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标题: 求助：sobtop生成氧化铋的拓扑文件 [打印本页]

作者
Author: confidence 时间: 2022-9-2 15:58
标题: 求助：sobtop生成氧化铋的拓扑文件
本帖最后由 confidence 于 2022-9-2 17:00 编辑

本人想用sobtop生成氧化铋的拓扑文件，由于并未从文献中找到对应的nonbonded parameters和bonded parameters，询问sob老师后老师说能用CP2K做振动分析结合sobtop得到，但是我用CP2K得到的out文件导入sobtop后，得到的k为0 (, 下载次数 Times of downloads: 33) （sobtop中在generate bonded parameters时选择7，然后导入out文件）

故现在有一些疑问：
1、我这样操作是哪里错误了吗？理论上k不应该是0吧
2、此时Bi和O原子的sigma和epsilon参数是由GAFF和UFF力场分配的，能怎么得到更加准确的吗？

此外，氧化铋cif文件（id mp-23195）从网站上下载后导入gview与原本显示键连关系不一致，导致导入sobtop后识别键连关系不准确，如图，想知道怎么解决这种情况
(, 下载次数 Times of downloads: 31) (, 下载次数 Times of downloads: 26)

请各位老师方便的话解答一下疑问，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-2 18:53
1 把sobtop主页上涉及到基于CP2K振动分析产生拓扑文件的例子完整做一遍，对照当前情况，弄清楚原因

2 没有更准确的，除非自己冲着已知高精度理论数据或一些实验数据拟合

按照下文说的，修改gview的成键判断阈值，使得该有的键能判断出来
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

作者
Author: confidence 时间: 2022-9-10 09:32

sobereva 发表于 2022-9-2 18:53
1 把sobtop主页上涉及到基于CP2K振动分析产生拓扑文件的例子完整做一遍，对照当前情况，弄清楚原因

2 没 ...

好的，谢谢Sob老师的回复，我发现改成DRIH方法后就能顺利生成了。但是我想用同样的方式让sobtop生成二氧化钛的力常数时却出现了k值为NaN的情况，请问老师这是怎么回事呢？报错是SVD is failed。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-10 12:49

confidence 发表于 2022-9-10 09:32
好的，谢谢Sob老师的回复，我发现改成DRIH方法后就能顺利生成了。但是我想用同样的方式让sobtop生成二氧 ...

用mSeminario方式产生

作者
Author: confidence 时间: 2022-9-11 10:30

sobereva 发表于 2022-9-10 12:49
用mSeminario方式产生

(, 下载次数 Times of downloads: 40) 谢谢Sob老师的回答，我用了mSeminario方式后的确没出现SVD failed，但是只有少数几个K值产生，老师请问这是哪里有问题吗？

我是拿二氧化钛的最小晶胞去做振动分析，生成itp文件时用的是扩胞后的mol2文件，是这里出了问题么？

作者
Author: confidence 时间: 2022-9-12 10:31

各位老师，我尝试了Seminario\mSeminario\m2Seminario\DRIH方式，前三种方式都能正常finish，但是k值都是只有少数几个是有数值，大部分都是0，请问这是可以使用的么？还是说我哪里操作有误呢？
DRIH方式就会出现k值为NaN的情况。实在找不明白是哪里有问题，请各位老师帮忙解答疑问，谢谢各位老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-12 12:53

confidence 发表于 2022-9-11 10:30
谢谢Sob老师的回答，我用了mSeminario方式后的确没出现SVD failed，但是只有少数几个K值产生，老师请问这 ...

“拿二氧化钛的最小晶胞去做振动分析，生成itp文件时用的是扩胞后的mol2文件”这显然不行，输出文件里的Hessian和当前体系都不对应
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop里FAQ 12

作者
Author: confidence 时间: 2022-9-12 14:04

sobereva 发表于 2022-9-12 12:53
“拿二氧化钛的最小晶胞去做振动分析，生成itp文件时用的是扩胞后的mol2文件”这显然不行，输出文件里的H ...

谢谢sob老师的回答，我看了一下FAQ 12，现在把二氧化钛扩胞到72个原子再去做振动分析试试看。我看了一下FeCl2那个例子基于Hessian生成的itp文件，其键角接近的力常数值都是在一个波动不大的范围内，那我写入bonded_param.dat时力常数是只需要写一个，其数值在这个波动范围内就行吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-12 14:09

confidence 发表于 2022-9-12 14:04
谢谢sob老师的回答，我看了一下FAQ 12，现在把二氧化钛扩胞到72个原子再去做振动分析试试看。我看了一下F ...

是

作者
Author: jim 时间: 2023-7-30 09:53

confidence 发表于 2022-9-10 09:32
好的，谢谢Sob老师的回复，我发现改成DRIH方法后就能顺利生成了。但是我想用同样的方式让sobtop生成二氧 ...

请问，你生成了TiO2晶胞的拓扑文件吗？是用sobtop做的？谢谢！

作者
Author: confidence 时间: 2023-8-2 09:48

jim 发表于 2023-7-30 09:53
请问，你生成了TiO2晶胞的拓扑文件吗？是用sobtop做的？谢谢！

是的呀，用sobtop完全可以做到

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