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标题: gromacs mdrun模拟报错Inconsistent DD boundary staggering limits! [打印本页]

作者
Author: 吕安琪 时间: 2022-9-9 15:52
标题: gromacs mdrun模拟报错Inconsistent DD boundary staggering limits!
老师您好，我构建了一个3*3*3的盒子，动力学运行后报错了，请问老师，该如何解决呢？
报错信息：
Program: gmx mdrun, version 2018.4
Source file: src/gromacs/domdec/domdec.cpp (line 3190)
MPI rank: 0 (out of 32)

Software inconsistency error:
Inconsistent DD boundary staggering limits!

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

脚本信息：#!/bin/sh
#BSUB -q special
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -J nvt
#BSUB -n 32

jobname=prod
source /gpfs/intel2017update4/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/gpfs/soft/openmpi-2.1.5-intel2017/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/gpfs/soft/openmpi-2.1.5-intel2017/lib:$LD_LIBRARY_PATH

mpirun /gpfs/soft/gromacs2018-d-icc17-avx2/bin/gmx_mpi_d mdrun -dd 2 4 4 -v -s npt.tpr

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-10 15:06
没提供任何和输入文件有关的具体信息，没法说
先用自己机子上编译的非MPI >=2018版跑一次，排除gmx自身的问题，然后再检查输入文件

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