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标题: 【已解决】求助：MaterialsStudio 2020以下版本在RHEL/CentOS 8系统的运行 [打印本页]

作者
Author: wuy069 时间: 2022-9-5 16:18
标题: 【已解决】求助：MaterialsStudio 2020以下版本在RHEL/CentOS 8系统的运行
本帖最后由 wuy069 于 2022-10-10 14:11 编辑

最近集群系统统一安装了Rocky Linux 8.6，但在运行MaterialsStudio 2020及以下版本时总出现问题，Dmol3和Castep总不占用CPU进程。
Google搜索，是因为Intel mpi 2018在较新系统版本运行MPI任务会直接报错Segmentation Fault。根据“在较新的Linux系统中使用Materials Studio 2019和旧版Intel MPI | 世事如棋 (wangruixing.cn)”这篇博客操作，依然没解决问题，也询问博主了，他说“这个方法还是有局限性有些模块不识别设置的环境变量就仍然用不了”。
然后就想到用singularity容器运行MaterialsStudio 2020, 安装singularity，使用沙盒创建CentOS 7.9容器目录，在CentOS 7.9中安装依赖和MaterialsStudio 2019或2020软件，最后把容器目录转化为sif容器镜像。
然而运行时还是出现不占用CPU进程问题，singularity exec /opt/soft/ms2019.sif /opt/BIOVIA/MaterialsStudio19.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh -np 8 test test_DOS &

请教下各位，是我singularity设置的环境不全还是什么问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-5 20:30
不要在本论坛求商业软件下载，注意看置顶的社员必读贴。已把你帖子里的相关部分抹了

作者
Author: abin 时间: 2022-9-5 21:50
本帖最后由 abin 于 2022-9-5 22:01 编辑

因为有一个严重的bug 要修正呀……不便于在这里讨论。
另，用什么网络？
单机多核心并行，还是多机器并行？

不过，商业软件，直接找技术服务呀。

作者
Author: wuy069 时间: 2022-9-5 22:02

sobereva 发表于 2022-9-5 20:30
不要在本论坛求商业软件下载，注意看置顶的社员必读贴。已把你帖子里的相关部分抹了

好的，谢谢社长，下次注意了！

作者
Author: wuy069 时间: 2022-9-5 22:06

abin 发表于 2022-9-5 21:50
因为有一个严重的bug 要修正呀……不便于在这里讨论。
另，用什么网络？
单机多核心并行，还是多机器并行 ...

谢谢王老师！网络用的是千兆网络，目前是单机多核并行都没解决了。
王老师，您说的严重bug，请问是？修复这个就能正常运行吗，能否站内私信指导下，谢谢！

作者
Author: abin 时间: 2022-9-5 22:25

wuy069 发表于 2022-9-5 22:06
谢谢王老师！网络用的是千兆网络，目前是单机多核并行都没解决了。
王老师，您说的严重bug，请问是？修 ...

我没功夫测试……
你自己捣鼓吧。

或者你先找技术服务吧。

这是有商业版权的东西，我不便掺乎。

作者
Author: wuy069 时间: 2022-9-5 22:31

abin 发表于 2022-9-5 22:25
我没功夫测试……
你自己捣鼓吧。

也没说让你测试啊

，只是讨论下singularity容器技术而已，您说有bug，只是指点下就这么吝啬啊[😂]，感谢讨论[抱拳]。

作者
Author: abin 时间: 2022-9-5 22:33

wuy069 发表于 2022-9-5 22:31
也没说让你测试啊，只是讨论下singularity容器技术而已，您说有bug，只是指点下就这么吝啬啊[&#128514 ...

CSDN有我分享的singularity 资料，也许可以看看。

我真没有功夫帮你找。

我没功夫测试，所以没法说，是否有效。

作者
Author: wuy069 时间: 2022-9-5 22:36

abin 发表于 2022-9-5 22:33
CSDN有我分享的singularity 资料，也许可以看看。

我真没有功夫帮你找。

好的，我拜读下，谢谢！

作者
Author: wuy069 时间: 2022-9-5 22:47

abin 发表于 2022-9-5 22:33
CSDN有我分享的singularity 资料，也许可以看看。

我真没有功夫帮你找。

拜读了您的作品，但并没找到我需要的。VASP、Gaussian、ORCA这些，我用Singularity并没问题。
我还是把其中几个节点降级成CentOS 7.9来解决我的需求吧。

作者
Author: abin 时间: 2022-9-5 23:34
本帖最后由 abin 于 2022-9-5 23:42 编辑

wuy069 发表于 2022-9-5 22:47
拜读了您的作品，但并没找到我需要的。VASP、Gaussian、ORCA这些，我用Singularity并没问题。
我还是把 ...

我怎么能发送一个视频给你？

我顺手在虚拟机中组了一个集群。
由于管控的缘故，网络很通畅，dnf 可以高达20MB/s
利用我的工具套件很快做了一个测试集群。

我测试了一个例子，能跑。

不晓得你的计算，是跑多久出现的问题，或者是一直不能顺利运行。

主机，Ubuntu 20.04
Vbox 虚拟机，用Rocky 8做集群。
集群工具，是我写的hpc4you_toolkit。
测试的是ms2019 castep。

完毕。我不清楚这玩意跑时间长了会不会挂。

作者
Author: wuy069 时间: 2022-9-6 07:53

abin 发表于 2022-9-5 23:34
我怎么能发送一个视频给你？

我顺手在虚拟机中组了一个集群。

太麻烦王老师了[抱拳]！如果视频不大，能否传到百度或阿里云盘，给个分享链接就行，非常感谢！

作者
Author: abin 时间: 2022-9-6 10:11

wuy069 发表于 2022-9-6 07:53
太麻烦王老师了[抱拳]！如果视频不大，能否传到百度或阿里云盘，给个分享链接就行，非常感谢！

查验PM信息.

作者
Author: abin 时间: 2022-9-6 10:12

wuy069 发表于 2022-9-5 22:47
拜读了您的作品，但并没找到我需要的。VASP、Gaussian、ORCA这些，我用Singularity并没问题。
我还是把 ...

你用了这么快的时间, 就看了你认为重要的东西.

可是我认为你根本就没有看你应该看的东西.

你应该融会贯通一下这个吧?

https://blog.csdn.net/hpc4you/article/details/124325276

作者
Author: wuy069 时间: 2022-9-6 10:32

abin 发表于 2022-9-6 10:12
你用了这么快的时间, 就看了你认为重要的东西.

可是我认为你根本就没有看你应该看的东西.

十分感谢王老师花这么多时间测试！
哦，可能吧，我自己再找找问题吧。

作者
Author: abin 时间: 2022-9-6 10:53
(, 下载次数 Times of downloads: 15)

Running....

作者
Author: wuy069 时间: 2022-9-6 11:27

abin 发表于 2022-9-6 10:53
Running....

我刚才建了个虚拟机，rocky linux 8.6，使用singularity运行MS的确没问题，但是实体机就是不好使，特别奇怪[笑哭]。
再次感谢王老师！

作者
Author: wuy069 时间: 2022-9-6 14:49

abin 发表于 2022-9-6 10:12
你用了这么快的时间, 就看了你认为重要的东西.

可是我认为你根本就没有看你应该看的东西.

这些对我来说并不难，我也不是一个新手，只是想讨论找到问题的症结。简单极速高效构建高性能计算集群https://www.bilibili.com/video/BV1434y1j75R?spm_id_from=444.42.list.card_archive.click&vd_source=4147cbee137da2d405cd809d90528c4b
这个是我做的，希望有机会和王老师多交流讨论[抱拳]！

作者
Author: abin 时间: 2022-9-6 19:24

wuy069 发表于 2022-9-6 14:49
这些对我来说并不难，我也不是一个新手，只是想讨论找到问题的症结。简单极速高效构建高性能计算集群http ...

可能指出哪里出错了，很不礼貌。

我的意思是说，
容器技术，尤其是singularity 这种，
也有可能继承你在主机的某些设定。

如果你能保持你的主机运行环境干净，
那么，镜像中的东西，
只核内核打交道了，
会无视你的设定的，除非你在主机上做了某些非常牛逼的全局性的设定。

系统配置丰富多样，
我并不晓得你做过什么设定。

从你的描述来看，他人做的镜像没问题，
你做的没法用，
这不难推定，你的系统部分设定可能有问题，
或者你在搞SIF的时候，有部分操作配置不当。

因为，单机都跑不起来，其实和集群没有关系的。

你说的bug，我见别人描述一次，
那边重做了一下系统，又全都正常了。具体故障原因不明，反正是解决了。

喊我abin 就好。

能力有限，有愧老师这个称谓。

作者
Author: xylz6188 时间: 2022-10-9 21:31
MS安装系统用红帽最好，其它版本我都用过，不是编译出问题就是计算结果大大的出乎意料

作者
Author: wuy069 时间: 2022-10-10 14:11

xylz6188 发表于 2022-10-9 21:31
MS安装系统用红帽最好，其它版本我都用过，不是编译出问题就是计算结果大大的出乎意料

已解决，谢谢！这个主要是MS自带intel mpi 2018/2019在高版本系统的问题.
用singularity容器可以解决，但是限于RHEL/CentOS/Rocky Linux 8.5及以下版本，用Rocky Linux 8.6在实体机总有问题，我把计算节点系统版本都降为8.5都好了。

作者
Author: alexpanji 时间: 2022-10-15 16:14
您好，最近尝试集群下MS2020的安装，用slurm管理，请问是否可以提供一个教程，谢谢~

作者
Author: wuy069 时间: 2022-10-19 22:41

alexpanji 发表于 2022-10-15 16:14
您好，最近尝试集群下MS2020的安装，用slurm管理，请问是否可以提供一个教程，谢谢~

正常管理就行，也不需要啥教程，我们使用standlone方式运行MaterialsStudio，所以跟Gaussian这些软件管理一样

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