公社群聊Q&A整理：2016.04.19 17 ~ 2016.05.04 19 Concate - 计算化学公社

2016.04.19 16:43:21
Q:
vasp里面的杂化泛函是不是只有 HSE ？
A:
目前是只有HSE。B3LYP貌似只是实验性地支持。
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2016.04.19 16:55:31
Q:
请问大家，使用orca计算Bibbs自由能的关键字就是freq吗？
我算mp2，Gaussian和Orca都是数值方法算梯度，应该还是Orca的PI-MP2快一些吧 @计算化学噶兵
再请教一下ORCA MP2算freq必须用Numfreq关键字吗？我用feq关键字计算会出错，但是也没有提示关键字出错
我的体系20个原子，用RI-MP2，按照高斯的经验设了20G内存，请问设多少内存比较合适？
Orca里 %mp2 maxcore 设置的是单核内存吗？
A:
是
目前ORCA的MP2支持解析Hessian
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2016.04.19 17:16:42
Q:
请问gaussian09优化结构，总是出现 FormBX had a problem.的错误，该怎么破？
A:
opt里写cartesian
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2016.04.19 19:47:11
Q:
老师，氢键的键能怎么计算？
A:
整体能量减去破坏氢键后两个片段的能量。或者用AIM方法估计，见Multiwfn手册4.2.1节的例子，也可以用静电势方法估计，见手册4.1.2节的例子
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2016.04.19 22:50:53
Q:
请问群里有同学做过LJ参数拟合吗？我在文献上看到一种拟合的方法，其中有个地方不知道具体怎么做.文献上的方法是（1）先以之前报的过的LJ参数为基础。用量化方法优化好结构。（2）用物理性质拟合参数。其中第二步中的原文为：For nitrobenzene the LJ parameters for nitrogen and oxygen were simultaneously
fit to its normal boiling point and liquid density at 298.15 K：请问这个第二步怎么具体怎么做呢？先谢谢大家呢
A:
把当前LJ参数模拟的诸如沸点的结果和实验值做差，当成误差函数。然后用优化方法，优化你的参数，反复优化，直到模拟结果和实验相近。如果不懂的话，看看这篇文章的基本思路
J. Phys. Chem. Lett. 2014, 5, 1885−1891
[图片]
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2016.04.19 23:09:07
Q:
[图片]
这样行吗？
[图片]
A:
noeigen写opt里面
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2016.04.19 23:18:42
Q:
高斯09可用于过渡金属的半经验算法有哪些？
A:
PM6
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2016.04.19 23:22:01
Q:
老师，我上午请教您的弱相互作用的计算。提到用Multiwfn。我没有用过这个，所以，我还是想进行简单计算能量相减，我看一些资料说要进行BSSE校正。
A:
是否考虑BSSE看你用什么基组以及要求精度多高
Multiwfn超级好用
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2016.04.19 23:26:05
Q:
我想计算一个气态分子的分解的吸放热情况。本来是算一下反应物和生成物能量相减可能就好了。但是，这个分子它是一个类似于复合物，由两个小分子组成，我就不确定它们之间是否为氢键作用链接起来的。所以想通过计算验证一下。老师，您看我这个思路可以吗？
这个分子分解的时候也正好是那个氢键断开的位置。
A:
看起来是氢键就是氢键，要么用Multiwfn做RDG分析一下
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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2016.04.27 09:21:59
Q:
老师，那初始动能具体根据什么怎样设定呢？如果描述起来比较费事，麻烦您推荐一些比较全面的相关资料，我自己学习一下，，谢谢
请问Sob老师，用BOMD计算经典轨迹时出现Integration failure错误，但是轨迹趋向与反应路径相符，是怎么回事？应该怎么解决？非常感谢！
A:
步长减小试试，或者用ADMP
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2016.04.28 03:36:50
Q:
请问大家Gaussian是对Mac系统不兼容吗？
还是mac版的Gaussian 很难找到
A:
用Mac做计算化学的人太少，所以大多数程序的mac版也没处找。
所以搞计算化学的没事甭用mac
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2016.04.28 17:05:34
Q:
[图片]想问一下这样的问题怎么解决
A:
这种问题不上传输出文件看看说不清楚
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2016.04.28 18:16:31
Q:
请教各位前辈！如何快速插入ACS某一期刊的参考文献，一个一个复制粘贴太慢，而且不知道人名如何缩写
A:
在文章网页上选download citation之类，下载到endnote里，再插入
常用文章建议都放在一个.enw文件里，写新文章时直接用
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2016.04.28 18:36:07
Q:
我说的几个通路效率高指的是几个CPU几个核的效率比较高。谢谢[表情]
我说的几个通路效率高指的是几个CPU几个核的效率比较高。谢谢/抱拳
A:
看这里的测试http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=581
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2016.04.28 19:08:59
Q:
请问高斯计算总是进入l1002是为什么？谢谢
A:
看具体错误提示，不要问lxxx出错
Q:
还没有出现错误，只是我害怕里面有什么问题，因为它总是重复l1002，想知道是不是正常，谢谢老师
A:
有些任务就是会反复调用l1002。关键词合理就行
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2016.04.28 23:18:44
Q:
请问一下，这边想报名参加培训班，汇款最迟要什么时候汇过去呢这边月底财务汇总，估计要拖一段时间，怕超过截至日期怎么办。
A:
最迟5月6号得到账，要不然就没法签到了。或者实在来不及现场交现金也行，但发票估计得培训之后邮寄给你。
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2016.04.29 08:26:36
Q:
[图片]
[图片]
那请问怎么存cube
[图片]
A:
颜色在multiwfn里直接能改，GUI窗口最上方有选项。显示方式也能调。丝毫不丑
Q:
高斯这个其实也很美了。。。
但是我想用你们的，
因为大家都用高斯，我用别的，显得屌屌的
我就这样写吧。。。in order to visualize the orbital, we generated the cube file with Muitiwfv [12], which was then read by gaussview..
那应该。。。。
不错。
A:
in order to visualize the orbital, we generated the cube file with Multiwfn [12], which was then rendered by GaussView as isosurface map ...
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2016.04.29 11:52:12
Q:
multiwfn 怎么调用vmd作图？
A:
Multiwfn本身没法直接调用
怎么借助VMD作图看你做什么图，诸如绘制RDG填色等值面图、绘制分子轨道、绘制静电势填色的分子表面图步骤都是不同的
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2016.04.29 15:15:53
Q:
假如我在算ts的时候，第一步算freq看频率用的是6-31g*（小基组）opt的时候用6-31+g*大基组组，最后freq还是用大基组，最后对于计算的结果会不会有影响，为什么。是否我读力常数的时候是第一次frea和opt都会读？
[表情]请问一下。
/呲牙请问一下。
A:
不明白你的意思。普通优化+振动分析用6-31G*足矣，根本用不着弥散，毫无益处。算势垒的时候加弥散还有点用，但也明显不如先提升到6-311G**更有益。
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2016.04.29 17:08:19
Q:
老师，我用BHandHLYP,PBE0，M06/TD 的方法来优化S1，一直提示我No analytic 2nd derivatives for this method.我是不是应该换CIS的方法来算
A:
g09 TDDFT没有二阶解析导数。你优化S1只要不用calcfc/calcall就完了。CIS的准确度显然不及TDDFT
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2016.04.29 17:30:06
Q:
请教各位前辈个问题，请问怎么用高斯算投影态密度呢 [表情]
请教各位前辈个问题，请问怎么用高斯算投影态密度呢 /疑问
A:
如果你是指PDOS，用Multiwfn算，看手册4.10节的例子
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2016.04.29 17:51:30
Q:
anou scihub是不是挂了？
A:
依然能用
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2016.04.29 17:56:09
Q:
老师，请问gaussian计算的hessian矩阵在哪里能够找到？@Sobereva
A:
做了freq就会输出
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2016.04.29 19:01:17
Q:
[图片]
请问这个表中有Q(v=0)和Q(bot)吗？分别哪一列数据呢？
A:
kisthelp用的都是v=0
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2016.04.29 19:10:06
Q:
请问老师差分电荷密度怎么分析
A:
看实际情况结合化学直觉、结构化学知识来分析。
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2016.04.29 19:12:50
Q:
请问，在分子说明的后面，加上2个冗余坐标扫描，如下，
B 74 72 S 10 0.090000
B 8 74 S 10 -0.097985
这算二维坐标扫描吗？总共要计算10*10=100个单点？
A:
算。是的
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2016.04.29 19:22:18
Q:
请问一下计算出来的单位是 a.u. 怎么转化为这些啊 [图片] 谢谢
A:
a.u.的距离单位是bohr，根据bohr和埃的转换关系直接就知道了
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2016.04.29 19:45:43
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不明白你的意思。普
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2016.04.29 19:45:43
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
通优化+振动分析用6-31G*足矣，根本用不着弥散，毫无益处。算势垒的时候加弥散还有点用，但也明显不如先提升到6-311G**更有益。
能垒就能垒，何故算E2？
过渡态成键方式明显偏离lewis式，E2也不理想
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2016.04.29 19:53:11
Q:
sob老师我想去参加培训班眼镜度数有点不够了咱们会提前发ppt 可以再自己电脑上看吗
座位是随机坐吗
A:
ppt文件是不会公开的
印着ppt的讲义会在报道时提供，最早是5月6号晚上报道时拿到。
座位随意坐
Q:
啊好的谢谢
暑假就办一期么？
A:
今年暑假不打算办基础量化
Q:
老师，今秋有计划来上海巡讲吗
A:
不知道。
看时间和心情
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2016.04.29 19:57:33
Q:
老师这个参数怎么调，中间不是空的
A:
延展距离太小了。设定格点那一步加大延展距离
估计你肯定设成了0
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2016.04.29 20:02:47
Q:
kisthelp里面算的活化能和从高斯结果中提取数据算的不一样，前者貌似比后者大了4倍多，但单位都是kj每摩尔，为什么呢？
A:
肯定数据没搞对。kisthelp算热力学数据的那个界面给出的结果和高斯的freq给出的结果是一致的，也就是气压一个是1atm一个是1bar，这不会影响多少
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2016.04.29 20:18:58
Q:
求问oniom计算 alpha beta 电子数目是如何计算的？
A:
搞不清楚就在oniom后头写上inputfile，ONIOM计算过程中把每一步计算的输入文件也写入在输出文件里。一看就知道了
Q:
这是体系：[图片]
这是电子数：[图片]
怎么算都不对啊
A:
high层边缘加上氢就是model体系，一看就知道有多少电子了
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2016.04.29 20:23:11
Q:
请教个问题，我用tddft计算uv光谱，S0-->S1的跃迁的f=0，而这个是实验的主要吸收峰，这个怎么办？需要做振动分辨的电子光谱的计算么？
A:
你先算出足够多的态，作出UV-Vis图和实验谱对照
别光看S1
Q:
态算了50个。就是这个问题，实验测在这个位置有很强吸收，计算在这个位置f=0
A:
其它泛函也算算
看看曲线形状
泛函都会有系统性的偏差
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2016.04.29 20:27:29
Q:
[图片]
A:
激发态计算时候写density
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2016.04.29 20:28:32
Q:
我是这样写的： #p cam-b3lyp/genecp TD=(NStates=10,singlet,root=1) int=ultrafine pop=n
pa scrf=(cpcm,solvent=thf) geom=connectivity guess=read nosymm scf=max
cycle=300 density test
A:
这个肯定是激发态原子电荷。去看输出文件末尾的输出
去掉可耻的scf=maxcycle=300
Q:
[图片]还是[图片]
A:
[图片]
Q:
好像和G-view的结果不一样
A:
甭管gview
这是原子组态，原子电荷在上面
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2016.04.29 20:35:55
Q:
老师，这边培训班报名人数满了嘛？上午发送了报名邮件，现在还没有收到回复。
A:
过会儿工作人员会回复，勿急
目前并没有专职人员从早到晚一直盯着邮件
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2016.04.29 21:39:25
Q:
@sob，使用KiSThelP需要在windows下安装java运行环境，我以前没用过，我在网上查的是这样的
win7系统 Jdk版本1.6
用鼠标右击“我的电脑”->属性->高级->环境变量
系统变量->新建->变量名：JAVA_HOME 变量值：D:\Program Files\Java\jdk1.6.0_12(这只是我的JDK安装路径)
系统变量->编辑->变量名：Path 在变量值的最前面加上：%JAVA_HOME%\bin;（若已经有Path项，无须另外新建，直接在后
[图片]面加，但需用;与前面已有的项分隔开）
系统变量->新建->变量名：CLASSPATH 变量值：
.;%JAVA_HOME%\lib;%
JAVA_HOME%\lib\dt.jar;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar;
最后测试下环境变量是否设置成功
在左下角的搜索框中键入
cmd
不知道是不是这样？非常感谢
A:
没那么复杂
[图片]
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2016.04.29 21:40:39
Q:
各位今年的量化班除了5月7号的还有第二次么
A:
不知道
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2016.04.29 21:52:59
Q:
求教：DFT-D色散校正输入文件如何写？谢谢！
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2016.04.29 21:53:37
Q:
请问，我用高斯优化几天结构能量是-3266 au,在机台上计算阴离子单点能是-3267au,这个数据没问题吧，但不是中性状态能量低吗，这个怎么结果相反呢
A:
阴离子能量更低是常有的事。电子亲和能有正有负
Q:
奥奥，谢谢老师，我做的阳离子能量也比基态能量低。那我就按公式进行计算就可以吧，[图片]。
A:
气相下，阳离子比中性低这一般不会出现，因为这样就意味着体系会自发电离掉电子成阳离子
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2016.04.29 22:06:09
Q:
sob老师，判断体系基态是否三重态和单重态，不能仅仅计算能量吧。是不是还要考虑频率计算后的zpe矫正
A:
是基态还是激发态就是看电子能量。
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2016.04.29 22:15:44
Q:
64位的系统，然后我下载的是jre-8u91-windows-x64.tar.gz安装包，然后我点击了java.exe没啥反应啊
A:
解压，安装。然后直接点击.jar文件就运行相应程序了，何故点击java.exe
Q:
我解压了，想问下安装，然后点击的就是 exe
A:
下载诸如这个，双击，一步步按提示安装。完了之后双击.jar文件就运行了
[图片]
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2016.04.29 22:36:50
Q:
老师我是用了甲醇溶剂，考虑了溶剂化效应，这样对吗？
A:
表述不确切
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2016.04.29 22:43:18
Q:
请教大家，过渡态形成的时候，一定是只有一条化学键断开一条生成么？有没有可能是两条化学键断开，两条化学键生成呢？谢谢大家。
A:
此例就是
[图片]
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2016.04.29 22:45:49
Q:
我怎么感觉。。交换了分子？
A:
氢转移
Q:
是不是要用重氢考查比较好
A:
纯理论模型化研究可以不用考虑那个
Q:
两个交换会同时发生吗
A:
是
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2016.04.29 22:48:40
Q:
我用高斯计算重组能的时候不是在气相条件下算的，使用了pcm，是不阳离子能量比中性低的情况会出现呢。
A:
溶剂下可以出现，因为阳离子的溶剂化能远比中性要大
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2016.04.29 22:49:44
Q:
谢谢sob，这是今年基础班新加的例子嘛？感觉第二次比第一次的丰富很多，看来今年更加丰富啊！
A:
第一届800来页幻灯片，这次都1700来页了
不可同日而语
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2016.04.29 22:51:22
Q:
对对，楼上这个问题我也想问，上面的反应能不能分成两步呢？比如先转移一个，再转移一个，比较这两个路径有意义吗？
A:
这两个氢是同步转移的。只转移一个也呆不住
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2016.04.29 22:58:01
Q:
[图片]请教sob老师，这个反应我找到了过渡态，但是过渡态能量，比[图片]要低，我找的过渡态产物应该是H和HCOO。我想问问要找到产物是
[图片]和[图片]的过渡态，该怎么找呢，过渡态不带电荷，产物带电荷。
A:
这种简单电离过程本来就没有过渡态
Q:
哦
[图片]------[图片]。sob老师，那这个反应是不是也没有过渡态？正负离子相互吸引。
A:
不排除这种可能性
没过渡态
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2016.04.29 23:04:53
Q:
[图片]1.老师，这个是官网上甲醛CH2O的活性空间选取部分，close，部分，C,O的1s轨道都是非活性，不参与成键，C的2s，2p是活性的，O的2s我觉得也没有参与成键，应该也是非活性的，2p是活性的，H的1s是活性的，那close应该是3？不太明白O的2s它为什么认为是活性的？
2.occ 7 2 3,我是这样理解的7是指所有占据轨道，2,3分别是代表不同类型的占据轨道？不知道对不对，还有wf卡中不可约表示类型，看官网的说明还是不太理解，可以推荐基础点的关于不可约表示的文献，书籍吗？谢谢
A:
最稳妥的选活性空间的方法是所有价电子都纳入活性空间，对这种很小体系这样做稳妥省事，稍微大一点的体系这样就太大了。
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2016.04.29 23:28:58
Q:
sob老师，现在支持激发态二阶解析导数的只有Q-chem吗？ADF、Turbomole之类的支持吗？
A:
其它的不支持
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2016.04.29 23:49:02
Q:
各位老师，我想问一下在高斯view中怎样显示电子密度差分后cub图
A:
Multiwfn计算出密度差格点数据，然后读入gview，然后results-surface
参见
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2016.04.30 00:08:36
Q:
老师，分子一个轨道（如HOMO）的相位反转（红绿颜色部分颠倒）表明什么，有什么物理意义？
A:
你要反转需要把所有轨道的一起反转，这样才能保证物理意义不变。
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2016.04.30 03:39:52
Q:
请教各位大神，读过渡态的chk文件做IRC的时候一步没走就报错，报错信息是[图片] 是哪里出错了啊？
A:
calcfc就完了
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2016.04.30 04:45:46
Q:
这次五月时间安排起来好赶，非常想暑假班
没有量化基础，大一的，连结构化学都没学过，只学过一点晶体知识和vasp一些基本操作
这次班对周期性体系篇幅有加大吗。以前好像周期性体系都讲得比较少
A:
周期性计算在基础量化班里终究只是顺带一讲，入个门。这个讲多了更重要的就没时间讲了。
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2016.04.30 04:55:39
Q:
anou 我刚才尝试登陆8号公共邮箱但是提示密码不正确
求问是管理员修改了密码还是被恶意篡改了？
A:
密码改了，因为之前被冻结了没法发新邮件。重新上传了索引.txt
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2016.04.30 05:24:34
Q:
咨询一下，求S2态的cube文件，怎么写：这样写，高斯计算出错：#p b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=toluene) td(root=2) cube=density
谢谢指点
A:
产生激发态wfn文件，然后用Multiwfn算cube文件，比这样好用多了。
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2016.04.30 06:37:30
Q:
第一次用公务卡啊
公务卡就是个信用卡，按说也是不能转账的
就是的
A:
可以开具盖有公章的不支持刷卡支付的证明
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2016.04.30 08:04:23
Q:
B 74 72 2.033683 F
B 8 74 S 10 -0.186294
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /share2/home
A:
肯定会是11*11个点，gview还能绘制成二维图
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2016.04.30 09:25:26
Q:
老师您好，我算的是机理，需要作势垒图。因为是离子态所以然后才加的弥散。这样合理吗？
A:
合理
Q:
然后我问题可能没描述清楚，我可以先用小基组算出震动，然后加弥散优化，最后还是加弥散算震动，这样有问题吗？
A:
虽然可以，但是第一步完全多余
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2016.04.30 15:24:09
Q:
杂化泛涵使用了HF 的exchange correlation ,他是怎么从HF中提取出来的呢？如果ex term跟coulomb term不成对出现，会有自相互作用啊？
A:
就是按比例混合
交换部分作用之一是可以抵扣经典库伦互斥多算的部分
Q:
好的，请问按比例，是什么意思呢？
想起来了，就是30% 20％的那些
A:
[图片]
杂化成份的确定可以拟合，也可以按照理论推出，也可以凭经验确定
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2016.04.30 17:07:37
Q:
各位前辈好！在givew中有没有一次性把许多苯环的c-c（1.5键级）键都变成单键的功能？
一个一个手动改太麻烦
A:
没有
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2016.04.30 17:35:21
Q:
求助一篇文献 http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S027753870084721X
文章题目：Unusual metalloporphyrins : thorium and uranium complexes of octaethylporphyrin
A:
用sci-hub.cc自行下载
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2016.04.30 17:38:36
Q:
看高斯手册上说加自旋轨道耦合只适用于H-Cl的体系，过渡金属的话是不可以算的吗？想确认一下
A:
虽然程序不会报错，但是结果不一定可靠
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2016.04.30 17:47:39
Q:
又更新群规了，看看/呲牙
A:
把sci-hub.io更新为了sci-hub.cc，其它没变
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2016.04.30 18:03:07
Q:
各位老师，我想计算氘取代的反应，[图片]这样写对吗？
A:
不用写spin，就写iso=2就完了
Q:
老师就是之前我算了H的，现在只是想把那一个特定原子改一下，其他的都不用改是吗？
A:
对
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2016.04.30 18:43:07
Q:
@sob老师，请问我每次用晶体结构导入的是平面结构，优化以后扭转的比较大，不知道影响大不大？
A:
晶体环境中有分子间相互作用会影响构象，你的情况只要用的计算级别合理，结果看起来也对，就没问题。
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2016.04.30 19:02:07
Q:
@sob，我想问下，在计算反应速率时，什么时候该考虑反应物复合物的那部分？该怎样考虑呢？还有就是上次看到的有张ppt里，GTS（E-E0）为所有可能的3N-7振动态数之和，对应于能通过势垒的方式数，这里为啥是3N-7？还有方式数怎么计算？这里有点没太明白，非常感谢！
A:
3N-6个内坐标，再扣除反应方向上的虚频振动模式
[图片]
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2016.04.30 19:03:02
Q:
Sob老师，你是怎么知道io改成cc的，您是在那里看的公告，告诉我们一下，不然每次网址改动都麻烦你[表情]
Sob老师，你是怎么知道io改成cc的，您是在那里看的公告，告诉我们一下，不然每次网址改动都麻烦你/微笑
A:
多关注论坛和群聊就能知道，以前就有.cc，不过一直优先用.io
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2016.04.30 19:13:23
Q:
谢谢老师，再问一个简单的问题，cc-pvtz-pp加两个极化函数，怎么在高斯中完成输入呢？
A:
何谓加两个极化函数？本身就已经带足够的极化函数了
Q:
[图片]老师，高亮部分的意思不是cc-pvtz加两个极化吗？
A:
[图片]
PP=pseudopotential
Q:
赝势？就是说文献中用的就是 cc-pvtz呗？cc-pvtz 前四个周期是全电子基组，对于Hg是赝势基组，这样理解对吗？
A:
否
cc-pvtz有一大堆变体，-PP是赝势版本
Q:
谢谢老师，那么文献中的那个cc-pvtz-pp，我要怎么在高斯中完成输入呢？
A:
EMSL上自行拷定义
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2016.04.30 19:15:07
Q:
Sob老师您好，如果我的计算结果只有这两个yes，我把这个优化的结构当作过渡态的初始结构，这样合理吗？[图片]
A:
优化完了是极小点，怎么能当过渡态的初猜？
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2016.04.30 19:19:46
Q:
Sob老师，要完全收敛了才能作初始态，是这个意思吗？
A:
你得摆一个看起来像过渡态的结构当初猜
你现在优化出来的是产物或者反应物
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2016.04.30 19:22:31
Q:
嗯嗯，是的Sob老师。我摆了一个看起来像过渡态的结构当初猜，我结构优化后，也是出现这样的两个Yes, 力都不收敛。那这样合理吗？
A:
如果你摆的初始结构是过渡态的初猜，优化过渡态，然后力没收敛，没超过收敛限2倍勉勉强强可用
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2016.05.01 01:21:23
Q:
想请教一下电荷转移相互作用跟卤键或者氢键有什么关联啊多谢
A:
会伴随着很少量电子转移，但这不是什么关键
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2016.05.01 01:26:07
Q:
闭壳层作用是否有时依然会伴随电荷转移？
A:
会
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2016.05.01 01:42:49
Q:
请问，multiwfn画出的静电势图中极大和极小点指的是静电势的值还是静电势能的值？
A:
一码事
Q:
静电势单位不应该是V/M吗，我想得到静电势的值
A:
分子体系静电势没有用这种单位的，都是kcal/mol、eV、kJ/mol、hartree这种单位。
代表单位电荷放在某处与体系的静电相互作用能
Q:
那也就是说图中的极大和极小点的值是静电相互作用能的值，其中最大值处说明电势大吗？怎样从图中看出静电势的大小
A:
最简单的就是做静电势填色的分子表面图，一看颜色就知道大小
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
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2016.05.01 01:47:45
Q:
请问，吸附过程都是放热的吗？我算的有的是吸热的，这个结果对吗？
A:
自由能变为负，焓变为正的过程是吸热的
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2016.05.01 01:56:34
Q:
嗯嗯好的，还想问一下加过电场后再用Multiwfn做静电势图，这样的图是否还有意义？
A:
有
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2016.05.01 02:08:42
Q:
也就是说在形成卤键或者氢键的时候可能会发生少量的电子转移
那 purely electrostatic interactions 就是没有电子的转移的一种作用力
所以可以推测出卤键或者氢键不可以归类到这两种中的任何一种不知道这样理解是否正确
A:
一般的氢键卤键的主要因素就是静电相互作用，即便你完全忽略极化、电荷转移，也依然能大体正确乃至定量准确描述其相互作用。你可以说 electrostatic interaction dominated，用purely有点过。
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2016.05.01 03:17:39
Q:
咨询一下，怎么利用multiwfn把fchk或者wfn文件，计算生成cube文件？谢谢
A:
用Multiwfn主功能5，算完了导出
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2016.05.01 03:20:30
Q:
老师：您好！请问在亲金性作用的公式中[图片]Au-Au键常数是怎么计算的呢?谢谢！
A:
freq任务就给出力常数
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2016.05.01 05:55:59
Q:
[表情]请问：怎么判断PDOS中哪些成分是哪些轨道贡献的
？
请问你的DOS图怎么做的？具体输入？
A:
PDOS例子看Multiwfn手册4.10节
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2016.05.01 07:29:21
Q:
请问td-cam-b3lyp计算时，td(nstates=10,50-50，电荷和生态怎么写，0 1还是0 3
电荷和重态
A:
基态是什么就写什么
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2016.05.01 09:55:27
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
发现sci-hub现在能支持paypal捐赠了，果断捐了100刀
[图片]
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2016.05.01 15:54:41
Q:
sob老师，静电相互作用，可以根据看ESP上的极值点来判断吗？要是可以极值要超过多少kcal/
mol
A:
说得不确切，得先说什么和什么静电相互作用
静电势对应的是假定一个单位点电荷放在那里，忽略电子分布极化的情况下与体系的静电相互作用能
是否存在静电相互作用跟数值多大没关系
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2016.05.01 16:41:51
Q:
请教，安装900M的cuda_toolkit时，是不是就已经包含计算卡驱动程序的安装，无须再安装额外的计算卡驱动？
A:
忘了，一般都是先装驱动再装这个
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2016.05.01 17:47:29
Q:
请问老师高斯中固定原子的关键字modredundant在哪里有详细的介绍啊
哦~刚刚在说明书里没有看到，这会儿找到了[表情]
A:
[图片]
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2016.05.01 19:44:40
Q:
各位老师节日好！请问一下，我想比较一下水分子分别与苯甲酸和苯之间的弱相互作用。一般的流程是怎样的呢？是在Gview上摆好两个分子，在高斯上优化，得到波函数，再去绘制sign(λ_2)ρ函数填色的RDG等值面图。还是要用molclus做构型搜索？
不是研究这个，举个例子。
是一个比较大的分子，里面有羧基、醚键、羟基等等，想比较一下各含氧基团与水分子结合的强度。现在问题是这分子比较大，不知道是怎么去摆这两个分子去优化，感觉有很大的任意性
[图片]
比较一下哪里吸附水分子比较强
嗯，也是估计是羧酸这儿。想自己算算，因为也没算过弱相互作用，想练练手，但是没有思路。
A:
计算和不同位置水分子相互作用能
或者考察不同位置的静电势
Q:
sob老师，比较不同位置与水分子相互作用能，是不是就是算优化后的二聚体，和拆开的两个分子（不再单独优化）两个的单点能，然后减一减得到能量差？
A:
氢键的主要本质就是静电相互作用，用静电势来讨论是最直接的
是
Q:
需要BSSE校正么？
A:
取决于基组和要求的精度
一般精度考察一下M062X/6-311+G**足矣，无需考虑BSSE
Q:
谢谢sob老师，还有个问题，算与水分子相互作用能，水分子的摆放的位置，需要遵循什么原则吗？感觉任意性很大，需不需要当作二聚体，做构像搜索
A:
让氢冲着分子表面静电势最负的位置，然后优化。
不好确定的情况多摆几种看优化完的能量
你这个体系还用不着构型搜索
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2016.05.01 19:45:32
Q:
谢谢，那要是td(nstates=10,triplets)的话，电荷和重态是不是就应该是0 3了，即使基态是0 1
A:
还是0 1是0 3就看你实际基态，不看激发态。
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2016.05.01 20:57:25
Q:
请问oniom 输入中C-C_3每一位代表什么意思
A:
[图片]
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2016.05.02 00:03:55
Q:
[图片]sob老师，您给的TST计算反应速率常数的公式中，双分子反应K的单位是第一，要想变成第二个，只需要成Na就行了吧？
A:
这只是不同单位而已，差阿伏伽德罗常数
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2016.05.02 02:14:06
Q:
[图片]
目前TDDFT还是不适合描述长程电荷转移态吗？
A:
老黄历了
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2016.05.02 02:50:15
Q:
各位老师，我想问一下：414个原子的有机化合物进行opt+freq计算，有没有什么办法让它计算快一些结束？原先用b3lyp/6-31g*。我只要HOMO-LUMO图[表情]
A:
半经验优化，DFT算单点
Q:
[表情]sob老师，所用方法和基组，能否给点详细一些的建议？
A:
B3LYP/6-31G*//PM6-D3H4
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2016.05.02 05:02:08
Q:
ONETEP，SIESTA是支持线性标度的软件吗？感觉不主流啊
。。让我想到了 DLPNO-CCSD(T
DLPNO-CCSD(T)
VMD加载不会崩溃啊……
线性标度不知道对内存要求高不高
看有人用近似线性标度的DLPNO-CCSD(T)算蛋白质。。。也是crazy
[图片]
A:
是否线性标度不是泛函本身的事，是用这个泛函的时候数值算法的事
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2016.05.02 05:19:17
Q:
说明书上好像说应该用 ReCorrect=Yes 这个关键词
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_irc.htm
[图片]
还真不了解这个ReCorrect是怎么个含义，但是ReCorrect=Yes已经是默认的了
A:
ReCorrect是HPC方法中做重校正步让IRC曲线更准确，但总容易不收敛。用ReCorrect=never不做重校正步可解决那个问题，但并不如改用本身就不做重校正步的LQA方法更好。
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2016.05.02 08:02:14
Q:
溶剂化能不是应该在溶剂中优化，在气相中算单点吗？例子中怎么相反了？
二面角在气相和溶液中相差十几度，你说大不
A:
正是因为绝大多数体系，尤其是中性小分子，气相和溶剂下结构差异甚小，所以SMD之类溶剂模型拟合参数时用的结构全是气相的。甚至COSMO作者klamt还认为就必须应该用气相的。
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2016.05.02 12:58:51
Q:
SOB老师，早上好。HOMO-LUMO的计算，在气相下和在溶剂模型下计算，两者和实验值比较，哪个误差更大一些？在什么情况下适合用溶剂模型？
[表情]
A:
你看实验什么条件
而且实验本身也没法测小分子的HOMO-LUMO gap，这纯粹是理论上的概念
Q:
实验可以用电化学法测
电化学并不是直接测的H-L gap
A:
根本没法测
首先这玩意就是基于单电子近似才定义出来的，实际中根本没有对应的量
实验能测的是IP、EA（二者之差叫fundamental gap）以及optical gap（最低激发能）
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2016.05.02 22:26:42
Q:
请问一个问题，我下载了KisTheIP，安装了Java Runtime Environment, JRE，但是还是打不还KiStheIP
我该怎么办？
[图片]
A:
双击.jar文件有什么提示？
Q:
[图片][图片]
A:
JRE还是没装好
Q:
那我重新安装下
有什么特殊要求么，
A:
无
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2016.05.02 22:47:52
Q:
那我MM采用半经验的方法，也可以电子嵌入吗
A:
MM是分子力场，怎么用半经验？
高斯里电子嵌入仅是对于MM而言
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2016.05.02 23:25:59
Q:
请问electrostatic potential distribution就是ESP吗
A:
ESP=electrostatic potential
Q:
Then, the electrostatic potential distribution on the Van der waals Surface was generated by Gaussview 5.0.
A:
V和S改成小写，其它没问题
waals的w大写
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2016.05.02 23:50:36
Q:
您能把文献发我一下吗？最近正在研究这个反应速率常数
A:
看文章里具体怎么说的
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2016.05.03 00:04:30
Q:
请问老师，计算含有过渡金属pt的分子的NTO，%chk=c-d1.chk
# td=(singlets,nstates=6) b3lyp/genecp pop=(saveNTO,NTO) density=transition=1 geom=connectivity 这样可以吗，如果是激发到三重态T1，把singlets改为triplets,对吗，老师我计算的分子含有38个原子（有pt原子），256个电子，算4个核NTO大概用了半个小时结束，这样正常吗，谢谢老师啦
A:
可以
对
正常
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2016.05.03 00:43:39
Q:
Sob老师，两个分子直接结合生成中间体的，这个样过程可以计算化学反应速率常数吗？如图的过程[图片]
没理解老师您的意思
两个分子结合生成中间体的过程，可以计算反应速率常数吗？
A+B→A-B的过程，无过渡态，怎么计算反应速率常数，望老师指点
就是不能够计算反应速率？
老师，我们上面讨论的反应速率常数计算的问题，辛苦您给指点一下。A+B→A-B的过程，无过渡态，直接从反应物到了中间体，怎么计算反应速率常数？
A:
有自由能垒的用VTST
其它情况用轨迹计算方法（巨耗时）
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2016.05.03 01:00:20
Q:
老师：您好！在做RDG时，[图片]这里的1，13的选取的要求是？，谢谢！
A:
没什么要求，该选什么函数就选什么函数
Q:
请问，这个函数和相应的序号，是在哪看的呢？
A:
屏幕上
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2016.05.03 01:06:20
Q:
\HF=-2.3339242\MP2=-2.3339278\PUHF=-2.3370304\PMP2-0=-2.3370329，这里面的PUHF和PMP2-0是什么？
A:
[图片]
PUHF就是自旋投影后的UHF能量
----------------------------------------------------
2016.05.03 02:54:24
Q:
老师：您好！请问这个密度差图？可以用multiwfn做吗？如果可以借鉴的例子是？[图片]谢谢！
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
看水二聚体密度差的例子
Q:
恩，好的谢谢老师！[表情]@Sobereva
老师：如果要绘制成这种上面的这个例子，作图，是否是需要VMD软件作图呢？
A:
Multiwfn直接能绘制
想要更好效果用VMD
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2016.05.03 03:52:26
Q:
求助文献:http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/cen-v061n006.p028
A:
求sci-hub.cc能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
以前就已经求过一次sci-hub能下的文献
Q:
这也能记得住？
A:
谁在什么日期犯了什么群规，都记在文本文件里
Q:
[图片]
进群先看群规，这个基本
太佩服了
A:
目前求过sci-hub能下的文献的人有62人
Q:
求文献时先试下sci-hub欧
A:
用过“好吧”开头的有20人
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2016.05.03 04:01:21
Q:
[图片]sob老师像这样的图，极值点不对称，做出来的图蓝色都对应正直了，该怎么办还是没事儿
有啥好办法娃娃
要是认真看文章的还会注意到，不注意的还会把人忽悠了，以为碳链程负值了[表情]
A:
分子不对称极值点自然会不对称。
淡蓝色对应正值没什么异常，非要白色对应0点就自行修改VMD的color scale设置
[图片]
调节midpoint
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2016.05.03 05:51:46
Q:
请问，由freq计算出来的红外的纵坐标单位是什么啊
[图片]
A:
Woo 使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.05.03 06:47:17
Q:
Na 离子的中和情况。
请教各位一个问题，用oniom模型算蛋白，做优化、过渡态扫描这些。
蛋白是带电的，有12个负电荷。可以用Na离子中和。问题是：
是用Na离子中和好呢，还是不中和直接在分子说明部分写上-12好
？
A:
中和好，要么索性就不处于电离态
如果只是研究活性中心，没必要算整个蛋白，就把附近一定距离内的残基纳入计算体系就够了。
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2016.05.03 06:55:08
Q:
有过渡金属的蛋白质，你咋整..
好些过渡金属没有amber力场参数
你不是要用高斯算吗？，反正我就知道高斯里好些过渡金属都没有参数
用UFF的话又没有极化
用amber力场就有极化啊..
用UFF力场感觉没啥意义
A:
amber缺的参数可以从其它地方搞来再读入高斯，amber自己也有产生金属配位中心参数的工具
没法说amber有极化或UFF没极化，如果极化是指电子嵌入来极化QM，什么力场都可以做。如果是指原子电荷本身是否考虑溶剂对溶质的极化，那么仅在于拟合原子电荷的时候是否等效地考虑这一点，UFF用amber的方式拟合原子电荷后也是一样可以考虑的
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2016.05.03 07:43:09
Q:
现在算过渡态主流的都用的啥level？ B3LYP/6-31+g*是不是有点low了
现在算过渡态主流的都用的啥level？ B3LYP/6-311+g*是不是有点low了
m062x/aug-ccpvTz ?
CHON Cu Br I
A:
/aini M06-2X/TZVP
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2016.05.03 09:34:25
Q:
请教一下 sob老师，用什么参数可以判断一团分子模型是液体还是固体？
能具体说一下么，什么样的特征是固体的，什么样的是液体的，多谢。
先谢了。
A:
做个MD模拟看看结构变动就知道了。固体状态应该结构只是震动，而没有原子的显著移动。从定量上可以看扩散系数之类。
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2016.05.03 12:48:07
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
看最后的自旋布居就知道了，若不为零就是开壳层单重态了
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2016.05.03 13:25:35
Q:
其实我主要是指dipole相互作用，主要是氢键，UFF算不了氢键，简单的水分子之间的氢键网络算不了，一般在包涵过渡金属还有很多水分子的体系就麻烦了，水分子在蛋白质里主要就是质子通道，不得不考虑它们之间的偶极相互作用
A:
UFF只要原子电荷设合理了就可以算氢键，氢键本质就是静电作用，静电作用靠合适的原子电荷相互作用可以表现
Q:
但是太粗糙了..形成不了氢键网络..我也实在没办法..
这个从amber里弄力场，我还不会..
包括截断分子，减小体系，这些都是问题..如果截到残基..amber力场就不对..就算不下去..这一点sobereva你有什么建议..
指点一下
A:
可以参考ONIOM辅助工具TAO自带的教程
http://faculty.smu.edu/ptao/software.html
Q:
这个挺复杂的，蛋白质中心是多金属团簇..得搞磁性耦合，外围是蛋白质分子，得用力场... 这样就会有波函数构造的问题..ONIOM和反铁磁耦合是冲突的.
反铁磁耦合用的fragment是这种非彼即此..怎么都会把MM部分包含进去..
但是构造QM部分的波函数又不需要MM部分..
A:
就用guess=mix就行了，不用片段初猜
Q:
这样反铁磁耦合就不对了..如果是2金属中心到可以是，可我这个是7个TM中心
A:
反铁磁性耦合原理上和ONIOM(QM:MM)并不冲突
而且ONIOM计算QM部分的时候还可以直接从外部chk文件读取初猜，外部chk里提供对应片段初猜的波函数畸形了，所以总有办法
用guess=input，可参照ONIOM关键词的Handling an SCF convergence issue limited to one layer那个段落的说明
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2016.05.03 17:07:42
Q:
请问我想计算溶液相中相互作用能，先在液相中优化构型，然后做BSSE校正，校正时候还需要加入命令吗？scrf=(IEFPCM,solvent=water,read)
A:
普通方式计算溶液下的相互作用能，再加上气相下的BSSE校正
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2016.05.03 17:12:24
Q:
一晚上33原子，184电子体系，用m62x/jun-cc-pVTZ, 一晚上calcfc还没算完 16核32G
A:
/aini DFT甭用dunning基组，慢死。
----------------------------------------------------
2016.05.03 17:52:21
Q:
Sob老师，请问今年的北京科音基础量化培训班，有暑期班吗？@Sobereva
A:
有可能，目前没定
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2016.05.03 17:57:28
Q:
请教一个问题：我优化计算一个分子，输入文件如下：
%nprocshared=24
%mem=48GB
#p rB3LYP/6-311++G(d,p) Counterpoise=2 SCF=Tight NoSymm Opt=ModRedundant
frag
0 1 -1 1 1 1
N(fragment=1) -0.34622000 0.00274300 -0.00032100
C(fragment=1) -0.06879700 1.43645800 0.00004900
C(fragment=1) -1.68958500 -0.56081100 0.00008800
H(fragment=1) -1.00875900 1.96577700 -0.00009500
H(fragment=1) 0.50686400 1.70413200 -0.87522800
H(fragment=1) 0.50641500 1.70370200 0.87575100
H(fragment=1) -2.23447300 -0.25176800 0.88358400
H(fragment=1) -1.59238200 -1.63579200 -0.00127700
H(fragment=1) -2.23571400 -0.24963600 -0.88186400
N(fragment=2) 0.67306400 -0.85405200 0.00001400
O(fragment=2) 1.79005500 -0.31639100 0.00005700
1 10 3.0 F
为什么计算开始后，冻结的键距离变化了
The following ModRedundant input section has been read:
B 1 10 3.0000 B
读入输入文件后，告诉我是固定的是 B类型，而不是F类型呢？
明明输入的是F啊
望知道的高手指点一下，谢谢
A:
优化时候甭用Counterpoise。scf=tight多余
而且从C.01开始没法直接写初值，必须输入文件里就设定成那个长度
----------------------------------------------------
2016.05.03 18:12:45
Q:
请问TD-DFT计算中，想要输出激发态的Mulliken charges该怎么做
A:
写上density关键词，之后输出的就是激发态的
----------------------------------------------------
2016.05.03 18:15:59
Q:
各位老师，我想判断六氯苯负离子脱除一个氯是生成五氯苯自由基+氯离子或者五氯苯负离子+氯自由基，在计算过渡态以及稳定产物时是不是需要做BSSE固定片段的电荷数和多重度？或者采用其他什么关键词来区别？多谢了！@Sobereva
A:
跟BSSE一点关系没有。看两种断裂方式对应的能量变化哪种更低
----------------------------------------------------
2016.05.03 18:22:20
Q:
请教sob老师，研究体系单重态和多重态的能量结构，都用udft还是单重态用rdft，三重态用udft，我看文献有人这么干，问题是udft计算的一般能量比较低啊。
A:
闭壳层单重态用rdft还是udft结果精确一致
Q:
双自由基，开壳的，研究单重态和三重态
A:
双自由基显然udft低
[图片]
----------------------------------------------------
2016.05.03 18:26:44
Q:
老师，暑期有什么培训计划吗？
A:
Ståtile 待定
有任何培训都会在群里至少一个月前发通知。
----------------------------------------------------
2016.05.03 18:34:34
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
/aini 看具体什么原因失败。应当是对的
----------------------------------------------------
2016.05.03 18:35:44
Q:
[图片]老师，您帖子中谈谈谐振频率矫正因子这个原始频率指谐振频率还是基频？
A:
谐振频率
谐振近似下的基频就是谐振频率
Q:
理论计算都是在谐振模型下吗？
A:
当然可以在非谐振下，诸如freq=anharmonic
Q:
对于过渡态的虚频，是否需要矫正呢？应该也需要吧，如果需要矫正，那么在计算完成后是×基频的矫正因子，还是×谐振频率的矫正因子呢？
A:
干嘛校正虚频，又不算在ZPE里
Q:
不是说计算的频率不准吗？频率的矫正和热力学矫正量的矫正是分开的，不是高斯输出的时候还是没有修正过的原始频率吗？
A:
实频你去校正啊
热力学量又不计虚频的贡献
Q:
矫正只是为了热力学量吗?不是也为了得到准确的虚频和谐振频率吗？所以想对过渡态计算出来的虚频进行矫正，从而对反应速率计算的更精确。
A:
如果你指wigner隧道效应要用虚频，就用原始的频率，不考虑频率校正
那些各种频率校正因子都是给实频用的
Q:
请问，这里说的隧道效应什么情况下需要考虑。是极端反应速率常数的时候，有一个校正因子么？其他情况需要考虑么
A:
反正有虚频就能用wigner隧道效应校正，跟白给的一样，所以什么时候都可以考虑
Q:
意思是只要是计算公式里涉及到要用虚频这个参数的，就可以考虑wigner隧道效应校正，是么
A:
只要你对TS做了振动分析，就可以顺便用wigner隧道效应校正，不用白不用
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2016.05.03 18:40:25
Q:
老师，您好，普通方式计算溶液下的相互作用能，再加上气相下的BSSE校正，我可以这样理解吗：E=E液相吉布斯自由能（A-B）-E液相（A）-E液相（B）+E(气相BSSE校正)@Sobereva
A:
对
Q:
老师，那是不是说计算产物的总能量时，是两个产物分开优化所得的能量之和？@Sobereva
A:
恩
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2016.05.03 18:40:26
Q:
[图片]
A:
书里写得明显不对
Q:
也就是说那个原子轨道直接写，不要再次写成行列式了
A:
对
[图片]
Q:
sob老师，对于HF ，其波函数是不是就是 slater行列式对吗
A:
对
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2016.05.03 19:11:29
Q:
各位老师，现在想计算前线电子密度，这个数据是该怎么计算呢？[图片]谢谢
哦，好的，谢谢sob老师，我再仔细读一下这篇文章@Sobereva
A:
这里描述很不确切
不说清楚怎么定义的没法计算
一看文章水平也不高，这点估计肯定不会说清楚
APT电荷很垃圾
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2016.05.03 19:26:43
Q:
complexation energy = -19.31 kcal/mole (corrected)
请问一下结果中的这个是不是就会两个分子之间的作用能啊
A:
是
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2016.05.03 19:39:15
Q:
请问老师，离子化合物中阴阳离子的ESP和密度或者生成热有无关系？
A:
有
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2016.05.04 03:02:46
Q:
弱弱地问下def-代表啥，比如def-TZVP 比 TZVP增加或减少了什么
A:
def=default
TZVP=def-TZVP
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2016.05.04 03:06:31
Q:
Lee 我没有算晶体的，我算的是单个分子的
分子数比较多，高斯算好久没成功，vasp算快一些
[图片][图片]李老师，现在看来的话能量都有三个取法了
A:
分子体系就用量化程序，不要用基于平面波的第一性原理程序，就算仿佛看起来快实际上精度也没法比。同样计算量下主流量化程序一定精度更高，同样精度下主流量化程序一定耗时更低。高斯算不动用ORCA
[图片]
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2016.05.04 03:43:53
Q:
请问gaussian可以同类原子采用不同的基组吗？比如有几个C原子用6-311+G*，其他的C用6-31G。
A:
可以
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2016.05.04 03:55:23
Q:
个人觉得这个培训班应该安排下吃饭问题，学生过去了，不熟悉自己找地方吃饭不好找，而且还没法报销@Sobereva
A:
附近有很多吃饭的地方，百度地图一搜就能找到
还有各种外卖的电话都提供在第二轮通知里了
统一安排吃饭很多人肯定不满意
很多会议都有安排吃饭，每次都很多人抱怨，等很久，或者不好吃之类
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2016.05.04 04:03:07
Q:
用multiwfn，能不能求出某种分子静电势的最大值和最小值
A:
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
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2016.05.04 04:11:19
Q:
各位前辈：能不能请教一个问题。能不能用高斯通过某种计算知道某个化学键是共价键还是离子键，以及它们的强度？
A:
高斯可以算键能
做AIM分析
看
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
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2016.05.04 04:16:59
Q:
chk文件打开感觉都像乱码一样，是这样吗？另外是直接在chk文件里面最后面加上就可以了吗？@小小石头
A:
chk是二进制文件，显然打开是乱码
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2016.05.04 04:44:01
Q:
sob老师在吗
[图片]
[图片] 跟例子差一点呢
A:
输入文件不一样，或版本不一样
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2016.05.04 14:51:09
Q:
请教个问题，对于一个反应初态是单参考，终态是多参考，如果都用caspt2的话，活性空间应该可以用不一样的吧
我觉得这样没问题，不知道其他人怎么看
A:
活性空间至少大小应该一样，否则能量也会缺乏可比性
Q:
但是轨道不可能是一样的了..
比如像苯环这样的，化学键断裂..
初态和终态的活性空间差别大了..
初态是单参考..静态相关几乎是零贡献..
A:
即便几乎没有静态相关，但活性空间大小不同，依然会造成对动态相关的描述有别
Q:
大小给它弄成一样..然后轨道用不同的..这样应该可行吧..
毕竟活性空间实在是不可能弄得太大了..
A:
可
但最好尽可能从反应过程轨道变化关系上能匹配上
Q:
Sobereva, CH4分子从杂化轨道来看，4个C-H是等价的..但是从分子轨道理论来说, 只有3个简并轨道, 而且是符合光电子能谱的..这点咋个解释呢..
A:
就甭管杂化轨道了，本身也没有很明确的物理意义，更多的是以传统方式讨论成键，以及做价键计算之类才用这个概念
Q:
主要是我挑活性轨道，挑不出来啊..都是正则轨道..混在一起..眼睛都看绿了..
[图片]
帮一个实验算化学键解离..
除了C-H键，外其他键都要解离..
A:
能用UDFT或者UCCSD(T)先用U搞搞
UDFT算键解离还是不错的
Q:
UDFT做了..主要想搞精确点..
帮一个德国航空实验室搞的..
如果CASPT2搞不定就UCCSD(T)吧..
从定域轨道来选活性空间应该也没问题吧..
正则轨道太考验耐心了..
A:
那就UCCSD(T)完了，已经很精确了，实际上多参考二阶微扰往往还不比UCCSD(T)准确，例如J. Phys. Chem. A 2008, 112, 11873–11884
Q:
UCCSD(T)就高斯能搞吧..molpro不支持貌似..
好久没用了..现在搞固体..老板又让我干这个活..哎
A:
高斯这个就搞得很好
molpro也是支持的
Q:
嗯..看来得看看手册了..
你觉得从定域轨道选活性空间怎么样？
A:
原理上也可行，但我自己不怎么这么用
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2016.05.04 16:11:22
Q:
http://sobereva.com/223 sob老师，你这里的例子，第一步输入的结构应该是s0的结构吧，第二步是第一步输出里面的s1的结构吧
A:
用什么结构无所谓，反正有opt自然而然会优化到极小点
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2016.05.04 17:11:11
Q:
请问用ONIOM方法模拟晶体吸收的话，什么样的方法更准确一些
A:
ONIOM做的都是孤立体系，没有晶体的
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2016.05.04 17:54:36
Q:
ERROR: The final spectrum progression is too low and the resulting
spectrum may be unreliable!
Note: To print the spectrum nevertheless, please use the keyword
'FORCEPRTSPECTRUM'.
FC calculations aborted on spectrum generation.
sob老师，没跑下去
振动分辨的电子光谱的计算
A:
就按提示做呗
Q:
实际没这个关键词呀
A:
你先加试试（freq=readFCHT，末尾空一行写上那个），有些关键词在手册里没写，或者手册里写的不对
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2016.05.04 18:10:10
Q:
sob老师，在吗？想请教一个关于multiwfn结合vmd画静电势图的问题，我只想在图中显示最大最小极值点，其它的极值点不显示，可以处理吗？
A:
可以。三种途径：
1 直接在Multiwfn里删掉多余的极值点
2 在导出到pdb文件里删除多余的极值点
3 在VMD里显示时只显示指定的极值点
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2016.05.04 18:14:03
Q:
我作MOLCAS计算时，无法使用GV看图，出错原因[图片]
A:
gv本来也没法看molcas的结果
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