计算化学公社

标题: 结构优化和计算频率时link died！ End of G2Drv F.D. properties file 721 does ... [打印本页]

作者
Author: Amoy 时间: 2022-8-31 08:19
标题: 结构优化和计算频率时link died！ End of G2Drv F.D. properties file 721 does ...
本帖最后由 Amoy 于 2022-8-31 08:29 编辑

各位老师好！
我在结构优化+频率计算时，出现link died，从out文件来看，好像是频率计算时出错了，我觉得是我的基组选的有问题，但是又不知道为什么不能选。请知道的老师不吝赐教！谢谢
以下是输出文件的部分截图，详细out文件在附件，谢谢！使用的是混合基组：
C H O N 0
6-31G**
****
La 0
Lanl2DZ
****

La 0
Lanl2DZ

out文件摘要如下：

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(, 下载次数 Times of downloads: 1)

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: snljty2 时间: 2022-8-31 08:52
报错本身跟基组没关。但是这个基组确实不合适。Gaussian里建议使用SDD或者def2系列。看卢老师博文《谈谈赝势基组的选用》。
你的截图里并没有体现报错信息，最后那三行不是报错。从输出文件来看比较大可能是内存不够，用%Mem来调大最大内存再跑试试，并且强烈不建议用Windows版，比Linux版（合适的指令集下）慢2-3倍。

作者
Author: Amoy 时间: 2022-8-31 10:53

snljty2 发表于 2022-8-31 08:52
报错本身跟基组没关。但是这个基组确实不合适。Gaussian里建议使用SDD或者def2系列。看卢老师博文《谈谈赝 ...

谢谢指点。
1.将内存调整为1024MB（%mem=1024MB），目前能够正常计算。
2.关于基组的选择，一方面我参考了组内同学的工作，他们在结构优化和振动分析时选择的是相同的混合基组，在计算单点能时选择了更贵的方法计算（M06，SDD 6-311++G（d，p））我也依葫芦画瓢，先照着样子做一遍。
3.我也想安装Linux系统，可是一时半会儿还没弄懂怎么安装，刚在B站上找了一个教程，还在琢磨怎么安装，不知道老师是否有更加详细的教程。
4.下面是我们组同学的计算方法，麻烦您给看一下是否合理？
The B3LYP density functional method was employed to carry out all the
geometry optimizations. For the geometry optimizations, the LANL2DZ basis set
with the LANL2DZ pseudopotential was utilized for La and I atoms. The 6-31G(d)
basis set was used for other atoms. Vibrational frequency analyses at the same level of
the theory were performed on all the optimized geometries to characterize them as
local minima (no imaginary frequency) or transition states (one imaginary frequency).
In addition, intrinsic reaction coordinate (IRC) calculations were used to verify that
the transition state connect with appropriate reactant and product. The M06
functional was employed to run single-point energy calculations based on the
optimized structures with larger basis sets (SDD for La, I atoms and 6-311++G(d,p)
for other atoms). The Gibbs energy was determined by adding the single-point energy
calculated at larger basis sets and the gas-phase thermal correction to the Gibbs
energy obtained from the vibrational frequency analysis. All calculations were carried
out with the Gaussian 09 (Revision C.01) suite of programs.
再次感谢。

作者
Author: snljty2 时间: 2022-8-31 14:17
本帖最后由 snljty2 于 2022-8-31 14:24 编辑

Amoy 发表于 2022-8-31 10:53
谢谢指点。
1.将内存调整为1024MB（%mem=1024MB），目前能够正常计算。
2.关于基组的选择，一方面我参 ...

1. 剩余的内存也没别的用，内存给的不够要么算不了要么会用更慢的方法算。建议在正常配置的服务器，[每核]给不少于2GB内存。
2. M06不是最适合你这个体系的泛函。
3. 看卢老师博文在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示和 Gaussian的安装方法及运行时的相关问题。4. 单点的基组弥散没啥用(如果我没记错昨天看的你的结构)，本身可以提升到def2-TZVP。几何优化LanL2DZ给La用太小。然后不要用这么老版本的G09了，尽早换G16。

作者
Author: Amoy 时间: 2022-9-1 10:25

snljty2 发表于 2022-8-31 14:17
1. 剩余的内存也没别的用，内存给的不够要么算不了要么会用更慢的方法算。建议在正常配置的服务器，[每核 ...

感谢指导！

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