBO计算中，[图片]此处的轨道组成求答疑，可以私聊。
老师：您好，NBO分析中LP代表孤对电子，那么LP*呢？
A:
占据数接近0的LP
Q:
恩 [Emoticon]好的，谢谢老师[Emoticon]
今天您说分析轨道的成键的时用pop=NBO即可，如果算WBI那么在输入路径那是配合哪个写（pop=readnbo, pop=nbo,pop= saveobo.pop=savenlmo），请问有讲究吗？
A:
pop=nboread
末尾空一行写$NBO bndidx $END
----------------------------------------------------
2015.07.22 05:56:06
Q:
sob老师，请问，multiwfn到处紫外的数据之后，是用spectrum_curve.txt导入ORIGIN作图，但是我做出来的图，感觉不是紫外那种相对来说平滑的曲线，反而是类似于红外那样的，很多尖锐的峰啊，请问我错在哪了
A:
FWHM越大越平滑
Q:
请问这个在哪设置啊
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
写得很清楚
----------------------------------------------------
2015.07.22 06:07:14
Q:
您帖子的这里[图片]可是在实际运算中例如[图片]。。。我的轨道分法是这样的请问对吗？[图片]
请问我分的对吗?
A:
看这里的资料
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
----------------------------------------------------
2015.07.22 06:28:13
Q:
TDDFT计算IROOT=1是不是就是计算激发态了？如果我要优化基态然后计算激发态能量需要怎么输入
A:
是
----------------------------------------------------
2015.07.22 06:42:55
Q:
请问有什么的方法确定金属离子是否和周围带负电荷的原子成化学键？
具体的定性或定量方法有什么？
A:
距离、键级、RDG分析
----------------------------------------------------
2015.07.22 06:55:14
Q:
类似这种uwb97xd在gaussian中的方法，在哪查它的功能？谢谢
类似这种uwb97xd在gaussian中的方法，在哪查它的功能和介绍？谢谢
文献中提到的AE-CCSD(T)和CCSD(T)一般计算的结果是不是基本一致的，
比如这篇文献
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17373000
Gaussian里面能不能实现AE-系列的方法，在哪里写参数。
谢谢！
AE应该指的就是全电子吧？
A:
就是个普通的泛函，直接写就行了
AE是。这不是什么特殊的方法，算的时候用全电子基组就行了，对于重原子还得考虑相对论
----------------------------------------------------
2015.07.22 16:37:16
Q:
[图片]
A:
你先看电子数是奇数还是偶数。
pseudo=read、optcyc=200去掉
cartesian没必要写
Q:
看谁的电子数啊，老师
A:
体系
Q:
怎么看体系的电子数啊，在高斯中可以看见吗
[图片]202个电子，偶数个电子，那自旋度为几个啊
sob老师要根据电子奇数还是偶数算自旋度吗
A:
1，3，5都算算看哪个能量最低
Q:
哦哦
A:
opt还得写
----------------------------------------------------
2015.07.22 16:52:50
Q:
各位老师，如果中心原子上没有电子云，咋样判定轨道类型如下图[图片]
开壳层的β轨道
属于HOMO
我看文献中有把α和β轨道都给出来
哦哦，那这个属于非键轨道吗，还是其他别的
A:
把轨道等值面数值设大再看，还看不出来就吹了。本来有些轨道特征就是混合的，没法确切说sigma,pi,n
----------------------------------------------------
2015.07.22 17:09:06
Q:
老师就于高斯输入文件格式哪有基础资料可供参考啊
A:
手册
Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods 2ed
----------------------------------------------------
2015.07.22 17:22:16
Q:
大家好，我用6-31+g(d,p) geom=connectivity iop(3/76=0560004400) mpwb95方法计算单点能，在输出文件中读取能量时是读HF=-1382.0697506的值吗？十分感谢。
A:
是
----------------------------------------------------
2015.07.22 17:37:31
Q:
请问这里的△Q是怎么算的？
[图片][图片]谢谢？
A:
原子电荷加和
Q:
老师：您是说[图片]表示原子加和吗？我感觉怪怪的？
A:
是
Q:
恩[Emoticon] 好的谢谢老师[Emoticon]！可是我觉怪怪的，我根据他的翻译来看感觉是电子转移的差值。可以请问老师，这个△Q=原子电荷加和。有相关资料我参考一下吗？
A:
初态时加和值和末态时加和值求差。
如果参考状态片段电荷为0则直接就是加和值
----------------------------------------------------
2015.07.22 18:12:15
Q:
有算过氢键的朋友嘛？提出过八条判定条件，有几条不会算啊~~求教~~两组分体系，单个分子的体积，极化率，Energetic Destabilization，以及Mutual Penetration都怎么算啊，求教
A:
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
一般都不用那八条，而用简化到两条的标准
Q:
简化到哪两条啊？？@Sobereva
A:
[图片]
Q:
谢谢
这两条都满足，就可以说类似氢键嘛？
这两条都满足，就可以说类似氢键嘛？@Sobereva
A:
可
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.22 18:57:24
Q:
Sob老师我用M06-2x-D3优化一个弱相互体系，计算BSSE的时候采用B2PLYP-D3BJ合适不
A:
可以
----------------------------------------------------
2015.07.22 22:14:05
Q:
[图片]大家好，我刚学是个菜鸟，请问大家这个图怎么调节设置才能将分子外面那层去掉呢，谢谢！
A:
确保RDG_maxrho是默认值
----------------------------------------------------
2015.07.22 22:25:47
Q:
老师 gaussian 对于自带的那些溶液除了可以知道介电常数还可以知道其浓度大小吗？[Emoticon]
A:
都是纯溶剂
----------------------------------------------------
2015.07.22 22:26:06
Q:
Sob老师，我想用VASP做催化材料方面的计算，现在老板正让我调研所需的硬件条件，您觉得CPU、内存、硬盘等都达到什么配置比较理想，您是权威，想听听您的指导，我们这边经费相对比较充裕，谢谢！
A:
最近弄培训班的事太忙，其它人回复吧
----------------------------------------------------
2015.07.22 23:00:57
Q:
scf=novaracc
这个干什么用呢？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
这里面说了
----------------------------------------------------
2015.07.22 23:01:31
Q:
你的问题，我也想知道。因为我想计算不同温度下对应的分子反应。还有压力，要怎么做修改
A:
压力的影响体现不出来
温度就设temperature，会在freq计算出的热力学量上体现
Q:
sob老师，压力影响体现不出来怎么理解呢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.22 23:24:53
Q:
[图片]老师我模拟手册上甲醛的单点能计算，竟然交不上作业，也没有报错，什么情况啊
没有输出文件啊
不过在windows上显示正常，与手册一致！！！
A:
(d)和pop中间加空格
----------------------------------------------------
2015.07.22 23:25:42
Q:
我一直不明白，一个机理中，很多基元反应，他们之间相互组分的交叉影响是怎么去体现的？老师，您能解释一下吗？
老师，一个机理中，很多基元反应，他们之间组分相互的交叉影响是怎么去体现的？
老师，一个机理中，很多基元反应，他们之间组分相互的交叉影响是怎么去体现的？
老师，一个机理中，很多基元反应，他们之间组分相互的交叉影响是怎么去体现的？
老师，一个机理中，很多基元反应，他们之间组分相互的交叉影响是怎么去体现的？
A:
现在非常忙，没时间回答，不要反复问
Q:
老师，我早就问了，在我问了以后，你已经回答了N各别人的问题了。
所以，我怕你没看见
A:
有的问题很简单，大不了几个字，所以就回答了
费事、需要打字多的，近期没时间回答
Q:
好的。您忙。
我自己再想想。
A:
顺带一提，虽然已经改了QQ签名，还总是有人发私聊信息
培训班结束前计算化学私聊一概不回复
----------------------------------------------------
2015.07.22 23:35:57
Q:
quantum theory of atoms in molecules (QTAIM)28 analysis
was performed by using the Multiwfn 3.3.7 package.
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.22 23:46:00
Q:
请教各位，优化收敛至3yes，持续震荡，怎么办
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2015.07.22 23:54:18
Q:
g09d算的log文件，拖到gview5.0.8里面，看results，看电荷分布，为什么看不了Mulliken电荷分布了？
A:
仔细看量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
Q:
NBO的电荷分布可以看，，MULLIKEN看不了，然后log文件里面是有Mulliken电荷分布的，这是什么原因呢，版本问题？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1488
----------------------------------------------------
2015.07.22 23:58:14
Q:
老师好，用高斯可以计算分子的最大吸收波长吗
A:
可
Q:
是怎么计算的呢，关键词是什么
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2015.07.23 00:09:23
Q:
谢谢老师！
把log文件里面的mulliken charge 改成mulliken atomic charge，是这样解决吗？老师，这样弄，对计算结果的正确性没有影响吧？
A:
just try
----------------------------------------------------
2015.07.23 02:16:36
Q:
opt freq
默认opt完了以后就计算频率啊
第一步opt 优化了10个h 一直处于l1002.exe 都没有结束
第一步opt 优化了64cpu *8h; 一直处于l1002.exe 都没有结束，
log 文件中只有1个构象
A:
需要
Q:
emsl
？
没有算频率的l1002 是干什么的？
A:
关键词贴出来
Q:
# opt=(ts,noeigentest,calcfc) freq gen scrf=(cpcm,solvent=dichloroethane) nosymm m06 pseudo=read
A:
不算频率写freq做什么？
Q:
算频率啊
先优化
A:
求Hessian就要解CPHF，calcfc和freq都一样要经历那个link
Q:
74kb的log文件跑了 64个cpu*8个小时
感觉时间有点长
A:
你这种体系弥散没什么意义，去掉耗时立刻降下来
----------------------------------------------------
2015.07.23 02:41:16
Q:
请问一下，锡的话基组要考虑相对论效应吗?
A:
需要
Q:
sob老师，这基组外来拷贝，那个网站忘了，可否告知一下？au-ppdz这基组可以？
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
au-ppdz不存在于世界上
----------------------------------------------------
2015.07.23 03:25:04
Q:
不好意思我想问一下FMO分析是不是只能用GAMESS计算而不能用GAUSSIAN
A:
具体指哪个FMO？
Q:
不好意思老师，关于FMO分析我了解不多，是我投文章过程中返回来的修改意见中让我用FMO分析解释我的PET机理。因此我还不知道FMO具体都有哪几个？
A:
FMO可以是frontier MO也可以是fragment FMO，前者就是基于轨道讨论反应机理，后者是加速计算大体系的方法，完全不是一回事。
审稿人意见是指前者，用什么程序都行，毕竟所有程序都能给出轨道和轨道能。后者得用GAMESS-US才能做。
----------------------------------------------------
2015.07.23 03:36:57
Q:
我有个高斯作业，麻烦大家看下哪有问题，提交不了
%chk=hyquinone
%mem=500MB
%nprocshared=4
#p m062x/gen pseudo=read scrf(solvent=ch3cn,pcm,smd)
opt(noeigentest,maxcycle=800) SCF(Vshift=200,MaxCycle=800,xqc) temperature=343.15 nosymm freq
hyquinone M062x
0 1
C 3.53547400 -0.40153000 -0.01797200
C 2.87553000 -1.62587700 -0.00213500
C 1.47382700 -1.68374500 0.00692100
C 0.72755200 -0.46886900 -0.00165200
C 1.41920000 0.77754600 -0.01596500
C 2.82002400 0.79336600 -0.02457500
C 0.75829900 -2.92859000 0.02346800
C -0.69642800 -0.50576500 0.00481300
C -1.37896700 -1.75660500 0.01345100
C -0.60023000 -2.96353800 0.02731300
C -2.78273500 -1.77385500 0.00193200
H -3.30176400 -2.72612700 0.00974200
C -3.50274200 -0.58586100 -0.03205900
C -2.84870800 0.64456400 -0.04497500
C -1.44725500 0.70997700 -0.01394100
C -0.72266400 1.94610100 0.00498800
C 0.64290400 1.98503900 -0.00219700
H 1.33009800 -3.85072400 0.03167100
H 4.61934700 -0.37497200 -0.02523100
H 3.44275400 -2.55059800 0.00290900
H 3.33633800 1.74440300 -0.03542100
H -1.12419500 -3.91351600 0.03757100
H -4.58630800 -0.61339700 -0.05762500
H -3.43945900 1.55196600 -0.10635800
O -1.36371600 3.17379100 -0.00944300
H -2.17505900 3.13043500 0.50765100
O 1.31406700 3.16986400 0.01324900
H 0.65695800 3.87912600 0.04015300
1-15 18-24 0
6-311++G**
****
16-17 25-28 0
aug-cc-pvtz
%chk=hyquinone
%mem=500MB
%nprocshared=4
#p m062x/gen pseudo=read scrf(solvent=ch3cn,pcm,smd)
opt(noeigentest,maxcycle=800) SCF(Vshift=200,MaxCycle=800,xqc) temperature=343.15 nosymm freq
hyquinone M062x
0 1
C 3.53547400 -0.40153000 -0.01797200
C 2.87553000 -1.62587700 -0.00213500
C 1.47382700 -1.68374500 0.00692100
C 0.72755200 -0.46886900 -0.00165200
C 1.41920000 0.77754600 -0.01596500
C 2.82002400 0.79336600 -0.02457500
C 0.75829900 -2.92859000 0.02346800
C -0.69642800 -0.50576500 0.00481300
C -1.37896700 -1.75660500 0.01345100
C -0.60023000 -2.96353800 0.02731300
C -2.78273500 -1.77385500 0.00193200
H -3.30176400 -2.72612700 0.00974200
C -3.50274200 -0.58586100 -0.03205900
C -2.84870800 0.64456400 -0.04497500
C -1.44725500 0.70997700 -0.01394100
C -0.72266400 1.94610100 0.00498800
C 0.64290400 1.98503900 -0.00219700
H 1.33009800 -3.85072400 0.03167100
H 4.61934700 -0.37497200 -0.02523100
H 3.44275400 -2.55059800 0.00290900
H 3.33633800 1.74440300 -0.03542100
H -1.12419500 -3.91351600 0.03757100
H -4.58630800 -0.61339700 -0.05762500
H -3.43945900 1.55196600 -0.10635800
O -1.36371600 3.17379100 -0.00944300
H -2.17505900 3.13043500 0.50765100
O 1.31406700 3.16986400 0.01324900
H 0.65695800 3.87912600 0.04015300
1-15 18-24 0
6-311++G**
****
16-17 25-28 0
aug-cc-pvtz
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.23 03:52:23
Q:
[图片]
老师，我构型优化遇到这103错误，请问怎么解决这个问题
@Sobereva
A:
opt=cartesian
----------------------------------------------------
2015.07.23 03:58:38
Q:
老师您好，我是做OLED主体材料方面的，最近收到一个审稿意见，但红色字体部分搞不明白什么意思，希望老师能给我指点一下
[图片]
A:
文章一些内容、用词没交代清楚
----------------------------------------------------
2015.07.23 04:06:46
Q:
[图片]
这里Error termination了，
这个时候，29-132-131那个角度是180度，
这种情况怎么解决好呢？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.23 05:01:44
Q:
话说，你这个cp矫正和感动
话说你这个cp矫正和gd3矫正不用加上opt么
不到50个原子就不用加吗？
感觉单独不加opt进行cp矫正或者gd3矫正好像不对
或者像你那样先优化再提取优化的结构进行加上cp的关键词，虽然是可以正常结束，但是感觉结果好像不对
[图片]你这个按照gaussian中输入，应该只是计算能量，并没有进行优化结构
我举个例子，我相比较cp矫正前后的结构信息。按照你这样的方法，是不是cp矫正前的进行结构优化，cp矫正后的把没有cp矫正的结构截取出来像你这样加上cp矫正关键词就可以是吗？我感觉这样不太对
A:
Statile 优化过程甭用counterpoise，算相互作用能的时候再用
----------------------------------------------------
2015.07.23 06:25:43
Q:
请问 PM6-D3H4 好像没有在 Gaussian手册上看到，是不是只能在 MOPAC 程序里运行呢？
A:
只有MOPAC支持。
----------------------------------------------------
2015.07.23 07:27:08
Q:
大家好，刚建了个群。欢迎大家关注。【群号：478810349】
点击链接加入群【在这里你总会有所获】：http://jq.qq.com/?_wv=1027&k=g4E58K
A:
已经踢了U & Me(1062228218)
----------------------------------------------------
2015.07.23 14:42:28
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
高斯算一维PBC没有问题
----------------------------------------------------
2015.07.23 16:52:12
Q:
[图片] S～star 分享文件 08:52:11
"2015-SCI影响因子 (1).xls" 下载
A:
这个在群共享里已经有了
----------------------------------------------------
2015.07.23 16:55:55
Q:
老师，一般来说β0与ΔE^3存在反比，可是换了好几个泛函还是不能符合，请问我该怎么办呢？
A:
对这个印象不清楚，应该是有条件的，找几个典型的满足此规律的体系试试。
Q:
计算td的时候，振子强度都不是特别的大，老师说这个不符合常识经验
A:
TDDFT计算振子强度还是可以的
如果怀疑你可以用CIS试试
----------------------------------------------------
2015.07.23 16:55:55
Q:
老师，本次培训能不能详细地讲授一下极化率和超极化率部分，因为我用的多
[Emoticon]
[Emoticon]
A:
只有三天，这部分只能自己看讲义，没时间讲了
Q:
老师，可以把讲义写的详细一点吗
----------------------------------------------------
2015.07.23 17:22:39
Q:
MS都装不上今天准备重装系统
A:
之前没重装时只能启动MS6，启动不了MS7/8，重装就好了
----------------------------------------------------
2015.07.23 17:46:09
Q:
请问gaussian中可以直接输入dimethyl sulfoxide (DMSO)溶剂吗？这样写scrf(SMD, solvent=dimethyl sulfoxide)是否可以？
A:
看手册scrf关键词末尾的溶剂列表
----------------------------------------------------
2015.07.23 17:46:28
Q:
请教下有没有试过用某种方法算得某个跃迁强度为0，而另一种方法则不为0的？
A:
为0是对称禁阻跃迁，什么方法算出来都一样，都是0
不精确为0的话，什么方法算出来也都不精确为0（前提是给出的跃迁模式是类似的）
----------------------------------------------------
2015.07.23 17:54:26
Q:
请问下老师这个错误该怎么解决[Emoticon]
[图片]
A:
opt=cartesian
----------------------------------------------------
2015.07.23 18:02:53
Q:
向大家请教个问题计算UV-VIS的时候选择那种计算方法比较准确？
看到有人的帖子说是PBE0比较好
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
----------------------------------------------------
2015.07.23 18:12:58
Q:
请问下对于过渡态的手链标准如果降低到10^(-6),是否可以
A:
SCF收敛标准不要动
Q:
好的
我的这个过渡态之前优化的时候一直不收敛，后来我加了IOP（１／８）＝１，现在总能量一直在震荡而RMＳ一直在下降，还有优化下去的必要么？
[图片]
A:
看优化轨迹
步长上限设那么小没必要，别忘了notrust
----------------------------------------------------
2015.07.23 18:26:26
Q:
老师，GD3矫正研究相互作用能，是不是要把聚体和单体都要加上给的
老师，GD3矫正研究相互作用能，是不是要把聚体和单体都要加上GD3矫正的关键词
A:
是
----------------------------------------------------
2015.07.23 18:46:50
Q:
能否问一下，如何通过自由基分子轨道来判断它是属于西格玛自由基还是π自由基呢？
A:
看自旋密度
或者做RO计算看SOMO轨道形状
----------------------------------------------------
2015.07.23 19:03:41
Q:
为什么我的fchk 文件里看不到spin densty,是不是没有用开壳层计算呢？
A:
闭壳层当然没自旋密度
----------------------------------------------------
2015.07.23 19:17:12
Q:
老师：您好！请问您的这个图的相关资料在？我一下没找到，谢谢[图片]
A:
还没发表
----------------------------------------------------
2015.07.23 19:18:19
Q:
[图片]老师，我怎样pai-pai堆积形成的这个等值面上的电子密度
A:
病句
----------------------------------------------------
2015.07.23 19:19:34
Q:
您不是在Multiwfn中有个例子吗？我能想照着那个步骤做一下，可以我现在突然找不到您的那个帖子
A:
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
----------------------------------------------------
2015.07.23 19:19:50
Q:
sob老师，我loose了收敛限，要不要在文章中说明一下呢？
A:
无所谓
----------------------------------------------------
2015.07.23 19:20:44
Q:
[图片]我想这样标注，
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
看2.9节
Q:
蓝色红色弄反了。
A:
这是很老的幻灯片里的
不要看这个图
----------------------------------------------------
2015.07.23 19:29:37
Q:
顺便问一下Sob，之前我用RDG分析了Coordination Bonds，是否可行？按照RDG原文的说法，RDG是可以用于更多相互作用分析的。
A:
如果你得到了有意义的结果则也可以
----------------------------------------------------
2015.07.23 19:35:48
Q:
请问Multiwfn程序可以将chk文件转成fchk文件么？还是仅仅可以利用fchk文件绘制轨道呢
谢谢啦，我的gaussian的formchk出了点问题，哈哈
A:
只能用formchk转换
----------------------------------------------------
2015.07.23 19:36:43
Q:
老师：您好我想改我的原子序号，是通过在文件编辑器改的原子序号，改后拿到高斯view中也发现原子序号的值是我想要的，可是进行片段分析的时候出现原子序号对不上的错误，请问是我这种修改原子序号的方式不对吗？
A:
自行用文本编辑器调整顺序，直到gview看到的编号和期望的一致
不清楚你怎么改的。
----------------------------------------------------
2015.07.23 23:12:00
Q:
老师：您好！出现这种错误[图片]，请问是什么原因？
A:
基组不对应
三个体系各用了什么基组？
Q:
第一个是6-311++G**+sdd
片段1是：6-311
片段1是6-311++G**
片段2是sdd
A:
去掉弥散函数
Q:
去掉弥散，我是否需要进行从新优化，再算
A:
不是必需的。
弥散对结构影响很小
----------------------------------------------------
2015.07.23 23:18:56
Q:
大家好我想请问一下大家有人用CASTEP算声子谱的吗？
A:
一些人提问也太省事了
----------------------------------------------------
2015.07.23 23:25:00
Q:
请问Sob老师，出现这个错误是什么意思呢？
[图片]
A:
[图片]
Q:
那这么算得时候，是不能算太多变量了，只能针对性的指定几个坐标进行优化？
A:
是
尽量别用没有解析梯度的方法优化
Q:
[图片]。sob老师，那Gamess(US)一旦在solvent下计算频率,就不能用解析梯度的方法计算，岂不是很大的短板？
A:
是的，耗时相当于几何优化6N步，N是体系原子数
Q:
前一段时间想用Gamess做频率分析，效率太差，不得已转向Gaussian了。当时老师推荐过ORCA，由于计算条件限制，没有实现。今后看效率和版权的话，还是早点儿学习ORCA为好。
orca的频率模块也够呛。
其实ORCA的频率也毛病多多
A:
高斯总的来说相当扎实，特别是解析导数这方面比其它程序强一大截
----------------------------------------------------
2015.07.23 23:43:35
Q:
老师用chkbas 和直接写基组高斯计算得出的结果一样吗
A:
一试就知道的不建议问
----------------------------------------------------
2015.07.23 23:47:15
Q:
这些成名软件都各自有独门绝技，Gaussian的几何优化和过渡态搜索，Molpro的多组态收敛，Orca的DLPNO，Turbomol能用非Abel群等等，而且基本各个软件的算法是互不交流的[Emoticon]
请问“互不交流”是什么意思？是说不相同吗？
A:
不分享开发经验、交流心得
Q:
Qchem的强项在哪里呢
A:
TDDFT支持二阶解析导数
Q:
Gaussian的TDDFT结构优化用的是数字的么？
A:
09开始是解析
Q:
而且软件的数据格式几乎无法兼容，曾经Zork想写一个Gamess和Gaussian的分子轨道格式转换程序，折腾好久还是放弃了，两者的差距太大了
我就有一个Gaussian轨道转化为gamess轨道的程序啊。
那就是别人写的了，Zork说他写不出来
A:
zork要是写不出来，估计别人写出来的肯定也是不完美的
有些转换表面上看起来容易，但把各种情况考虑全面了不容易
Q:
比如基组的6D 10F 跟5D 7F？
A:
恩，但是有的时候是6d 7f，这要没考虑到，以为要么全是球谐要么全是笛卡尔那就糟了
写读取molden文件的代码最令人抓狂了。
不同程序输出的净是千奇百怪
Q:
没人考虑制定一些标准么？比如PDB、CIF这些格式
或者难以标准化
A:
pdb也经常不标准
很多程序肆意妄为
虽然有格式标准定义的文档却不老老实实follow，很任性
----------------------------------------------------
2015.07.23 23:56:19
Q:
03与09计算的激发能会否显著不同？
A:
[图片]
原则上不会
----------------------------------------------------
2015.07.23 23:57:21
Q:
就是高斯TDDFT不能算频率、calcall什么的吧？
A:
可以算，当然你得忍受6N倍
----------------------------------------------------
2015.07.23 23:59:57
Q:
老师：您好!还是出现这种错误[图片][图片][图片]
A:
输入输出文件给我
你用SDD计算Fe时也写上5d 7f，看来默认用的6d 10f
----------------------------------------------------
2015.07.24 00:13:30
Q:
请问sob老师，在没有加极化情况下优化的结构是D4h，加了极化后就优化不到D4h了，我用没加极化前优化好的结构加极化继续优化也优化不到D4h，这样的情况怎么办啊？
A:
具体是哪两个基组？
Q:
6-31和6-31（d）
A:
什么理论方法算的？
Q:
优化一个简单的锰酞菁
b3lyp
b3lyp/6-31/LANL2DZ
A:
写上int=ultrafine，还不行再写上calcall
如果只是偏离D4h甚微可以直接当成D4h
6-31G没法用，至少用6-31G*
Q:
那老师，再问一下，偏离多少算可以
没加呢
要加的话，与之比较的都要加吗？
A:
gview里判断点群，如果loose标准能判断成D4h那可以算
----------------------------------------------------
2015.07.24 00:18:22
Q:
我想问一下，Mulliken charge 与 NPA 两者的差别怎么这么大呢？
A:
看群共享原子电荷计算方法的对比
----------------------------------------------------
2015.07.24 00:19:12
Q:
老师：您好！我是这样写的，[图片]。结果说是不收敛。
A:
注意组态，组态不合理也不好收敛
4s2 3d6，+2情况基态自旋多重度为5
非要用单重态收敛就想别的辙
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2015.07.24 00:25:23
Q:
我算的一个体系，Mulliken 和 NPA 显示的连正负都不一样了，别说数值了，，这正常吗？ Sob 老师
A:
正常
----------------------------------------------------
2015.07.24 00:44:47
Q:
adndp能算作nbo分析的一种吗？
A:
应当算NBO的扩展
----------------------------------------------------
2015.07.24 00:52:36
Q:
[图片]
[图片] 大神，计算的分子的能量主要是看哪个？谢谢[Emoticon][Emoticon]
A:
[图片]
用哪个看你干什么
Q:
大神，比较分子不同多重度之间的能量大小，看哪个是基态，主要看哪个能量啊？[Emoticon][Emoticon]
A:
做单点能就够了，不用做freq
----------------------------------------------------
2015.07.24 00:59:46
Q:
[图片]sob老师，我刚才问的酞菁锰的结构，我在GV上看的，你看对不
A:
这已经是D4h了
----------------------------------------------------
2015.07.24 01:27:30
Q:
请问老师multiwfn中[图片]将图片保存后旁边的空白太多，有没有一种方法来减少旁边的空白呢？谢谢老师
截图以后图片不如直接保存的清晰降低了清晰度呢
A:
保存完了图片再用ps之类处理啊
Q:
有没有比ps再简单的图处理软件啊？
谢谢啦
A:
windows自带的画图也足够了
----------------------------------------------------
2015.07.24 02:52:56
Q:
[图片]各位大神，问一下这里计算热能公式里的Hvib所指的计算公式是什么？
参考文献给出的一本统计力学，，
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
----------------------------------------------------
2015.07.24 05:52:37
Q:
好像不是gaussian，也不是chembiooffice
我刚刚用chembiooffice花了一下并没有得到类似的图，只能说这两个软件都能画静电势图
却并不能得到我刚刚发的图那样
A:
Statile 在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
----------------------------------------------------
2015.07.24 06:01:53
Q:
[图片]请问各位，数值显示的意义是什么啊，
等值面可以用于研究什么啊@Forza
谢谢
A:
你显示出的等值面上每个点的数值和isovalue相同。
设得越小等值面看起来越大。
----------------------------------------------------
2015.07.24 06:02:36
Q:
我查了一下可见光的能量范围大概是1.64-3.19之间。
单位是eV
A:
绝缘体
----------------------------------------------------
2015.07.24 16:38:03
Q:
#p b3lyp/genecp Opt=QST2 Test找寻过渡态，显示正常终止后的过渡态在result中不显示vibration啊
sci-hub即可轻松下载
A:
没做freq当然不显示
除非你用calcall，这样相当于自动在最后做freq
Q:
[图片]那么一般用QST2找过渡态要加上calcall吗，老师
A:
不用
自己在做一次freq就完事了
----------------------------------------------------
2015.07.24 16:44:39
Q:
老师，请问两个物质放在一起时，优化后，两个位置有氢键作用，但是一个位置的只有128°，这是否需要重新构建优化，使二面角大于150°？
A:
得看具体体系，文字描述不清
Q:
键角不是二面角，老师请教
A:
多尝试
Q:
是尽量使其大于150°吗？
A:
可能有多个复合物极小点结构，也可能本身就不可能做到两个氢键都很理想地满足>150度
尝试不同初猜，找到能量最低的相对朝向
用不着强求两个都>150，找到能量最低的就够了
Q:
请问老师，我用Ne作为探针粒子，去扫描CO相互作用，以得到CO的范德华参数，我用了mp2/6-311++g(d,p)和您推荐的ccsd(t)/aug-cc-pvtz 两种方法，都考虑了bsse校正，结果拟合得到的C,O参数如下[图片]，我想把他们用在gcmc模拟MOF的吸附等温线上，现在看来，mp2+bsse的方法得到的结果模拟的更好一些。按理说应该是高水平的ccsd方法啊，不太明白，请老师指导
A:
处理方法不对或者是巧合
BSSE的影响应该不至于那么大
Q:
处理方法不对？
对了，
Ne的参数我也是用相同方法算出来的
并不是用的别人现成的，这个应该没有问题吧。同时，Ne-Ne的扫描我也考虑了bsse.这样处理行吗
A:
以CCSD(T)/aug-cc-pVTZ + QZ 结合counterpoise外推到CBS为准吧。
这么点体系还是算得动的。如果对一部分有代表性的扫描点结果和aug-cc-pVTZ + counterpoise差不多，那也可以用aug-cc-pVTZ + counterpoise的
这种体系相互作用能很弱，得考虑得很精细。MP2那个根本没法用。
----------------------------------------------------

复制代码