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标题: 蛋白质分子在电场下的取向极化模拟的问题 [打印本页]

作者
Author: lishine 时间: 2022-8-31 10:08
标题: 蛋白质分子在电场下的取向极化模拟的问题
最近想仿真接近真空下，蛋白质分子在约1KV/cm的电场下克服温度，进行取向极化过程。遇到了一些问题：

蛋白质的初始状态应该是有一定旋转速度的，但是我对蛋白预处理后（EM、NVT），蛋白是没有热旋转的，这与“一定温度下，分子会随机旋转”有违背，我感到很疑惑....

因为没有旋转速度的话，那电场就不需要克服蛋白质的热旋转了，那么弱电场都能取向极化蛋白质，所以我感觉正确的应该是有热旋转的

作者
Author: lishine 时间: 2022-8-31 13:01
本帖最后由 lishine 于 2022-8-31 13:17 编辑

分配初始速度后确实有旋转，但是慢慢就不旋转了。。
MDP文件：

integrator             = md
dt                      = 0.002 ;ps
nsteps                = 500000 ; 1 ns

nstxout                = 500
nstvout                = 500
nstfout                = 500
nstenergy             = 500
nstlog                = 500

;comm-mode = Angular

nstlist                = 5
ns-type                = Grid
pbc                   = xyz
rlist                   = 1.2

coulombtype             = cut-off
rcoulomb                = 1.2

vdw-type                = Cut-off
rvdw                   = 1.2

;Tcoupl                = no
Tcoupl                = v-rescale
tc-grps                = System
tau_t                   = 0.1
ref_t                   = 300

DispCorr                = EnerPres

; 不使用压力耦合
pcoupl                = no                   ; NVT中不能使用压力耦合

; 初始速度选项
gen_vel                = yes ; 根据Maxwell分布随机产生速度
gen_temp                = 100 ; 当你改变温度时, 别忘了改变gen_temp变量以生成速度
gen_seed                = -1    ; 随机数生成器的种子

作者
Author: lishine 时间: 2022-8-31 16:27
标题: 蛋白分子在控温之后旋转停止
在真空中对单个蛋白进行MD，各种温度控制都尝试后，我发现蛋白质总是会在最后稳定不旋转，请问是正常的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-31 19:26
蛋白质原子很数多质量很大，就算自动产生初速度时没有特意考虑消除整体转动速度分量，实际的净转动速度也肯定非常低
如果就是想让其转动起来，原子初速度里加入整体转动分量

作者
Author: lishine 时间: 2022-9-10 14:20

sobereva 发表于 2022-8-31 19:26
蛋白质原子很数多质量很大，就算自动产生初速度时没有特意考虑消除整体转动速度分量，实际的净转动速度也肯 ...

好的不好意思sob老师~

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-9-10 15:28
本帖最后由 k64_cc 于 2022-9-10 15:46 编辑

模糊地记得这事和thremostat也有关系。如果使用了加random noise的thermostat，角动量会逐渐被抹掉。如果真的很在乎角动量影响，可以考虑加电场跑NVE，当作NEMD，研究动力学过程。

作者
Author: lishine 时间: 2022-9-11 10:25

k64_cc 发表于 2022-9-10 15:28
模糊地记得这事和thremostat也有关系。如果使用了加random noise的thermostat，角动量会逐渐被抹掉。如果真 ...

对的，谢谢建议，您说的很对。

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