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标题: 求助:使用vina虚拟筛选时报错,无法识别选项--log该如何解决？ [打印本页]

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Author: Nancylee0416 时间: 2022-8-30 21:47
标题: 求助:使用vina虚拟筛选时报错,无法识别选项--log该如何解决？
本帖最后由 Nancylee0416 于 2022-8-30 21:55 编辑

在VMware虚拟机CentOS7.6系统，使用AutoDock-Vina v1.2.3，mgltools-1.5.6做蛋白-小分子的虚拟筛选。原始文件包括receptor.pdbqt、对接盒子config.txt、260个小分子的ligand.pdbqt以及虚拟筛选命令文件vina_screen.sh。运行vina_screen.sh文件时，报错Command line parse error: unrecognised option '--log' ，生成的都是空文件夹。vina_screen.sh若去掉--log log_file/${b}_log.txt就可以正常运行，但只输出pdbqt文件结果，结合能等信息只在终端里显示，没有输出文件。
同样的结构文件在window系统使用Vina，mgltools-1.5.6可以正常运行获得对接结果，所以认为结构文件没问题。
请问，程序界面中确实没有--log这个选项，应该如何修改呢？
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作者
Author: MolAICal 时间: 2022-8-31 02:03
本帖最后由 MolAICal 于 2022-8-31 02:04 编辑

你可以试试MolAICal做虚拟筛选，操作简单 https://molaical.github.io/

作者
Author: lilf 时间: 2022-8-31 19:41
把脚本里的--log删掉试试

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2022-8-31 22:16

lilf 发表于 2022-8-31 19:41
把脚本里的--log删掉试试

删掉--log log_file/${b}_log.txt可以正常运行，但只输出pdbqt文件结果，结合能等信息只在终端里显示，没有输出文件。

作者
Author: tianfu1899 时间: 2022-9-1 10:30
本帖最后由 tianfu1899 于 2022-9-1 10:38 编辑

把--log变成 > xxxx.log， vina1.2.3 不支持--log

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2022-9-1 14:46

tianfu1899 发表于 2022-9-1 10:30
把--log变成 > xxxx.log， vina1.2.3 不支持--log

#! /bin/bash

for f in L9400*.pdbqt; do
b=`basename $f .pdbqt`
echo Processing ligand $b
mkdir -p $b
/sob/AutoDock-Vina-1.2.3/build/linux/release/vina --config config.txt --ligand $f --out ${b}/out.pdbqt log_file/${b}_out.log
done

谢谢，但把程序命令文件改为上面这样之后，还是报错了。

Command line parse error: too many positional options have been specified on the command line

作者
Author: lilf 时间: 2022-9-1 16:35

Nancylee0416 发表于 2022-8-31 22:16
删掉--log log_file/${b}_log.txt可以正常运行，但只输出pdbqt文件结果，结合能等信息只在终端里显示，没 ...

换别的软件吧

作者
Author: CHC 时间: 2022-9-1 17:30
vina版本是1.1.2，我用的命令：vina --receptor opt-$file-FAD.pdbqt --ligand ligand.pdbqt --center_x $x --center_y $y --center_z $z --size_x 50 --size_y 50 --size_z 50 --out opt-$file-vina.pdbqt --log opt-$file-vina.log --cpu 20 --seed 2009，可以生成log文件。
把--log log_file/${b}_log.txt 改成--log log_file/${b}_log.log是不是就可以了

作者
Author: RandomError 时间: 2022-9-1 18:18

Nancylee0416 发表于 2022-9-1 14:46
#! /bin/bash

for f in L9400*.pdbqt; do

我想你楼上那位应该是想说改成
/sob/AutoDock-Vina-1.2.3/build/linux/release/vina --config config.txt --ligand $f --out ${b}/out.pdbqt > log_file/${b}_out.log
这样

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2022-9-1 21:08

RandomError 发表于 2022-9-1 18:18
我想你楼上那位应该是想说改成
/sob/AutoDock-Vina-1.2.3/build/linux/release/vina --config config.tx ...

啊明白这样运行成功了太感谢了

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2022-9-1 21:08

tianfu1899 发表于 2022-9-1 10:30
把--log变成 > xxxx.log， vina1.2.3 不支持--log

感谢大佬

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2022-9-1 21:50

CHC 发表于 2022-9-1 17:30
vina版本是1.1.2，我用的命令：vina --receptor opt-$file-FAD.pdbqt --ligand ligand.pdbqt --center_x $x ...

还想请问您的命令里是一个配体和多个受体对接 opt-$file-FAD.pdbqt中$file是指批量名称中变化的数字吗？
我的配体是L9400_001.pdbqt L9400_002.pdbqt这样命名的但我修改我的命令后 vina --receptor AN.pdbqt --ligand L9400_$file.pdbqt --center_x 52.084 --center_y -3.543 --center_z 32.365 --size_x 30 --size_y 34 --size_z 32 --num_modes 100 --out L9400_$file_out.pdbqt --log L9400_$file_out.log 这样显示无法识别L9400_$file.pdbqt

作者
Author: CHC 时间: 2022-9-2 09:35

Nancylee0416 发表于 2022-9-1 21:50
还想请问您的命令里是一个配体和多个受体对接 opt-$file-FAD.pdbqt中$file是指批量名称中变化的数字吗？
...

我是一个配体对接多个受体，$file后接"-"，而不是"_"

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